examples/unres/new/MD/DYN_SS/ss/small.out_GB

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : small.inp
   5  Output file                     : small.out_GB
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-
   9  10-8k
  10  SCp potential file              : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scp.parm
  11  Electrostatic potential file    :
  12  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  13  Cumulant coefficient file       :
  14  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  15  Torsional parameter file        :
  16  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  17  Double torsional parameter file :
  18  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  19  SCCOR parameter file : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  20  Bond & inertia constant file    : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/bond.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/thetaml.5parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scgauss.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  29  ++++ Compile info ++++
  30  Version 3.1 build 27
  31  compiled Fri Oct  5 13:10:24 2012
  32  compiled by czarek@piasek3
  33  OS name:    Linux
  34  OS release: 2.6.32-42-generic
  35  OS version: #96-Ubuntu SMP Wed Aug 15 19:37:37 UTC 2012
  36  flags:
  37  FC = ifort
  38  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  39  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  40  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  41  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  42  CC = cc
  43  CFLAGS = -DLINUX -DPGI -c
  44  OPT =  -O3 -ip -w
  45  LIBS = -Lxdrf -lxdrf
  46  ARCH = LINUX
  47  PP = /lib/cpp -P
  48  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  49  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  50  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_si...
  51  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  52  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  53  ++++ End of compile info ++++
  54
  55 Potential is GB , exponents are   6 12
  56
  57 Disulfide bridge parameters:
  58 S-S bridge energy:      -5.50
  59 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  60 akth:     11.00 akct:     12.00
  61 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  62  ran_num  0.383569105241247
  63 RMSDBC =        3.0
  64 RMSDBC1 =        0.5
  65 RMSDBC1MAX =        1.5
  66 DRMS    =        0.1
  67 RMSDBCM =        3.0
  68 Time limit (min):     960.0
  69  RESCALE_MODE           2
  70 Library  routine used to diagonalize matrices.
  71
  72 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  73
  74 The units are:
  75 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  76 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  77 energy: kcal/mol, temperature: K
  78
  79                                        Number of time steps:     50000
  80                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
  81                                                                4.89000 fs
  82 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:   5.00000
  83 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  84             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  85                                Frequency of property output:      1000
  86                              Frequency of coordinate output:       300
  87 Berendsen bath calculation
  88                                                 Temperature: 400.00000
  89                                     Coupling constant (tau):   1.00000
  90 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
  91
  92 ============================== End of MD run setup =============================
  93
  94
  95 Energy-term weights (unscaled):
  96
  97 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
  98 WSCP=     2.794050 (SC-p)
  99 WELEC=    0.145810 (p-p electr)
 100 WVDWPP=   0.145810 (p-p VDW)
 101 WBOND=    1.000000 (stretching)
 102 WANG=     1.956840 (bending)
 103 WSCLOC=   0.170100 (SC local)
 104 WTOR=     2.046980 (torsional)
 105 WTORD=    1.696240 (double torsional)
 106 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 107 WEL_LOC=  1.218370 (multi-body 3-rd order)
 108 WCORR4=   1.846150 (multi-body 4th order)
 109 WCORR5=   0.027300 (multi-body 5th order)
 110 WCORR6=   0.007410 (multi-body 6th order)
