examples/unres/new/MREMD/ff_1l2y/1L2Y_MREMD.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_MREMD.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_MREMD.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scinter_GB.parm
   9  SCp potential file              : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scp.parm
  10  Electrostatic potential file    :
  11  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  12  Cumulant coefficient file       :
  13  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  14  Torsional parameter file        :
  15  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  16  Double torsional parameter file :
  17  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  18  SCCOR parameter file : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  19  Bond & inertia constant file    :
  20  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/bond_AM1.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 2.5 build 303
  34  compiled Mon Jul 23 17:44:56 2012
  35  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64
  38  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -g -ip -w -CB
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56  Start reading THETA_PDB
  57  End reading THETA_PDB
  58
  59 Potential is GB , exponents are   6 12
  60
  61 Disulfide bridge parameters:
  62 S-S bridge energy:      -5.50
  63 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  64 akth:     11.00 akct:     12.00
  65 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  66  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
  67       -45086
  68  ran_num  6.422640197456531E-013
  69 RMSDBC =        3.0
  70 RMSDBC1 =        0.5
  71 RMSDBC1MAX =        1.5
  72 DRMS    =        0.1
  73 RMSDBCM =        3.0
  74 Time limit (min):     960.0
  75  RESCALE_MODE           2
  76 Library  routine used to diagonalize matrices.
  77
  78 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  79
  80 The units are:
  81 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  82 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  83 energy: kcal/mol, temperature: K
  84
  85                                        Number of time steps:   1000000
  86                  Initial time step of numerical integration:   0.20000 natural units
  87                                                                9.78000 fs
  88 A-MTS algorithm used; initial time step for fast-varying short-range forces split into   1 steps.
  89 Short-range force cutoff 2.00 lambda 0.30
  90 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  10.00000
  91 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  92             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  93                                Frequency of property output:     10000
  94                              Frequency of coordinate output:     10000
  95 Berendsen bath calculation
  96                                                 Temperature: 300.00000
  97                                     Coupling constant (tau):   1.00000
  98 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
  99 Velocities will be reset at random every     10000 steps
 100
 101 ============================== End of MD run setup =============================
 102
 103  REMD setup
 104  NREP=           16
 105  NSTEX=       100000
 106  SYNC=  T
 107  NSYN=       100000
 108  TRAJCACHE=            1
 109  tlist   250.000000000000        260.000000000000        270.000000000000
 110    280.000000000000        290.000000000000        300.000000000000
 111    310.000000000000        320.000000000000        330.000000000000
 112    340.000000000000        350.000000000000        360.000000000000
 113    370.000000000000        380.000000000000        390.000000000000
 114    400.000000000000
 115  mlist           2           2           2           2           2           2
 116            2           2           2           2           2           2
 117            2           2           2           2
 118  Total number of replicas           32
 119
 120 ============================== End of REMD run setup =============================
 121
 122
 123 Energy-term weights (unscaled):
 124
 125 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 126 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 127 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 128 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 129 WBOND=    1.000000 (stretching)
 130 WANG=     0.629540 (bending)
 131 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 132 WTOR=     1.843160 (torsional)
 133 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 134 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 135 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 136 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 137 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 138 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 139 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 140 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 141 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 142 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 143
 144 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 145
 146 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 147 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 148
 149 Energy-term weights (scaled):
 150
 151 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 152 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 153 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 154 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 155 WBOND=    1.000000 (stretching)
 156 WANG=     0.629540 (bending)
