examples/unres/new/MD/Langevin/ff_1l2y/1L2Y_MD.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_MD.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_MD.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scinter_GB.parm
   9  SCp potential file              : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scp.parm
  10  Electrostatic potential file    :
  11  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  12  Cumulant coefficient file       :
  13  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  14  Torsional parameter file        :
  15  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  16  Double torsional parameter file :
  17  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  18  SCCOR parameter file : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  19  Bond & inertia constant file    :
  20  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/bond_AM1.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 2.5 build 298
  34  compiled Thu Jul  5 05:49:13 2012
  35  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64
  38  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -g -ip -w -CB
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56  Start reading THETA_PDB
  57  End reading THETA_PDB
  58
  59 Potential is GB , exponents are   6 12
  60
  61 Disulfide bridge parameters:
  62 S-S bridge energy:      -5.50
  63 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  64 akth:     11.00 akct:     12.00
  65 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  66  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
  67       -45086
  68  ran_num  6.422640197456531E-013
  69 RMSDBC =        3.0
  70 RMSDBC1 =        0.5
  71 RMSDBC1MAX =        1.5
  72 DRMS    =        0.1
  73 RMSDBCM =        3.0
  74 Time limit (min):     960.0
  75  RESCALE_MODE           2
  76 Library  routine used to diagonalize matrices.
  77
  78 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  79
  80 The units are:
  81 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  82 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  83 energy: kcal/mol, temperature: K
  84
  85                                        Number of time steps:   1000000
  86                  Initial time step of numerical integration:   0.20000 natural units
  87                                                                9.78000 fs
  88 A-MTS algorithm used; initial time step for fast-varying short-range forces split into   1 steps.
  89 Short-range force cutoff 2.00 lambda 0.30
  90 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  10.00000
  91 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  92             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  93                                Frequency of property output:     10000
  94                              Frequency of coordinate output:     10000
  95
  96 Langevin dynamics calculation with direct integration of Langevin equations
  97
  98                                                 Temperature: 300.00000
  99                                    Viscosity of the solvent:   0.89040
 100                                  Radius of solvent molecule:   1.40000
 101                       Scaling factor of the friction forces:   0.02000
 102                         Eta of the solvent in natural units:  49.27846
 103
 104 Radii of site types and friction coefficients and std's of stochastic forces of fully exposed sites
 105
 106     p 2.50   3.84372   4.78549
 107   CYS 5.00   6.30764   6.13033
 108   MET 6.20   7.49033   6.68037
 109   PHE 6.80   8.08167   6.93906
 110   ILE 6.20   7.49033   6.68037
 111   LEU 6.30   7.58888   6.72418
 112   VAL 5.80   7.09610   6.50220
 113   TRP 7.20   8.47589   7.10629
 114   TYR 6.90   8.18022   6.98124
 115   ALA 4.60   5.91342   5.93567
 116   GLY 3.80   5.12496   5.52580
 117   THR 5.60   6.89898   6.41125
 118   SER 4.80   6.11053   6.03378
 119   GLN 6.10   7.39177   6.63628
 120   ASN 5.70   6.99754   6.45688
 121   GLU 6.10   7.39177   6.63628
 122   ASP 5.60   6.89898   6.41125
 123   HIS 6.20   7.49033   6.68037
 124   ARG 6.80   8.08167   6.93906
 125   LYS 6.30   7.58888   6.72418
 126   PRO 5.60   6.89898   6.41125
 127
 128 ============================== End of MD run setup =============================
 129
 130
 131 Energy-term weights (unscaled):
 132
 133 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 134 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 135 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 136 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 137 WBOND=    1.000000 (stretching)
 138 WANG=     0.629540 (bending)
 139 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 140 WTOR=     1.843160 (torsional)
 141 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 142 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 143 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 144 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 145 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 146 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 147 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 148 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 149 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 150 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 151
 152 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 153
 154 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 155 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 156
 157 Energy-term weights (scaled):
 158
 159 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 160 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 161 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 162 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 163 WBOND=    1.000000 (stretching)
 164 WANG=     0.629540 (bending)
 165 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 166 WTOR=     1.843160 (torsional)
 167 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 168 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 169 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 170 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 171 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 172 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 173 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 174 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 175 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 176 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 177  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 178  Parameters of the SS-bond potential:
 179  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 180    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 181  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 182    13.7000000000000
 183  EBR  -5.50000000000000
 184 PDB data will be read from file ../../../1L2Y.pdb
 185  Nres:    21
