examples/unres/new/MD/Nose_Hoover/ff_1l2y/1L2Y_MD.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_MD.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_MD.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scinter_GB.parm
   9  SCp potential file              : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scp.parm
  10  Electrostatic potential file    :
  11  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  12  Cumulant coefficient file       :
  13  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  14  Torsional parameter file        :
  15  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  16  Double torsional parameter file :
  17  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  18  SCCOR parameter file : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  19  Bond & inertia constant file    :
  20  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/bond_AM1.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 2.5 build 303
  34  compiled Mon Jul 23 17:44:56 2012
  35  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64
  38  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -g -ip -w -CB
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56  Start reading THETA_PDB
  57  End reading THETA_PDB
  58
  59 Potential is GB , exponents are   6 12
  60
  61 Disulfide bridge parameters:
  62 S-S bridge energy:      -5.50
  63 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  64 akth:     11.00 akct:     12.00
  65 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  66  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
  67       -45086
  68  ran_num  6.422640197456531E-013
  69 RMSDBC =        3.0
  70 RMSDBC1 =        0.5
  71 RMSDBC1MAX =        1.5
  72 DRMS    =        0.1
  73 RMSDBCM =        3.0
  74 Time limit (min):     960.0
  75  RESCALE_MODE           2
  76 Library  routine used to diagonalize matrices.
  77
  78 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  79
  80 The units are:
  81 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  82 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  83 energy: kcal/mol, temperature: K
  84
  85                                        Number of time steps:   1000000
  86                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
  87                                                                4.89000 fs
  88 A-MTS algorithm used; initial time step for fast-varying short-range forces split into   1 steps.
  89 Short-range force cutoff 2.00 lambda 0.30
  90 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  10.00000
  91 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  92             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  93                                Frequency of property output:     10000
  94                              Frequency of coordinate output:     10000
  95 Nose-Hoover bath calculation
  96 Mol.Phys. 87 1117 (1996) Martyna et al.
  97 NVT-XI-RESPA algorithm
  98                                                 Temperature: 300.00000
  99                                                          Q =   1.00000
 100
 101 ============================== End of MD run setup =============================
 102
 103
 104 Energy-term weights (unscaled):
 105
 106 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 107 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 108 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 109 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 110 WBOND=    1.000000 (stretching)
 111 WANG=     0.629540 (bending)
 112 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 113 WTOR=     1.843160 (torsional)
 114 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 115 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 116 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 117 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 118 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 119 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 120 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 121 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 122 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 123 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 124
 125 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 126
 127 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 128 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 129
 130 Energy-term weights (scaled):
 131
 132 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 133 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 134 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 135 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 136 WBOND=    1.000000 (stretching)
 137 WANG=     0.629540 (bending)
 138 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 139 WTOR=     1.843160 (torsional)
 140 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 141 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 142 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 143 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 144 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 145 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 146 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 147 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 148 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 149 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 150  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 151  Parameters of the SS-bond potential:
 152  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 153    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 154  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 155    13.7000000000000
 156  EBR  -5.50000000000000
 157 PDB data will be read from file ../../../1L2Y.pdb
 158  Nres:    21
