Dodanie przykladow do MD, REMD, MREMD i mikrokanonicznego
[unres.git] / examples / unres / new / MREMD / ff_1l2y / 1L2Y_MREMD.out_GB000
1 --------------------------------------------------------------------------------
2                               FILE ASSIGNMENT
3 --------------------------------------------------------------------------------
4  Input file                      : 1L2Y_MREMD.inp
5  Output file                     : 1L2Y_MREMD.out_GB000
6  
7  Sidechain potential file        : 
8  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scinter_GB.parm
9  SCp potential file              : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scp.parm
10  Electrostatic potential file    : 
11  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
12  Cumulant coefficient file       : 
13  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
14  Torsional parameter file        : 
15  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
16  Double torsional parameter file : 
17  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
18  SCCOR parameter file : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
19  Bond & inertia constant file    : 
20  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/bond_AM1.parm
21  Bending parameter file          : 
22  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
23  Rotamer parameter file          : 
24  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
25  Threading database              : 
26  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/patterns.cart
27 --------------------------------------------------------------------------------
28 ********************************************************************************
29 United-residue force field calculation - parallel job.
30 ********************************************************************************
31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
32  ++++ Compile info ++++
33  Version 2.5 build 298
34  compiled Thu Jul  5 05:49:13 2012
35  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
36  OS name:    Linux 
37  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64 
38  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011 
39  flags:
40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
41  FC= ifort
42  OPT =  -g -ip -w -CB 
43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include 
44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include  
46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
48  ARCH = LINUX
49  PP = /lib/cpp -P
50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
55  ++++ End of compile info ++++
56  Start reading THETA_PDB
57  End reading THETA_PDB
58
59 Potential is GB , exponents are   6 12
60
61 Disulfide bridge parameters:
62 S-S bridge energy:      -5.50
63 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
64 akth:     11.00 akct:     12.00
65 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
66  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
67       -45086
68  ran_num  6.422640197456531E-013
69 RMSDBC =        3.0
70 RMSDBC1 =        0.5
71 RMSDBC1MAX =        1.5
72 DRMS    =        0.1
73 RMSDBCM =        3.0
74 Time limit (min):     960.0
75  RESCALE_MODE           2
76 Library  routine used to diagonalize matrices.
77  
78 =========================== Parameters of the MD run ===========================
79  
80 The units are:
81 positions: angstrom, time: 48.9 fs
82 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
83 energy: kcal/mol, temperature: K
84  
85                                        Number of time steps:   1000000
86                  Initial time step of numerical integration:   0.20000 natural units
87                                                                9.78000 fs
88 A-MTS algorithm used; initial time step for fast-varying short-range forces split into   1 steps.
89 Short-range force cutoff 2.00 lambda 0.30
90 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  10.00000
91 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
92             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
93                                Frequency of property output:     10000
94                              Frequency of coordinate output:     10000
95 Berendsen bath calculation
96                                                 Temperature: 300.00000
97                                     Coupling constant (tau):   1.00000
98 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
99 Velocities will be reset at random every     10000 steps
100
101 ============================== End of MD run setup =============================
102
103  REMD setup
104  NREP=           16
105  NSTEX=       100000
106  SYNC=  T
107  NSYN=       100000
108  TRAJCACHE=            1
109  tlist   250.000000000000        260.000000000000        270.000000000000     
110    280.000000000000        290.000000000000        300.000000000000     
111    310.000000000000        320.000000000000        330.000000000000     
112    340.000000000000        350.000000000000        360.000000000000     
113    370.000000000000        380.000000000000        390.000000000000     
114    400.000000000000     
115  mlist           4           4           4           4           4           4
116            4           4           4           4           4           4
117            4           4           4           4
118  Total number of replicas           64
119
120 ============================== End of REMD run setup =============================
121
122
123 Energy-term weights (unscaled):
124
125 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
126 WSCP=     1.233150 (SC-p)
127 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
128 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
129 WBOND=    1.000000 (stretching)
130 WANG=     0.629540 (bending)
131 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
132 WTOR=     1.843160 (torsional)
133 WTORD=    1.265710 (double torsional)
134 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
135 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
136 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
137 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
138 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
139 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
140 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
141 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
142 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
143
144 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
145
146 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
147 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
148
149 Energy-term weights (scaled):
150
151 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
152 WSCP=     1.233150 (SC-p)
153 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
