examples/unres/new/MULTCONF/cx/1bdd_min.out_GB001

   1 ********************************************************************************
   2 United-residue force field calculation - parallel job.
   3 ********************************************************************************
   4  MPI: node=            1  iseed(4)=            0           0         -93
   5       -24637
   6  ran_num  6.422640197456531E-013
   7 RMSDBC =        3.0
   8 RMSDBC1 =        0.5
   9 RMSDBC1MAX =        1.5
  10 DRMS    =        0.1
  11 RMSDBCM =        3.0
  12 Time limit (min):     960.0
  13  RESCALE_MODE           0
  14 Library  routine used to diagonalize matrices.
  15
  16 ********************************************************************************
  17                     Options in energy minimization:
  18 ********************************************************************************
  19 MaxMin: 2000 MaxFun: 3000MinMin: 2000 MinFun: 2000 TolF:   1.00000E-02 RTolF:   1.00000E-04
  20
  21 Energy-term weights (unscaled):
  22
  23 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
  24 WSCP=     1.233150 (SC-p)
  25 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
  26 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
  27 WBOND=    1.000000 (stretching)
  28 WANG=     0.629540 (bending)
  29 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
  30 WTOR=     1.843160 (torsional)
  31 WTORD=    1.265710 (double torsional)
  32 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  33 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
  34 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
  35 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
  36 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
  37 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
  38 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
  39 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
  40 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
  41
  42 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
  43
  44 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
  45 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
  46
  47 Energy-term weights (scaled):
  48
  49 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
  50 WSCP=     1.233150 (SC-p)
  51 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
  52 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
  53 WBOND=    1.000000 (stretching)
  54 WANG=     0.629540 (bending)
  55 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
  56 WTOR=     1.843160 (torsional)
  57 WTORD=    1.265710 (double torsional)
  58 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  59 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
  60 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
  61 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
  62 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
  63 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
  64 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
  65 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
  66 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
  67  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
  68  Parameters of the SS-bond potential:
  69  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
  70    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
  71  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
  72    13.7000000000000
  73  EBR  -5.50000000000000       SS_DEPTH  -6.90133843152500
  74   HT  0.000000000000000E+000
  75 PDB data will be read from file 1bdd_cut.pdb
  76  Nres:    47
  77 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
  78   1 21  D    -9.037   1.374   0.684       -9.037   1.374   0.684
  79   2 13  GLN  -6.150   3.311  -0.830       -8.216   4.218   1.115
  80   3 13  GLN  -6.983   3.138  -4.533       -9.723   2.679  -5.065
  81   4 14  ASN  -4.096   5.075  -6.047       -3.933   6.803  -4.537
  82   5  9  ALA  -1.909   4.093  -3.114       -2.122   4.131  -2.380
  83   6  3  PHE  -2.476   0.381  -3.593       -3.527  -2.101  -4.773
  84   7  8  TYR  -1.446   0.335  -7.222       -4.423   0.048  -8.652
  85   8 15  GLU   1.576   2.289  -5.964        2.947   3.831  -5.825
  86   9  4  ILE   2.937   0.312  -2.977        1.368   0.298  -1.018
  87  10  5  LEU   3.001  -2.554  -5.476        1.340  -3.917  -4.666
  88  11 17  HIS   6.042  -1.069  -7.149        4.378  -0.733  -9.129
  89  12  5  LEU   8.542   0.060  -4.457        7.366   1.162  -2.148
  90  13 20  PRO  11.663  -1.319  -6.298       11.482  -0.037  -6.947