 157 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 158 WTOR=     1.843160 (torsional)
 159 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 160 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 161 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 162 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 163 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 164 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 165 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 166 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 167 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 168 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 169  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 170  Parameters of the SS-bond potential:
 171  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 172    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 173  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 174    13.7000000000000
 175  EBR  -5.50000000000000
 176 PDB data will be read from file ../../1L2Y.pdb
 177  Nres:    21
 178 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 179   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 180   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 181   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 182   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 183   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 184   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 185   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 186   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 187   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 188  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 189  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 190  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 191  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 192  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 193  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 194  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 195  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 196  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 197  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 198  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 199  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 200  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 201 nsup= 20 nstart_sup=  2
 202  ITEL
 203            1          21           0
 204            2          14           1
 205            3           5           1
 206            4           8           1
 207            5           4           1
 208            6          13           1
 209            7           7           1
 210            8           5           1
 211            9          19           1
 212           10          16           1
 213           11          10           1
 214           12          10           2
 215           13          20           1
 216           14          12           1
 217           15          12           1
 218           16          10           1
 219           17          18           2
 220           18          20           2
 221           19          20           2
 222           20          20           1
 223           21          12           0
 224  ns=           0  iss:
 225 Boundaries in phi angle sampling:
 226 D      1    -180.0     180.0
 227 ASN    2    -180.0     180.0
 228 LEU    3    -180.0     180.0
 229 TYR    4    -180.0     180.0
 230 ILE    5    -180.0     180.0
 231 GLN    6    -180.0     180.0
 232 TRP    7    -180.0     180.0
 233 LEU    8    -180.0     180.0
 234 LYS    9    -180.0     180.0
 235 ASP   10    -180.0     180.0
 236 GLY   11    -180.0     180.0
 237 GLY   12    -180.0     180.0
 238 PRO   13    -180.0     180.0
 239 SER   14    -180.0     180.0
 240 SER   15    -180.0     180.0
 241 GLY   16    -180.0     180.0
 242 ARG   17    -180.0     180.0
 243 PRO   18    -180.0     180.0
 244 PRO   19    -180.0     180.0
 245 PRO   20    -180.0     180.0
 246 SER   21    -180.0     180.0
 247 D     22    -180.0     180.0
 248 nsup= 20
 249  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 250  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 251  IZ_SC=           0
 252  Contact order:  0.308441558441558
 253  Shifting contacts:           2           2
 254            1  ILE            5  ASN            2
 255            2  TRP            7  TYR            4
 256            3  LEU            8  TYR            4
 257            4  LEU            8  ILE            5
 258            5  LYS            9  GLN            6
 259            6  GLY           12  TRP            7
 260            7  GLY           12  LEU            8
 261            8  SER           14  GLY           11
 262            9  SER           15  ASP           10
 263           10  SER           15  GLY           11
 264           11  PRO           19  TRP            7
 265           12  PRO           20  LEU            3
 266           13  PRO           20  TYR            4
 267           14  PRO           20  TRP            7
 268 Extended chain initial geometry.
 269
 270 Geometry of the virtual chain.
 271   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 272 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 273 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
 274 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
 275 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
 276 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
 277 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
 278 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
 279 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
