examples/unres/new/REMD/Langevin/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_REMD.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_REMD.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scinter_GB.parm
   9  SCp potential file              : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scp.parm
  10  Electrostatic potential file    :
  11  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  12  Cumulant coefficient file       :
  13  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  14  Torsional parameter file        :
  15  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  16  Double torsional parameter file :
  17  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  18  SCCOR parameter file : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  19  Bond & inertia constant file    :
  20  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/bond_AM1.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 2.5 build 303
  34  compiled Mon Jul 23 17:44:56 2012
  35  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64
  38  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -g -ip -w -CB
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56  Start reading THETA_PDB
  57  End reading THETA_PDB
  58
  59 Potential is GB , exponents are   6 12
  60
  61 Disulfide bridge parameters:
  62 S-S bridge energy:      -5.50
  63 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  64 akth:     11.00 akct:     12.00
  65 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  66  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
  67       -45086
  68  ran_num  6.422640197456531E-013
  69 RMSDBC =        3.0
  70 RMSDBC1 =        0.5
  71 RMSDBC1MAX =        1.5
  72 DRMS    =        0.1
  73 RMSDBCM =        3.0
  74 Time limit (min):     960.0
  75  RESCALE_MODE           2
  76 Library  routine used to diagonalize matrices.
  77
  78 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  79
  80 The units are:
  81 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  82 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  83 energy: kcal/mol, temperature: K
  84
  85                                        Number of time steps:   1000000
  86                  Initial time step of numerical integration:   0.20000 natural units
  87                                                                9.78000 fs
  88 A-MTS algorithm used; initial time step for fast-varying short-range forces split into   1 steps.
  89 Short-range force cutoff 2.00 lambda 0.30
  90 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  10.00000
  91 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  92             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  93                                Frequency of property output:     10000
  94                              Frequency of coordinate output:     10000
  95
  96 Langevin dynamics calculation with direct integration of Langevin equations
  97
  98                                                 Temperature: 300.00000
  99                                    Viscosity of the solvent:   0.89040
 100                                  Radius of solvent molecule:   1.40000
 101                       Scaling factor of the friction forces:   0.02000
 102                         Eta of the solvent in natural units:  49.27846
 103
 104 Radii of site types and friction coefficients and std's of stochastic forces of fully exposed sites
 105
 106     p 2.50   3.84372   4.78549
 107   CYS 5.00   6.30764   6.13033
 108   MET 6.20   7.49033   6.68037
 109   PHE 6.80   8.08167   6.93906
 110   ILE 6.20   7.49033   6.68037
 111   LEU 6.30   7.58888   6.72418
 112   VAL 5.80   7.09610   6.50220
 113   TRP 7.20   8.47589   7.10629
 114   TYR 6.90   8.18022   6.98124
 115   ALA 4.60   5.91342   5.93567
 116   GLY 3.80   5.12496   5.52580
 117   THR 5.60   6.89898   6.41125
 118   SER 4.80   6.11053   6.03378
 119   GLN 6.10   7.39177   6.63628
 120   ASN 5.70   6.99754   6.45688
 121   GLU 6.10   7.39177   6.63628
 122   ASP 5.60   6.89898   6.41125
 123   HIS 6.20   7.49033   6.68037
 124   ARG 6.80   8.08167   6.93906
 125   LYS 6.30   7.58888   6.72418
 126   PRO 5.60   6.89898   6.41125
 127
 128 ============================== End of MD run setup =============================
 129
 130  REMD setup
 131  NREP=           16
 132  NSTEX=       100000
 133  SYNC=  T
 134  NSYN=       100000
 135  TRAJCACHE=            1
 136  tlist   250.000000000000        260.000000000000        270.000000000000
 137    280.000000000000        290.000000000000        300.000000000000
 138    310.000000000000        320.000000000000        330.000000000000
 139    340.000000000000        350.000000000000        360.000000000000
 140    370.000000000000        380.000000000000        390.000000000000
 141    400.000000000000
 142  mlist           1           1           1           1           1           1
 143            1           1           1           1           1           1
 144            1           1           1           1
 145  Total number of replicas           16
 146
 147 ============================== End of REMD run setup =============================
 148
 149
 150 Energy-term weights (unscaled):
 151
 152 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 153 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 154 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 155 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 156 WBOND=    1.000000 (stretching)
 157 WANG=     0.629540 (bending)
 158 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 159 WTOR=     1.843160 (torsional)
 160 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 161 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 162 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 163 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 164 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 165 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 166 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 167 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 168 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 169 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 170
 171 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 172
 173 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 174 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 175
 176 Energy-term weights (scaled):
 177
 178 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 179 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 180 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 181 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 182 WBOND=    1.000000 (stretching)
 183 WANG=     0.629540 (bending)