  91  14 14  ASN  13.843  -1.100  -3.184       14.654   1.278  -3.318
  92  15  5  LEU  12.220  -3.773  -0.899       11.439  -1.599  -0.070
  93  16 14  ASN  11.123  -7.357  -1.260       12.109  -7.893   0.858
  94  17 15  GLU   7.496  -8.222  -1.648        6.626  -8.024  -4.188
  95  18 15  GLU   7.436 -10.775   1.140        8.246 -11.649   3.198
  96  19 13  GLN   7.289  -8.009   3.731        8.509  -6.842   6.287
  97  20 18  ARG   5.626  -5.483   1.468        5.802  -4.425  -2.402
  98  21 14  ASN   3.088  -7.920   0.088        2.246 -10.148  -0.891
  99  22 10  GLY   2.553  -8.389   3.799        2.553  -8.389   3.799
 100  23  3  PHE   0.908  -5.040   4.525        3.059  -3.226   3.181
 101  24  4  ILE  -1.183  -5.190   1.445        0.232  -4.826  -0.514
 102  25 13  GLN  -1.794  -8.845   2.026       -0.582 -11.489   3.226
 103  26 12  SER  -4.146  -7.304   4.498       -4.162  -6.923   5.664
 104  27  5  LEU  -5.396  -4.722   1.969       -5.088  -3.248  -0.574
 105  28 19  LYS  -6.884  -7.417  -0.262       -4.632  -7.956  -1.645
 106  29 16  ASP  -7.787  -9.895   2.475       -7.525 -11.243   3.820
 107  30 16  ASP  -9.182  -7.070   4.582       -9.526  -7.933   6.274
 108  31 20  PRO  -9.596  -3.784   2.647      -10.380  -4.704   1.851
 109  32 12  SER -10.532  -2.044   5.900      -10.255  -2.680   6.911
 110  33 13  GLN  -7.350  -0.217   6.936       -7.334  -1.210  10.005
 111  34 12  SER  -5.527  -0.723   3.637       -6.265  -0.433   2.722
 112  35  9  ALA  -4.719   2.974   3.703       -5.245   3.510   3.853
 113  36 14  ASN  -2.954   2.862   7.042       -2.729   1.890   9.423
 114  37  5  LEU  -0.654   0.038   5.955       -2.438  -2.064   5.937
 115  38  5  LEU   0.240   2.128   2.973       -0.779   4.547   1.649
 116  39  9  ALA   1.709   4.648   5.372        1.341   4.958   5.971
 117  40 15  GLU   3.775   1.896   6.960        3.359   1.167   9.039
 118  41  9  ALA   5.165   0.952   3.545        4.756   0.777   2.925
 119  42 19  LYS   6.358   4.302   2.250        4.614   4.476   0.569
 120  43 19  LYS   8.072   4.365   5.616        6.971   4.867   8.311
 121  44  5  LEU   9.756   0.995   5.128        8.946  -1.391   3.595
 122  45 14  ASN  10.771   2.299   1.706       10.392   3.082  -0.667
 123  46 16  ASP  12.013   5.820   2.403       10.666   7.199   2.349
 124  47  9  ALA  14.328   4.186   4.917       14.091   3.787   5.529
 125  48 21  D    15.570   7.707   5.614       15.570   7.707   5.614
 126 nsup= 46 nstart_sup=  2
 127  ITEL
 128            1          21           0
 129            2          13           1
 130            3          13           1
 131            4          14           1
 132            5           9           1
 133            6           3           1
 134            7           8           1
 135            8          15           1
 136            9           4           1
 137           10           5           1
 138           11          17           1
 139           12           5           2
 140           13          20           1
 141           14          14           1
 142           15           5           1
 143           16          14           1
 144           17          15           1
 145           18          15           1
 146           19          13           1
 147           20          18           1
 148           21          14           1
 149           22          10           1
 150           23           3           1
 151           24           4           1
 152           25          13           1
 153           26          12           1
 154           27           5           1
 155           28          19           1
 156           29          16           1
 157           30          16           2
 158           31          20           1
 159           32          12           1
 160           33          13           1
 161           34          12           1
 162           35           9           1
 163           36          14           1
 164           37           5           1
 165           38           5           1
 166           39           9           1
 167           40          15           1
 168           41           9           1
 169           42          19           1
 170           43          19           1
 171           44           5           1
 172           45          14           1
 173           46          16           1
 174           47           9           0
 175  ns=           0  iss:
 176 nsup= 46
 177  nsup=          46  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 178  NZ_START=           2  NZ_END=          47
