examples/unres/new/REMD/Berendsen/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_REMD.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_REMD.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scinter_GB.parm
   9  SCp potential file              : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scp.parm
  10  Electrostatic potential file    :
  11  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  12  Cumulant coefficient file       :
  13  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  14  Torsional parameter file        :
  15  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  16  Double torsional parameter file :
  17  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  18  SCCOR parameter file : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  19  Bond & inertia constant file    :
  20  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/bond_AM1.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 2.5 build 303
  34  compiled Mon Jul 23 17:44:56 2012
  35  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64
  38  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -g -ip -w -CB
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56  Start reading THETA_PDB
  57  End reading THETA_PDB
  58
  59 Potential is GB , exponents are   6 12
  60
  61 Disulfide bridge parameters:
  62 S-S bridge energy:      -5.50
  63 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  64 akth:     11.00 akct:     12.00
  65 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  66  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
  67       -45086
  68  ran_num  6.422640197456531E-013
  69 RMSDBC =        3.0
  70 RMSDBC1 =        0.5
  71 RMSDBC1MAX =        1.5
  72 DRMS    =        0.1
  73 RMSDBCM =        3.0
  74 Time limit (min):     960.0
  75  RESCALE_MODE           2
  76 Library  routine used to diagonalize matrices.
  77
  78 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  79
  80 The units are:
  81 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  82 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  83 energy: kcal/mol, temperature: K
  84
  85                                        Number of time steps:   1000000
  86                  Initial time step of numerical integration:   0.20000 natural units
  87                                                                9.78000 fs
  88 A-MTS algorithm used; initial time step for fast-varying short-range forces split into   1 steps.
  89 Short-range force cutoff 2.00 lambda 0.30
  90 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  10.00000
  91 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  92             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  93                                Frequency of property output:     10000
  94                              Frequency of coordinate output:     10000
  95 Berendsen bath calculation
  96                                                 Temperature: 300.00000
  97                                     Coupling constant (tau):   1.00000
  98 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
  99 Velocities will be reset at random every     10000 steps
 100
 101 ============================== End of MD run setup =============================
 102
 103  REMD setup
 104  NREP=           16
 105  NSTEX=       100000
 106  SYNC=  T
 107  NSYN=       100000
 108  TRAJCACHE=            1
 109  tlist   250.000000000000        260.000000000000        270.000000000000
 110    280.000000000000        290.000000000000        300.000000000000
 111    310.000000000000        320.000000000000        330.000000000000
 112    340.000000000000        350.000000000000        360.000000000000
 113    370.000000000000        380.000000000000        390.000000000000
 114    400.000000000000
 115  mlist           1           1           1           1           1           1
 116            1           1           1           1           1           1
 117            1           1           1           1
 118  Total number of replicas           16
 119
 120 ============================== End of REMD run setup =============================
 121
 122
 123 Energy-term weights (unscaled):
 124
 125 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 126 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 127 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 128 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 129 WBOND=    1.000000 (stretching)
 130 WANG=     0.629540 (bending)
 131 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 132 WTOR=     1.843160 (torsional)
 133 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 134 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 135 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 136 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 137 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 138 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 139 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 140 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 141 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 142 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 143
 144 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 145
 146 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 147 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 148