 184 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 185 WTOR=     1.843160 (torsional)
 186 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 187 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 188 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 189 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 190 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 191 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 192 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 193 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 194 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 195 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 196  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 197  Parameters of the SS-bond potential:
 198  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 199    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 200  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 201    13.7000000000000
 202  EBR  -5.50000000000000
 203 PDB data will be read from file ../../../1L2Y.pdb
 204  Nres:    21
 205 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 206   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 207   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 208   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 209   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 210   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 211   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 212   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 213   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 214   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 215  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 216  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 217  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 218  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 219  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 220  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 221  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 222  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 223  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 224  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 225  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 226  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 227  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 228 nsup= 20 nstart_sup=  2
 229  ITEL
 230            1          21           0
 231            2          14           1
 232            3           5           1
 233            4           8           1
 234            5           4           1
 235            6          13           1
 236            7           7           1
 237            8           5           1
 238            9          19           1
 239           10          16           1
 240           11          10           1
 241           12          10           2
 242           13          20           1
 243           14          12           1
 244           15          12           1
 245           16          10           1
 246           17          18           2
 247           18          20           2
 248           19          20           2
 249           20          20           1
 250           21          12           0
 251  ns=           0  iss:
 252 Boundaries in phi angle sampling:
 253 D      1    -180.0     180.0
 254 ASN    2    -180.0     180.0
 255 LEU    3    -180.0     180.0
 256 TYR    4    -180.0     180.0
 257 ILE    5    -180.0     180.0
 258 GLN    6    -180.0     180.0
 259 TRP    7    -180.0     180.0
 260 LEU    8    -180.0     180.0
 261 LYS    9    -180.0     180.0
 262 ASP   10    -180.0     180.0
 263 GLY   11    -180.0     180.0
 264 GLY   12    -180.0     180.0
 265 PRO   13    -180.0     180.0
 266 SER   14    -180.0     180.0
 267 SER   15    -180.0     180.0
 268 GLY   16    -180.0     180.0
 269 ARG   17    -180.0     180.0
 270 PRO   18    -180.0     180.0
 271 PRO   19    -180.0     180.0
 272 PRO   20    -180.0     180.0
 273 SER   21    -180.0     180.0
 274 D     22    -180.0     180.0
 275 nsup= 20
 276  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 277  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 278  IZ_SC=           0
 279  Contact order:  0.308441558441558
 280  Shifting contacts:           2           2
 281            1  ILE            5  ASN            2
 282            2  TRP            7  TYR            4
 283            3  LEU            8  TYR            4
 284            4  LEU            8  ILE            5
 285            5  LYS            9  GLN            6
 286            6  GLY           12  TRP            7
 287            7  GLY           12  LEU            8
 288            8  SER           14  GLY           11
 289            9  SER           15  ASP           10
 290           10  SER           15  GLY           11
 291           11  PRO           19  TRP            7
 292           12  PRO           20  LEU            3
 293           13  PRO           20  TYR            4
 294           14  PRO           20  TRP            7
 295 Extended chain initial geometry.
 296
 297 Geometry of the virtual chain.
 298   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 299 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 300 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
 301 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
 302 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
 303 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
 304 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
 305 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
 306 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
 307 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
 308 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
 309 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 310 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 311 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 312 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 313 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 314 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 315 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
 316 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 317 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 318 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 319 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 320 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 321
 322
 323 ********************************************************************************
 324                     Processor   0: end reading molecular data.
 325 ********************************************************************************
