Dodanie przykladow do MD, REMD, MREMD i mikrokanonicznego
[unres.git] / examples / unres / new / MD / Nose_Hoover / ff_gab / 1L2Y_MD.out_GB000
1 --------------------------------------------------------------------------------
2                               FILE ASSIGNMENT
3 --------------------------------------------------------------------------------
4  Input file                      : 1L2Y_MD.inp
5  Output file                     : 1L2Y_MD.out_GB000
6  
7  Sidechain potential file        : 
8  /users/adam/unres//PARAM/sc_GB_opt.1e0g-52-17k-2k-newclass-shan1e9_gap8g-sc
9  SCp potential file              : /users/adam/unres//PARAM/scp.parm
10  Electrostatic potential file    : /users/adam/unres//PARAM/electr_631Gdp.parm
11  Cumulant coefficient file       : 
12  /users/adam/unres//PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
13  Torsional parameter file        : /users/adam/unres//PARAM/torsion_631Gdp.parm
14  Double torsional parameter file : 
15  /users/adam/unres//PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
16  SCCOR parameter file : /users/adam/unres//PARAM/rotcorr_AM1.parm
17  Bond & inertia constant file    : /users/adam/unres//PARAM/bond.parm
18  Bending parameter file          : /users/adam/unres//PARAM/thetaml.5parm
19  Rotamer parameter file          : /users/adam/unres//PARAM/scgauss.parm
20  Threading database              : /users/adam/unres//PARAM/patterns.cart
21 --------------------------------------------------------------------------------
22 ********************************************************************************
23 United-residue force field calculation - parallel job.
24 ********************************************************************************
25  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
26  ++++ Compile info ++++
27  Version 2.5 build 62
28  compiled Sun May 13 16:07:22 2012
29  compiled by adam@matrix.chem.cornell.edu
30  OS name:    Linux 
31  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64 
32  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011 
33  flags:
34  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
35  FC= ifort
36  OPT =  -O3 -ip -w 
37  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include 
38  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
39  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include  
40  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
41  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
42  ARCH = LINUX
43  PP = /lib/cpp -P
44  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
45  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
46  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
47  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
48  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
49  ++++ End of compile info ++++
50
51 Potential is GB , exponents are   6 12
52
53 Disulfide bridge parameters:
54 S-S bridge energy:      -5.50
55 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
56 akth:     11.00 akct:     12.00
57 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
58  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
59       -45086
60  ran_num  6.422640197456531E-013
61 RMSDBC =        3.0
62 RMSDBC1 =        0.5
63 RMSDBC1MAX =        1.5
64 DRMS    =        0.1
65 RMSDBCM =        3.0
66 Time limit (min):     960.0
67  RESCALE_MODE           2
68 Library  routine used to diagonalize matrices.
69  
70 =========================== Parameters of the MD run ===========================
71  
72 The units are:
73 positions: angstrom, time: 48.9 fs
74 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
75 energy: kcal/mol, temperature: K
76  
77                                        Number of time steps:   1000000
78                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
79                                                                4.89000 fs
80 A-MTS algorithm used; initial time step for fast-varying short-range forces split into   1 steps.
81 Short-range force cutoff 2.00 lambda 0.30
82 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  10.00000
83 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
84             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
85                                Frequency of property output:     10000
86                              Frequency of coordinate output:     10000
87 Nose-Hoover bath calculation
88 Mol.Phys. 87 1117 (1996) Martyna et al.
89 NVT-XI-RESPA algorithm
90                                                 Temperature: 300.00000
91                                                          Q =   1.00000
92
93 ============================== End of MD run setup =============================
94
95
96 Energy-term weights (unscaled):
97
98 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
99 WSCP=     1.593040 (SC-p)
100 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
101 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
102 WBOND=    1.000000 (stretching)
103 WANG=     1.138730 (bending)
104 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
105 WTOR=     1.985990 (torsional)
106 WTORD=    1.570690 (double torsional)
107 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
108 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
109 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
110 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
111 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
112 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
113 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
114 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
115 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
116
117 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
118
119 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
120 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
121
122 Energy-term weights (scaled):
123
124 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
125 WSCP=     1.593040 (SC-p)
126 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
127 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
128 WBOND=    1.000000 (stretching)
129 WANG=     1.138730 (bending)
130 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
131 WTOR=     1.985990 (torsional)
132 WTORD=    1.570690 (double torsional)
133 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
134 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
135 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
136 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
137 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
138 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
139 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
140 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
141 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
142  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000     
143  Parameters of the SS-bond potential:
144  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
145    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000     
146  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
147    13.7000000000000     
148  EBR  -5.50000000000000     
149 PDB data will be read from file ../../../1L2Y.pdb
150  Nres:    21
151 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
152   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
153   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
