examples/unres/new/REMD/Nose-Hoover/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_REMD.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_REMD.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scinter_GB.parm
   9  SCp potential file              : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scp.parm
  10  Electrostatic potential file    :
  11  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  12  Cumulant coefficient file       :
  13  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  14  Torsional parameter file        :
  15  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  16  Double torsional parameter file :
  17  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  18  SCCOR parameter file : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  19  Bond & inertia constant file    :
  20  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/bond_AM1.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 2.5 build 298
  34  compiled Thu Jul  5 05:49:13 2012
  35  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64
  38  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -g -ip -w -CB
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56  Start reading THETA_PDB
  57  End reading THETA_PDB
  58
  59 Potential is GB , exponents are   6 12
  60
  61 Disulfide bridge parameters:
  62 S-S bridge energy:      -5.50
  63 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  64 akth:     11.00 akct:     12.00
  65 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  66  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
  67       -45086
  68  ran_num  6.422640197456531E-013
  69 RMSDBC =        3.0
  70 RMSDBC1 =        0.5
  71 RMSDBC1MAX =        1.5
  72 DRMS    =        0.1
  73 RMSDBCM =        3.0
  74 Time limit (min):     960.0
  75  RESCALE_MODE           2
  76 Library  routine used to diagonalize matrices.
  77
  78 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  79
  80 The units are:
  81 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  82 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  83 energy: kcal/mol, temperature: K
  84
  85                                        Number of time steps:   1000000
  86                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
  87                                                                4.89000 fs
  88 A-MTS algorithm used; initial time step for fast-varying short-range forces split into   1 steps.
  89 Short-range force cutoff 2.00 lambda 0.30
  90 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  10.00000
  91 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  92             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  93                                Frequency of property output:     10000
  94                              Frequency of coordinate output:     10000
  95 Nose-Hoover bath calculation
  96 Mol.Phys. 87 1117 (1996) Martyna et al.
  97 NVT-XI-RESPA algorithm
  98                                                 Temperature: 300.00000
  99                                                          Q =   1.00000
 100
 101 ============================== End of MD run setup =============================
 102
 103  REMD setup
 104  NREP=           16
 105  NSTEX=       100000
 106  SYNC=  T
 107  NSYN=       100000
 108  TRAJCACHE=            1
 109  tlist   250.000000000000        260.000000000000        270.000000000000
 110    280.000000000000        290.000000000000        300.000000000000
 111    310.000000000000        320.000000000000        330.000000000000
 112    340.000000000000        350.000000000000        360.000000000000
 113    370.000000000000        380.000000000000        390.000000000000
 114    400.000000000000
 115  mlist           1           1           1           1           1           1
 116            1           1           1           1           1           1
 117            1           1           1           1
 118  Total number of replicas           16
 119
 120 ============================== End of REMD run setup =============================
 121
 122
 123 Energy-term weights (unscaled):
 124
 125 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 126 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 127 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 128 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 129 WBOND=    1.000000 (stretching)
 130 WANG=     0.629540 (bending)
 131 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 132 WTOR=     1.843160 (torsional)
 133 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 134 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 135 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 136 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 137 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 138 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 139 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 140 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 141 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 142 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 143
 144 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 145
 146 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 147 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 148
 149 Energy-term weights (scaled):
 150
 151 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 152 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 153 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 154 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 155 WBOND=    1.000000 (stretching)
 156 WANG=     0.629540 (bending)
 157 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 158 WTOR=     1.843160 (torsional)
 159 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 160 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 161 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 162 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 163 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 164 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 165 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 166 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 167 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 168 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 169  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 170  Parameters of the SS-bond potential:
