examples/unres/new/MD/DYN_SS/ss/small.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : small.inp
   5  Output file                     : small.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-
   9  10-8k
  10  SCp potential file              : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scp.parm
  11  Electrostatic potential file    :
  12  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  13  Cumulant coefficient file       :
  14  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  15  Torsional parameter file        :
  16  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  17  Double torsional parameter file :
  18  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  19  SCCOR parameter file : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  20  Bond & inertia constant file    : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/bond.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/thetaml.5parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scgauss.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 3.1 build 41
  34  compiled Fri Feb 15 01:43:03 2013
  35  compiled by czarek@piasek3
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.32-42-generic
  38  OS version: #96-Ubuntu SMP Wed Aug 15 19:37:37 UTC 2012
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -O3 -ip -w
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56
  57 Potential is GB , exponents are   6 12
  58
  59 Disulfide bridge parameters:
  60 S-S bridge energy:      -5.50
  61 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  62 akth:     11.00 akct:     12.00
  63 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  64  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -16
  65       -62756
  66  ran_num  6.422640197456531E-013
  67 RMSDBC =        3.0
  68 RMSDBC1 =        0.5
  69 RMSDBC1MAX =        1.5
  70 DRMS    =        0.1
  71 RMSDBCM =        3.0
  72 Time limit (min):     960.0
  73  RESCALE_MODE           2
  74 Library  routine used to diagonalize matrices.
  75
  76 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  77
  78 The units are:
  79 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  80 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  81 energy: kcal/mol, temperature: K
  82
  83                                        Number of time steps:     50000
  84                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
  85                                                                4.89000 fs
  86 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:   5.00000
  87 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  88             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  89                                Frequency of property output:      1000
  90                              Frequency of coordinate output:       300
  91 Berendsen bath calculation
  92                                                 Temperature: 400.00000
  93                                     Coupling constant (tau):   1.00000
  94 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
  95
  96 ============================== End of MD run setup =============================
  97
  98
  99 Energy-term weights (unscaled):
 100
 101 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 102 WSCP=     2.794050 (SC-p)
 103 WELEC=    0.145810 (p-p electr)
 104 WVDWPP=   0.145810 (p-p VDW)
 105 WBOND=    1.000000 (stretching)
 106 WANG=     1.956840 (bending)
 107 WSCLOC=   0.170100 (SC local)
 108 WTOR=     2.046980 (torsional)
 109 WTORD=    1.696240 (double torsional)
 110 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 111 WEL_LOC=  1.218370 (multi-body 3-rd order)
 112 WCORR4=   1.846150 (multi-body 4th order)
 113 WCORR5=   0.027300 (multi-body 5th order)
 114 WCORR6=   0.007410 (multi-body 6th order)
 115 WSCCOR=   1.000000 (back-scloc correlation)
 116 WTURN3=   2.913860 (turns, 3rd order)
 117 WTURN4=   0.731780 (turns, 4th order)
 118 WTURN6=   0.023910 (turns, 6th order)
 119
 120 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 121
 122 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 123 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 124
 125 Energy-term weights (scaled):
 126
 127 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 128 WSCP=     2.794050 (SC-p)