 149 Energy-term weights (scaled):
 150
 151 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 152 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 153 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 154 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 155 WBOND=    1.000000 (stretching)
 156 WANG=     0.629540 (bending)
 157 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 158 WTOR=     1.843160 (torsional)
 159 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 160 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 161 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 162 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 163 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 164 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 165 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 166 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 167 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 168 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 169  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 170  Parameters of the SS-bond potential:
 171  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 172    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 173  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 174    13.7000000000000
 175  EBR  -5.50000000000000
 176 PDB data will be read from file ../../../1L2Y.pdb
 177  Nres:    21
 178 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 179   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 180   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 181   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 182   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 183   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 184   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 185   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 186   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 187   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 188  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 189  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 190  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 191  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 192  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 193  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 194  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 195  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 196  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 197  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 198  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 199  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 200  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 201 nsup= 20 nstart_sup=  2
 202  ITEL
 203            1          21           0
 204            2          14           1
 205            3           5           1
 206            4           8           1
 207            5           4           1
 208            6          13           1
 209            7           7           1
 210            8           5           1
 211            9          19           1
 212           10          16           1
 213           11          10           1
 214           12          10           2
 215           13          20           1
 216           14          12           1
 217           15          12           1
 218           16          10           1
 219           17          18           2
 220           18          20           2
 221           19          20           2
 222           20          20           1
 223           21          12           0
 224  ns=           0  iss:
 225 Boundaries in phi angle sampling:
 226 D      1    -180.0     180.0
 227 ASN    2    -180.0     180.0
 228 LEU    3    -180.0     180.0
 229 TYR    4    -180.0     180.0
 230 ILE    5    -180.0     180.0
 231 GLN    6    -180.0     180.0
 232 TRP    7    -180.0     180.0
 233 LEU    8    -180.0     180.0
 234 LYS    9    -180.0     180.0
 235 ASP   10    -180.0     180.0
 236 GLY   11    -180.0     180.0
 237 GLY   12    -180.0     180.0
 238 PRO   13    -180.0     180.0
 239 SER   14    -180.0     180.0
 240 SER   15    -180.0     180.0
 241 GLY   16    -180.0     180.0
 242 ARG   17    -180.0     180.0
 243 PRO   18    -180.0     180.0
 244 PRO   19    -180.0     180.0
 245 PRO   20    -180.0     180.0
 246 SER   21    -180.0     180.0
 247 D     22    -180.0     180.0
 248 nsup= 20
 249  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 250  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 251  IZ_SC=           0
 252  Contact order:  0.308441558441558
 253  Shifting contacts:           2           2
 254            1  ILE            5  ASN            2
 255            2  TRP            7  TYR            4
 256            3  LEU            8  TYR            4
 257            4  LEU            8  ILE            5
 258            5  LYS            9  GLN            6
 259            6  GLY           12  TRP            7
 260            7  GLY           12  LEU            8
 261            8  SER           14  GLY           11
 262            9  SER           15  ASP           10
 263           10  SER           15  GLY           11
 264           11  PRO           19  TRP            7
 265           12  PRO           20  LEU            3