154 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
155 WBOND=    1.000000 (stretching)
156 WANG=     0.629540 (bending)
157 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
158 WTOR=     1.843160 (torsional)
159 WTORD=    1.265710 (double torsional)
160 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
161 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
162 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
163 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
164 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
165 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
166 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
167 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
168 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
169  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000     
170  Parameters of the SS-bond potential:
171  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
172    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000     
173  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
174    13.7000000000000     
175  EBR  -5.50000000000000     
176 PDB data will be read from file ../../1L2Y.pdb
177  Nres:    21
178 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
179   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
180   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
181   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
182   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
183   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
184   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
185   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
186   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
187   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
188  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
189  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
190  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
191  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
192  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
193  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
194  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
195  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
196  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
197  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
198  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
199  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
200  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
201 nsup= 20 nstart_sup=  2
202  ITEL
203            1          21           0
204            2          14           1
205            3           5           1
206            4           8           1
207            5           4           1
208            6          13           1
209            7           7           1
210            8           5           1
211            9          19           1
212           10          16           1
213           11          10           1
214           12          10           2
215           13          20           1
216           14          12           1
217           15          12           1
218           16          10           1
219           17          18           2
220           18          20           2
221           19          20           2
222           20          20           1
223           21          12           0
224  ns=           0  iss:
225 Boundaries in phi angle sampling:
226 D      1    -180.0     180.0
227 ASN    2    -180.0     180.0
228 LEU    3    -180.0     180.0
229 TYR    4    -180.0     180.0
230 ILE    5    -180.0     180.0
231 GLN    6    -180.0     180.0
232 TRP    7    -180.0     180.0
233 LEU    8    -180.0     180.0
234 LYS    9    -180.0     180.0
235 ASP   10    -180.0     180.0
236 GLY   11    -180.0     180.0
237 GLY   12    -180.0     180.0
238 PRO   13    -180.0     180.0
239 SER   14    -180.0     180.0
240 SER   15    -180.0     180.0
241 GLY   16    -180.0     180.0
242 ARG   17    -180.0     180.0
243 PRO   18    -180.0     180.0
244 PRO   19    -180.0     180.0
245 PRO   20    -180.0     180.0
246 SER   21    -180.0     180.0
247 D     22    -180.0     180.0
248 nsup= 20
249  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
250  NZ_START=           2  NZ_END=          21
251  IZ_SC=           0
252  Contact order:  0.308441558441558     
253  Shifting contacts:           2           2
254            1  ILE            5  ASN            2
255            2  TRP            7  TYR            4
256            3  LEU            8  TYR            4
257            4  LEU            8  ILE            5
258            5  LYS            9  GLN            6
259            6  GLY           12  TRP            7
260            7  GLY           12  LEU            8
261            8  SER           14  GLY           11
262            9  SER           15  ASP           10
263           10  SER           15  GLY           11
264           11  PRO           19  TRP            7
265           12  PRO           20  LEU            3
266           13  PRO           20  TYR            4
267           14  PRO           20  TRP            7
268 Extended chain initial geometry.
269
270 Geometry of the virtual chain.
271   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta 
272 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
273 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
274 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
275 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
276 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
277 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
278 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
279 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
280 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
281 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
282 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
283 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
284 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
285 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
286 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
287 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
288 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
289 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
290 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
291 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
292 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
293 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
294
295
296 ********************************************************************************
297                     Processor   0: end reading molecular data.
298 ********************************************************************************