 129 WELEC=    0.117327 (p-p electr)
 130 WVDWPP=   0.145810 (p-p VDW)
 131 WBOND=    1.000000 (stretching)
 132 WANG=     1.956840 (bending)
 133 WSCLOC=   0.170100 (SC local)
 134 WTOR=     1.647115 (torsional)
 135 WTORD=    1.058472 (double torsional)
 136 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 137 WEL_LOC=  0.760276 (multi-body 3-rd order)
 138 WCORR4=   0.874494 (multi-body 4th order)
 139 WCORR5=   0.009729 (multi-body 5th order)
 140 WCORR6=   0.001982 (multi-body 6th order)
 141 WSCCOR=   0.804656 (back-scloc correlatkion)
 142 WTURN3=   1.818280 (turns, 3rd order)
 143 WTURN4=   0.346633 (turns, 4th order)
 144 WTURN6=   0.006394 (turns, 6th order)
 145  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 146  Parameters of the SS-bond potential:
 147  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 148    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 149  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 150    13.7000000000000
 151  EBR  -5.50000000000000       SS_DEPTH  -6.90133843152500
 152   HT   3.00000000000000
 153  ITEL
 154            1          10           1
 155            2           9           1
 156            3           9           1
 157            4           9           1
 158            5           1           1
 159            6           9           1
 160            7           9           1
 161            8           9           1
 162            9           9           1
 163           10           9           1
 164           11           9           1
 165           12           9           1
 166           13           9           1
 167           14           1           1
 168           15           9           1
 169           16           9           1
 170           17           9           1
 171  ns=           2  iss:           5          14
 172  nss=           1  ihpb,jhpb:            5          14
 173 Boundaries in phi angle sampling:
 174 GLY    1    -180.0     180.0
 175 ALA    2    -180.0     180.0
 176 ALA    3    -180.0     180.0
 177 ALA    4    -180.0     180.0
 178 CYS    5    -180.0     180.0
 179 ALA    6    -180.0     180.0
 180 ALA    7    -180.0     180.0
 181 ALA    8    -180.0     180.0
 182 ALA    9    -180.0     180.0
 183 ALA   10    -180.0     180.0
 184 ALA   11    -180.0     180.0
 185 ALA   12    -180.0     180.0
 186 ALA   13    -180.0     180.0
 187 CYS   14    -180.0     180.0
 188 ALA   15    -180.0     180.0
 189 ALA   16    -180.0     180.0
 190 ALA   17    -180.0     180.0
 191 GLY   18    -180.0     180.0
 192  NZ_START=           1  NZ_END=          18
 193  IZ_SC=           0
 194  Processor           0  CG group           0  absolute rank           0  nhpb
 195            1  link_start=           1  link_end           1
 196 Initial geometry will be read in.
 197
 198 Geometry of the virtual chain.
 199   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 200 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 201 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 202 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 203 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 204 CYS   5     3.800    90.000   180.000     1.237   100.000  -120.000
 205 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 206 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 207 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 208 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 209 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 210 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 211 ALA  12     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 212 ALA  13     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 213 CYS  14     3.800    90.000   180.000     1.237   110.000  -120.000
 214 ALA  15     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 215 ALA  16     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 216 ALA  17     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 217 GLY  18     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 218
 219 The chain contains  2 disulfide-bridging cysteines.
 220    5  14
 221
 222 Pre-formed links are:
 223
 224 CYS(  5) -- CYS( 14)     0.000    -5.500     0.000
 225
 226
 227
 228 ********************************************************************************