 266           13  PRO           20  TYR            4
 267           14  PRO           20  TRP            7
 268 Extended chain initial geometry.
 269
 270 Geometry of the virtual chain.
 271   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 272 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 273 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
 274 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
 275 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
 276 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
 277 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
 278 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
 279 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
 280 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
 281 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
 282 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 283 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 284 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 285 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 286 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 287 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 288 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
 289 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 290 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 291 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 292 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 293 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 294
 295
 296 ********************************************************************************
 297                     Processor   0: end reading molecular data.
 298 ********************************************************************************
 299
 300
 301 Replica exchange molecular dynamics (REMD) calculation.
 302
 303 ********************************************************************************
 304
 305  Calling chainbuild
 306  Calling REMD
 307  MREMD          16 time before  5.859375000000000E-002
 308  NREP=          16
 309  i2rep      1      2      3      4      5      6      7      8      9     10
 310      11     12     13     14     15     16
 311  i2set      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
 312       1      1      1      1      1      1
 313  i,j,il,il1,i_index(i,j,il,il1)
 314 ifirst   1
 315   nupa   1:   2
 316 ndowna   1:
 317   nupa   2:   3
 318 ndowna   2:   1
 319   nupa   3:   4
 320 ndowna   3:   2
 321   nupa   4:   5
 322 ndowna   4:   3
 323   nupa   5:   6
 324 ndowna   5:   4
 325   nupa   6:   7
 326 ndowna   6:   5
 327   nupa   7:   8
 328 ndowna   7:   6
 329   nupa   8:   9
 330 ndowna   8:   7
 331   nupa   9:  10
 332 ndowna   9:   8
 333   nupa  10:  11
 334 ndowna  10:   9
 335   nupa  11:  12
 336 ndowna  11:  10
 337   nupa  12:  13
 338 ndowna  12:  11
 339   nupa  13:  14
 340 ndowna  13:  12
 341   nupa  14:  15
 342 ndowna  14:  13
 343   nupa  15:  16
 344 ndowna  15:  14
 345   nupa  16:
 346 ndowna  16:  15
 347                                            REMD Temperature: 250.00000
 348 ====================MD calculation start====================
 349  Initial velocities randomly generated
 350  Initial velocities
 351   0   0.02069   0.05735  -0.16550      0.00000   0.00000   0.00000
 352   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 353   2  -0.32876  -0.20726  -0.00156     -0.06303  -0.02233   0.22619
 354   3   0.25246   0.18847   0.12917      0.23917   0.13789   0.08528
 355   4   0.09890  -0.10900   0.13430      0.09430  -0.08759   0.02991
 356   5   0.05293  -0.08192   0.07599      0.03541   0.02418  -0.13426
 357   6   0.01106   0.15012  -0.13429     -0.01486   0.10588  -0.15072
 358   7  -0.00922  -0.05032   0.03343     -0.17306   0.05869   0.04136
 359   8  -0.01642   0.12268  -0.04117      0.02116   0.09728   0.03398
 360   9  -0.24153  -0.01761   0.08700     -0.20570  -0.15587  -0.04194
 361  10   0.12837  -0.05524  -0.16763      0.18636  -0.14195  -0.15819
 362  11  -0.12912   0.12012  -0.00669      0.00000   0.00000   0.00000
 363  12   0.18024  -0.22147   0.01606      0.00000   0.00000   0.00000
 364  13  -0.13972   0.25567   0.06619      0.05987   0.13532   0.09181
 365  14   0.10136  -0.29158   0.14318     -0.02692  -0.08844   0.04927
 366  15   0.13268   0.09441  -0.21684     -0.12710   0.07259   0.06988
 367  16  -0.10926   0.13472   0.13695      0.00000   0.00000   0.00000
 368  17  -0.08222  -0.14474  -0.18471     -0.07262  -0.07774  -0.09353
 369  18   0.22036   0.08274   0.12819     -0.01893   0.09330   0.04480
 370  19  -0.13103  -0.06596  -0.26603     -0.11327  -0.06258  -0.02718
 371  20   0.26050   0.08237   0.51647      0.02143   0.14877   0.17591
 372  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.12529  -0.05874  -0.20044
 373  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 374  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 375  vcm right after adjustment:
 376   2.286804207044001E-017  1.061730524699000E-017 -3.266863152920001E-018
 377
 378
 379               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 380              X           Y           Z          X           Y           Z
 381 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 382 ASN(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.64779     0.96674     1.37044