 186 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 187   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 188   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 189   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 190   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 191   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 192   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 193   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 194   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 195   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 196  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 197  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 198  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 199  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 200  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 201  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 202  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 203  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 204  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 205  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 206  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 207  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 208  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 209 nsup= 20 nstart_sup=  2
 210  ITEL
 211            1          21           0
 212            2          14           1
 213            3           5           1
 214            4           8           1
 215            5           4           1
 216            6          13           1
 217            7           7           1
 218            8           5           1
 219            9          19           1
 220           10          16           1
 221           11          10           1
 222           12          10           2
 223           13          20           1
 224           14          12           1
 225           15          12           1
 226           16          10           1
 227           17          18           2
 228           18          20           2
 229           19          20           2
 230           20          20           1
 231           21          12           0
 232  ns=           0  iss:
 233 Boundaries in phi angle sampling:
 234 D      1    -180.0     180.0
 235 ASN    2    -180.0     180.0
 236 LEU    3    -180.0     180.0
 237 TYR    4    -180.0     180.0
 238 ILE    5    -180.0     180.0
 239 GLN    6    -180.0     180.0
 240 TRP    7    -180.0     180.0
 241 LEU    8    -180.0     180.0
 242 LYS    9    -180.0     180.0
 243 ASP   10    -180.0     180.0
 244 GLY   11    -180.0     180.0
 245 GLY   12    -180.0     180.0
 246 PRO   13    -180.0     180.0
 247 SER   14    -180.0     180.0
 248 SER   15    -180.0     180.0
 249 GLY   16    -180.0     180.0
 250 ARG   17    -180.0     180.0
 251 PRO   18    -180.0     180.0
 252 PRO   19    -180.0     180.0
 253 PRO   20    -180.0     180.0
 254 SER   21    -180.0     180.0
 255 D     22    -180.0     180.0
 256 nsup= 20
 257  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 258  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 259  IZ_SC=           0
 260  Contact order:  0.308441558441558
 261  Shifting contacts:           2           2
 262            1  ILE            5  ASN            2
 263            2  TRP            7  TYR            4
 264            3  LEU            8  TYR            4
 265            4  LEU            8  ILE            5
 266            5  LYS            9  GLN            6
 267            6  GLY           12  TRP            7
 268            7  GLY           12  LEU            8
 269            8  SER           14  GLY           11
 270            9  SER           15  ASP           10
 271           10  SER           15  GLY           11
 272           11  PRO           19  TRP            7
 273           12  PRO           20  LEU            3
 274           13  PRO           20  TYR            4
 275           14  PRO           20  TRP            7
 276 Extended chain initial geometry.
 277
 278 Geometry of the virtual chain.
 279   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 280 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 281 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
 282 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
 283 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
 284 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
 285 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
 286 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
 287 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
 288 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
 289 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
 290 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 291 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 292 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 293 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 294 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 295 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   110.000  -120.000
 296 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
 297 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 298 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 299 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 300 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 301 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 302
 303
 304 ********************************************************************************
 305                     Processor   0: end reading molecular data.
 306 ********************************************************************************
 307
 308
 309 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 310
 311 ********************************************************************************
 312
 313  Calling chainbuild
 314 ====================MD calculation start====================
 315  Initial velocities randomly generated
 316  Initial velocities
 317   0   0.02267   0.06282  -0.18129      0.00000   0.00000   0.00000
 318   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 319   2  -0.36014  -0.22705  -0.00171     -0.06904  -0.02446   0.24778
 320   3   0.27655   0.20645   0.14150      0.26200   0.15105   0.09342
 321   4   0.10834  -0.11941   0.14712      0.10330  -0.09595   0.03277
 322   5   0.05798  -0.08974   0.08325      0.03879   0.02648  -0.14707
 323   6   0.01211   0.16444  -0.14711     -0.01628   0.11599  -0.16511
 324   7  -0.01010  -0.05513   0.03662     -0.18958   0.06429   0.04531
 325   8  -0.01799   0.13439  -0.04510      0.02318   0.10657   0.03722
 326   9  -0.26458  -0.01929   0.09531     -0.22533  -0.17075  -0.04594
 327  10   0.14062  -0.06051  -0.18363      0.20415  -0.15549  -0.17329
 328  11  -0.14145   0.13159  -0.00733      0.00000   0.00000   0.00000
 329  12   0.19745  -0.24261   0.01759      0.00000   0.00000   0.00000
