Dodanie przykladow do MD, REMD, MREMD i mikrokanonicznego
[unres.git] / examples / unres / new / MD / Langevin / ff_gab / 1L2Y_MD.out_GB000
1 --------------------------------------------------------------------------------
2                               FILE ASSIGNMENT
3 --------------------------------------------------------------------------------
4  Input file                      : 1L2Y_MD.inp
5  Output file                     : 1L2Y_MD.out_GB000
6  
7  Sidechain potential file        : 
8  /users/czarek/UNRES/export_v3/PARAM/scinter_GB.parm
9  SCp potential file              : /users/czarek/UNRES/export_v3/PARAM/scp.parm
10  Electrostatic potential file    : 
11  /users/czarek/UNRES/export_v3/PARAM/electr_631Gdp.parm
12  Cumulant coefficient file       : 
13  /users/czarek/UNRES/export_v3/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
14  Torsional parameter file        : 
15  /users/czarek/UNRES/export_v3/PARAM/torsion_631Gdp.parm
16  Double torsional parameter file : 
17  /users/czarek/UNRES/export_v3/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
18  SCCOR parameter file : /users/czarek/UNRES/export_v3/PARAM/rotcorr_AM1.parm
19  Bond & inertia constant file    : /users/czarek/UNRES/export_v3/PARAM/bond.parm
20  Bending parameter file          : 
21  /users/czarek/UNRES/export_v3/PARAM/thetaml.5parm
22  Rotamer parameter file          : 
23  /users/czarek/UNRES/export_v3/PARAM/scgauss.parm
24  Threading database              : 
25  /users/czarek/UNRES/export_v3/PARAM/patterns.cart
26 --------------------------------------------------------------------------------
27 ********************************************************************************
28 United-residue force field calculation - parallel job.
29 ********************************************************************************
30  ### LAST MODIFIED  04/08/11 11:00AM by czarek
31  ++++ Compile info ++++
32  Version 2.5 build 36
33  compiled Thu Dec  1 05:12:23 2011
34  compiled by czarek@matrix.chem.cornell.edu
35  OS name:    Linux 
36  OS release: 2.6.34.8-68.fc13.x86_64 
37  OS version: #1 SMP Thu Feb 17 15:03:58 UTC 2011 
38  flags:
39  CPPFLAGS = -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_S...
40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
41  FC= ifort 
42  OPT =  -O3 -ip -w 
43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include 
44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include  
46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
47  BIN = ../bin/unres_120111_mpich1_oldparm.exe
48  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
49  ARCH = LINUX
50  PP = /lib/cpp -P
51  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
52  ++++ End of compile info ++++
53
54 Potential is GB , exponents are   6 12
55
56 Disulfide bridge parameters:
57 S-S bridge energy:      -5.50
58 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
59 akth:     11.00 akct:     12.00
60 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
61  MPI: node=            0  iseed=               -3059742
62  ran_num  0.273754117333397     
63 RMSDBC =        3.0
64 RMSDBC1 =        0.5
65 RMSDBC1MAX =        1.5
66 DRMS    =        0.1
67 RMSDBCM =        3.0
68 Time limit (min):     960.0
69  RESCALE_MODE           2
70 Library  routine used to diagonalize matrices.
71  
72 =========================== Parameters of the MD run ===========================