299
300
301 Replica exchange molecular dynamics (REMD) calculation.
302
303 ********************************************************************************
304
305  Calling chainbuild
306  Calling REMD
307  MREMD          64 time before  3.125000000000000E-002
308  NREP=          16
309  i2rep      1      1      1      1      2      2      2      2      3      3
310       3      3      4      4      4      4      5      5      5      5      6
311       6      6      6      7      7      7      7      8      8      8      8
312       9      9      9      9     10     10     10     10     11     11     11
313      11     12     12     12     12     13     13     13     13     14     14
314      14     14     15     15     15     15     16     16     16     16
315  i2set      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
316       1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
317       1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
318       1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
319       1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
320       1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
321  i,j,il,il1,i_index(i,j,il,il1)
322 ifirst   1   2   3   4
323   nupa   1:   5   6   7   8
324 ndowna   1:
325   nupa   2:   5   6   7   8
326 ndowna   2:
327   nupa   3:   5   6   7   8
328 ndowna   3:
329   nupa   4:   5   6   7   8
330 ndowna   4:
331   nupa   5:   9  10  11  12
332 ndowna   5:   1   2   3   4
333   nupa   6:   9  10  11  12
334 ndowna   6:   1   2   3   4
335   nupa   7:   9  10  11  12
336 ndowna   7:   1   2   3   4
337   nupa   8:   9  10  11  12
338 ndowna   8:   1   2   3   4
339   nupa   9:  13  14  15  16
340 ndowna   9:   5   6   7   8
341   nupa  10:  13  14  15  16
342 ndowna  10:   5   6   7   8
343   nupa  11:  13  14  15  16
344 ndowna  11:   5   6   7   8
345   nupa  12:  13  14  15  16
346 ndowna  12:   5   6   7   8
347   nupa  13:  17  18  19  20
348 ndowna  13:   9  10  11  12
349   nupa  14:  17  18  19  20
350 ndowna  14:   9  10  11  12
351   nupa  15:  17  18  19  20
352 ndowna  15:   9  10  11  12
353   nupa  16:  17  18  19  20
354 ndowna  16:   9  10  11  12
355   nupa  17:  21  22  23  24
356 ndowna  17:  13  14  15  16
357   nupa  18:  21  22  23  24
358 ndowna  18:  13  14  15  16
359   nupa  19:  21  22  23  24
360 ndowna  19:  13  14  15  16
361   nupa  20:  21  22  23  24
362 ndowna  20:  13  14  15  16
363   nupa  21:  25  26  27  28
364 ndowna  21:  17  18  19  20
365   nupa  22:  25  26  27  28
366 ndowna  22:  17  18  19  20
367   nupa  23:  25  26  27  28
368 ndowna  23:  17  18  19  20
369   nupa  24:  25  26  27  28
370 ndowna  24:  17  18  19  20
371   nupa  25:  29  30  31  32
372 ndowna  25:  21  22  23  24
373   nupa  26:  29  30  31  32
374 ndowna  26:  21  22  23  24
375   nupa  27:  29  30  31  32
376 ndowna  27:  21  22  23  24
377   nupa  28:  29  30  31  32
378 ndowna  28:  21  22  23  24
379   nupa  29:  33  34  35  36
380 ndowna  29:  25  26  27  28
381   nupa  30:  33  34  35  36
382 ndowna  30:  25  26  27  28
383   nupa  31:  33  34  35  36
384 ndowna  31:  25  26  27  28
385   nupa  32:  33  34  35  36
386 ndowna  32:  25  26  27  28
387   nupa  33:  37  38  39  40
388 ndowna  33:  29  30  31  32
389   nupa  34:  37  38  39  40
390 ndowna  34:  29  30  31  32
391   nupa  35:  37  38  39  40
392 ndowna  35:  29  30  31  32
393   nupa  36:  37  38  39  40
394 ndowna  36:  29  30  31  32
395   nupa  37:  41  42  43  44
396 ndowna  37:  33  34  35  36
397   nupa  38:  41  42  43  44
