examples/unres/new/MD/DYN_SS/ss/small.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : small.inp
   5  Output file                     : small.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-
   9  10-8k
  10  SCp potential file              : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scp.parm
  11  Electrostatic potential file    :
  12  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  13  Cumulant coefficient file       :
  14  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  15  Torsional parameter file        :
  16  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  17  Double torsional parameter file :
  18  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  19  SCCOR parameter file : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  20  Bond & inertia constant file    : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/bond.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/thetaml.5parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scgauss.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 3.1 build 30
  34  compiled Wed Nov  7 12:05:42 2012
  35  compiled by czarek@piasek3
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.32-42-generic
  38  OS version: #96-Ubuntu SMP Wed Aug 15 19:37:37 UTC 2012
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -O3 -ip -w
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56
  57 Potential is GB , exponents are   6 12
  58
  59 Disulfide bridge parameters:
  60 S-S bridge energy:      -5.50
  61 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  62 akth:     11.00 akct:     12.00
  63 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  64  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -16
  65       -62756
  66  ran_num  6.422640197456531E-013
  67 RMSDBC =        3.0
  68 RMSDBC1 =        0.5
  69 RMSDBC1MAX =        1.5
  70 DRMS    =        0.1
  71 RMSDBCM =        3.0
  72 Time limit (min):     960.0
  73  RESCALE_MODE           2
  74 Library  routine used to diagonalize matrices.
  75
  76 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  77
  78 The units are:
  79 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  80 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  81 energy: kcal/mol, temperature: K
  82
  83                                        Number of time steps:     50000
  84                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
  85                                                                4.89000 fs
  86 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:   5.00000
  87 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  88             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  89                                Frequency of property output:      1000
  90                              Frequency of coordinate output:       300
  91 Berendsen bath calculation
  92                                                 Temperature: 400.00000
  93                                     Coupling constant (tau):   1.00000
  94 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
  95
  96 ============================== End of MD run setup =============================
  97
  98
  99 Energy-term weights (unscaled):
 100
 101 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 102 WSCP=     2.794050 (SC-p)
 103 WELEC=    0.145810 (p-p electr)
 104 WVDWPP=   0.145810 (p-p VDW)
 105 WBOND=    1.000000 (stretching)
 106 WANG=     1.956840 (bending)
 107 WSCLOC=   0.170100 (SC local)
 108 WTOR=     2.046980 (torsional)
 109 WTORD=    1.696240 (double torsional)
 110 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 111 WEL_LOC=  1.218370 (multi-body 3-rd order)
 112 WCORR4=   1.846150 (multi-body 4th order)
 113 WCORR5=   0.027300 (multi-body 5th order)
 114 WCORR6=   0.007410 (multi-body 6th order)
 115 WSCCOR=   1.000000 (back-scloc correlation)
 116 WTURN3=   2.913860 (turns, 3rd order)
 117 WTURN4=   0.731780 (turns, 4th order)
 118 WTURN6=   0.023910 (turns, 6th order)
 119
 120 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 121
 122 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 123 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 124
 125 Energy-term weights (scaled):
 126
 127 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 128 WSCP=     2.794050 (SC-p)
 129 WELEC=    0.117327 (p-p electr)
 130 WVDWPP=   0.145810 (p-p VDW)
 131 WBOND=    1.000000 (stretching)
 132 WANG=     1.956840 (bending)
 133 WSCLOC=   0.170100 (SC local)
 134 WTOR=     1.647115 (torsional)
 135 WTORD=    1.058472 (double torsional)
 136 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 137 WEL_LOC=  0.760276 (multi-body 3-rd order)
 138 WCORR4=   0.874494 (multi-body 4th order)
 139 WCORR5=   0.009729 (multi-body 5th order)
 140 WCORR6=   0.001982 (multi-body 6th order)
 141 WSCCOR=   0.804656 (back-scloc correlatkion)
 142 WTURN3=   1.818280 (turns, 3rd order)
 143 WTURN4=   0.346633 (turns, 4th order)
 144 WTURN6=   0.006394 (turns, 6th order)
 145  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 146  Parameters of the SS-bond potential:
 147  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 148    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 149  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 150    13.7000000000000