154   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
155   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
156   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
157   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
158   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
159   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
160   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
161  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
162  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
163  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
164  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
165  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
166  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
167  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
168  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
169  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
170  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
171  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
172  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
173  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
174 nsup= 20 nstart_sup=  2
175  ITEL
176            1          21           0
177            2          14           1
178            3           5           1
179            4           8           1
180            5           4           1
181            6          13           1
182            7           7           1
183            8           5           1
184            9          19           1
185           10          16           1
186           11          10           1
187           12          10           2
188           13          20           1
189           14          12           1
190           15          12           1
191           16          10           1
192           17          18           2
193           18          20           2
194           19          20           2
195           20          20           1
196           21          12           0
197  ns=           0  iss:
198 Boundaries in phi angle sampling:
199 D      1    -180.0     180.0
200 ASN    2    -180.0     180.0
201 LEU    3    -180.0     180.0
202 TYR    4    -180.0     180.0
203 ILE    5    -180.0     180.0
204 GLN    6    -180.0     180.0
205 TRP    7    -180.0     180.0
206 LEU    8    -180.0     180.0
207 LYS    9    -180.0     180.0
208 ASP   10    -180.0     180.0
209 GLY   11    -180.0     180.0
210 GLY   12    -180.0     180.0
211 PRO   13    -180.0     180.0
212 SER   14    -180.0     180.0
213 SER   15    -180.0     180.0
214 GLY   16    -180.0     180.0
215 ARG   17    -180.0     180.0
216 PRO   18    -180.0     180.0
217 PRO   19    -180.0     180.0
218 PRO   20    -180.0     180.0
219 SER   21    -180.0     180.0
220 D     22    -180.0     180.0
221 nsup= 20
222  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
223  NZ_START=           2  NZ_END=          21
224  IZ_SC=           0
225  Contact order:  0.308441558441558     
226  Shifting contacts:           2           2
227            1  ILE            5  ASN            2
228            2  TRP            7  TYR            4
229            3  LEU            8  TYR            4
230            4  LEU            8  ILE            5
231            5  LYS            9  GLN            6
232            6  GLY           12  TRP            7
233            7  GLY           12  LEU            8
234            8  SER           14  GLY           11
235            9  SER           15  ASP           10
236           10  SER           15  GLY           11
237           11  PRO           19  TRP            7
238           12  PRO           20  LEU            3
239           13  PRO           20  TYR            4
240           14  PRO           20  TRP            7
241 Extended chain initial geometry.
242
243 Geometry of the virtual chain.
244   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta 
245 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
246 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
247 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
248 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
249 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
250 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
251 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
252 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
253 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
254 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
255 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
256 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
257 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
258 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
259 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
260 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
261 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
262 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
263 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
264 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
265 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
266 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
267
268
269 ********************************************************************************
270                     Processor   0: end reading molecular data.
271 ********************************************************************************
272
273
274 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
275
276 ********************************************************************************
277
278  Calling chainbuild
279 ====================MD calculation start====================
280  Initial velocities randomly generated
281  Initial velocities
282   0   0.02267   0.06282  -0.18129      0.00000   0.00000   0.00000
283   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
284   2  -0.36014  -0.22705  -0.00171     -0.06904  -0.02446   0.24778
285   3   0.27655   0.20645   0.14150      0.26200   0.15105   0.09342
286   4   0.10834  -0.11941   0.14712      0.10330  -0.09595   0.03277
287   5   0.05798  -0.08974   0.08325      0.03879   0.02648  -0.14707
288   6   0.01211   0.16444  -0.14711     -0.01628   0.11599  -0.16511
289   7  -0.01010  -0.05513   0.03662     -0.18958   0.06429   0.04531
290   8  -0.01799   0.13439  -0.04510      0.02318   0.10657   0.03722
291   9  -0.26458  -0.01929   0.09531     -0.22533  -0.17075  -0.04594
292  10   0.14062  -0.06051  -0.18363      0.20415  -0.15549  -0.17329
293  11  -0.14145   0.13159  -0.00733      0.00000   0.00000   0.00000
294  12   0.19745  -0.24261   0.01759      0.00000   0.00000   0.00000
295  13  -0.15305   0.28008   0.07251      0.06558   0.14824   0.10057
296  14   0.11104  -0.31941   0.15684     -0.02949  -0.09688   0.05398
297  15   0.14534   0.10342  -0.23754     -0.13923   0.07952   0.07655
298  16  -0.11969   0.14757   0.15002      0.00000   0.00000   0.00000
299  17  -0.09007  -0.15856  -0.20234     -0.07955  -0.08516  -0.10245
300  18   0.24139   0.09063   0.14043     -0.02074   0.10220   0.04907
301  19  -0.14354  -0.07226  -0.29143     -0.12408  -0.06855  -0.02978
302  20   0.28536   0.09023   0.56577      0.02348   0.16297   0.19270
303  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.13725  -0.06434  -0.21957
304  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
305  Calling the zero-angular  momentum subroutine
306  vcm right after adjustment:
307   3.226027363508501E-017  2.674744206453251E-017  6.125368411725002E-018
308
309
310               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
311              X           Y           Z          X           Y           Z
312 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
313 ASN(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.64779     0.96674     1.37044
314 LEU(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     2.68687    -3.62474    -1.57795
315 TYR(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.37548    -2.37399     2.02147
316 ILE(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     6.58044    -7.43947    -1.44530
317 GLN(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.19753    -6.31407     1.82291
318 TRP(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000     9.90453   -11.16454    -2.11994
319 LEU(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.02474   -10.28687     1.57795
320 LYS(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    13.74127   -14.97033    -2.06786
321 ASP( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.84553   -14.21890     1.39078
322 GLY( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    19.00000   -19.00000     0.00000
323 GLY( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.80000   -19.00000     0.00000
324 PRO( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.02787   -22.67843    -1.09456
325 SER( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.49606   -22.13981     0.93587
326 SER( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    25.93981   -26.49606    -0.93587
327 GLY( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.40000   -26.60000     0.00000
328 ARG( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    28.66629   -30.12703    -2.45767
329 PRO( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.07843   -29.62787     1.09456
330 PRO( 19)    34.20000   -34.20000     0.00000    33.42787   -34.07843    -1.09456
331 PRO( 20)    38.00000   -34.20000     0.00000    37.87843   -33.42787     1.09456
332 SER( 21)    38.00000   -38.00000     0.00000    37.33981   -37.89606    -0.93587
333 D  ( 22)    41.80000   -38.00000     0.00000    41.80000   -38.00000     0.00000
334
335 Geometry of the virtual chain.
336   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta 
337 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
338 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
339 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
340 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
341 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
342 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
343 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
344 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
345 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
346 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
347 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
348 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
349 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
350 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
351 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
352 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
353 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
354 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
355 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
356 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
357 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
358 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
359  H0=    122.583635723249     
360  Potential energy and its components
361
362 Virtual-chain energies:
363
364 EVDW=     -1.680592E+01 WEIGHT=    1.352790D+00 (SC-SC)
365 EVDW2=     2.387106E+01 WEIGHT=    1.593040D+00 (SC-p)
366 EES=      -7.520330E+00 WEIGHT=    7.153400D-01 (p-p)
367 EVDWPP=   -2.624923E+01 WEIGHT=    1.137100D-01 (p-p VDW)
368 ESTR=      8.665144E-27 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
369 EBE=       1.082023E+00 WEIGHT=    1.138730D+00 (bending)
370 ESC=       9.168846E+01 WEIGHT=    1.625800D-01 (SC local)
371 ETORS=     2.664535E-15 WEIGHT=    1.985990D+00 (torsional)
372 ETORSD=   -2.547586E+00 WEIGHT=    1.570690D+00 (double torsional)
373 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
374 ECORR4=   -4.501075E+00 WEIGHT=    4.288700D-01 (multi-body)
375 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
376 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
377 EELLO=     2.197932E+01 WEIGHT=    1.603600D-01 (electrostatic-local)
378 ETURN3=   -1.258124E+00 WEIGHT=    1.687220D+00 (turns, 3rd order)
379 ETURN4=    9.498513E+00 WEIGHT=    6.623000D-01 (turns, 4th order)
380 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
381 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
382 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
383 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
384 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
385 ETOT=      2.482802E+01 (total)
386
387 Initial:
388            Kinetic energy   3.16218E+01
389          potential energy   2.48280E+01
390              total energy   5.64498E+01
391
392     maximum acceleration    7.07629E-01
393
394  acceleration/energy drift too large   9.78013718448949     
395    10.6971139128278       split increased to            2  itime       72745 
396   itsplit           1
397  acceleration/energy drift too large   6.65467285428532     
398    11.4261305813792       split increased to            2  itime      213434 
399   itsplit           1
400  acceleration/energy drift too large   6.23173521323265     
401    12.7765218283068       split increased to            2  itime      224643 
402   itsplit           1
403  acceleration/energy drift too large   9.82326621220746     
404    10.5112359366962       split increased to            2  itime      240810 
405   itsplit           1
406  acceleration/energy drift too large   11.6741711355468     
407    14.5266567820789       split increased to            2  itime      293410 
408   itsplit           1
409  acceleration/energy drift too large   14.4639213800120     
410    23.7234928069806       split increased to            2  itime      413671 
411   itsplit           1
412  acceleration/energy drift too large   10.7495418233675     
413    11.7766241585679       split increased to            2  itime      707772 
414   itsplit           1
415  acceleration/energy drift too large   14.1580222958177     
416    15.5950126123075       split increased to            2  itime      782746 
417   itsplit           1
418  acceleration/energy drift too large   11.1422328063867     
419    12.5552272072498       split increased to            2  itime      851609 
420   itsplit           1
421  acceleration/energy drift too large   7.92906617031973     
422    14.0128676820342       split increased to            2  itime      904403 
423   itsplit           1
424  acceleration/energy drift too large   10.7058448136198     
425    14.3424550573967       split increased to            2  itime      908867 
426   itsplit           1
427
428
429 ===================================  Timing  ===================================
430
431                   MD calculations setup:    3.90625E-03
432            Energy & gradient evaluation:    3.09223E+02
433                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
434                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
435                                MD steps:    3.28801E+02
436
437
438 ============================  End of MD calculation  ===========================
439 CG processor   0 is finishing work.
440  Total wall clock time   333.972656250000       sec