398 ndowna  38:  33  34  35  36
399   nupa  39:  41  42  43  44
400 ndowna  39:  33  34  35  36
401   nupa  40:  41  42  43  44
402 ndowna  40:  33  34  35  36
403   nupa  41:  45  46  47  48
404 ndowna  41:  37  38  39  40
405   nupa  42:  45  46  47  48
406 ndowna  42:  37  38  39  40
407   nupa  43:  45  46  47  48
408 ndowna  43:  37  38  39  40
409   nupa  44:  45  46  47  48
410 ndowna  44:  37  38  39  40
411   nupa  45:  49  50  51  52
412 ndowna  45:  41  42  43  44
413   nupa  46:  49  50  51  52
414 ndowna  46:  41  42  43  44
415   nupa  47:  49  50  51  52
416 ndowna  47:  41  42  43  44
417   nupa  48:  49  50  51  52
418 ndowna  48:  41  42  43  44
419   nupa  49:  53  54  55  56
420 ndowna  49:  45  46  47  48
421   nupa  50:  53  54  55  56
422 ndowna  50:  45  46  47  48
423   nupa  51:  53  54  55  56
424 ndowna  51:  45  46  47  48
425   nupa  52:  53  54  55  56
426 ndowna  52:  45  46  47  48
427   nupa  53:  57  58  59  60
428 ndowna  53:  49  50  51  52
429   nupa  54:  57  58  59  60
430 ndowna  54:  49  50  51  52
431   nupa  55:  57  58  59  60
432 ndowna  55:  49  50  51  52
433   nupa  56:  57  58  59  60
434 ndowna  56:  49  50  51  52
435   nupa  57:  61  62  63  64
436 ndowna  57:  53  54  55  56
437   nupa  58:  61  62  63  64
438 ndowna  58:  53  54  55  56
439   nupa  59:  61  62  63  64
440 ndowna  59:  53  54  55  56
441   nupa  60:  61  62  63  64
442 ndowna  60:  53  54  55  56
443   nupa  61:
444 ndowna  61:  57  58  59  60
445   nupa  62:
446 ndowna  62:  57  58  59  60
447   nupa  63:
448 ndowna  63:  57  58  59  60
449   nupa  64:
450 ndowna  64:  57  58  59  60
451                                            REMD Temperature: 250.00000
452 ====================MD calculation start====================
453  Initial velocities randomly generated
454  Initial velocities
455   0   0.02069   0.05735  -0.16550      0.00000   0.00000   0.00000
456   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
457   2  -0.32876  -0.20726  -0.00156     -0.06303  -0.02233   0.22619
458   3   0.25246   0.18847   0.12917      0.23917   0.13789   0.08528
459   4   0.09890  -0.10900   0.13430      0.09430  -0.08759   0.02991
460   5   0.05293  -0.08192   0.07599      0.03541   0.02418  -0.13426
461   6   0.01106   0.15012  -0.13429     -0.01486   0.10588  -0.15072
462   7  -0.00922  -0.05032   0.03343     -0.17306   0.05869   0.04136
463   8  -0.01642   0.12268  -0.04117      0.02116   0.09728   0.03398
464   9  -0.24153  -0.01761   0.08700     -0.20570  -0.15587  -0.04194
465  10   0.12837  -0.05524  -0.16763      0.18636  -0.14195  -0.15819
466  11  -0.12912   0.12012  -0.00669      0.00000   0.00000   0.00000
467  12   0.18024  -0.22147   0.01606      0.00000   0.00000   0.00000
468  13  -0.13972   0.25567   0.06619      0.05987   0.13532   0.09181
469  14   0.10136  -0.29158   0.14318     -0.02692  -0.08844   0.04927
470  15   0.13268   0.09441  -0.21684     -0.12710   0.07259   0.06988
471  16  -0.10926   0.13472   0.13695      0.00000   0.00000   0.00000
472  17  -0.08222  -0.14474  -0.18471     -0.07262  -0.07774  -0.09353
473  18   0.22036   0.08274   0.12819     -0.01893   0.09330   0.04480
474  19  -0.13103  -0.06596  -0.26603     -0.11327  -0.06258  -0.02718
475  20   0.26050   0.08237   0.51647      0.02143   0.14877   0.17591
476  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.12529  -0.05874  -0.20044
477  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
478  Calling the zero-angular  momentum subroutine
479  vcm right after adjustment:
480   2.286804207044001E-017  1.061730524699000E-017 -3.266863152920001E-018
481
482
483               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
484              X           Y           Z          X           Y           Z
485 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
486 ASN(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.64779     0.96674     1.37044
487 LEU(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     2.68687    -3.62474    -1.57795
488 TYR(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.37548    -2.37399     2.02147
489 ILE(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     6.58044    -7.43947    -1.44530
490 GLN(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.19753    -6.31407     1.82291
491 TRP(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000     9.90453   -11.16454    -2.11994
492 LEU(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.02474   -10.28687     1.57795
493 LYS(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    13.74127   -14.97033    -2.06786
494 ASP( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.84553   -14.21890     1.39078
495 GLY( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    19.00000   -19.00000     0.00000
496 GLY( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.80000   -19.00000     0.00000
497 PRO( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.02787   -22.67843    -1.09456
498 SER( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.49606   -22.13981     0.93587
499 SER( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    25.93981   -26.49606    -0.93587
500 GLY( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.40000   -26.60000     0.00000
501 ARG( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    28.66629   -30.12703    -2.45767
502 PRO( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.07843   -29.62787     1.09456
503 PRO( 19)    34.20000   -34.20000     0.00000    33.42787   -34.07843    -1.09456
504 PRO( 20)    38.00000   -34.20000     0.00000    37.87843   -33.42787     1.09456
505 SER( 21)    38.00000   -38.00000     0.00000    37.33981   -37.89606    -0.93587
506 D  ( 22)    41.80000   -38.00000     0.00000    41.80000   -38.00000     0.00000
507
508 Geometry of the virtual chain.
509   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta 
510 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
511 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
512 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
513 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
514 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
515 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
516 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
517 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
518 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
519 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
520 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
521 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
522 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
523 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
524 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
525 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
526 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
527 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
528 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
529 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
530 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
531 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
532  Potential energy and its components
533
534 Virtual-chain energies:
535
536 EVDW=     -1.947821E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
537 EVDW2=     2.387106E+01 WEIGHT=    1.233150D+00 (SC-p)
538 EES=      -7.520330E+00 WEIGHT=    9.459849D-01 (p-p)
539 EVDWPP=   -2.624923E+01 WEIGHT=    2.317300D-01 (p-p VDW)
540 ESTR=      1.118676E+02 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
541 EBE=      -1.933948E+01 WEIGHT=    6.295400D-01 (bending)
542 ESC=       8.868295E+01 WEIGHT=    1.055400D-01 (SC local)
543 ETORS=     2.664535E-15 WEIGHT=    2.064020D+00 (torsional)
544 ETORSD=   -2.547586E+00 WEIGHT=    1.555350D+00 (double torsional)
545 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
546 ECORR4=   -4.501075E+00 WEIGHT=    2.541120D-01 (multi-body)
547 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
548 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
549 EELLO=     2.197932E+01 WEIGHT=    4.590562D-01 (electrostatic-local)
550 ETURN3=   -1.258124E+00 WEIGHT=    1.724339D+00 (turns, 3rd order)
551 ETURN4=    9.498513E+00 WEIGHT=    8.554124D-01 (turns, 4th order)
552 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
553 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
554 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
555 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
556 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
557 ETOT=      1.167531E+02 (total)
558
559 Initial:
560            Kinetic energy   2.63515E+01
561          potential energy   1.16753E+02
562              total energy   1.43105E+02
563
564     maximum acceleration    4.85077E+00
565
566  Setup time  4.687500000000000E-002
567 Velocities reset to random values, time             1999.80
568 Velocities reset to random values, time             3999.80
569 Velocities reset to random values, time             5999.80
570 Velocities reset to random values, time             7999.80