 179  IZ_SC=           0
 180  Contact order:  0.319767441860465
 181  Shifting contacts:           2           2
 182            1  ILE            9  ALA            5
 183            2  LEU           10  PHE            6
 184            3  LEU           12  ILE            9
 185            4  LEU           15  LEU           12
 186            5  ARG           20  LEU           10
 187            6  ARG           20  LEU           12
 188            7  ARG           20  GLU           17
 189            8  PHE           23  ILE            9
 190            9  ILE           24  PHE            6
 191           10  ILE           24  ILE            9
 192           11  ILE           24  LEU           10
 193           12  ILE           24  ASN           21
 194           13  GLN           25  ASN           21
 195           14  GLN           25  GLY           22
 196           15  LEU           27  PHE            6
 197           16  LEU           27  ILE           24
 198           17  LYS           28  ILE           24
 199           18  ASP           30  SER           26
 200           19  PRO           31  LEU           27
 201           20  SER           34  GLN            2
 202           21  SER           34  LEU           27
 203           22  ALA           35  GLN            2
 204           23  LEU           37  PHE           23
 205           24  LEU           37  SER           26
 206           25  LEU           37  SER           34
 207           26  LEU           38  ALA            5
 208           27  LEU           38  ILE            9
 209           28  LEU           38  ALA           35
 210           29  ALA           41  ILE            9
 211           30  ALA           41  LEU           12
 212           31  ALA           41  PHE           23
 213           32  LYS           42  ILE            9
 214           33  LYS           42  LEU           12
 215           34  LYS           42  LEU           38
 216           35  LYS           43  GLU           40
 217           36  LEU           44  LEU           12
 218           37  LEU           44  LEU           15
 219           38  LEU           44  GLN           19
 220           39  LEU           44  PHE           23
 221           40  LEU           44  ALA           41
 222           41  ASN           45  LEU           12
 223           42  ASN           45  ASN           14
 224           43  ASN           45  LEU           15
 225 intinname
 226 md_MD000.cx
 227
 228 Geometry of the virtual chain.
 229   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 230 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 231 GLN   2     3.800     0.000     0.000     2.240    83.877   137.285
 232 GLN   3     3.800   101.476     0.000     2.240   155.120  -121.707
 233 ASN   4     3.800   101.476  -180.000     1.684    82.734   -67.773
 234 ALA   5     3.800    89.885    27.538     0.743   120.783   -69.451
 235 PHE   6     3.800    94.000    55.552     2.299   118.022   -19.522
 236 TYR   7     3.800    95.324    53.524     2.484   135.940  -141.564
 237 GLU   8     3.800    83.843    48.717     2.254   148.452    -4.024
 238 ILE   9     3.800   105.923    49.796     1.776   127.418   -97.070
 239 LEU  10     3.800    83.256    54.279     1.939   146.604   169.792
 240 HIS  11     3.800    90.477    74.743     2.113   132.470  -149.462
 241 LEU  12     3.800   109.216    44.506     1.939   161.587  -163.766
 242 PRO  13     3.800    94.965   137.220     1.345    97.711  -114.212
 243 ASN  14     3.800    92.986  -164.275     1.684   143.427  -132.439
 244 LEU  15     3.800   101.706    66.969     1.939   132.566  -140.953
 245 ASN  16     3.800   136.255    48.739     1.684   116.830  -106.071
 246 GLU  17     3.800   120.757  -103.050     2.254   147.419  -115.812
 247 GLU  18     3.800    95.442  -128.124     2.254   113.970   -23.641
 248 GLN  19     3.800    90.683    78.256     2.240   158.672   -40.055
 249 ARG  20     3.800    95.479    26.917     3.020   115.434   -48.146
 250 ASN  21     3.800    94.773    44.989     1.684   137.596   -36.070
 251 GLY  22     3.800    79.427    52.688     0.000     0.000     0.000
 252 PHE  23     3.800    98.019    70.706     2.299    97.742   -86.908
 253 ILE  24     3.800    92.838    42.055     1.776   119.493   -91.487
 254 GLN  25     3.800    90.149    40.581     2.240   138.086   -55.534
 255 SER  26     3.800    78.670    77.674     1.150   148.569   -62.492
 256 LEU  27     3.800    92.671    44.556     1.939   123.258   -35.348
 257 LYS  28     3.800    92.143    64.160     2.541   114.825  -103.608
 258 ASP  29     3.800    97.618    31.595     1.709   141.936   -31.396
 259 ASP  30     3.800    90.104    44.188     1.709   159.160   170.142
 260 PRO  31     3.800   113.440    12.176     1.345   107.106  -128.507
 261 SER  32     3.800    89.257  -173.525     1.150   101.671   -68.133
 262 GLN  33     3.800   104.245   101.098     2.240   131.979  -127.193
 263 SER  34     3.800    95.773    11.523     1.150    99.585   -71.961
 264 ALA  35     3.800    87.549   131.241     0.743   121.678   -72.755
 265 ASN  36     3.800    94.944    57.485     1.684   125.435   -37.673
 266 LEU  37     3.800    92.979    52.475     1.939   121.332  -109.635
 267 LEU  38     3.800    87.569    52.620     1.939   114.841   -46.690
 268 ALA  39     3.800    87.678    63.607     0.743   124.598   -72.408
 269 GLU  40     3.800    89.638    52.500     2.254   161.981  -132.404
 270 ALA  41     3.800    90.185    53.602     0.743   122.815   -67.567
 271 LYS  42     3.800   101.689    51.099     2.541   132.089  -153.524
 272 LYS  43     3.800    81.541    51.111     2.541   142.418   -76.175
 273 LEU  44     3.800    94.122    53.199     1.939   111.893   -51.952
 274 ASN  45     3.800    85.967    47.640     1.684   133.332   -31.438
 275 ASP  46     3.800   103.898    45.050     1.709   143.683  -113.815
 276 ALA  47     3.800    85.512    54.380     0.743   132.951    82.596
 277 D    48     3.800    85.512  -180.000     0.000     0.000     0.000
 278
 279
 280 ********************************************************************************
 281                     Processor   1: end reading molecular data.
 282 ********************************************************************************
 283
 284
 285 Energy minimization of multiple conformations calculation.
 286
 287 Conformations will be energy-minimized.
 288 ********************************************************************************
 289
 290 CG processor   1 is finishing work.
 291  Total wall clock time   3.62109375000000       sec