 280 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
 281 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
 282 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 283 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 284 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 285 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 286 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 287 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 288 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
 289 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 290 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 291 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 292 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 293 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 294
 295
 296 ********************************************************************************
 297                     Processor   0: end reading molecular data.
 298 ********************************************************************************
 299
 300
 301 Replica exchange molecular dynamics (REMD) calculation.
 302
 303 ********************************************************************************
 304
 305  Calling chainbuild
 306  Calling REMD
 307  MREMD          32 time before  1.562500000000000E-002
 308  NREP=          16
 309  i2rep      1      1      2      2      3      3      4      4      5      5
 310       6      6      7      7      8      8      9      9     10     10     11
 311      11     12     12     13     13     14     14     15     15     16     16
 312  i2set      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
 313       1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
 314       1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
 315  i,j,il,il1,i_index(i,j,il,il1)
 316 ifirst   1   2
 317   nupa   1:   3   4
 318 ndowna   1:
 319   nupa   2:   3   4
 320 ndowna   2:
 321   nupa   3:   5   6
 322 ndowna   3:   1   2
 323   nupa   4:   5   6
 324 ndowna   4:   1   2
 325   nupa   5:   7   8
 326 ndowna   5:   3   4
 327   nupa   6:   7   8
 328 ndowna   6:   3   4
 329   nupa   7:   9  10
 330 ndowna   7:   5   6
 331   nupa   8:   9  10
 332 ndowna   8:   5   6
 333   nupa   9:  11  12
 334 ndowna   9:   7   8
 335   nupa  10:  11  12
 336 ndowna  10:   7   8
 337   nupa  11:  13  14
 338 ndowna  11:   9  10
 339   nupa  12:  13  14
 340 ndowna  12:   9  10
 341   nupa  13:  15  16
 342 ndowna  13:  11  12
 343   nupa  14:  15  16
 344 ndowna  14:  11  12
 345   nupa  15:  17  18
 346 ndowna  15:  13  14
 347   nupa  16:  17  18
 348 ndowna  16:  13  14
 349   nupa  17:  19  20
 350 ndowna  17:  15  16
 351   nupa  18:  19  20
 352 ndowna  18:  15  16
 353   nupa  19:  21  22
 354 ndowna  19:  17  18
 355   nupa  20:  21  22
 356 ndowna  20:  17  18
 357   nupa  21:  23  24
 358 ndowna  21:  19  20
 359   nupa  22:  23  24
 360 ndowna  22:  19  20
 361   nupa  23:  25  26
 362 ndowna  23:  21  22
 363   nupa  24:  25  26
 364 ndowna  24:  21  22
 365   nupa  25:  27  28
 366 ndowna  25:  23  24
 367   nupa  26:  27  28
 368 ndowna  26:  23  24
 369   nupa  27:  29  30
 370 ndowna  27:  25  26
 371   nupa  28:  29  30
 372 ndowna  28:  25  26
 373   nupa  29:  31  32
 374 ndowna  29:  27  28
 375   nupa  30:  31  32
 376 ndowna  30:  27  28
 377   nupa  31:
 378 ndowna  31:  29  30
 379   nupa  32:
 380 ndowna  32:  29  30
 381                                            REMD Temperature: 250.00000
 382 ====================MD calculation start====================
 383  Initial velocities randomly generated
 384  Initial velocities
 385   0   0.02069   0.05735  -0.16550      0.00000   0.00000   0.00000
 386   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 387   2  -0.32876  -0.20726  -0.00156     -0.06303  -0.02233   0.22619
 388   3   0.25246   0.18847   0.12917      0.23917   0.13789   0.08528
 389   4   0.09890  -0.10900   0.13430      0.09430  -0.08759   0.02991
 390   5   0.05293  -0.08192   0.07599      0.03541   0.02418  -0.13426
 391   6   0.01106   0.15012  -0.13429     -0.01486   0.10588  -0.15072
 392   7  -0.00922  -0.05032   0.03343     -0.17306   0.05869   0.04136
 393   8  -0.01642   0.12268  -0.04117      0.02116   0.09728   0.03398
 394   9  -0.24153  -0.01761   0.08700     -0.20570  -0.15587  -0.04194
 395  10   0.12837  -0.05524  -0.16763      0.18636  -0.14195  -0.15819
 396  11  -0.12912   0.12012  -0.00669      0.00000   0.00000   0.00000
 397  12   0.18024  -0.22147   0.01606      0.00000   0.00000   0.00000
 398  13  -0.13972   0.25567   0.06619      0.05987   0.13532   0.09181
 399  14   0.10136  -0.29158   0.14318     -0.02692  -0.08844   0.04927
 400  15   0.13268   0.09441  -0.21684     -0.12710   0.07259   0.06988
 401  16  -0.10926   0.13472   0.13695      0.00000   0.00000   0.00000
 402  17  -0.08222  -0.14474  -0.18471     -0.07262  -0.07774  -0.09353
 403  18   0.22036   0.08274   0.12819     -0.01893   0.09330   0.04480
 404  19  -0.13103  -0.06596  -0.26603     -0.11327  -0.06258  -0.02718
 405  20   0.26050   0.08237   0.51647      0.02143   0.14877   0.17591
 406  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.12529  -0.05874  -0.20044
 407  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 408  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 409  vcm right after adjustment:
 410   2.286804207044001E-017  1.061730524699000E-017 -3.266863152920001E-018
 411
 412
 413               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 414              X           Y           Z          X           Y           Z
 415 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 416 ASN(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.64779     0.96674     1.37044