571 Velocities reset to random values, time             9999.80
572 Velocities reset to random values, time            11999.80
573 Velocities reset to random values, time            13999.80
574 Velocities reset to random values, time            15999.80
575 Velocities reset to random values, time            17999.80
576 Velocities reset to random values, time            19999.80
577  REMD synchro at      100000
578          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
579  MIN ii_write=           1
580  REMD gather times=   40.4296875000000       0.000000000000000E+000
581  REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
582  REMD writing traj time=  7.812500000000000E-003
583  NREP          16
584 ACC   1   250.00000     0.50000    4
585 ACC   2   260.00000     0.75000    4
586 ACC   3   270.00000     0.25000    4
587 ACC   4   280.00000     0.50000    4
588 ACC   5   290.00000     0.75000    4
589 ACC   6   300.00000     1.00000    4
590 ACC   7   310.00000     0.50000    4
591 ACC   8   320.00000     0.75000    4
592 ACC   9   330.00000     0.25000    4
593 ACC  10   340.00000     1.00000    4
594 ACC  11   350.00000     0.25000    4
595 ACC  12   360.00000     1.00000    4
596 ACC  13   370.00000     1.00000    4
597 ACC  14   380.00000     0.75000    4
598 ACC  15   390.00000     1.00000    4
599  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
600  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
601 Velocities reset to random values, time            21999.80
602 Velocities reset to random values, time            23999.80
603 Velocities reset to random values, time            25999.80
604 Velocities reset to random values, time            27999.80
605 Velocities reset to random values, time            29999.80
606 Velocities reset to random values, time            31999.80
607 Velocities reset to random values, time            33999.80
608 Velocities reset to random values, time            35999.80
609 Velocities reset to random values, time            37999.80
610 Velocities reset to random values, time            39999.80
611  REMD synchro at      200000
612          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
613  MIN ii_write=           1
614  REMD gather times=   80.9257812500000       0.000000000000000E+000
615  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
616  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
617  NREP          16
618 ACC   1   250.00000     0.37500    8
619 ACC   2   260.00000     0.87500    8
620 ACC   3   270.00000     0.50000    8
621 ACC   4   280.00000     0.62500    8
622 ACC   5   290.00000     0.62500    8
623 ACC   6   300.00000     0.87500    8
624 ACC   7   310.00000     0.62500    8
625 ACC   8   320.00000     0.62500    8
626 ACC   9   330.00000     0.12500    8
627 ACC  10   340.00000     0.87500    8
628 ACC  11   350.00000     0.50000    8
629 ACC  12   360.00000     0.87500    8
630 ACC  13   370.00000     1.00000    8
631 ACC  14   380.00000     0.87500    8
632 ACC  15   390.00000     0.62500    8
633  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
634  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
635 Velocities reset to random values, time            41999.80
636 Velocities reset to random values, time            43999.80
637 Velocities reset to random values, time            45999.80
638  acceleration/energy drift too large   3.69012038618327     
639    19.9742323084751       split increased to            2  itime      232496 
640   itsplit           1
641 Velocities reset to random values, time            47999.80
642 Velocities reset to random values, time            49999.80
643 Velocities reset to random values, time            51999.80
644 Velocities reset to random values, time            53999.80
645 Velocities reset to random values, time            55999.80
646 Velocities reset to random values, time            57999.80
647 Velocities reset to random values, time            59999.80
648  REMD synchro at      300000
649          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
650  MIN ii_write=           1
651  REMD gather times=   121.515625000000       0.000000000000000E+000
652  REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
653  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
654  NREP          16
655 ACC   1   250.00000     0.41667   12
656 ACC   2   260.00000     0.75000   12
657 ACC   3   270.00000     0.58333   12
658 ACC   4   280.00000     0.50000   12
659 ACC   5   290.00000     0.58333   12
660 ACC   6   300.00000     0.83333   12
661 ACC   7   310.00000     0.58333   12
662 ACC   8   320.00000     0.66667   12
663 ACC   9   330.00000     0.33333   12
664 ACC  10   340.00000     0.91667   12
665 ACC  11   350.00000     0.41667   12
666 ACC  12   360.00000     0.83333   12
667 ACC  13   370.00000     1.00000   12
668 ACC  14   380.00000     0.91667   12
669 ACC  15   390.00000     0.66667   12
670  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
671  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
672 Velocities reset to random values, time            61999.80
673 Velocities reset to random values, time            63999.80
674 Velocities reset to random values, time            65999.80
675 Velocities reset to random values, time            67999.80
676 Velocities reset to random values, time            69999.80
677 Velocities reset to random values, time            71999.80
678 Velocities reset to random values, time            73999.80
679 Velocities reset to random values, time            75999.80