 151  EBR  -5.50000000000000       SS_DEPTH  -6.90133843152500
 152   HT  0.000000000000000E+000
 153  ITEL
 154            1          10           1
 155            2           9           1
 156            3           9           1
 157            4           9           1
 158            5           1           1
 159            6           9           1
 160            7           9           1
 161            8           9           1
 162            9           9           1
 163           10           9           1
 164           11           9           1
 165           12           9           1
 166           13           9           1
 167           14           1           1
 168           15           9           1
 169           16           9           1
 170           17           9           1
 171  ns=           2  iss:           5          14
 172  nss=           1  ihpb,jhpb:            5          14
 173 Boundaries in phi angle sampling:
 174 GLY    1    -180.0     180.0
 175 ALA    2    -180.0     180.0
 176 ALA    3    -180.0     180.0
 177 ALA    4    -180.0     180.0
 178 CYS    5    -180.0     180.0
 179 ALA    6    -180.0     180.0
 180 ALA    7    -180.0     180.0
 181 ALA    8    -180.0     180.0
 182 ALA    9    -180.0     180.0
 183 ALA   10    -180.0     180.0
 184 ALA   11    -180.0     180.0
 185 ALA   12    -180.0     180.0
 186 ALA   13    -180.0     180.0
 187 CYS   14    -180.0     180.0
 188 ALA   15    -180.0     180.0
 189 ALA   16    -180.0     180.0
 190 ALA   17    -180.0     180.0
 191 GLY   18    -180.0     180.0
 192  NZ_START=           1  NZ_END=          18
 193  IZ_SC=           0
 194 Initial geometry will be read in.
 195
 196 Geometry of the virtual chain.
 197   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 198 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 199 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 200 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 201 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 202 CYS   5     3.800    90.000   180.000     1.237   100.000  -120.000
 203 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 204 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 205 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 206 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 207 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 208 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 209 ALA  12     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 210 ALA  13     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 211 CYS  14     3.800    90.000   180.000     1.237   110.000  -120.000
 212 ALA  15     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 213 ALA  16     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 214 ALA  17     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 215 GLY  18     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 216
 217 The chain contains  2 disulfide-bridging cysteines.
 218    5  14
 219
 220 Pre-formed links are:
 221
 222 CYS(  5) -- CYS( 14)     0.000    -5.500     0.000
 223
 224
 225
 226 ********************************************************************************
 227                     Processor   0: end reading molecular data.
 228 ********************************************************************************
 229
 230
 231 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 232
 233 ********************************************************************************
 234
 235  Calling chainbuild
 236 ====================MD calculation start====================
 237  Initial velocities randomly generated
 238  Initial velocities
 239   0   0.39133   0.02679   0.27319      0.00000   0.00000   0.00000
 240   1  -0.17409  -0.26585  -0.21721      0.00000   0.00000   0.00000
 241   2  -0.17148   0.42025   0.20576     -0.07613   0.16475   0.01193
 242   3  -0.01404  -0.36110  -0.46494     -0.31406   0.04480  -0.30309
 243   4   0.15172   0.29663   0.29266     -0.07974   0.11323   0.22586
 244   5  -0.32168  -0.01456   0.05151     -0.17812  -0.01530  -0.02557
 245   6   0.11448   0.13832   0.17223     -0.12900  -0.20376  -0.11786
 246   7  -0.18175  -0.37828  -0.09633     -0.17966  -0.19816  -0.31341
 247   8  -0.02028   0.22735  -0.36928     -0.04858   0.08355  -0.26764
 248   9   0.34459  -0.25203   0.14694      0.01426  -0.12058  -0.21343
 249  10  -0.41200   0.20762  -0.12944     -0.00588  -0.02316   0.01848
 250  11   0.48857  -0.08617   0.25832      0.35227  -0.04402   0.04919
 251  12  -0.32840  -0.19630  -0.27333     -0.07994  -0.13029  -0.14699
 252  13   0.13872   0.24955   0.17068      0.08823   0.11539   0.21615
 253  14   0.18253   0.02951  -0.14956     -0.11740  -0.10145  -0.17371
 254  15  -0.19102  -0.09980   0.23974      0.03607  -0.01130   0.14715
 255  16   0.08092   0.16784  -0.32778      0.01162   0.30480  -0.18318
 256  17  -0.14311  -0.25973   0.34658     -0.44245  -0.17578   0.34891
 257  18   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 258  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 259  vcm right after adjustment:
 260   2.064717366521174E-017 -1.189837126469829E-017  5.249281440308069E-018
 261
 262
 263               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 264              X           Y           Z          X           Y           Z
 265 GLY(  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 266 ALA(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.73284     0.42654     0.60465