 417 LEU(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     2.68687    -3.62474    -1.57795
 418 TYR(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.37548    -2.37399     2.02147
 419 ILE(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     6.58044    -7.43947    -1.44530
 420 GLN(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.19753    -6.31407     1.82291
 421 TRP(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000     9.90453   -11.16454    -2.11994
 422 LEU(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.02474   -10.28687     1.57795
 423 LYS(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    13.74127   -14.97033    -2.06786
 424 ASP( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.84553   -14.21890     1.39078
 425 GLY( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    19.00000   -19.00000     0.00000
 426 GLY( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.80000   -19.00000     0.00000
 427 PRO( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.02787   -22.67843    -1.09456
 428 SER( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.49606   -22.13981     0.93587
 429 SER( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    25.93981   -26.49606    -0.93587
 430 GLY( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.40000   -26.60000     0.00000
 431 ARG( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    28.66629   -30.12703    -2.45767
 432 PRO( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.07843   -29.62787     1.09456
 433 PRO( 19)    34.20000   -34.20000     0.00000    33.42787   -34.07843    -1.09456
 434 PRO( 20)    38.00000   -34.20000     0.00000    37.87843   -33.42787     1.09456
 435 SER( 21)    38.00000   -38.00000     0.00000    37.33981   -37.89606    -0.93587
 436 D  ( 22)    41.80000   -38.00000     0.00000    41.80000   -38.00000     0.00000
 437
 438 Geometry of the virtual chain.
 439   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 440 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 441 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
 442 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
 443 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
 444 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
 445 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
 446 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
 447 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
 448 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
 449 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
 450 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 451 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 452 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 453 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 454 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 455 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 456 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
 457 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 458 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 459 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 460 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 461 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 462  Potential energy and its components
 463
 464 Virtual-chain energies:
 465
 466 EVDW=     -1.947821E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 467 EVDW2=     2.387106E+01 WEIGHT=    1.233150D+00 (SC-p)
 468 EES=      -7.520330E+00 WEIGHT=    9.459849D-01 (p-p)
 469 EVDWPP=   -2.624923E+01 WEIGHT=    2.317300D-01 (p-p VDW)
 470 ESTR=      1.118676E+02 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 471 EBE=      -1.933948E+01 WEIGHT=    6.295400D-01 (bending)
 472 ESC=       8.868295E+01 WEIGHT=    1.055400D-01 (SC local)
 473 ETORS=     2.664535E-15 WEIGHT=    2.064020D+00 (torsional)
 474 ETORSD=   -2.547586E+00 WEIGHT=    1.555350D+00 (double torsional)
 475 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 476 ECORR4=   -4.501075E+00 WEIGHT=    2.541120D-01 (multi-body)
 477 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 478 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 479 EELLO=     2.197932E+01 WEIGHT=    4.590562D-01 (electrostatic-local)
 480 ETURN3=   -1.258124E+00 WEIGHT=    1.724339D+00 (turns, 3rd order)
 481 ETURN4=    9.498513E+00 WEIGHT=    8.554124D-01 (turns, 4th order)
 482 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 483 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 484 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 485 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 486 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 487 ETOT=      1.167531E+02 (total)
 488
 489 Initial:
 490            Kinetic energy   2.63515E+01
 491          potential energy   1.16753E+02
 492              total energy   1.43105E+02
 493
 494     maximum acceleration    4.85077E+00
 495
 496  Setup time  1.953125000000000E-002
 497 Velocities reset to random values, time             1999.80
 498 Velocities reset to random values, time             3999.80
 499 Velocities reset to random values, time             5999.80
 500 Velocities reset to random values, time             7999.80
 501 Velocities reset to random values, time             9999.80
 502 Velocities reset to random values, time            11999.80
 503 Velocities reset to random values, time            13999.80
 504 Velocities reset to random values, time            15999.80