73  
74 The units are:
75 positions: angstrom, time: 48.9 fs
76 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
77 energy: kcal/mol, temperature: K
78  
79                                        Number of time steps:   1000000
80                  Initial time step of numerical integration:   0.20000 natural units
81                                                                9.78000 fs
82 A-MTS algorithm used; initial time step for fast-varying short-range forces split into   1 steps.
83 Short-range force cutoff 2.00 lambda 0.30
84 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  10.00000
85 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
86             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
87                                Frequency of property output:     10000
88                              Frequency of coordinate output:     10000
89
90 Langevin dynamics calculation with direct integration of Langevin equations
91
92                                                 Temperature: 300.00000
93                                    Viscosity of the solvent:   0.89040
94                                  Radius of solvent molecule:   1.40000
95                       Scaling factor of the friction forces:   0.02000
96                         Eta of the solvent in natural units:  49.27846
97
98 Radii of site types and friction coefficients and std's of stochastic forces of fully exposed sites
99
100     p 5.00   6.30764   6.13033
101   CYS 5.00   6.30764   6.13033
102   MET 6.20   7.49033   6.68037
103   PHE 6.80   8.08167   6.93906
104   ILE 6.20   7.49033   6.68037
105   LEU 6.30   7.58888   6.72418
106   VAL 5.80   7.09610   6.50220
107   TRP 7.20   8.47589   7.10629
108   TYR 6.90   8.18022   6.98124
109   ALA 4.60   5.91342   5.93567
110   GLY 3.80   5.12496   5.52580
111   THR 5.60   6.89898   6.41125
112   SER 4.80   6.11053   6.03378
113   GLN 6.10   7.39177   6.63628
114   ASN 5.70   6.99754   6.45688
115   GLU 6.10   7.39177   6.63628
116   ASP 5.60   6.89898   6.41125
117   HIS 6.20   7.49033   6.68037
118   ARG 6.80   8.08167   6.93906
119   LYS 6.30   7.58888   6.72418
120   PRO 5.60   6.89898   6.41125
121
122 ============================== End of MD run setup =============================
123
124
125 Energy-term weights (unscaled):
126
127 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
128 WSCP=     1.593040 (SC-p)
129 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
130 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
131 WBOND=    1.000000 (stretching)
132 WANG=     1.138730 (bending)
133 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
134 WTOR=     1.985990 (torsional)
135 WTORD=    1.570690 (double torsional)
136 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
137 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
138 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
139 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
140 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
141 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
142 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
143 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
144 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
145
146 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
147
148 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
149 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
150
151 Energy-term weights (scaled):
152
153 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
154 WSCP=     1.593040 (SC-p)
155 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
156 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
157 WBOND=    1.000000 (stretching)
158 WANG=     1.138730 (bending)
159 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
160 WTOR=     1.985990 (torsional)
161 WTORD=    1.570690 (double torsional)
162 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
163 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
164 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
165 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
166 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
167 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
168 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
169 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
170 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
171  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000     
172  Parameters of the SS-bond potential:
173  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
174    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000     
175  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
176    13.7000000000000     
177  EBR  -5.50000000000000     
178 PDB data will be read from file ../../../1L2Y.pdb
179  Nres:    21
180 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
181   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
182   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
183   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
184   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
185   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
186   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
187   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
188   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
189   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
190  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
191  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
192  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
193  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
194  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
195  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
196  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
197  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
198  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
199  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
200  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
201  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