 159 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 160   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 161   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 162   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 163   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 164   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 165   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 166   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 167   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 168   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 169  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 170  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 171  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 172  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 173  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 174  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 175  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 176  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 177  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 178  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 179  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 180  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 181  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 182 nsup= 20 nstart_sup=  2
 183  ITEL
 184            1          21           0
 185            2          14           1
 186            3           5           1
 187            4           8           1
 188            5           4           1
 189            6          13           1
 190            7           7           1
 191            8           5           1
 192            9          19           1
 193           10          16           1
 194           11          10           1
 195           12          10           2
 196           13          20           1
 197           14          12           1
 198           15          12           1
 199           16          10           1
 200           17          18           2
 201           18          20           2
 202           19          20           2
 203           20          20           1
 204           21          12           0
 205  ns=           0  iss:
 206 Boundaries in phi angle sampling:
 207 D      1    -180.0     180.0
 208 ASN    2    -180.0     180.0
 209 LEU    3    -180.0     180.0
 210 TYR    4    -180.0     180.0
 211 ILE    5    -180.0     180.0
 212 GLN    6    -180.0     180.0
 213 TRP    7    -180.0     180.0
 214 LEU    8    -180.0     180.0
 215 LYS    9    -180.0     180.0
 216 ASP   10    -180.0     180.0
 217 GLY   11    -180.0     180.0
 218 GLY   12    -180.0     180.0
 219 PRO   13    -180.0     180.0
 220 SER   14    -180.0     180.0
 221 SER   15    -180.0     180.0
 222 GLY   16    -180.0     180.0
 223 ARG   17    -180.0     180.0
 224 PRO   18    -180.0     180.0
 225 PRO   19    -180.0     180.0
 226 PRO   20    -180.0     180.0
 227 SER   21    -180.0     180.0
 228 D     22    -180.0     180.0
 229 nsup= 20
 230  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 231  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 232  IZ_SC=           0
 233  Contact order:  0.308441558441558
 234  Shifting contacts:           2           2
 235            1  ILE            5  ASN            2
 236            2  TRP            7  TYR            4
 237            3  LEU            8  TYR            4
 238            4  LEU            8  ILE            5
 239            5  LYS            9  GLN            6
 240            6  GLY           12  TRP            7
 241            7  GLY           12  LEU            8
 242            8  SER           14  GLY           11
 243            9  SER           15  ASP           10
 244           10  SER           15  GLY           11
 245           11  PRO           19  TRP            7
 246           12  PRO           20  LEU            3
 247           13  PRO           20  TYR            4
 248           14  PRO           20  TRP            7
 249 Extended chain initial geometry.
 250
 251 Geometry of the virtual chain.
 252   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 253 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 254 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
 255 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
 256 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
 257 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
 258 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
 259 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
 260 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
 261 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
 262 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
 263 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 264 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 265 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 266 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 267 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 268 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 269 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
 270 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 271 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 272 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 273 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 274 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 275
 276
 277 ********************************************************************************
 278                     Processor   0: end reading molecular data.
 279 ********************************************************************************
 280
 281
 282 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 283
 284 ********************************************************************************
 285
 286  Calling chainbuild
 287 ====================MD calculation start====================
 288  Initial velocities randomly generated
 289  Initial velocities
 290   0   0.02267   0.06282  -0.18129      0.00000   0.00000   0.00000
 291   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 292   2  -0.36014  -0.22705  -0.00171     -0.06904  -0.02446   0.24778
 293   3   0.27655   0.20645   0.14150      0.26200   0.15105   0.09342
 294   4   0.10834  -0.11941   0.14712      0.10330  -0.09595   0.03277
 295   5   0.05798  -0.08974   0.08325      0.03879   0.02648  -0.14707
 296   6   0.01211   0.16444  -0.14711     -0.01628   0.11599  -0.16511
 297   7  -0.01010  -0.05513   0.03662     -0.18958   0.06429   0.04531
 298   8  -0.01799   0.13439  -0.04510      0.02318   0.10657   0.03722
 299   9  -0.26458  -0.01929   0.09531     -0.22533  -0.17075  -0.04594
 300  10   0.14062  -0.06051  -0.18363      0.20415  -0.15549  -0.17329
 301  11  -0.14145   0.13159  -0.00733      0.00000   0.00000   0.00000
 302  12   0.19745  -0.24261   0.01759      0.00000   0.00000   0.00000
 303  13  -0.15305   0.28008   0.07251      0.06558   0.14824   0.10057
 304  14   0.11104  -0.31941   0.15684     -0.02949  -0.09688   0.05398
 305  15   0.14534   0.10342  -0.23754     -0.13923   0.07952   0.07655