 505 Velocities reset to random values, time            17999.80
 506 Velocities reset to random values, time            19999.80
 507  REMD synchro at      100000
 508          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 509  MIN ii_write=           1
 510  REMD gather times=   40.6640625000000       0.000000000000000E+000
 511  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 512  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 513  NREP          16
 514 ACC   1   250.00000     1.00000    2
 515 ACC   2   260.00000     0.50000    2
 516 ACC   3   270.00000     1.00000    2
 517 ACC   4   280.00000     1.00000    2
 518 ACC   5   290.00000     0.00000    2
 519 ACC   6   300.00000     1.00000    2
 520 ACC   7   310.00000     1.00000    2
 521 ACC   8   320.00000     0.00000    2
 522 ACC   9   330.00000     0.50000    2
 523 ACC  10   340.00000     0.50000    2
 524 ACC  11   350.00000     0.50000    2
 525 ACC  12   360.00000     0.50000    2
 526 ACC  13   370.00000     1.00000    2
 527 ACC  14   380.00000     1.00000    2
 528 ACC  15   390.00000     0.50000    2
 529  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 530  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 531 Velocities reset to random values, time            21999.80
 532 Velocities reset to random values, time            23999.80
 533 Velocities reset to random values, time            25999.80
 534 Velocities reset to random values, time            27999.80
 535 Velocities reset to random values, time            29999.80
 536 Velocities reset to random values, time            31999.80
 537 Velocities reset to random values, time            33999.80
 538 Velocities reset to random values, time            35999.80
 539 Velocities reset to random values, time            37999.80
 540 Velocities reset to random values, time            39999.80
 541  REMD synchro at      200000
 542          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 543  MIN ii_write=           1
 544  REMD gather times=   81.3828125000000       0.000000000000000E+000
 545  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 546  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 547  NREP          16
 548 ACC   1   250.00000     1.00000    4
 549 ACC   2   260.00000     0.25000    4
 550 ACC   3   270.00000     0.75000    4
 551 ACC   4   280.00000     1.00000    4
 552 ACC   5   290.00000     0.25000    4
 553 ACC   6   300.00000     0.50000    4
 554 ACC   7   310.00000     0.75000    4
 555 ACC   8   320.00000     0.50000    4
 556 ACC   9   330.00000     0.75000    4
 557 ACC  10   340.00000     0.50000    4
 558 ACC  11   350.00000     0.75000    4
 559 ACC  12   360.00000     0.50000    4
 560 ACC  13   370.00000     0.75000    4
 561 ACC  14   380.00000     1.00000    4
 562 ACC  15   390.00000     0.75000    4
 563  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 564  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 565 Velocities reset to random values, time            41999.80
 566 Velocities reset to random values, time            43999.80
 567 Velocities reset to random values, time            45999.80
 568 Velocities reset to random values, time            47999.80
 569 Velocities reset to random values, time            49999.80
 570 Velocities reset to random values, time            51999.80
 571 Velocities reset to random values, time            53999.80
 572 Velocities reset to random values, time            55999.80
 573 Velocities reset to random values, time            57999.80
 574 Velocities reset to random values, time            59999.80
 575  REMD synchro at      300000
 576          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 577  MIN ii_write=           1
 578  REMD gather times=   122.378906250000       0.000000000000000E+000
 579  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 580  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 581  NREP          16
 582 ACC   1   250.00000     1.00000    6
 583 ACC   2   260.00000     0.33333    6
 584 ACC   3   270.00000     0.83333    6
 585 ACC   4   280.00000     0.83333    6
 586 ACC   5   290.00000     0.33333    6
 587 ACC   6   300.00000     0.50000    6
 588 ACC   7   310.00000     0.66667    6
 589 ACC   8   320.00000     0.50000    6
 590 ACC   9   330.00000     0.66667    6
 591 ACC  10   340.00000     0.66667    6
 592 ACC  11   350.00000     0.83333    6
 593 ACC  12   360.00000     0.66667    6
 594 ACC  13   370.00000     0.66667    6
 595 ACC  14   380.00000     1.00000    6
 596 ACC  15   390.00000     0.66667    6
 597  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 598  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 599 Velocities reset to random values, time            61999.80
 600 Velocities reset to random values, time            63999.80
 601 Velocities reset to random values, time            65999.80
 602 Velocities reset to random values, time            67999.80
 603 Velocities reset to random values, time            69999.80
 604 Velocities reset to random values, time            71999.80
 605 Velocities reset to random values, time            73999.80
 606 Velocities reset to random values, time            75999.80
 607 Velocities reset to random values, time            77999.80
 608 Velocities reset to random values, time            79999.80
 609  REMD synchro at      400000
 610          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 611  MIN ii_write=           1
 612  REMD gather times=   163.156250000000       0.000000000000000E+000