 383 LEU(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     2.68687    -3.62474    -1.57795
 384 TYR(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.37548    -2.37399     2.02147
 385 ILE(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     6.58044    -7.43947    -1.44530
 386 GLN(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.19753    -6.31407     1.82291
 387 TRP(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000     9.90453   -11.16454    -2.11994
 388 LEU(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.02474   -10.28687     1.57795
 389 LYS(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    13.74127   -14.97033    -2.06786
 390 ASP( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.84553   -14.21890     1.39078
 391 GLY( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    19.00000   -19.00000     0.00000
 392 GLY( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.80000   -19.00000     0.00000
 393 PRO( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.02787   -22.67843    -1.09456
 394 SER( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.49606   -22.13981     0.93587
 395 SER( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    25.93981   -26.49606    -0.93587
 396 GLY( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.40000   -26.60000     0.00000
 397 ARG( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    28.66629   -30.12703    -2.45767
 398 PRO( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.07843   -29.62787     1.09456
 399 PRO( 19)    34.20000   -34.20000     0.00000    33.42787   -34.07843    -1.09456
 400 PRO( 20)    38.00000   -34.20000     0.00000    37.87843   -33.42787     1.09456
 401 SER( 21)    38.00000   -38.00000     0.00000    37.33981   -37.89606    -0.93587
 402 D  ( 22)    41.80000   -38.00000     0.00000    41.80000   -38.00000     0.00000
 403
 404 Geometry of the virtual chain.
 405   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 406 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 407 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
 408 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
 409 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
 410 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
 411 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
 412 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
 413 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
 414 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
 415 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
 416 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 417 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 418 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 419 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 420 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 421 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 422 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
 423 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 424 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 425 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 426 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 427 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 428  Potential energy and its components
 429
 430 Virtual-chain energies:
 431
 432 EVDW=     -1.947821E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 433 EVDW2=     2.387106E+01 WEIGHT=    1.233150D+00 (SC-p)
 434 EES=      -7.520330E+00 WEIGHT=    9.459849D-01 (p-p)
 435 EVDWPP=   -2.624923E+01 WEIGHT=    2.317300D-01 (p-p VDW)
 436 ESTR=      1.118676E+02 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 437 EBE=      -1.933948E+01 WEIGHT=    6.295400D-01 (bending)
 438 ESC=       8.868295E+01 WEIGHT=    1.055400D-01 (SC local)
 439 ETORS=     2.664535E-15 WEIGHT=    2.064020D+00 (torsional)
 440 ETORSD=   -2.547586E+00 WEIGHT=    1.555350D+00 (double torsional)
 441 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 442 ECORR4=   -4.501075E+00 WEIGHT=    2.541120D-01 (multi-body)
 443 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 444 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 445 EELLO=     2.197932E+01 WEIGHT=    4.590562D-01 (electrostatic-local)
 446 ETURN3=   -1.258124E+00 WEIGHT=    1.724339D+00 (turns, 3rd order)
 447 ETURN4=    9.498513E+00 WEIGHT=    8.554124D-01 (turns, 4th order)
 448 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 449 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 450 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 451 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 452 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 453 ETOT=      1.167531E+02 (total)
 454
 455 Initial:
 456            Kinetic energy   2.63515E+01
 457          potential energy   1.16753E+02
 458              total energy   1.43105E+02
 459
 460     maximum acceleration    4.85077E+00
 461
 462  Setup time  8.593750000000000E-002
 463 Velocities reset to random values, time             1999.80
 464 Velocities reset to random values, time             3999.80
 465 Velocities reset to random values, time             5999.80
 466 Velocities reset to random values, time             7999.80
 467 Velocities reset to random values, time             9999.80
 468 Velocities reset to random values, time            11999.80
 469 Velocities reset to random values, time            13999.80
 470 Velocities reset to random values, time            15999.80