 229                     Processor   0: end reading molecular data.
 230 ********************************************************************************
 231
 232
 233 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 234
 235 ********************************************************************************
 236
 237  Calling chainbuild
 238 ====================MD calculation start====================
 239  Initial velocities randomly generated
 240  Initial velocities
 241   0   0.39133   0.02679   0.27319      0.00000   0.00000   0.00000
 242   1  -0.17409  -0.26585  -0.21721      0.00000   0.00000   0.00000
 243   2  -0.17148   0.42025   0.20576     -0.07613   0.16475   0.01193
 244   3  -0.01404  -0.36110  -0.46494     -0.31406   0.04480  -0.30309
 245   4   0.15172   0.29663   0.29266     -0.07974   0.11323   0.22586
 246   5  -0.32168  -0.01456   0.05151     -0.17812  -0.01530  -0.02557
 247   6   0.11448   0.13832   0.17223     -0.12900  -0.20376  -0.11786
 248   7  -0.18175  -0.37828  -0.09633     -0.17966  -0.19816  -0.31341
 249   8  -0.02028   0.22735  -0.36928     -0.04858   0.08355  -0.26764
 250   9   0.34459  -0.25203   0.14694      0.01426  -0.12058  -0.21343
 251  10  -0.41200   0.20762  -0.12944     -0.00588  -0.02316   0.01848
 252  11   0.48857  -0.08617   0.25832      0.35227  -0.04402   0.04919
 253  12  -0.32840  -0.19630  -0.27333     -0.07994  -0.13029  -0.14699
 254  13   0.13872   0.24955   0.17068      0.08823   0.11539   0.21615
 255  14   0.18253   0.02951  -0.14956     -0.11740  -0.10145  -0.17371
 256  15  -0.19102  -0.09980   0.23974      0.03607  -0.01130   0.14715
 257  16   0.08092   0.16784  -0.32778      0.01162   0.30480  -0.18318
 258  17  -0.14311  -0.25973   0.34658     -0.44245  -0.17578   0.34891
 259  18   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 260  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 261  vcm right after adjustment:
 262   2.064717366521174E-017 -1.189837126469829E-017  5.249281440308069E-018
 263
 264
 265               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 266              X           Y           Z          X           Y           Z
 267 GLY(  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 268 ALA(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.73284     0.42654     0.60465
 269 ALA(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     3.37346    -3.73284    -0.60465
 270 ALA(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.53284    -3.37346     0.60465
 271 CYS(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     7.01741    -7.32119    -1.05500
 272 ALA(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.33284    -7.17346     0.60465
 273 ALA(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000    11.05007   -11.23253    -0.63368
 274 ALA(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.13284   -10.97346     0.60465
 275 ALA(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    14.77346   -15.13284    -0.60465
 276 ALA( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.93284   -14.77346     0.60465
 277 ALA( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    18.57346   -18.93284    -0.60465
 278 ALA( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.73284   -18.57346     0.60465
 279 ALA( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.45007   -22.63253    -0.63368
 280 CYS( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.48819   -22.08987     1.00667
 281 ALA( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    26.25007   -26.43253    -0.63368
 282 ALA( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.33284   -26.17346     0.60465
 283 ALA( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    29.97346   -30.33284    -0.60465
 284 GLY( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.20000   -30.40000     0.00000
 285
 286 Geometry of the virtual chain.
 287   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 288 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 289 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 290 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 291 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 292 CYS   5     3.800    90.000   180.000     1.237   100.000  -120.000
 293 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 294 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 295 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 296 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 297 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 298 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 299 ALA  12     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 300 ALA  13     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 301 CYS  14     3.800    90.000   180.000     1.237   110.000  -120.000
 302 ALA  15     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 303 ALA  16     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 304 ALA  17     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 305 GLY  18     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 306  Potential energy and its components