 171  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 172    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 173  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 174    13.7000000000000
 175  EBR  -5.50000000000000
 176 PDB data will be read from file ../../../1L2Y.pdb
 177  Nres:    21
 178 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 179   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 180   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 181   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 182   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 183   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 184   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 185   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 186   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 187   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 188  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 189  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 190  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 191  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 192  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 193  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 194  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 195  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 196  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 197  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 198  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 199  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 200  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 201 nsup= 20 nstart_sup=  2
 202  ITEL
 203            1          21           0
 204            2          14           1
 205            3           5           1
 206            4           8           1
 207            5           4           1
 208            6          13           1
 209            7           7           1
 210            8           5           1
 211            9          19           1
 212           10          16           1
 213           11          10           1
 214           12          10           2
 215           13          20           1
 216           14          12           1
 217           15          12           1
 218           16          10           1
 219           17          18           2
 220           18          20           2
 221           19          20           2
 222           20          20           1
 223           21          12           0
 224  ns=           0  iss:
 225 Boundaries in phi angle sampling:
 226 D      1    -180.0     180.0
 227 ASN    2    -180.0     180.0
 228 LEU    3    -180.0     180.0
 229 TYR    4    -180.0     180.0
 230 ILE    5    -180.0     180.0
 231 GLN    6    -180.0     180.0
 232 TRP    7    -180.0     180.0
 233 LEU    8    -180.0     180.0
 234 LYS    9    -180.0     180.0
 235 ASP   10    -180.0     180.0
 236 GLY   11    -180.0     180.0
 237 GLY   12    -180.0     180.0
 238 PRO   13    -180.0     180.0
 239 SER   14    -180.0     180.0
 240 SER   15    -180.0     180.0
 241 GLY   16    -180.0     180.0
 242 ARG   17    -180.0     180.0
 243 PRO   18    -180.0     180.0
 244 PRO   19    -180.0     180.0
 245 PRO   20    -180.0     180.0
 246 SER   21    -180.0     180.0
 247 D     22    -180.0     180.0
 248 nsup= 20
 249  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 250  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 251  IZ_SC=           0
 252  Contact order:  0.308441558441558
 253  Shifting contacts:           2           2
 254            1  ILE            5  ASN            2
 255            2  TRP            7  TYR            4
 256            3  LEU            8  TYR            4
 257            4  LEU            8  ILE            5
 258            5  LYS            9  GLN            6
 259            6  GLY           12  TRP            7
 260            7  GLY           12  LEU            8
 261            8  SER           14  GLY           11
 262            9  SER           15  ASP           10
 263           10  SER           15  GLY           11
 264           11  PRO           19  TRP            7
 265           12  PRO           20  LEU            3
 266           13  PRO           20  TYR            4
 267           14  PRO           20  TRP            7
 268 Extended chain initial geometry.
 269
 270 Geometry of the virtual chain.
 271   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 272 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 273 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
 274 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
 275 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
 276 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
 277 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
 278 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
 279 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
 280 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
 281 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
 282 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 283 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 284 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 285 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 286 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 287 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 288 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
 289 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 290 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 291 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 292 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 293 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 294
 295
 296 ********************************************************************************
 297                     Processor   0: end reading molecular data.
 298 ********************************************************************************