 471 Velocities reset to random values, time            17999.80
 472 Velocities reset to random values, time            19999.80
 473  REMD synchro at      100000
 474          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 475  MIN ii_write=           1
 476  REMD gather times=   40.1953125000000       0.000000000000000E+000
 477  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 478  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
 479  NREP          16
 480 ACC   1   250.00000     1.00000    1
 481 ACC   2   260.00000     1.00000    1
 482 ACC   3   270.00000     0.00000    1
 483 ACC   4   280.00000     1.00000    1
 484 ACC   5   290.00000     0.00000    1
 485 ACC   6   300.00000     1.00000    1
 486 ACC   7   310.00000     1.00000    1
 487 ACC   8   320.00000     0.00000    1
 488 ACC   9   330.00000     0.00000    1
 489 ACC  10   340.00000     0.00000    1
 490 ACC  11   350.00000     1.00000    1
 491 ACC  12   360.00000     1.00000    1
 492 ACC  13   370.00000     1.00000    1
 493 ACC  14   380.00000     0.00000    1
 494 ACC  15   390.00000     1.00000    1
 495  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 496  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 497 Velocities reset to random values, time            21999.80
 498 Velocities reset to random values, time            23999.80
 499 Velocities reset to random values, time            25999.80
 500 Velocities reset to random values, time            27999.80
 501 Velocities reset to random values, time            29999.80
 502 Velocities reset to random values, time            31999.80
 503 Velocities reset to random values, time            33999.80
 504 Velocities reset to random values, time            35999.80
 505 Velocities reset to random values, time            37999.80
 506 Velocities reset to random values, time            39999.80
 507  REMD synchro at      200000
 508          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 509  MIN ii_write=           1
 510  REMD gather times=   82.0859375000000       0.000000000000000E+000
 511  REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
 512  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 513  NREP          16
 514 ACC   1   250.00000     0.50000    2
 515 ACC   2   260.00000     1.00000    2
 516 ACC   3   270.00000     0.50000    2
 517 ACC   4   280.00000     1.00000    2
 518 ACC   5   290.00000     0.50000    2
 519 ACC   6   300.00000     1.00000    2
 520 ACC   7   310.00000     0.50000    2
 521 ACC   8   320.00000     0.00000    2
 522 ACC   9   330.00000     0.50000    2
 523 ACC  10   340.00000     0.00000    2
 524 ACC  11   350.00000     1.00000    2
 525 ACC  12   360.00000     1.00000    2
 526 ACC  13   370.00000     1.00000    2
 527 ACC  14   380.00000     0.50000    2
 528 ACC  15   390.00000     1.00000    2
 529  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 530  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 531 Velocities reset to random values, time            41999.80
 532 Velocities reset to random values, time            43999.80
 533 Velocities reset to random values, time            45999.80
 534 Velocities reset to random values, time            47999.80
 535 Velocities reset to random values, time            49999.80
 536 Velocities reset to random values, time            51999.80
 537 Velocities reset to random values, time            53999.80
 538 Velocities reset to random values, time            55999.80
 539 Velocities reset to random values, time            57999.80
 540 Velocities reset to random values, time            59999.80
 541  REMD synchro at      300000
 542          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 543  MIN ii_write=           1
 544  REMD gather times=   122.914062500000       0.000000000000000E+000
 545  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 546  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
 547  NREP          16
 548 ACC   1   250.00000     0.33333    3
 549 ACC   2   260.00000     1.00000    3
 550 ACC   3   270.00000     0.66667    3
 551 ACC   4   280.00000     0.66667    3
 552 ACC   5   290.00000     0.66667    3
 553 ACC   6   300.00000     1.00000    3
 554 ACC   7   310.00000     0.33333    3
 555 ACC   8   320.00000     0.33333    3
 556 ACC   9   330.00000     0.33333    3
 557 ACC  10   340.00000     0.33333    3
 558 ACC  11   350.00000     1.00000    3
 559 ACC  12   360.00000     1.00000    3
 560 ACC  13   370.00000     1.00000    3
 561 ACC  14   380.00000     0.33333    3
 562 ACC  15   390.00000     1.00000    3
 563  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 564  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 565 Velocities reset to random values, time            61999.80
 566 Velocities reset to random values, time            63999.80
 567 Velocities reset to random values, time            65999.80
 568 Velocities reset to random values, time            67999.80
 569 Velocities reset to random values, time            69999.80
 570 Velocities reset to random values, time            71999.80
 571 Velocities reset to random values, time            73999.80
 572 Velocities reset to random values, time            75999.80
 573 Velocities reset to random values, time            77999.80
 574 Velocities reset to random values, time            79999.80
 575  REMD synchro at      400000
 576          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 577  MIN ii_write=           1
 578  REMD gather times=   164.542968750000       0.000000000000000E+000