 326
 327
 328 Replica exchange molecular dynamics (REMD) calculation.
 329
 330 ********************************************************************************
 331
 332  Calling chainbuild
 333  Calling REMD
 334  MREMD          16 time before  2.343750000000000E-002
 335  NREP=          16
 336  i2rep      1      2      3      4      5      6      7      8      9     10
 337      11     12     13     14     15     16
 338  i2set      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
 339       1      1      1      1      1      1
 340  i,j,il,il1,i_index(i,j,il,il1)
 341 ifirst   1
 342   nupa   1:   2
 343 ndowna   1:
 344   nupa   2:   3
 345 ndowna   2:   1
 346   nupa   3:   4
 347 ndowna   3:   2
 348   nupa   4:   5
 349 ndowna   4:   3
 350   nupa   5:   6
 351 ndowna   5:   4
 352   nupa   6:   7
 353 ndowna   6:   5
 354   nupa   7:   8
 355 ndowna   7:   6
 356   nupa   8:   9
 357 ndowna   8:   7
 358   nupa   9:  10
 359 ndowna   9:   8
 360   nupa  10:  11
 361 ndowna  10:   9
 362   nupa  11:  12
 363 ndowna  11:  10
 364   nupa  12:  13
 365 ndowna  12:  11
 366   nupa  13:  14
 367 ndowna  13:  12
 368   nupa  14:  15
 369 ndowna  14:  13
 370   nupa  15:  16
 371 ndowna  15:  14
 372   nupa  16:
 373 ndowna  16:  15
 374                                            REMD Temperature: 250.00000
 375 ====================MD calculation start====================
 376  Initial velocities randomly generated
 377  Initial velocities
 378   0   0.02069   0.05735  -0.16550      0.00000   0.00000   0.00000
 379   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 380   2  -0.32876  -0.20726  -0.00156     -0.06303  -0.02233   0.22619
 381   3   0.25246   0.18847   0.12917      0.23917   0.13789   0.08528
 382   4   0.09890  -0.10900   0.13430      0.09430  -0.08759   0.02991
 383   5   0.05293  -0.08192   0.07599      0.03541   0.02418  -0.13426
 384   6   0.01106   0.15012  -0.13429     -0.01486   0.10588  -0.15072
 385   7  -0.00922  -0.05032   0.03343     -0.17306   0.05869   0.04136
 386   8  -0.01642   0.12268  -0.04117      0.02116   0.09728   0.03398
 387   9  -0.24153  -0.01761   0.08700     -0.20570  -0.15587  -0.04194
 388  10   0.12837  -0.05524  -0.16763      0.18636  -0.14195  -0.15819
 389  11  -0.12912   0.12012  -0.00669      0.00000   0.00000   0.00000
 390  12   0.18024  -0.22147   0.01606      0.00000   0.00000   0.00000
 391  13  -0.13972   0.25567   0.06619      0.05987   0.13532   0.09181
 392  14   0.10136  -0.29158   0.14318     -0.02692  -0.08844   0.04927
 393  15   0.13268   0.09441  -0.21684     -0.12710   0.07259   0.06988
 394  16  -0.10926   0.13472   0.13695      0.00000   0.00000   0.00000
 395  17  -0.08222  -0.14474  -0.18471     -0.07262  -0.07774  -0.09353
 396  18   0.22036   0.08274   0.12819     -0.01893   0.09330   0.04480
 397  19  -0.13103  -0.06596  -0.26603     -0.11327  -0.06258  -0.02718
 398  20   0.26050   0.08237   0.51647      0.02143   0.14877   0.17591
 399  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.12529  -0.05874  -0.20044
 400  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 401  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 402  vcm right after adjustment:
 403   2.286804207044001E-017  1.061730524699000E-017 -3.266863152920001E-018
 404
 405
 406               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 407              X           Y           Z          X           Y           Z
 408 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 409 ASN(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.64779     0.96674     1.37044