 299
 300
 301 Replica exchange molecular dynamics (REMD) calculation.
 302
 303 ********************************************************************************
 304
 305  Calling chainbuild
 306  Calling REMD
 307  MREMD          16 time before  1.562500000000000E-002
 308  NREP=          16
 309  i2rep      1      2      3      4      5      6      7      8      9     10
 310      11     12     13     14     15     16
 311  i2set      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
 312       1      1      1      1      1      1
 313  i,j,il,il1,i_index(i,j,il,il1)
 314 ifirst   1
 315   nupa   1:   2
 316 ndowna   1:
 317   nupa   2:   3
 318 ndowna   2:   1
 319   nupa   3:   4
 320 ndowna   3:   2
 321   nupa   4:   5
 322 ndowna   4:   3
 323   nupa   5:   6
 324 ndowna   5:   4
 325   nupa   6:   7
 326 ndowna   6:   5
 327   nupa   7:   8
 328 ndowna   7:   6
 329   nupa   8:   9
 330 ndowna   8:   7
 331   nupa   9:  10
 332 ndowna   9:   8
 333   nupa  10:  11
 334 ndowna  10:   9
 335   nupa  11:  12
 336 ndowna  11:  10
 337   nupa  12:  13
 338 ndowna  12:  11
 339   nupa  13:  14
 340 ndowna  13:  12
 341   nupa  14:  15
 342 ndowna  14:  13
 343   nupa  15:  16
 344 ndowna  15:  14
 345   nupa  16:
 346 ndowna  16:  15
 347                                            REMD Temperature: 250.00000
 348 ====================MD calculation start====================
 349  Initial velocities randomly generated
 350  Initial velocities
 351   0   0.02069   0.05735  -0.16550      0.00000   0.00000   0.00000
 352   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 353   2  -0.32876  -0.20726  -0.00156     -0.06303  -0.02233   0.22619
 354   3   0.25246   0.18847   0.12917      0.23917   0.13789   0.08528
 355   4   0.09890  -0.10900   0.13430      0.09430  -0.08759   0.02991
 356   5   0.05293  -0.08192   0.07599      0.03541   0.02418  -0.13426
 357   6   0.01106   0.15012  -0.13429     -0.01486   0.10588  -0.15072
 358   7  -0.00922  -0.05032   0.03343     -0.17306   0.05869   0.04136
 359   8  -0.01642   0.12268  -0.04117      0.02116   0.09728   0.03398
 360   9  -0.24153  -0.01761   0.08700     -0.20570  -0.15587  -0.04194
 361  10   0.12837  -0.05524  -0.16763      0.18636  -0.14195  -0.15819
 362  11  -0.12912   0.12012  -0.00669      0.00000   0.00000   0.00000
 363  12   0.18024  -0.22147   0.01606      0.00000   0.00000   0.00000
 364  13  -0.13972   0.25567   0.06619      0.05987   0.13532   0.09181
 365  14   0.10136  -0.29158   0.14318     -0.02692  -0.08844   0.04927
 366  15   0.13268   0.09441  -0.21684     -0.12710   0.07259   0.06988
 367  16  -0.10926   0.13472   0.13695      0.00000   0.00000   0.00000
 368  17  -0.08222  -0.14474  -0.18471     -0.07262  -0.07774  -0.09353
 369  18   0.22036   0.08274   0.12819     -0.01893   0.09330   0.04480
 370  19  -0.13103  -0.06596  -0.26603     -0.11327  -0.06258  -0.02718
 371  20   0.26050   0.08237   0.51647      0.02143   0.14877   0.17591
 372  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.12529  -0.05874  -0.20044
 373  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 374  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 375  vcm right after adjustment:
 376   2.286804207044001E-017  1.061730524699000E-017 -3.266863152920001E-018
 377
 378
 379               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 380              X           Y           Z          X           Y           Z
 381 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 382 ASN(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.64779     0.96674     1.37044