 579  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 580  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 581  NREP          16
 582 ACC   1   250.00000     0.25000    4
 583 ACC   2   260.00000     1.00000    4
 584 ACC   3   270.00000     0.50000    4
 585 ACC   4   280.00000     0.50000    4
 586 ACC   5   290.00000     0.75000    4
 587 ACC   6   300.00000     1.00000    4
 588 ACC   7   310.00000     0.50000    4
 589 ACC   8   320.00000     0.25000    4
 590 ACC   9   330.00000     0.25000    4
 591 ACC  10   340.00000     0.50000    4
 592 ACC  11   350.00000     1.00000    4
 593 ACC  12   360.00000     1.00000    4
 594 ACC  13   370.00000     0.75000    4
 595 ACC  14   380.00000     0.50000    4
 596 ACC  15   390.00000     1.00000    4
 597  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 598  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 599 Velocities reset to random values, time            81999.80
 600 Velocities reset to random values, time            83999.80
 601 Velocities reset to random values, time            85999.80
 602 Velocities reset to random values, time            87999.80
 603 Velocities reset to random values, time            89999.80
 604 Velocities reset to random values, time            91999.80
 605 Velocities reset to random values, time            93999.80
 606 Velocities reset to random values, time            95999.80
 607 Velocities reset to random values, time            97999.80
 608 Velocities reset to random values, time            99999.80
 609  REMD synchro at      500000
 610          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 611  MIN ii_write=           1
 612  REMD gather times=   205.507812500000       0.000000000000000E+000
 613  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 614  REMD writing traj time=  1.171875000000000E-002
 615  NREP          16
 616 ACC   1   250.00000     0.40000    5
 617 ACC   2   260.00000     1.00000    5
 618 ACC   3   270.00000     0.40000    5
 619 ACC   4   280.00000     0.60000    5
 620 ACC   5   290.00000     0.60000    5
 621 ACC   6   300.00000     0.80000    5
 622 ACC   7   310.00000     0.60000    5
 623 ACC   8   320.00000     0.40000    5
 624 ACC   9   330.00000     0.40000    5
 625 ACC  10   340.00000     0.40000    5
 626 ACC  11   350.00000     1.00000    5
 627 ACC  12   360.00000     1.00000    5
 628 ACC  13   370.00000     0.80000    5
 629 ACC  14   380.00000     0.60000    5
 630 ACC  15   390.00000     1.00000    5
 631  REMD scatter time=  3.906250000000000E-003
 632  REMD exchange time=  1.953125000000000E-002
 633 Velocities reset to random values, time           101999.80
 634 Velocities reset to random values, time           103999.80
 635 Velocities reset to random values, time           105999.80
 636 Velocities reset to random values, time           107999.80
 637 Velocities reset to random values, time           109999.80
 638 Velocities reset to random values, time           111999.80
 639 Velocities reset to random values, time           113999.80
 640 Velocities reset to random values, time           115999.80
 641 Velocities reset to random values, time           117999.80
 642 Velocities reset to random values, time           119999.80
 643  REMD synchro at      600000
 644          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 645  MIN ii_write=           1
 646  REMD gather times=   246.343750000000       0.000000000000000E+000
 647  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 648  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 649  NREP          16
 650 ACC   1   250.00000     0.50000    6
 651 ACC   2   260.00000     0.83333    6
 652 ACC   3   270.00000     0.50000    6
 653 ACC   4   280.00000     0.66667    6
 654 ACC   5   290.00000     0.50000    6
 655 ACC   6   300.00000     0.66667    6
 656 ACC   7   310.00000     0.50000    6
 657 ACC   8   320.00000     0.50000    6
 658 ACC   9   330.00000     0.50000    6
 659 ACC  10   340.00000     0.50000    6
 660 ACC  11   350.00000     1.00000    6
 661 ACC  12   360.00000     0.83333    6
 662 ACC  13   370.00000     0.83333    6
 663 ACC  14   380.00000     0.50000    6
 664 ACC  15   390.00000     1.00000    6
 665  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 666  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 667 Velocities reset to random values, time           121999.80
 668 Velocities reset to random values, time           123999.80
 669 Velocities reset to random values, time           125999.80
 670 Velocities reset to random values, time           127999.80
 671 Velocities reset to random values, time           129999.80
 672 Velocities reset to random values, time           131999.80
 673 Velocities reset to random values, time           133999.80
 674 Velocities reset to random values, time           135999.80
 675 Velocities reset to random values, time           137999.80
 676 Velocities reset to random values, time           139999.80
 677  REMD synchro at      700000
 678          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 679  MIN ii_write=           1
 680  REMD gather times=   287.054687500000       0.000000000000000E+000
 681  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 682  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 683  NREP          16
 684 ACC   1   250.00000     0.57143    7
 685 ACC   2   260.00000     0.71429    7
 686 ACC   3   270.00000     0.57143    7
 687 ACC   4   280.00000     0.71429    7