 410 LEU(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     2.68687    -3.62474    -1.57795
 411 TYR(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.37548    -2.37399     2.02147
 412 ILE(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     6.58044    -7.43947    -1.44530
 413 GLN(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.19753    -6.31407     1.82291
 414 TRP(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000     9.90453   -11.16454    -2.11994
 415 LEU(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.02474   -10.28687     1.57795
 416 LYS(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    13.74127   -14.97033    -2.06786
 417 ASP( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.84553   -14.21890     1.39078
 418 GLY( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    19.00000   -19.00000     0.00000
 419 GLY( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.80000   -19.00000     0.00000
 420 PRO( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.02787   -22.67843    -1.09456
 421 SER( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.49606   -22.13981     0.93587
 422 SER( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    25.93981   -26.49606    -0.93587
 423 GLY( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.40000   -26.60000     0.00000
 424 ARG( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    28.66629   -30.12703    -2.45767
 425 PRO( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.07843   -29.62787     1.09456
 426 PRO( 19)    34.20000   -34.20000     0.00000    33.42787   -34.07843    -1.09456
 427 PRO( 20)    38.00000   -34.20000     0.00000    37.87843   -33.42787     1.09456
 428 SER( 21)    38.00000   -38.00000     0.00000    37.33981   -37.89606    -0.93587
 429 D  ( 22)    41.80000   -38.00000     0.00000    41.80000   -38.00000     0.00000
 430
 431 Geometry of the virtual chain.
 432   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 433 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 434 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
 435 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
 436 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
 437 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
 438 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
 439 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
 440 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
 441 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
 442 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
 443 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 444 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 445 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 446 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 447 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 448 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 449 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
 450 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 451 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 452 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 453 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 454 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 455  Potential energy and its components
 456
 457 Virtual-chain energies:
 458
 459 EVDW=     -1.947821E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 460 EVDW2=     2.387106E+01 WEIGHT=    1.233150D+00 (SC-p)
 461 EES=      -7.520330E+00 WEIGHT=    9.459849D-01 (p-p)
 462 EVDWPP=   -2.624923E+01 WEIGHT=    2.317300D-01 (p-p VDW)
 463 ESTR=      1.118676E+02 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 464 EBE=      -1.933948E+01 WEIGHT=    6.295400D-01 (bending)
 465 ESC=       8.868295E+01 WEIGHT=    1.055400D-01 (SC local)
 466 ETORS=     2.664535E-15 WEIGHT=    2.064020D+00 (torsional)
 467 ETORSD=   -2.547586E+00 WEIGHT=    1.555350D+00 (double torsional)
 468 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 469 ECORR4=   -4.501075E+00 WEIGHT=    2.541120D-01 (multi-body)
 470 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 471 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 472 EELLO=     2.197932E+01 WEIGHT=    4.590562D-01 (electrostatic-local)
 473 ETURN3=   -1.258124E+00 WEIGHT=    1.724339D+00 (turns, 3rd order)
 474 ETURN4=    9.498513E+00 WEIGHT=    8.554124D-01 (turns, 4th order)
 475 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 476 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 477 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 478 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 479 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 480 ETOT=      1.167531E+02 (total)
 481
 482 Initial:
 483            Kinetic energy   2.63515E+01
 484          potential energy   1.16753E+02
 485              total energy   1.43105E+02
 486
 487     maximum acceleration    4.85077E+00
 488
 489  Setup time  2.734375000000000E-002
 490  REMD synchro at      100000
 491          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 492  MIN ii_write=           1
 493  REMD gather times=   44.7226562500000       0.000000000000000E+000
 494  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 495  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 496  NREP          16
 497 ACC   1   250.00000     1.00000    1