680 Velocities reset to random values, time            77999.80
681 Velocities reset to random values, time            79999.80
682  REMD synchro at      400000
683          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
684  MIN ii_write=           1
685  REMD gather times=   162.203125000000       0.000000000000000E+000
686  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
687  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
688  NREP          16
689 ACC   1   250.00000     0.43750   16
690 ACC   2   260.00000     0.62500   16
691 ACC   3   270.00000     0.50000   16
692 ACC   4   280.00000     0.43750   16
693 ACC   5   290.00000     0.62500   16
694 ACC   6   300.00000     0.75000   16
695 ACC   7   310.00000     0.62500   16
696 ACC   8   320.00000     0.56250   16
697 ACC   9   330.00000     0.50000   16
698 ACC  10   340.00000     0.75000   16
699 ACC  11   350.00000     0.50000   16
700 ACC  12   360.00000     0.87500   16
701 ACC  13   370.00000     1.00000   16
702 ACC  14   380.00000     0.87500   16
703 ACC  15   390.00000     0.68750   16
704  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
705  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
706 Velocities reset to random values, time            81999.80
707 Velocities reset to random values, time            83999.80
708 Velocities reset to random values, time            85999.80
709 Velocities reset to random values, time            87999.80
710 Velocities reset to random values, time            89999.80
711 Velocities reset to random values, time            91999.80
712 Velocities reset to random values, time            93999.80
713 Velocities reset to random values, time            95999.80
714 Velocities reset to random values, time            97999.80
715 Velocities reset to random values, time            99999.80
716  REMD synchro at      500000
717          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
718  MIN ii_write=           1
719  REMD gather times=   202.804687500000       0.000000000000000E+000
720  REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
721  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
722  NREP          16
723 ACC   1   250.00000     0.50000   20
724 ACC   2   260.00000     0.65000   20
725 ACC   3   270.00000     0.40000   20
726 ACC   4   280.00000     0.50000   20
727 ACC   5   290.00000     0.70000   20
728 ACC   6   300.00000     0.70000   20
729 ACC   7   310.00000     0.60000   20
730 ACC   8   320.00000     0.60000   20
731 ACC   9   330.00000     0.40000   20
732 ACC  10   340.00000     0.70000   20
733 ACC  11   350.00000     0.50000   20
734 ACC  12   360.00000     0.90000   20
735 ACC  13   370.00000     0.95000   20
736 ACC  14   380.00000     0.90000   20
737 ACC  15   390.00000     0.70000   20
738  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
739  REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
740 Velocities reset to random values, time           101999.80
741 Velocities reset to random values, time           103999.80
742 Velocities reset to random values, time           105999.80
743 Velocities reset to random values, time           107999.80
744 Velocities reset to random values, time           109999.80
745 Velocities reset to random values, time           111999.80
746 Velocities reset to random values, time           113999.80
747 Velocities reset to random values, time           115999.80
748 Velocities reset to random values, time           117999.80
749 Velocities reset to random values, time           119999.80
750  REMD synchro at      600000
751          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
752  MIN ii_write=           1
753  REMD gather times=   243.441406250000       0.000000000000000E+000
754  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
755  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
756  NREP          16
757 ACC   1   250.00000     0.54167   24
758 ACC   2   260.00000     0.66667   24
759 ACC   3   270.00000     0.41667   24
760 ACC   4   280.00000     0.45833   24
761 ACC   5   290.00000     0.62500   24
762 ACC   6   300.00000     0.70833   24
763 ACC   7   310.00000     0.62500   24
764 ACC   8   320.00000     0.58333   24
765 ACC   9   330.00000     0.50000   24
766 ACC  10   340.00000     0.66667   24
767 ACC  11   350.00000     0.58333   24
768 ACC  12   360.00000     0.91667   24
769 ACC  13   370.00000     0.95833   24
770 ACC  14   380.00000     0.83333   24
771 ACC  15   390.00000     0.75000   24
772  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
773  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
774 Velocities reset to random values, time           121999.80
775 Velocities reset to random values, time           123999.80
776 Velocities reset to random values, time           125999.80
777 Velocities reset to random values, time           127999.80
778 Velocities reset to random values, time           129999.80
779 Velocities reset to random values, time           131999.80
780 Velocities reset to random values, time           133999.80
781 Velocities reset to random values, time           135999.80
782 Velocities reset to random values, time           137999.80
783 Velocities reset to random values, time           139999.80
784  REMD synchro at      700000
785          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
786  MIN ii_write=           1
787  REMD gather times=   284.132812500000       0.000000000000000E+000
788  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
789  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
790  NREP          16