 267 ALA(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     3.37346    -3.73284    -0.60465
 268 ALA(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.53284    -3.37346     0.60465
 269 CYS(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     7.01741    -7.32119    -1.05500
 270 ALA(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.33284    -7.17346     0.60465
 271 ALA(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000    11.05007   -11.23253    -0.63368
 272 ALA(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.13284   -10.97346     0.60465
 273 ALA(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    14.77346   -15.13284    -0.60465
 274 ALA( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.93284   -14.77346     0.60465
 275 ALA( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    18.57346   -18.93284    -0.60465
 276 ALA( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.73284   -18.57346     0.60465
 277 ALA( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.45007   -22.63253    -0.63368
 278 CYS( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.48819   -22.08987     1.00667
 279 ALA( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    26.25007   -26.43253    -0.63368
 280 ALA( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.33284   -26.17346     0.60465
 281 ALA( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    29.97346   -30.33284    -0.60465
 282 GLY( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.20000   -30.40000     0.00000
 283
 284 Geometry of the virtual chain.
 285   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 286 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 287 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 288 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 289 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 290 CYS   5     3.800    90.000   180.000     1.237   100.000  -120.000
 291 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 292 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 293 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 294 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 295 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 296 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 297 ALA  12     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 298 ALA  13     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 299 CYS  14     3.800    90.000   180.000     1.237   110.000  -120.000
 300 ALA  15     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 301 ALA  16     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 302 ALA  17     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 303 GLY  18     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 304  Potential energy and its components
 305
 306 Virtual-chain energies:
 307
 308 EVDW=     -1.784016E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 309 EVDW2=     2.118779E+01 WEIGHT=    2.794050D+00 (SC-p)
 310 EES=      -8.122745E+00 WEIGHT=    1.173269D-01 (p-p)
 311 EVDWPP=   -2.540621E+01 WEIGHT=    1.458100D-01 (p-p VDW)
 312 ESTR=      4.237046E-27 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 313 EBE=      -1.185178E+00 WEIGHT=    1.956840D+00 (bending)
 314 ESC=       1.520408E+02 WEIGHT=    1.701000D-01 (SC local)
 315 ETORS=     0.000000E+00 WEIGHT=    1.647115D+00 (torsional)
 316 ETORSD=   -2.194244E+00 WEIGHT=    1.058472D+00 (double torsional)
 317 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 318 ECORR4=   -5.324225E+00 WEIGHT=    8.744941D-01 (multi-body)
 319 ECORR5=    2.317900E+01 WEIGHT=    9.728750D-03 (multi-body)
 320 ECORR6=    1.215220E+01 WEIGHT=    1.981519D-03 (multi-body)
 321 EELLO=     3.759544E+01 WEIGHT=    7.602761D-01 (electrostatic-local)
 322 ETURN3=   -3.193381E+00 WEIGHT=    1.818280D+00 (turns, 3rd order)
 323 ETURN4=    1.424793E+01 WEIGHT=    3.466334D-01 (turns, 4th order)
 324 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    6.393807D-03 (turns, 6th order)
 325 ESCCOR=    7.779132E+00 WEIGHT=    8.046559D-01 (backbone-rotamer corr)
 326 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 327 ESS=      -5.500000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 328 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 329 ETOT=      8.199085E+01 (total)
 330
 331 Initial:
 332            Kinetic energy   3.88148E+01
 333          potential energy   8.19908E+01
 334              total energy   1.20806E+02
 335
 336     maximum acceleration    4.30399E+00
 337
 338 Momenta zeroed out, time               91.45
 339 Momenta zeroed out, time              184.03
 340 Momenta zeroed out, time              272.29
 341 Momenta zeroed out, time              352.66
 342 Momenta zeroed out, time              433.97
 343 Momenta zeroed out, time              511.45
 344 Momenta zeroed out, time              580.99
 345 Momenta zeroed out, time              659.41
 346 Momenta zeroed out, time              747.14
 347 Momenta zeroed out, time              828.82
 348 Momenta zeroed out, time              908.82
 349 Momenta zeroed out, time              999.77
 350 Momenta zeroed out, time             1088.79
 351 Momenta zeroed out, time             1164.32
 352 Momenta zeroed out, time             1251.79
 353 Momenta zeroed out, time             1325.55
 354 Momenta zeroed out, time             1406.48
 355 Momenta zeroed out, time             1488.30
 356 Momenta zeroed out, time             1565.08
 357 Momenta zeroed out, time             1643.57
 358 Momenta zeroed out, time             1718.65
 359 Momenta zeroed out, time             1800.99
 360 Momenta zeroed out, time             1884.00
 361 Momenta zeroed out, time             1971.64
 362 Momenta zeroed out, time             2048.36
 363 Momenta zeroed out, time             2124.95
 364 Momenta zeroed out, time             2217.16
 365 Momenta zeroed out, time             2300.04
 366 Momenta zeroed out, time             2384.50
 367 Momenta zeroed out, time             2466.73
 368 Momenta zeroed out, time             2552.30
 369 Momenta zeroed out, time             2639.36
 370 Momenta zeroed out, time             2726.62
 371 Momenta zeroed out, time             2816.04
 372 Momenta zeroed out, time             2898.68
 373 Momenta zeroed out, time             2991.02
 374 Momenta zeroed out, time             3076.75
 375 Momenta zeroed out, time             3153.54
 376 Momenta zeroed out, time             3233.35
 377 Momenta zeroed out, time             3304.91
 378 Momenta zeroed out, time             3391.89
 379 Momenta zeroed out, time             3482.06
 380 Momenta zeroed out, time             3572.05
 381 Momenta zeroed out, time             3647.43
 382 Momenta zeroed out, time             3735.02
 383 Momenta zeroed out, time             3818.88
 384 Momenta zeroed out, time             3905.50
 385 Momenta zeroed out, time             3989.66
 386 Momenta zeroed out, time             4071.09
 387 Momenta zeroed out, time             4142.60
 388
 389
 390 ===================================  Timing  ===================================
 391
 392                   MD calculations setup:    4.68750E-02
 393            Energy & gradient evaluation:    2.06914E+01
 394                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 395                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 396                                MD steps:    2.45156E+01
 397
 398
 399 ============================  End of MD calculation  ===========================
 400 CG processor   0 is finishing work.
 401  Total wall clock time   24.9843750000000       sec