 498 ACC   2   260.00000     0.00000    1
 499 ACC   3   270.00000     1.00000    1
 500 ACC   4   280.00000     1.00000    1
 501 ACC   5   290.00000     1.00000    1
 502 ACC   6   300.00000     0.00000    1
 503 ACC   7   310.00000     1.00000    1
 504 ACC   8   320.00000     1.00000    1
 505 ACC   9   330.00000     0.00000    1
 506 ACC  10   340.00000     1.00000    1
 507 ACC  11   350.00000     1.00000    1
 508 ACC  12   360.00000     1.00000    1
 509 ACC  13   370.00000     1.00000    1
 510 ACC  14   380.00000     1.00000    1
 511 ACC  15   390.00000     0.00000    1
 512  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 513  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 514  REMD synchro at      200000
 515          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 516  MIN ii_write=           1
 517  REMD gather times=   90.3281250000000       0.000000000000000E+000
 518  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 519  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 520  NREP          16
 521 ACC   1   250.00000     0.50000    2
 522 ACC   2   260.00000     0.50000    2
 523 ACC   3   270.00000     1.00000    2
 524 ACC   4   280.00000     1.00000    2
 525 ACC   5   290.00000     1.00000    2
 526 ACC   6   300.00000     0.00000    2
 527 ACC   7   310.00000     1.00000    2
 528 ACC   8   320.00000     1.00000    2
 529 ACC   9   330.00000     0.00000    2
 530 ACC  10   340.00000     0.50000    2
 531 ACC  11   350.00000     0.50000    2
 532 ACC  12   360.00000     1.00000    2
 533 ACC  13   370.00000     0.50000    2
 534 ACC  14   380.00000     1.00000    2
 535 ACC  15   390.00000     0.50000    2
 536  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 537  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 538  acceleration/energy drift too large   6.85181695692774
 539    23.1376579230641       split increased to            2  itime      229682
 540   itsplit           1
 541  acceleration/energy drift too large   3.90945739804247
 542    12.5526726889602       split increased to            2  itime      238078
 543   itsplit           1
 544  REMD synchro at      300000
 545          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 546  MIN ii_write=           1
 547  REMD gather times=   135.515625000000       0.000000000000000E+000
 548  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 549  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
 550  NREP          16
 551 ACC   1   250.00000     0.66667    3
 552 ACC   2   260.00000     0.66667    3
 553 ACC   3   270.00000     0.66667    3
 554 ACC   4   280.00000     0.66667    3
 555 ACC   5   290.00000     0.66667    3
 556 ACC   6   300.00000     0.33333    3
 557 ACC   7   310.00000     1.00000    3
 558 ACC   8   320.00000     0.66667    3
 559 ACC   9   330.00000     0.33333    3
 560 ACC  10   340.00000     0.66667    3
 561 ACC  11   350.00000     0.66667    3
 562 ACC  12   360.00000     1.00000    3
 563 ACC  13   370.00000     0.66667    3
 564 ACC  14   380.00000     1.00000    3
 565 ACC  15   390.00000     0.66667    3
 566  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 567  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 568  acceleration/energy drift too large   2.65098451791479
 569    10.7752851343805       split increased to            2  itime      369331
 570   itsplit           1
 571  REMD synchro at      400000
 572          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 573  MIN ii_write=           1
 574  REMD gather times=   181.101562500000       0.000000000000000E+000
 575  REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
 576  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 577  NREP          16
 578 ACC   1   250.00000     0.75000    4
 579 ACC   2   260.00000     0.50000    4
 580 ACC   3   270.00000     0.75000    4
 581 ACC   4   280.00000     0.75000    4
 582 ACC   5   290.00000     0.50000    4
 583 ACC   6   300.00000     0.50000    4
 584 ACC   7   310.00000     1.00000    4
 585 ACC   8   320.00000     0.50000    4
 586 ACC   9   330.00000     0.25000    4
 587 ACC  10   340.00000     0.75000    4
 588 ACC  11   350.00000     0.75000    4
 589 ACC  12   360.00000     1.00000    4
 590 ACC  13   370.00000     0.75000    4
 591 ACC  14   380.00000     1.00000    4
 592 ACC  15   390.00000     0.75000    4
 593  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 594  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 595  REMD synchro at      500000
 596          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 597  MIN ii_write=           1
 598  REMD gather times=   226.550781250000       0.000000000000000E+000
 599  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 600  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
 601  NREP          16
 602 ACC   1   250.00000     0.60000    5
 603 ACC   2   260.00000     0.40000    5
 604 ACC   3   270.00000     0.80000    5
 605 ACC   4   280.00000     0.60000    5
 606 ACC   5   290.00000     0.60000    5
 607 ACC   6   300.00000     0.60000    5
 608 ACC   7   310.00000     1.00000    5
 609 ACC   8   320.00000     0.40000    5
 610 ACC   9   330.00000     0.20000    5
 611 ACC  10   340.00000     0.80000    5
 612 ACC  11   350.00000     0.60000    5
 613 ACC  12   360.00000     1.00000    5
 614 ACC  13   370.00000     0.60000    5