 330  13  -0.15305   0.28008   0.07251      0.06558   0.14824   0.10057
 331  14   0.11104  -0.31941   0.15684     -0.02949  -0.09688   0.05398
 332  15   0.14534   0.10342  -0.23754     -0.13923   0.07952   0.07655
 333  16  -0.11969   0.14757   0.15002      0.00000   0.00000   0.00000
 334  17  -0.09007  -0.15856  -0.20234     -0.07955  -0.08516  -0.10245
 335  18   0.24139   0.09063   0.14043     -0.02074   0.10220   0.04907
 336  19  -0.14354  -0.07226  -0.29143     -0.12408  -0.06855  -0.02978
 337  20   0.28536   0.09023   0.56577      0.02348   0.16297   0.19270
 338  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.13725  -0.06434  -0.21957
 339  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 340  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 341  vcm right after adjustment:
 342   1.837610523517500E-017 -2.960594732333751E-018  9.596410511702503E-018
 343
 344
 345               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 346              X           Y           Z          X           Y           Z
 347 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 348 ASN(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.64779     0.96674     1.37044
 349 LEU(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     2.68687    -3.62474    -1.57795
 350 TYR(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.37548    -2.37399     2.02147
 351 ILE(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     6.58044    -7.43947    -1.44530
 352 GLN(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.19753    -6.31407     1.82291
 353 TRP(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000     9.90453   -11.16454    -2.11994
 354 LEU(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.02474   -10.28687     1.57795
 355 LYS(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    13.74127   -14.97033    -2.06786
 356 ASP( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.84553   -14.21890     1.39078
 357 GLY( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    19.00000   -19.00000     0.00000
 358 GLY( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.80000   -19.00000     0.00000
 359 PRO( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.02787   -22.67843    -1.09456
 360 SER( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.49606   -22.13981     0.93587
 361 SER( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    25.93981   -26.49606    -0.93587
 362 GLY( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.40000   -26.60000     0.00000
 363 ARG( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    28.66629   -30.12703    -2.45767
 364 PRO( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.07843   -29.62787     1.09456
 365 PRO( 19)    34.20000   -34.20000     0.00000    33.42787   -34.07843    -1.09456
 366 PRO( 20)    38.00000   -34.20000     0.00000    37.87843   -33.42787     1.09456
 367 SER( 21)    38.00000   -38.00000     0.00000    37.33981   -37.89606    -0.93587
 368 D  ( 22)    41.80000   -38.00000     0.00000    41.80000   -38.00000     0.00000
 369
 370 Geometry of the virtual chain.
 371   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 372 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 373 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   110.000  -120.000
 374 LEU   3     3.800    90.000     0.000     1.939   110.000  -120.000
 375 TYR   4     3.800    90.000   180.000     2.484   110.000  -120.000
 376 ILE   5     3.800    90.000   180.000     1.776   110.000  -120.000
 377 GLN   6     3.800    90.000   180.000     2.240   110.000  -120.000
 378 TRP   7     3.800    90.000   180.000     2.605   110.000  -120.000
 379 LEU   8     3.800    90.000   180.000     1.939   110.000  -120.000
 380 LYS   9     3.800    90.000   180.000     2.541   110.000  -120.000
 381 ASP  10     3.800    90.000   180.000     1.709   110.000  -120.000
 382 GLY  11     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 383 GLY  12     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 384 PRO  13     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 385 SER  14     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 386 SER  15     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 387 GLY  16     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 388 ARG  17     3.800    90.000   180.000     3.020   110.000  -120.000
 389 PRO  18     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 390 PRO  19     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 391 PRO  20     3.800    90.000   180.000     1.345   110.000  -120.000
 392 SER  21     3.800    90.000   180.000     1.150   110.000  -120.000
 393 D    22     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 394  Potential energy and its components
 395
 396 Virtual-chain energies:
 397
 398 EVDW=     -1.947821E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 399 EVDW2=     2.387106E+01 WEIGHT=    1.233150D+00 (SC-p)
 400 EES=      -7.520330E+00 WEIGHT=    8.447600D-01 (p-p)
 401 EVDWPP=   -2.624923E+01 WEIGHT=    2.317300D-01 (p-p VDW)
 402 ESTR=      1.118676E+02 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 403 EBE=      -1.933948E+01 WEIGHT=    6.295400D-01 (bending)
 404 ESC=       8.868295E+01 WEIGHT=    1.055400D-01 (SC local)
 405 ETORS=     2.664535E-15 WEIGHT=    1.843160D+00 (torsional)
 406 ETORSD=   -2.547586E+00 WEIGHT=    1.265710D+00 (double torsional)
 407 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 408 ECORR4=   -4.501075E+00 WEIGHT=    1.921200D-01 (multi-body)
 409 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 410 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 411 EELLO=     2.197932E+01 WEIGHT=    3.735700D-01 (electrostatic-local)
 412 ETURN3=   -1.258124E+00 WEIGHT=    1.403230D+00 (turns, 3rd order)
 413 ETURN4=    9.498513E+00 WEIGHT=    6.467300D-01 (turns, 4th order)
 414 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 415 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 416 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 417 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 418 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 419 ETOT=      1.150741E+02 (total)
 420
 421 Initial:
 422            Kinetic energy   3.16218E+01
 423          potential energy   1.15074E+02
 424              total energy   1.46696E+02
 425
 426     maximum acceleration    4.85027E+00
 427
 428
 429
 430 ===================================  Timing  ===================================
 431
 432                   MD calculations setup:    1.17188E-02
 433            Energy & gradient evaluation:    3.75566E+02
 434                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 435                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 436                                MD steps:    4.51895E+02
 437
 438
 439 ============================  End of MD calculation  ===========================
 440 CG processor   0 is finishing work.
 441  Total wall clock time   457.273437500000       sec