 111 WSCCOR=   1.000000 (back-scloc correlation)
 112 WTURN3=   2.913860 (turns, 3rd order)
 113 WTURN4=   0.731780 (turns, 4th order)
 114 WTURN6=   0.023910 (turns, 6th order)
 115
 116 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 117
 118 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 119 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 120
 121 Energy-term weights (scaled):
 122
 123 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 124 WSCP=     2.794050 (SC-p)
 125 WELEC=    0.117327 (p-p electr)
 126 WVDWPP=   0.145810 (p-p VDW)
 127 WBOND=    1.000000 (stretching)
 128 WANG=     1.956840 (bending)
 129 WSCLOC=   0.170100 (SC local)
 130 WTOR=     1.647115 (torsional)
 131 WTORD=    1.058472 (double torsional)
 132 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 133 WEL_LOC=  0.760276 (multi-body 3-rd order)
 134 WCORR4=   0.874494 (multi-body 4th order)
 135 WCORR5=   0.009729 (multi-body 5th order)
 136 WCORR6=   0.001982 (multi-body 6th order)
 137 WSCCOR=   0.804656 (back-scloc correlatkion)
 138 WTURN3=   1.818280 (turns, 3rd order)
 139 WTURN4=   0.346633 (turns, 4th order)
 140 WTURN6=   0.006394 (turns, 6th order)
 141  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 142  Parameters of the SS-bond potential:
 143  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 144    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 145  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 146    13.7000000000000
 147  EBR  -5.50000000000000       SS_DEPTH  -6.90133843152500
 148   HT  0.000000000000000E+000
 149  ITEL
 150            1          10           1
 151            2           9           1
 152            3           9           1
 153            4           9           1
 154            5           1           1
 155            6           9           1
 156            7           9           1
 157            8           9           1
 158            9           9           1
 159           10           9           1
 160           11           9           1
 161           12           9           1
 162           13           9           1
 163           14           1           1
 164           15           9           1
 165           16           9           1
 166           17           9           1
 167  ns=           2  iss:           5          14
 168  nss=           1  ihpb,jhpb:            5          14
 169 Boundaries in phi angle sampling:
 170 GLY    1    -180.0     180.0
 171 ALA    2    -180.0     180.0
 172 ALA    3    -180.0     180.0
 173 ALA    4    -180.0     180.0
 174 CYS    5    -180.0     180.0
 175 ALA    6    -180.0     180.0
 176 ALA    7    -180.0     180.0
 177 ALA    8    -180.0     180.0
 178 ALA    9    -180.0     180.0
 179 ALA   10    -180.0     180.0
 180 ALA   11    -180.0     180.0
 181 ALA   12    -180.0     180.0
 182 ALA   13    -180.0     180.0
 183 CYS   14    -180.0     180.0
 184 ALA   15    -180.0     180.0
 185 ALA   16    -180.0     180.0
 186 ALA   17    -180.0     180.0
 187 GLY   18    -180.0     180.0
 188  NZ_START=           1  NZ_END=          18
 189  IZ_SC=           0
 190 Initial geometry will be read in.
 191
 192 Geometry of the virtual chain.
 193   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 194 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 195 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 196 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 197 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 198 CYS   5     3.800    90.000   180.000     1.237   100.000  -120.000
 199 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 200 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 201 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 202 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 203 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 204 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 205 ALA  12     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 206 ALA  13     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 207 CYS  14     3.800    90.000   180.000     1.237   110.000  -120.000
 208 ALA  15     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 209 ALA  16     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 210 ALA  17     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 211 GLY  18     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 212