 383 LEU(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     2.68687    -3.62474    -1.57795
 384 TYR(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.37548    -2.37399     2.02147
 385 ILE(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     6.58044    -7.43947    -1.44530
 386 GLN(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.19753    -6.31407     1.82291
 387 TRP(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000     9.90453   -11.16454    -2.11994
 388 LEU(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.02474   -10.28687     1.57795
 389 LYS(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    13.74127   -14.97033    -2.06786
 390 ASP( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.84553   -14.21890     1.39078
 391 GLY( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    19.00000   -19.00000     0.00000
 392 GLY( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.80000   -19.00000     0.00000
 393 PRO( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.02787   -22.67843    -1.09456
 394 SER( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.49606   -22.13981     0.93587
 395 SER( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    25.93981   -26.49606    -0.93587
 396 GLY( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.40000   -26.60000     0.00000
 397 ARG( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    28.66629   -30.12703    -2.45767
 398 PRO( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.07843   -29.62787     1.09456
 399 PRO( 19)    34.20000   -34.20000     0.00000    33.42787   -34.07843    -1.09456
 400 PRO( 20)    38.00000   -34.20000     0.00000    37.87843   -33.42787     1.09456
 401 SER( 21)    38.00000   -38.00000     0.00000    37.33981   -37.89606    -0.93587
 402 D  ( 22)    41.80000   -38.00000     0.00000    41.80000   -38.00000     0.00000
 403
 404 Geometry of the virtual chain.
 405   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 406 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 407 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
 408 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
 409 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
 410 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
 411 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
 412 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
 413 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
 414 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
 415 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
 416 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 417 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 418 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 419 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 420 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 421 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 422 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
 423 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 424 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 425 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 426 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 427 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 428  H0=    198.216068052464
 429  Potential energy and its components
 430
 431 Virtual-chain energies:
 432
 433 EVDW=     -1.947821E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 434 EVDW2=     2.387106E+01 WEIGHT=    1.233150D+00 (SC-p)
 435 EES=      -7.520330E+00 WEIGHT=    9.459849D-01 (p-p)
 436 EVDWPP=   -2.624923E+01 WEIGHT=    2.317300D-01 (p-p VDW)
 437 ESTR=      1.118676E+02 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 438 EBE=      -1.933948E+01 WEIGHT=    6.295400D-01 (bending)
 439 ESC=       8.868295E+01 WEIGHT=    1.055400D-01 (SC local)
 440 ETORS=     2.664535E-15 WEIGHT=    2.064020D+00 (torsional)
 441 ETORSD=   -2.547586E+00 WEIGHT=    1.555350D+00 (double torsional)
 442 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 443 ECORR4=   -4.501075E+00 WEIGHT=    2.541120D-01 (multi-body)
 444 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 445 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 446 EELLO=     2.197932E+01 WEIGHT=    4.590562D-01 (electrostatic-local)
 447 ETURN3=   -1.258124E+00 WEIGHT=    1.724339D+00 (turns, 3rd order)
 448 ETURN4=    9.498513E+00 WEIGHT=    8.554124D-01 (turns, 4th order)
 449 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 450 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 451 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 452 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 453 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 454 ETOT=      1.167531E+02 (total)
 455
 456 Initial:
 457            Kinetic energy   2.63515E+01
 458          potential energy   1.16753E+02
 459              total energy   1.43105E+02
 460
 461     maximum acceleration    4.85077E+00
 462
 463  Setup time  1.953125000000000E-002
 464  REMD synchro at      100000
 465          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 466  MIN ii_write=           1
 467  REMD gather times=   40.8437500000000       0.000000000000000E+000