202  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
203 nsup= 20 nstart_sup=  2
204  ITEL
205            1          21           0
206            2          14           1
207            3           5           1
208            4           8           1
209            5           4           1
210            6          13           1
211            7           7           1
212            8           5           1
213            9          19           1
214           10          16           1
215           11          10           1
216           12          10           2
217           13          20           1
218           14          12           1
219           15          12           1
220           16          10           1
221           17          18           2
222           18          20           2
223           19          20           2
224           20          20           1
225           21          12           0
226  ns=           0  iss:
227 Boundaries in phi angle sampling:
228 D      1    -180.0     180.0
229 ASN    2    -180.0     180.0
230 LEU    3    -180.0     180.0
231 TYR    4    -180.0     180.0
232 ILE    5    -180.0     180.0
233 GLN    6    -180.0     180.0
234 TRP    7    -180.0     180.0
235 LEU    8    -180.0     180.0
236 LYS    9    -180.0     180.0
237 ASP   10    -180.0     180.0
238 GLY   11    -180.0     180.0
239 GLY   12    -180.0     180.0
240 PRO   13    -180.0     180.0
241 SER   14    -180.0     180.0
242 SER   15    -180.0     180.0
243 GLY   16    -180.0     180.0
244 ARG   17    -180.0     180.0
245 PRO   18    -180.0     180.0
246 PRO   19    -180.0     180.0
247 PRO   20    -180.0     180.0
248 SER   21    -180.0     180.0
249 D     22    -180.0     180.0
250 nsup= 20
251  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
252  NZ_START=           2  NZ_END=          21
253  IZ_SC=           0
254  Contact order:  0.308441558441558     
255  Shifting contacts:           2           2
256            1  ILE            5  ASN            2
257            2  TRP            7  TYR            4
258            3  LEU            8  TYR            4
259            4  LEU            8  ILE            5
260            5  LYS            9  GLN            6
261            6  GLY           12  TRP            7
262            7  GLY           12  LEU            8
263            8  SER           14  GLY           11
264            9  SER           15  ASP           10
265           10  SER           15  GLY           11
266           11  PRO           19  TRP            7
267           12  PRO           20  LEU            3
268           13  PRO           20  TYR            4
269           14  PRO           20  TRP            7
270 Extended chain initial geometry.
271
272 Geometry of the virtual chain.
273   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta 
274 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
275 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
276 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
277 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
278 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
279 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
280 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
281 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
282 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
283 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
284 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
285 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
286 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
287 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
288 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
289 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
290 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
291 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
292 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
293 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
294 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
295 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
296
297
298 ********************************************************************************
299                     Processor   0: end reading molecular data.
300 ********************************************************************************
301
302
303 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
304
305 ********************************************************************************
306
307  Calling chainbuild
308 ====================MD calculation start====================
309  Initial velocities randomly generated
310  Initial velocities
311   0   0.14116   0.06019   0.00651      0.00000   0.00000   0.00000
312   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
313   2  -0.17175  -0.01249  -0.15331     -0.02090  -0.05792  -0.09881
314   3   0.15276   0.01076   0.15619     -0.00869  -0.01649   0.14952
315   4   0.09714   0.21962  -0.00076     -0.13161   0.00105  -0.13191
316   5  -0.28995  -0.28661  -0.04399     -0.20794  -0.09712   0.06109
317   6   0.02606  -0.09397   0.00121      0.02142   0.02371   0.06777
318   7   0.14043   0.10719   0.11062      0.03017   0.12211   0.14888
319   8  -0.15894   0.05289  -0.04945     -0.08870  -0.06076   0.05527
320   9   0.00083  -0.06721  -0.12843      0.11538  -0.05179  -0.14286
321  10   0.29223  -0.07835   0.13064      0.07317   0.00083   0.11341
322  11  -0.41159   0.15104  -0.01780      0.00000   0.00000   0.00000
323  12   0.28145  -0.01326   0.08243      0.00000   0.00000   0.00000
324  13  -0.33623   0.09347  -0.10808     -0.02992   0.03048  -0.13246
325  14   0.40983   0.00917  -0.03051      0.24109  -0.19177  -0.02812
326  15  -0.14238  -0.04269   0.11329     -0.06397  -0.14551  -0.10490
327  16  -0.11159  -0.01629   0.01549      0.00000   0.00000   0.00000
328  17   0.08712  -0.04737   0.04618      0.02491  -0.13909  -0.04091
329  18  -0.17195  -0.14441  -0.13341      0.13324  -0.01700  -0.06373
330  19   0.13399   0.09745  -0.00585      0.01171   0.10181  -0.02391