 613  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 614  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 615  NREP          16
 616 ACC   1   250.00000     0.87500    8
 617 ACC   2   260.00000     0.37500    8
 618 ACC   3   270.00000     0.75000    8
 619 ACC   4   280.00000     0.75000    8
 620 ACC   5   290.00000     0.50000    8
 621 ACC   6   300.00000     0.62500    8
 622 ACC   7   310.00000     0.62500    8
 623 ACC   8   320.00000     0.62500    8
 624 ACC   9   330.00000     0.62500    8
 625 ACC  10   340.00000     0.75000    8
 626 ACC  11   350.00000     0.75000    8
 627 ACC  12   360.00000     0.62500    8
 628 ACC  13   370.00000     0.75000    8
 629 ACC  14   380.00000     0.87500    8
 630 ACC  15   390.00000     0.75000    8
 631  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 632  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 633 Velocities reset to random values, time            81999.80
 634 Velocities reset to random values, time            83999.80
 635 Velocities reset to random values, time            85999.80
 636 Velocities reset to random values, time            87999.80
 637 Velocities reset to random values, time            89999.80
 638 Velocities reset to random values, time            91999.80
 639 Velocities reset to random values, time            93999.80
 640 Velocities reset to random values, time            95999.80
 641 Velocities reset to random values, time            97999.80
 642 Velocities reset to random values, time            99999.80
 643  REMD synchro at      500000
 644          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 645  MIN ii_write=           1
 646  REMD gather times=   203.988281250000       0.000000000000000E+000
 647  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 648  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 649  NREP          16
 650 ACC   1   250.00000     0.70000   10
 651 ACC   2   260.00000     0.50000   10
 652 ACC   3   270.00000     0.60000   10
 653 ACC   4   280.00000     0.80000   10
 654 ACC   5   290.00000     0.60000   10
 655 ACC   6   300.00000     0.60000   10
 656 ACC   7   310.00000     0.70000   10
 657 ACC   8   320.00000     0.50000   10
 658 ACC   9   330.00000     0.60000   10
 659 ACC  10   340.00000     0.80000   10
 660 ACC  11   350.00000     0.70000   10
 661 ACC  12   360.00000     0.70000   10
 662 ACC  13   370.00000     0.80000   10
 663 ACC  14   380.00000     0.90000   10
 664 ACC  15   390.00000     0.80000   10
 665  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 666  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 667 Velocities reset to random values, time           101999.80
 668 Velocities reset to random values, time           103999.80
 669 Velocities reset to random values, time           105999.80
 670 Velocities reset to random values, time           107999.80
 671 Velocities reset to random values, time           109999.80
 672 Velocities reset to random values, time           111999.80
 673 Velocities reset to random values, time           113999.80
 674 Velocities reset to random values, time           115999.80
 675 Velocities reset to random values, time           117999.80
 676 Velocities reset to random values, time           119999.80
 677  REMD synchro at      600000
 678          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 679  MIN ii_write=           1
 680  REMD gather times=   244.695312500000       0.000000000000000E+000
 681  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 682  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 683  NREP          16
 684 ACC   1   250.00000     0.75000   12
 685 ACC   2   260.00000     0.41667   12
 686 ACC   3   270.00000     0.66667   12
 687 ACC   4   280.00000     0.75000   12
 688 ACC   5   290.00000     0.66667   12
 689 ACC   6   300.00000     0.58333   12
 690 ACC   7   310.00000     0.75000   12
 691 ACC   8   320.00000     0.50000   12
 692 ACC   9   330.00000     0.50000   12
 693 ACC  10   340.00000     0.66667   12
 694 ACC  11   350.00000     0.75000   12
 695 ACC  12   360.00000     0.66667   12
 696 ACC  13   370.00000     0.83333   12
 697 ACC  14   380.00000     0.91667   12
 698 ACC  15   390.00000     0.83333   12
 699  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 700  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 701 Velocities reset to random values, time           121999.80
 702 Velocities reset to random values, time           123999.80
 703 Velocities reset to random values, time           125999.80
 704 Velocities reset to random values, time           127999.80
 705 Velocities reset to random values, time           129999.80
 706 Velocities reset to random values, time           131999.80
 707 Velocities reset to random values, time           133999.80
 708 Velocities reset to random values, time           135999.80
 709 Velocities reset to random values, time           137999.80
 710 Velocities reset to random values, time           139999.80
 711  REMD synchro at      700000
 712          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 713  MIN ii_write=           1
 714  REMD gather times=   285.851562500000       0.000000000000000E+000
 715  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 716  REMD writing traj time=  7.812500000000000E-003
 717  NREP          16
 718 ACC   1   250.00000     0.78571   14
 719 ACC   2   260.00000     0.50000   14
 720 ACC   3   270.00000     0.64286   14
 721 ACC   4   280.00000     0.71429   14