 468  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 469  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 470  NREP          16
 471 ACC   1   250.00000     0.00000    1
 472 ACC   2   260.00000     0.00000    1
 473 ACC   3   270.00000     1.00000    1
 474 ACC   4   280.00000     1.00000    1
 475 ACC   5   290.00000     0.00000    1
 476 ACC   6   300.00000     0.00000    1
 477 ACC   7   310.00000     1.00000    1
 478 ACC   8   320.00000     0.00000    1
 479 ACC   9   330.00000     0.00000    1
 480 ACC  10   340.00000     0.00000    1
 481 ACC  11   350.00000     1.00000    1
 482 ACC  12   360.00000     0.00000    1
 483 ACC  13   370.00000     1.00000    1
 484 ACC  14   380.00000     1.00000    1
 485 ACC  15   390.00000     1.00000    1
 486  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 487  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 488  REMD synchro at      200000
 489          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 490  MIN ii_write=           1
 491  REMD gather times=   81.8085937500000       0.000000000000000E+000
 492  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 493  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 494  NREP          16
 495 ACC   1   250.00000     0.00000    2
 496 ACC   2   260.00000     0.50000    2
 497 ACC   3   270.00000     0.50000    2
 498 ACC   4   280.00000     1.00000    2
 499 ACC   5   290.00000     0.00000    2
 500 ACC   6   300.00000     0.50000    2
 501 ACC   7   310.00000     0.50000    2
 502 ACC   8   320.00000     0.50000    2
 503 ACC   9   330.00000     0.00000    2
 504 ACC  10   340.00000     0.50000    2
 505 ACC  11   350.00000     1.00000    2
 506 ACC  12   360.00000     0.00000    2
 507 ACC  13   370.00000     1.00000    2
 508 ACC  14   380.00000     1.00000    2
 509 ACC  15   390.00000     1.00000    2
 510  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 511  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 512  REMD synchro at      300000
 513          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 514  MIN ii_write=           1
 515  REMD gather times=   123.050781250000       0.000000000000000E+000
 516  REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
 517  REMD writing traj time=  7.812500000000000E-003
 518  NREP          16
 519 ACC   1   250.00000     0.00000    3
 520 ACC   2   260.00000     0.66667    3
 521 ACC   3   270.00000     0.66667    3
 522 ACC   4   280.00000     0.66667    3
 523 ACC   5   290.00000     0.00000    3
 524 ACC   6   300.00000     0.66667    3
 525 ACC   7   310.00000     0.33333    3
 526 ACC   8   320.00000     0.33333    3
 527 ACC   9   330.00000     0.33333    3
 528 ACC  10   340.00000     0.66667    3
 529 ACC  11   350.00000     1.00000    3
 530 ACC  12   360.00000     0.00000    3
 531 ACC  13   370.00000     1.00000    3
 532 ACC  14   380.00000     1.00000    3
 533 ACC  15   390.00000     0.66667    3
 534  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 535  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 536  REMD synchro at      400000
 537          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 538  MIN ii_write=           1
 539  REMD gather times=   167.738281250000       0.000000000000000E+000
 540  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 541  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
 542  NREP          16
 543 ACC   1   250.00000     0.25000    4
 544 ACC   2   260.00000     0.50000    4
 545 ACC   3   270.00000     0.75000    4
 546 ACC   4   280.00000     0.75000    4
 547 ACC   5   290.00000     0.00000    4
 548 ACC   6   300.00000     0.75000    4
 549 ACC   7   310.00000     0.50000    4
 550 ACC   8   320.00000     0.25000    4
 551 ACC   9   330.00000     0.50000    4
 552 ACC  10   340.00000     0.75000    4
 553 ACC  11   350.00000     1.00000    4
 554 ACC  12   360.00000     0.00000    4
 555 ACC  13   370.00000     1.00000    4
 556 ACC  14   380.00000     1.00000    4
 557 ACC  15   390.00000     0.75000    4
 558  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 559  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 560  REMD synchro at      500000
 561          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 562  MIN ii_write=           1
 563  REMD gather times=   208.859375000000       0.000000000000000E+000
 564  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 565  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 566  NREP          16
 567 ACC   1   250.00000     0.20000    5
 568 ACC   2   260.00000     0.60000    5
 569 ACC   3   270.00000     0.60000    5
 570 ACC   4   280.00000     0.60000    5
 571 ACC   5   290.00000     0.00000    5
 572 ACC   6   300.00000     0.80000    5
 573 ACC   7   310.00000     0.60000    5
 574 ACC   8   320.00000     0.40000    5
 575 ACC   9   330.00000     0.40000    5
 576 ACC  10   340.00000     0.60000    5
 577 ACC  11   350.00000     0.80000    5
 578 ACC  12   360.00000     0.20000    5
 579 ACC  13   370.00000     1.00000    5
 580 ACC  14   380.00000     0.80000    5
 581 ACC  15   390.00000     0.60000    5