791 ACC   1   250.00000     0.53571   28
792 ACC   2   260.00000     0.64286   28
793 ACC   3   270.00000     0.46429   28
794 ACC   4   280.00000     0.42857   28
795 ACC   5   290.00000     0.57143   28
796 ACC   6   300.00000     0.64286   28
797 ACC   7   310.00000     0.64286   28
798 ACC   8   320.00000     0.57143   28
799 ACC   9   330.00000     0.53571   28
800 ACC  10   340.00000     0.67857   28
801 ACC  11   350.00000     0.57143   28
802 ACC  12   360.00000     0.92857   28
803 ACC  13   370.00000     0.96429   28
804 ACC  14   380.00000     0.85714   28
805 ACC  15   390.00000     0.71429   28
806  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
807  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
808 Velocities reset to random values, time           141999.80
809 Velocities reset to random values, time           143999.80
810 Velocities reset to random values, time           145999.80
811 Velocities reset to random values, time           147999.80
812 Velocities reset to random values, time           149999.80
813 Velocities reset to random values, time           151999.80
814 Velocities reset to random values, time           153999.80
815 Velocities reset to random values, time           155999.80
816 Velocities reset to random values, time           157999.80
817 Velocities reset to random values, time           159999.80
818  REMD synchro at      800000
819          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
820  MIN ii_write=           1
821  REMD gather times=   324.800781250000       0.000000000000000E+000
822  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
823  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
824  NREP          16
825 ACC   1   250.00000     0.50000   32
826 ACC   2   260.00000     0.56250   32
827 ACC   3   270.00000     0.40625   32
828 ACC   4   280.00000     0.46875   32
829 ACC   5   290.00000     0.53125   32
830 ACC   6   300.00000     0.62500   32
831 ACC   7   310.00000     0.62500   32
832 ACC   8   320.00000     0.59375   32
833 ACC   9   330.00000     0.50000   32
834 ACC  10   340.00000     0.65625   32
835 ACC  11   350.00000     0.62500   32
836 ACC  12   360.00000     0.90625   32
837 ACC  13   370.00000     0.96875   32
838 ACC  14   380.00000     0.81250   32
839 ACC  15   390.00000     0.75000   32
840  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
841  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
842 Velocities reset to random values, time           161999.80
843 Velocities reset to random values, time           163999.80
844 Velocities reset to random values, time           165999.80
845 Velocities reset to random values, time           167999.80
846 Velocities reset to random values, time           169999.80
847 Velocities reset to random values, time           171999.80
848 Velocities reset to random values, time           173999.80
849 Velocities reset to random values, time           175999.80
850 Velocities reset to random values, time           177999.80
851 Velocities reset to random values, time           179999.80
852  REMD synchro at      900000
853          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
854  MIN ii_write=           1
855  REMD gather times=   365.562500000000       0.000000000000000E+000
856  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
857  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
858  NREP          16
859 ACC   1   250.00000     0.47222   36
860 ACC   2   260.00000     0.58333   36
861 ACC   3   270.00000     0.41667   36
862 ACC   4   280.00000     0.50000   36
863 ACC   5   290.00000     0.55556   36
864 ACC   6   300.00000     0.61111   36
865 ACC   7   310.00000     0.55556   36
866 ACC   8   320.00000     0.63889   36
867 ACC   9   330.00000     0.50000   36
868 ACC  10   340.00000     0.66667   36
869 ACC  11   350.00000     0.61111   36
870 ACC  12   360.00000     0.91667   36
871 ACC  13   370.00000     0.91667   36
872 ACC  14   380.00000     0.80556   36
873 ACC  15   390.00000     0.75000   36
874  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
875  REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
876 Velocities reset to random values, time           181999.80
877 Velocities reset to random values, time           183999.80
878 Velocities reset to random values, time           185999.80
879 Velocities reset to random values, time           187999.80
880 Velocities reset to random values, time           189999.80
881 Velocities reset to random values, time           191999.80
882 Velocities reset to random values, time           193999.80
883 Velocities reset to random values, time           195999.80
884 Velocities reset to random values, time           197999.80
885 Velocities reset to random values, time           199999.80
886  REMD synchro at     1000000
887          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
888  MIN ii_write=           1
889  writing restart at the end of run
890
891
892 ===================================  Timing  ===================================
893
894                   MD calculations setup:    1.56250E-02
895            Energy & gradient evaluation:    3.67648E+02
896                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
897                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
898                                MD steps:    4.06250E+02
899
900
901 ============================  End of MD calculation  ===========================
902 CG processor   0 is finishing work.
903  Total wall clock time   406.296875000000       sec