 615 ACC  14   380.00000     1.00000    5
 616 ACC  15   390.00000     0.80000    5
 617  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 618  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 619  REMD synchro at      600000
 620          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 621  MIN ii_write=           1
 622  REMD gather times=   273.847656250000       0.000000000000000E+000
 623  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 624  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
 625  NREP          16
 626 ACC   1   250.00000     0.66667    6
 627 ACC   2   260.00000     0.50000    6
 628 ACC   3   270.00000     0.66667    6
 629 ACC   4   280.00000     0.50000    6
 630 ACC   5   290.00000     0.50000    6
 631 ACC   6   300.00000     0.66667    6
 632 ACC   7   310.00000     1.00000    6
 633 ACC   8   320.00000     0.33333    6
 634 ACC   9   330.00000     0.33333    6
 635 ACC  10   340.00000     0.83333    6
 636 ACC  11   350.00000     0.66667    6
 637 ACC  12   360.00000     0.83333    6
 638 ACC  13   370.00000     0.50000    6
 639 ACC  14   380.00000     1.00000    6
 640 ACC  15   390.00000     0.83333    6
 641  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 642  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 643  REMD synchro at      700000
 644          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 645  MIN ii_write=           1
 646  REMD gather times=   319.582031250000       0.000000000000000E+000
 647  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 648  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
 649  NREP          16
 650 ACC   1   250.00000     0.71429    7
 651 ACC   2   260.00000     0.57143    7
 652 ACC   3   270.00000     0.71429    7
 653 ACC   4   280.00000     0.42857    7
 654 ACC   5   290.00000     0.57143    7
 655 ACC   6   300.00000     0.71429    7
 656 ACC   7   310.00000     0.85714    7
 657 ACC   8   320.00000     0.28571    7
 658 ACC   9   330.00000     0.42857    7
 659 ACC  10   340.00000     0.71429    7
 660 ACC  11   350.00000     0.71429    7
 661 ACC  12   360.00000     0.85714    7
 662 ACC  13   370.00000     0.57143    7
 663 ACC  14   380.00000     1.00000    7
 664 ACC  15   390.00000     0.85714    7
 665  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 666  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 667  REMD synchro at      800000
 668          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 669  MIN ii_write=           1
 670  REMD gather times=   365.500000000000       0.000000000000000E+000
 671  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 672  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 673  NREP          16
 674 ACC   1   250.00000     0.62500    8
 675 ACC   2   260.00000     0.50000    8
 676 ACC   3   270.00000     0.75000    8
 677 ACC   4   280.00000     0.37500    8
 678 ACC   5   290.00000     0.50000    8
 679 ACC   6   300.00000     0.75000    8
 680 ACC   7   310.00000     0.87500    8
 681 ACC   8   320.00000     0.25000    8
 682 ACC   9   330.00000     0.50000    8
 683 ACC  10   340.00000     0.62500    8
 684 ACC  11   350.00000     0.75000    8
 685 ACC  12   360.00000     0.87500    8
 686 ACC  13   370.00000     0.62500    8
 687 ACC  14   380.00000     1.00000    8
 688 ACC  15   390.00000     0.87500    8
 689  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 690  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 691  REMD synchro at      900000
 692          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 693  MIN ii_write=           1
 694  REMD gather times=   414.050781250000       0.000000000000000E+000
 695  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 696  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 697  NREP          16
 698 ACC   1   250.00000     0.55556    9
 699 ACC   2   260.00000     0.55556    9
 700 ACC   3   270.00000     0.66667    9
 701 ACC   4   280.00000     0.33333    9
 702 ACC   5   290.00000     0.55556    9
 703 ACC   6   300.00000     0.77778    9
 704 ACC   7   310.00000     0.88889    9
 705 ACC   8   320.00000     0.22222    9
 706 ACC   9   330.00000     0.55556    9
 707 ACC  10   340.00000     0.66667    9
 708 ACC  11   350.00000     0.66667    9
 709 ACC  12   360.00000     0.88889    9
 710 ACC  13   370.00000     0.66667    9
 711 ACC  14   380.00000     1.00000    9
 712 ACC  15   390.00000     0.77778    9
 713  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 714  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 715  REMD synchro at     1000000
 716          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 717  MIN ii_write=           1
 718  writing restart at the end of run
 719
 720
 721 ===================================  Timing  ===================================
 722
 723                   MD calculations setup:    3.90625E-03
 724            Energy & gradient evaluation:    3.78219E+02
 725                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 726                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 727                                MD steps:    4.59512E+02
 728
 729
 730 ============================  End of MD calculation  ===========================
 731 CG processor   0 is finishing work.
 732  Total wall clock time   459.539062500000       sec