331  20  -0.08296  -0.16674   0.16475      0.07397  -0.09732  -0.22217
332  21   0.00000   0.00000   0.00000      0.05726   0.10954  -0.06352
333  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
334  Calling the zero-angular  momentum subroutine
335  vcm right after adjustment:
336   2.057102891604313E-017  3.164773679391251E-017 -5.308652623495002E-018
337
338
339               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
340              X           Y           Z          X           Y           Z
341 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
342 ASN(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.64779     0.96674     1.37044
343 LEU(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     2.68687    -3.62474    -1.57795
344 TYR(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.37548    -2.37399     2.02147
345 ILE(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     6.58044    -7.43947    -1.44530
346 GLN(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.19753    -6.31407     1.82291
347 TRP(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000     9.90453   -11.16454    -2.11994
348 LEU(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.02474   -10.28687     1.57795
349 LYS(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    13.74127   -14.97033    -2.06786
350 ASP( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.84553   -14.21890     1.39078
351 GLY( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    19.00000   -19.00000     0.00000
352 GLY( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.80000   -19.00000     0.00000
353 PRO( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.02787   -22.67843    -1.09456
354 SER( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.49606   -22.13981     0.93587
355 SER( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    25.93981   -26.49606    -0.93587
356 GLY( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.40000   -26.60000     0.00000
357 ARG( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    28.66629   -30.12703    -2.45767
358 PRO( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.07843   -29.62787     1.09456
359 PRO( 19)    34.20000   -34.20000     0.00000    33.42787   -34.07843    -1.09456
360 PRO( 20)    38.00000   -34.20000     0.00000    37.87843   -33.42787     1.09456
361 SER( 21)    38.00000   -38.00000     0.00000    37.33981   -37.89606    -0.93587
362 D  ( 22)    41.80000   -38.00000     0.00000    41.80000   -38.00000     0.00000
363
364 Geometry of the virtual chain.
365   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta 
366 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
367 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
368 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
369 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
370 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
371 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
372 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
373 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
374 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
375 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
376 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
377 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
378 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
379 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
380 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
381 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
382 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
383 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
384 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
385 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
386 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
387 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
388  Potential energy and its components
389
390 Virtual-chain energies:
391
392 EVDW=     -1.947821E+01 WEIGHT=    1.352790D+00 (SC-SC)
393 EVDW2=     2.387106E+01 WEIGHT=    1.593040D+00 (SC-p)
394 EES=      -7.520330E+00 WEIGHT=    7.153400D-01 (p-p)
395 EVDWPP=   -2.624923E+01 WEIGHT=    1.137100D-01 (p-p VDW)
396 ESTR=      8.665144E-27 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
397 EBE=       1.082023E+00 WEIGHT=    1.138730D+00 (bending)
398 ESC=       9.168846E+01 WEIGHT=    1.625800D-01 (SC local)
399 ETORS=     2.664535E-15 WEIGHT=    1.985990D+00 (torsional)
400 ETORSD=   -2.547586E+00 WEIGHT=    1.570690D+00 (double torsional)
401 EHBP=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
402 ECORR4=   -4.501075E+00 WEIGHT=    4.288700D-01 (multi-body)
403 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
404 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
405 EELLO=     2.197932E+01 WEIGHT=    1.603600D-01 (electrostatic-local)
406 ETURN3=   -1.258124E+00 WEIGHT=    1.687220D+00 (turns, 3rd order)
407 ETURN4=    9.498513E+00 WEIGHT=    6.623000D-01 (turns, 4th order)
408 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
409 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
410 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
411 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
412 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
413 ETOT=      2.121298E+01 (total)
414
415 Initial:
416            Kinetic energy   2.60624E+01
417          potential energy   2.12130E+01
418              total energy   4.72754E+01
419
420     maximum acceleration    9.35162E-01
421
422
423
424 ===================================  Timing  ===================================
425
426                   MD calculations setup:    7.81250E-03
427            Energy & gradient evaluation:    3.11953E+02
428                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
429                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
430                                MD steps:    3.65984E+02
431
432
433 ============================  End of MD calculation  ===========================
434 CG processor   0 is finishing work.
435  Total wall clock time   373.972656250000       sec