 688 ACC   5   290.00000     0.57143    7
 689 ACC   6   300.00000     0.57143    7
 690 ACC   7   310.00000     0.57143    7
 691 ACC   8   320.00000     0.42857    7
 692 ACC   9   330.00000     0.57143    7
 693 ACC  10   340.00000     0.57143    7
 694 ACC  11   350.00000     0.85714    7
 695 ACC  12   360.00000     0.85714    7
 696 ACC  13   370.00000     0.85714    7
 697 ACC  14   380.00000     0.57143    7
 698 ACC  15   390.00000     1.00000    7
 699  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 700  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 701 Velocities reset to random values, time           141999.80
 702 Velocities reset to random values, time           143999.80
 703 Velocities reset to random values, time           145999.80
 704 Velocities reset to random values, time           147999.80
 705 Velocities reset to random values, time           149999.80
 706 Velocities reset to random values, time           151999.80
 707 Velocities reset to random values, time           153999.80
 708 Velocities reset to random values, time           155999.80
 709 Velocities reset to random values, time           157999.80
 710 Velocities reset to random values, time           159999.80
 711  REMD synchro at      800000
 712          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 713  MIN ii_write=           1
 714  REMD gather times=   327.578125000000       0.000000000000000E+000
 715  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 716  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
 717  NREP          16
 718 ACC   1   250.00000     0.62500    8
 719 ACC   2   260.00000     0.62500    8
 720 ACC   3   270.00000     0.50000    8
 721 ACC   4   280.00000     0.75000    8
 722 ACC   5   290.00000     0.50000    8
 723 ACC   6   300.00000     0.50000    8
 724 ACC   7   310.00000     0.62500    8
 725 ACC   8   320.00000     0.37500    8
 726 ACC   9   330.00000     0.62500    8
 727 ACC  10   340.00000     0.62500    8
 728 ACC  11   350.00000     0.75000    8
 729 ACC  12   360.00000     0.87500    8
 730 ACC  13   370.00000     0.87500    8
 731 ACC  14   380.00000     0.62500    8
 732 ACC  15   390.00000     1.00000    8
 733  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 734  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 735 Velocities reset to random values, time           161999.80
 736 Velocities reset to random values, time           163999.80
 737 Velocities reset to random values, time           165999.80
 738 Velocities reset to random values, time           167999.80
 739 Velocities reset to random values, time           169999.80
 740 Velocities reset to random values, time           171999.80
 741 Velocities reset to random values, time           173999.80
 742 Velocities reset to random values, time           175999.80
 743 Velocities reset to random values, time           177999.80
 744 Velocities reset to random values, time           179999.80
 745  REMD synchro at      900000
 746          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 747  MIN ii_write=           1
 748  REMD gather times=   368.445312500000       0.000000000000000E+000
 749  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 750  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
 751  NREP          16
 752 ACC   1   250.00000     0.66667    9
 753 ACC   2   260.00000     0.66667    9
 754 ACC   3   270.00000     0.55556    9
 755 ACC   4   280.00000     0.66667    9
 756 ACC   5   290.00000     0.55556    9
 757 ACC   6   300.00000     0.44444    9
 758 ACC   7   310.00000     0.66667    9
 759 ACC   8   320.00000     0.33333    9
 760 ACC   9   330.00000     0.66667    9
 761 ACC  10   340.00000     0.66667    9
 762 ACC  11   350.00000     0.77778    9
 763 ACC  12   360.00000     0.77778    9
 764 ACC  13   370.00000     0.88889    9
 765 ACC  14   380.00000     0.66667    9
 766 ACC  15   390.00000     1.00000    9
 767  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 768  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
 769 Velocities reset to random values, time           181999.80
 770 Velocities reset to random values, time           183999.80
 771 Velocities reset to random values, time           185999.80
 772 Velocities reset to random values, time           187999.80
 773 Velocities reset to random values, time           189999.80
 774 Velocities reset to random values, time           191999.80
 775 Velocities reset to random values, time           193999.80
 776 Velocities reset to random values, time           195999.80
 777 Velocities reset to random values, time           197999.80
 778 Velocities reset to random values, time           199999.80
 779  REMD synchro at     1000000
 780          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 781  MIN ii_write=           1
 782  writing restart at the end of run
 783
 784
 785 ===================================  Timing  ===================================
 786
 787                   MD calculations setup:    2.34375E-02
 788            Energy & gradient evaluation:    3.69984E+02
 789                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 790                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 791                                MD steps:    4.09125E+02
 792
 793
 794 ============================  End of MD calculation  ===========================
 795 CG processor   0 is finishing work.
 796  Total wall clock time   409.210937500000       sec