 213 The chain contains  2 disulfide-bridging cysteines.
 214    5  14
 215
 216 Pre-formed links are:
 217
 218 CYS(  5) -- CYS( 14)     0.000    -5.500     0.000
 219
 220 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 221
 222 ********************************************************************************
 223
 224  Calling chainbuild
 225 ====================MD calculation start====================
 226  Initial velocities randomly generated
 227  Initial velocities
 228   0  -0.33453  -0.07483  -0.03206      0.00000   0.00000   0.00000
 229   1   0.60801   0.09078  -0.01649      0.00000   0.00000   0.00000
 230   2  -0.22717  -0.43486   0.29485      0.06489  -0.21337   0.35299
 231   3   0.15327   0.53566  -0.23305     -0.24688  -0.00986  -0.12275
 232   4   0.06228  -0.05375   0.06294     -0.19345   0.02670   0.20836
 233   5  -0.33309   0.05139  -0.01429     -0.12351  -0.00675  -0.09273
 234   6  -0.06817  -0.22870  -0.04737      0.20671  -0.13568  -0.21386
 235   7   0.50143   0.23749   0.03096     -0.16319   0.01175  -0.03820
 236   8  -0.13754   0.04563   0.12172     -0.02843  -0.01504  -0.10702
 237   9  -0.11966  -0.06273   0.01098     -0.25787  -0.12974  -0.03183
 238  10  -0.29196  -0.21182  -0.28091     -0.13032  -0.00023  -0.02943
 239  11   0.17078   0.30325   0.24474      0.21168  -0.19118   0.08836
 240  12  -0.02379  -0.04666  -0.03493      0.00932  -0.18572  -0.02650
 241  13   0.26454  -0.06093  -0.40002      0.19547  -0.19792   0.00495
 242  14  -0.36457  -0.27710   0.61404     -0.15632   0.07442   0.10234
 243  15   0.14723   0.29638  -0.15981      0.45708  -0.09130   0.03430
 244  16  -0.02356   0.03470  -0.42550      0.09899  -0.15554  -0.09256
 245  17   0.09038  -0.11432   0.34794     -0.14072   0.01732   0.14744
 246  18   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 247  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 248  vcm right after adjustment:
 249   1.312320360077017E-019  2.014411752718222E-017 -9.448706592554524E-018
 250
 251
 252               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 253              X           Y           Z          X           Y           Z
 254 GLY(  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 255 ALA(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.73284     0.42654     0.60465
 256 ALA(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     3.37346    -3.73284    -0.60465
 257 ALA(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.53284    -3.37346     0.60465
 258 CYS(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     7.01741    -7.32119    -1.05500
 259 ALA(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.33284    -7.17346     0.60465
 260 ALA(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000    11.05007   -11.23253    -0.63368
 261 ALA(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.13284   -10.97346     0.60465
 262 ALA(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    14.77346   -15.13284    -0.60465
 263 ALA( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.93284   -14.77346     0.60465
 264 ALA( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    18.57346   -18.93284    -0.60465
 265 ALA( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.73284   -18.57346     0.60465
 266 ALA( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.45007   -22.63253    -0.63368
 267 CYS( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.48819   -22.08987     1.00667
 268 ALA( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    26.25007   -26.43253    -0.63368
 269 ALA( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.33284   -26.17346     0.60465
 270 ALA( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    29.97346   -30.33284    -0.60465
 271 GLY( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.20000   -30.40000     0.00000
 272
 273 Geometry of the virtual chain.
 274   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 275 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 276 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 277 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 278 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 279 CYS   5     3.800    90.000   180.000     1.237   100.000  -120.000
 280 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 281 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 282 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 283 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 284 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 285 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 286 ALA  12     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 287 ALA  13     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 288 CYS  14     3.800    90.000   180.000     1.237   110.000  -120.000
 289 ALA  15     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 290 ALA  16     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 291 ALA  17     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 292 GLY  18     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 293  Potential energy and its components