 722 ACC   5   290.00000     0.71429   14
 723 ACC   6   300.00000     0.57143   14
 724 ACC   7   310.00000     0.71429   14
 725 ACC   8   320.00000     0.50000   14
 726 ACC   9   330.00000     0.50000   14
 727 ACC  10   340.00000     0.64286   14
 728 ACC  11   350.00000     0.78571   14
 729 ACC  12   360.00000     0.64286   14
 730 ACC  13   370.00000     0.85714   14
 731 ACC  14   380.00000     0.92857   14
 732 ACC  15   390.00000     0.71429   14
 733  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 734  REMD exchange time=  1.171875000000000E-002
 735 Velocities reset to random values, time           141999.80
 736 Velocities reset to random values, time           143999.80
 737 Velocities reset to random values, time           145999.80
 738 Velocities reset to random values, time           147999.80
 739 Velocities reset to random values, time           149999.80
 740 Velocities reset to random values, time           151999.80
 741 Velocities reset to random values, time           153999.80
 742 Velocities reset to random values, time           155999.80
 743 Velocities reset to random values, time           157999.80
 744 Velocities reset to random values, time           159999.80
 745  REMD synchro at      800000
 746          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 747  MIN ii_write=           1
 748  REMD gather times=   328.003906250000       0.000000000000000E+000
 749  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 750  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 751  NREP          16
 752 ACC   1   250.00000     0.81250   16
 753 ACC   2   260.00000     0.43750   16
 754 ACC   3   270.00000     0.68750   16
 755 ACC   4   280.00000     0.75000   16
 756 ACC   5   290.00000     0.62500   16
 757 ACC   6   300.00000     0.62500   16
 758 ACC   7   310.00000     0.62500   16
 759 ACC   8   320.00000     0.56250   16
 760 ACC   9   330.00000     0.43750   16
 761 ACC  10   340.00000     0.68750   16
 762 ACC  11   350.00000     0.75000   16
 763 ACC  12   360.00000     0.68750   16
 764 ACC  13   370.00000     0.87500   16
 765 ACC  14   380.00000     0.93750   16
 766 ACC  15   390.00000     0.75000   16
 767  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 768  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 769 Velocities reset to random values, time           161999.80
 770 Velocities reset to random values, time           163999.80
 771 Velocities reset to random values, time           165999.80
 772 Velocities reset to random values, time           167999.80
 773 Velocities reset to random values, time           169999.80
 774 Velocities reset to random values, time           171999.80
 775 Velocities reset to random values, time           173999.80
 776 Velocities reset to random values, time           175999.80
 777 Velocities reset to random values, time           177999.80
 778 Velocities reset to random values, time           179999.80
 779  REMD synchro at      900000
 780          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 781  MIN ii_write=           1
 782  REMD gather times=   368.871093750000       0.000000000000000E+000
 783  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
 784  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
 785  NREP          16
 786 ACC   1   250.00000     0.77778   18
 787 ACC   2   260.00000     0.38889   18
 788 ACC   3   270.00000     0.66667   18
 789 ACC   4   280.00000     0.66667   18
 790 ACC   5   290.00000     0.55556   18
 791 ACC   6   300.00000     0.61111   18
 792 ACC   7   310.00000     0.61111   18
 793 ACC   8   320.00000     0.61111   18
 794 ACC   9   330.00000     0.38889   18
 795 ACC  10   340.00000     0.72222   18
 796 ACC  11   350.00000     0.72222   18
 797 ACC  12   360.00000     0.72222   18
 798 ACC  13   370.00000     0.83333   18
 799 ACC  14   380.00000     0.88889   18
 800 ACC  15   390.00000     0.77778   18
 801  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
 802  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
 803 Velocities reset to random values, time           181999.80
 804 Velocities reset to random values, time           183999.80
 805 Velocities reset to random values, time           185999.80
 806 Velocities reset to random values, time           187999.80
 807 Velocities reset to random values, time           189999.80
 808 Velocities reset to random values, time           191999.80
 809 Velocities reset to random values, time           193999.80
 810 Velocities reset to random values, time           195999.80
 811 Velocities reset to random values, time           197999.80
 812 Velocities reset to random values, time           199999.80
 813  REMD synchro at     1000000
 814          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
 815  MIN ii_write=           1
 816  writing restart at the end of run
 817
 818
 819 ===================================  Timing  ===================================
 820
 821                   MD calculations setup:    3.90625E-03
 822            Energy & gradient evaluation:    3.71664E+02
 823                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 824                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 825                                MD steps:    4.10406E+02
 826
 827
 828 ============================  End of MD calculation  ===========================
 829 CG processor   0 is finishing work.
 830  Total wall clock time   410.425781250000       sec