 307
 308 Virtual-chain energies:
 309
 310 EVDW=     -1.784016E+01 WEIGHT=    1.000000E+00 (SC-SC)
 311 EVDW2=     2.118779E+01 WEIGHT=    2.794050E+00 (SC-p)
 312 EES=      -8.122745E+00 WEIGHT=    1.173269E-01 (p-p)
 313 EVDWPP=   -2.540621E+01 WEIGHT=    1.458100E-01 (p-p VDW)
 314 ESTR=      4.237046E-27 WEIGHT=    1.000000E+00 (stretching)
 315 EBE=      -1.185178E+00 WEIGHT=    1.956840E+00 (bending)
 316 ESC=       1.520408E+02 WEIGHT=    1.701000E-01 (SC local)
 317 ETORS=     0.000000E+00 WEIGHT=    1.647115E+00 (torsional)
 318 ETORSD=   -2.194244E+00 WEIGHT=    1.058472E+00 (double torsional)
 319 EHPB=      7.073396E+03 WEIGHT=    1.000000E+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 320 ECORR4=   -5.324225E+00 WEIGHT=    8.744941E-01 (multi-body)
 321 ECORR5=    2.317900E+01 WEIGHT=    9.728750E-03 (multi-body)
 322 ECORR6=    1.215220E+01 WEIGHT=    1.981519E-03 (multi-body)
 323 EELLO=     3.759544E+01 WEIGHT=    7.602761E-01 (electrostatic-local)
 324 ETURN3=   -3.193381E+00 WEIGHT=    1.818280E+00 (turns, 3rd order)
 325 ETURN4=    1.424793E+01 WEIGHT=    3.466334E-01 (turns, 4th order)
 326 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    6.393807E-03 (turns, 6th order)
 327 ESCCOR=    7.779132E+00 WEIGHT=    8.046559E-01 (backbone-rotamer corr)
 328 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 329 ESS=      -5.500000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 330 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 331 ETOT=      7.160887E+03 (total)
 332
 333 Initial:
 334            Kinetic energy   3.88148E+01
 335          potential energy   7.16089E+03
 336              total energy   7.19970E+03
 337
 338     maximum acceleration    8.95527E+00
 339
 340 Momenta zeroed out, time               74.69
 341 Momenta zeroed out, time              155.43
 342 Momenta zeroed out, time              241.84
 343 Momenta zeroed out, time              328.70
 344 Momenta zeroed out, time              421.23
 345 Momenta zeroed out, time              511.98
 346 Momenta zeroed out, time              602.19
 347 Momenta zeroed out, time              692.58
 348 Momenta zeroed out, time              772.45
 349 Momenta zeroed out, time              858.53
 350 Momenta zeroed out, time              950.14
 351 Momenta zeroed out, time             1046.56
 352 Momenta zeroed out, time             1135.95
 353 Momenta zeroed out, time             1229.34
 354 Momenta zeroed out, time             1313.26
 355 Momenta zeroed out, time             1405.83
 356 Momenta zeroed out, time             1497.00
 357 Momenta zeroed out, time             1578.41
 358 Momenta zeroed out, time             1666.29
 359 Momenta zeroed out, time             1745.56
 360 Momenta zeroed out, time             1831.56
 361 Momenta zeroed out, time             1919.91
 362 Momenta zeroed out, time             2004.48
 363 Momenta zeroed out, time             2088.04
 364 Momenta zeroed out, time             2176.84
 365 Momenta zeroed out, time             2264.56
 366 Momenta zeroed out, time             2358.16
 367 Momenta zeroed out, time             2444.18
 368 Momenta zeroed out, time             2536.32
 369 Momenta zeroed out, time             2626.16
 370 Momenta zeroed out, time             2724.47
 371 Momenta zeroed out, time             2809.21
 372 Momenta zeroed out, time             2898.49
 373 Momenta zeroed out, time             2997.11
 374 Momenta zeroed out, time             3091.11
 375 Momenta zeroed out, time             3179.33
 376 Momenta zeroed out, time             3273.79
 377 Momenta zeroed out, time             3364.47
 378 Momenta zeroed out, time             3447.21
 379 Momenta zeroed out, time             3536.79
 380 Momenta zeroed out, time             3612.39
 381 Momenta zeroed out, time             3696.49
 382 Momenta zeroed out, time             3791.89
 383 Momenta zeroed out, time             3881.13
 384 Momenta zeroed out, time             3975.76
 385 Momenta zeroed out, time             4058.45
 386 Momenta zeroed out, time             4141.61
 387 Momenta zeroed out, time             4236.95
 388 Momenta zeroed out, time             4322.86
 389 Momenta zeroed out, time             4404.87
 390
 391
 392 ===================================  Timing  ===================================
 393
 394                   MD calculations setup:    7.81250E-03
 395            Energy & gradient evaluation:    2.36836E+01
 396                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 397                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 398                                MD steps:    2.49102E+01
 399
 400
 401 ============================  End of MD calculation  ===========================
 402 CG processor   0 is finishing work.
 403  Total wall clock time   24.9453125000000       sec