 294
 295 Virtual-chain energies:
 296
 297 EVDW=     -1.784016E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 298 EVDW2=     2.118779E+01 WEIGHT=    2.794050D+00 (SC-p)
 299 EES=      -8.122745E+00 WEIGHT=    1.173269D-01 (p-p)
 300 EVDWPP=   -2.540621E+01 WEIGHT=    1.458100D-01 (p-p VDW)
 301 ESTR=      4.237046E-27 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 302 EBE=      -1.185178E+00 WEIGHT=    1.956840D+00 (bending)
 303 ESC=       1.520408E+02 WEIGHT=    1.701000D-01 (SC local)
 304 ETORS=     0.000000E+00 WEIGHT=    1.647115D+00 (torsional)
 305 ETORSD=   -2.194244E+00 WEIGHT=    1.058472D+00 (double torsional)
 306 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 307 ECORR4=    0.000000E+00 WEIGHT=    8.744941D-01 (multi-body)
 308 ECORR5=    2.317900E+01 WEIGHT=    9.728750D-03 (multi-body)
 309 ECORR6=    1.215220E+01 WEIGHT=    1.981519D-03 (multi-body)
 310 EELLO=     3.759544E+01 WEIGHT=    7.602761D-01 (electrostatic-local)
 311 ETURN3=   -3.193381E+00 WEIGHT=    1.818280D+00 (turns, 3rd order)
 312 ETURN4=    1.424793E+01 WEIGHT=    3.466334D-01 (turns, 4th order)
 313 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    6.393807D-03 (turns, 6th order)
 314 ESCCOR=    7.779132E+00 WEIGHT=    8.046559D-01 (backbone-rotamer corr)
 315 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 316 ESS=      -5.500000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 317 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 318 ETOT=      8.664685E+01 (total)
 319
 320 Initial:
 321            Kinetic energy   4.43916E+01
 322          potential energy   8.66468E+01
 323              total energy   1.31038E+02
 324
 325     maximum acceleration    4.30607E+00
 326
 327 Momenta zeroed out, time               82.24
 328 Momenta zeroed out, time              167.24
 329 Momenta zeroed out, time              256.61
 330 Momenta zeroed out, time              336.19
 331 Momenta zeroed out, time              424.42
 332 Momenta zeroed out, time              501.35
 333 Momenta zeroed out, time              594.96
 334 Momenta zeroed out, time              676.75
 335 Momenta zeroed out, time              763.06
 336 Momenta zeroed out, time              852.52
 337 Momenta zeroed out, time              929.93
 338 Momenta zeroed out, time             1011.97
 339 Momenta zeroed out, time             1086.41
 340 Momenta zeroed out, time             1172.78
 341 Momenta zeroed out, time             1244.29
 342 Momenta zeroed out, time             1327.03
 343 Momenta zeroed out, time             1414.35
 344 Momenta zeroed out, time             1505.75
 345 Momenta zeroed out, time             1588.07
 346 Momenta zeroed out, time             1682.50
 347 Momenta zeroed out, time             1761.66
 348 Momenta zeroed out, time             1842.58
 349 Momenta zeroed out, time             1924.54
 350 Momenta zeroed out, time             2006.16
 351 Momenta zeroed out, time             2095.77
 352 Momenta zeroed out, time             2174.07
 353 Momenta zeroed out, time             2250.48
 354 Momenta zeroed out, time             2327.93
 355 Momenta zeroed out, time             2415.08
 356 Momenta zeroed out, time             2484.46
 357 Momenta zeroed out, time             2553.97
 358 Momenta zeroed out, time             2639.64
 359 Momenta zeroed out, time             2715.89
 360 Momenta zeroed out, time             2803.24
 361 Momenta zeroed out, time             2888.74
 362 Momenta zeroed out, time             2967.55
 363 Momenta zeroed out, time             3050.82
 364 Momenta zeroed out, time             3139.25
 365 Momenta zeroed out, time             3220.06
 366 Momenta zeroed out, time             3310.99
 367 Momenta zeroed out, time             3386.65
 368 Momenta zeroed out, time             3462.21
 369 Momenta zeroed out, time             3542.12
 370 Momenta zeroed out, time             3625.49
 371 Momenta zeroed out, time             3713.61
 372 Momenta zeroed out, time             3793.08
 373 Momenta zeroed out, time             3876.16
 374 Momenta zeroed out, time             3955.62
 375 Momenta zeroed out, time             4032.18
 376 Momenta zeroed out, time             4113.16
 377
 378
 379 ===================================  Timing  ===================================
 380
 381                   MD calculations setup:    1.00000E-02
 382            Energy & gradient evaluation:    2.00600E+01
 383                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 384                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 385                                MD steps:    2.10900E+01
 386
 387
 388 ============================  End of MD calculation  ===========================
 389
 390
 391 ***** Computation time:    0 hours  0 minutes 21 seconds *****