 582  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 583  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 584  REMD synchro at      600000
 585          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 586  MIN ii_write=           1
 587  REMD gather times=   250.097656250000       0.000000000000000E+000
 588  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 589  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 590  NREP          16
 591 ACC   1   250.00000     0.16667    6
 592 ACC   2   260.00000     0.66667    6
 593 ACC   3   270.00000     0.50000    6
 594 ACC   4   280.00000     0.50000    6
 595 ACC   5   290.00000     0.00000    6
 596 ACC   6   300.00000     0.66667    6
 597 ACC   7   310.00000     0.66667    6
 598 ACC   8   320.00000     0.50000    6
 599 ACC   9   330.00000     0.50000    6
 600 ACC  10   340.00000     0.50000    6
 601 ACC  11   350.00000     0.83333    6
 602 ACC  12   360.00000     0.16667    6
 603 ACC  13   370.00000     1.00000    6
 604 ACC  14   380.00000     0.83333    6
 605 ACC  15   390.00000     0.66667    6
 606  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 607  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 608  REMD synchro at      700000
 609          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 610  MIN ii_write=           1
 611  REMD gather times=   291.156250000000       0.000000000000000E+000
 612  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 613  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
 614  NREP          16
 615 ACC   1   250.00000     0.28571    7
 616 ACC   2   260.00000     0.71429    7
 617 ACC   3   270.00000     0.42857    7
 618 ACC   4   280.00000     0.57143    7
 619 ACC   5   290.00000     0.14286    7
 620 ACC   6   300.00000     0.57143    7
 621 ACC   7   310.00000     0.71429    7
 622 ACC   8   320.00000     0.57143    7
 623 ACC   9   330.00000     0.57143    7
 624 ACC  10   340.00000     0.42857    7
 625 ACC  11   350.00000     0.85714    7
 626 ACC  12   360.00000     0.28571    7
 627 ACC  13   370.00000     1.00000    7
 628 ACC  14   380.00000     0.85714    7
 629 ACC  15   390.00000     0.71429    7
 630  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 631  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 632  REMD synchro at      800000
 633          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 634  MIN ii_write=           1
 635  REMD gather times=   332.488281250000       0.000000000000000E+000
 636  REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
 637  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 638  NREP          16
 639 ACC   1   250.00000     0.25000    8
 640 ACC   2   260.00000     0.75000    8
 641 ACC   3   270.00000     0.37500    8
 642 ACC   4   280.00000     0.62500    8
 643 ACC   5   290.00000     0.25000    8
 644 ACC   6   300.00000     0.62500    8
 645 ACC   7   310.00000     0.62500    8
 646 ACC   8   320.00000     0.62500    8
 647 ACC   9   330.00000     0.62500    8
 648 ACC  10   340.00000     0.50000    8
 649 ACC  11   350.00000     0.75000    8
 650 ACC  12   360.00000     0.37500    8
 651 ACC  13   370.00000     1.00000    8
 652 ACC  14   380.00000     0.87500    8
 653 ACC  15   390.00000     0.62500    8
 654  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 655  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 656  REMD synchro at      900000
 657          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 658  MIN ii_write=           1
 659  REMD gather times=   373.636718750000       0.000000000000000E+000
 660  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 661  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 662  NREP          16
 663 ACC   1   250.00000     0.33333    9
 664 ACC   2   260.00000     0.66667    9
 665 ACC   3   270.00000     0.44444    9
 666 ACC   4   280.00000     0.66667    9
 667 ACC   5   290.00000     0.22222    9
 668 ACC   6   300.00000     0.66667    9
 669 ACC   7   310.00000     0.55556    9
 670 ACC   8   320.00000     0.66667    9
 671 ACC   9   330.00000     0.66667    9
 672 ACC  10   340.00000     0.55556    9
 673 ACC  11   350.00000     0.77778    9
 674 ACC  12   360.00000     0.33333    9
 675 ACC  13   370.00000     1.00000    9
 676 ACC  14   380.00000     0.77778    9
 677 ACC  15   390.00000     0.66667    9
 678  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 679  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 680  REMD synchro at     1000000
 681          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 682  MIN ii_write=           1
 683  writing restart at the end of run
 684
 685
 686 ===================================  Timing  ===================================
 687
 688                   MD calculations setup:    3.90625E-03
 689            Energy & gradient evaluation:    3.79074E+02
 690                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 691                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 692                                MD steps:    4.14688E+02
 693
 694
 695 ============================  End of MD calculation  ===========================
 696 CG processor   0 is finishing work.
 697  Total wall clock time   414.710937500000       sec