 306  16  -0.11969   0.14757   0.15002      0.00000   0.00000   0.00000
 307  17  -0.09007  -0.15856  -0.20234     -0.07955  -0.08516  -0.10245
 308  18   0.24139   0.09063   0.14043     -0.02074   0.10220   0.04907
 309  19  -0.14354  -0.07226  -0.29143     -0.12408  -0.06855  -0.02978
 310  20   0.28536   0.09023   0.56577      0.02348   0.16297   0.19270
 311  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.13725  -0.06434  -0.21957
 312  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 313  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 314  vcm right after adjustment:
 315   1.837610523517500E-017 -2.960594732333751E-018  9.596410511702503E-018
 316
 317
 318               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 319              X           Y           Z          X           Y           Z
 320 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 321 ASN(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.64779     0.96674     1.37044
 322 LEU(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     2.68687    -3.62474    -1.57795
 323 TYR(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.37548    -2.37399     2.02147
 324 ILE(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     6.58044    -7.43947    -1.44530
 325 GLN(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.19753    -6.31407     1.82291
 326 TRP(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000     9.90453   -11.16454    -2.11994
 327 LEU(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.02474   -10.28687     1.57795
 328 LYS(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    13.74127   -14.97033    -2.06786
 329 ASP( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.84553   -14.21890     1.39078
 330 GLY( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    19.00000   -19.00000     0.00000
 331 GLY( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.80000   -19.00000     0.00000
 332 PRO( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.02787   -22.67843    -1.09456
 333 SER( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.49606   -22.13981     0.93587
 334 SER( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    25.93981   -26.49606    -0.93587
 335 GLY( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.40000   -26.60000     0.00000
 336 ARG( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    28.66629   -30.12703    -2.45767
 337 PRO( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.07843   -29.62787     1.09456
 338 PRO( 19)    34.20000   -34.20000     0.00000    33.42787   -34.07843    -1.09456
 339 PRO( 20)    38.00000   -34.20000     0.00000    37.87843   -33.42787     1.09456
 340 SER( 21)    38.00000   -38.00000     0.00000    37.33981   -37.89606    -0.93587
 341 D  ( 22)    41.80000   -38.00000     0.00000    41.80000   -38.00000     0.00000
 342
 343 Geometry of the virtual chain.
 344   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 345 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 346 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
 347 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
 348 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
 349 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
 350 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
 351 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
 352 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
 353 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
 354 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
 355 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 356 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 357 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 358 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 359 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 360 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 361 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
 362 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 363 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 364 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 365 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 366 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 367  H0=    212.829722601506
 368  Potential energy and its components
 369
 370 Virtual-chain energies:
 371
 372 EVDW=     -1.947821E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 373 EVDW2=     2.387106E+01 WEIGHT=    1.233150D+00 (SC-p)
 374 EES=      -7.520330E+00 WEIGHT=    8.447600D-01 (p-p)
 375 EVDWPP=   -2.624923E+01 WEIGHT=    2.317300D-01 (p-p VDW)
 376 ESTR=      1.118676E+02 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 377 EBE=      -1.933948E+01 WEIGHT=    6.295400D-01 (bending)
 378 ESC=       8.868295E+01 WEIGHT=    1.055400D-01 (SC local)
 379 ETORS=     2.664535E-15 WEIGHT=    1.843160D+00 (torsional)
 380 ETORSD=   -2.547586E+00 WEIGHT=    1.265710D+00 (double torsional)
 381 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 382 ECORR4=   -4.501075E+00 WEIGHT=    1.921200D-01 (multi-body)
 383 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 384 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 385 EELLO=     2.197932E+01 WEIGHT=    3.735700D-01 (electrostatic-local)
 386 ETURN3=   -1.258124E+00 WEIGHT=    1.403230D+00 (turns, 3rd order)
 387 ETURN4=    9.498513E+00 WEIGHT=    6.467300D-01 (turns, 4th order)
 388 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 389 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 390 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 391 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 392 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 393 ETOT=      1.150741E+02 (total)
 394
 395 Initial:
 396            Kinetic energy   3.16218E+01
 397          potential energy   1.15074E+02
 398              total energy   1.46696E+02
 399
 400     maximum acceleration    4.85027E+00
 401
 402
 403
 404 ===================================  Timing  ===================================
 405
 406                   MD calculations setup:    4.68750E-02
 407            Energy & gradient evaluation:    3.77336E+02
 408                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 409                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 410                                MD steps:    4.15750E+02
 411
 412
 413 ============================  End of MD calculation  ===========================
 414 CG processor   0 is finishing work.
 415  Total wall clock time   420.417968750000       sec