examples/unres/new/MD/DYN_SS/ss/min/small.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : small.inp
   5  Output file                     : small.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-
   9  10-8k
  10  SCp potential file              : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scp.parm
  11  Electrostatic potential file    :
  12  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  13  Cumulant coefficient file       :
  14  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  15  Torsional parameter file        :
  16  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  17  Double torsional parameter file :
  18  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  19  SCCOR parameter file : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  20  Bond & inertia constant file    : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/bond.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/thetaml.5parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scgauss.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 3.1 build 41
  34  compiled Fri Feb 15 01:43:03 2013
  35  compiled by czarek@piasek3
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.32-42-generic
  38  OS version: #96-Ubuntu SMP Wed Aug 15 19:37:37 UTC 2012
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -O3 -ip -w
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56
  57 Potential is GB , exponents are   6 12
  58
  59 Disulfide bridge parameters:
  60 S-S bridge energy:      -5.50
  61 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  62 akth:     11.00 akct:     12.00
  63 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  64  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -16
  65       -62756
  66  ran_num  6.422640197456531E-013
  67 RMSDBC =        3.0
  68 RMSDBC1 =        0.5
  69 RMSDBC1MAX =        1.5
  70 DRMS    =        0.1
  71 RMSDBCM =        3.0
  72 Time limit (min):     960.0
  73  RESCALE_MODE           2
  74 Library  routine used to diagonalize matrices.
  75
  76 ********************************************************************************
  77                     Options in energy minimization:
  78 ********************************************************************************
  79 MaxMin: 2000 MaxFun: 5000MinMin: 2000 MinFun: 2000 TolF:   1.00000E-02 RTolF:   1.00000E-04
  80
  81 Energy-term weights (unscaled):
  82
  83 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
  84 WSCP=     2.794050 (SC-p)
  85 WELEC=    0.145810 (p-p electr)
  86 WVDWPP=   0.145810 (p-p VDW)
  87 WBOND=    1.000000 (stretching)
  88 WANG=     1.956840 (bending)
  89 WSCLOC=   0.170100 (SC local)
  90 WTOR=     2.046980 (torsional)
  91 WTORD=    1.696240 (double torsional)
  92 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  93 WEL_LOC=  1.218370 (multi-body 3-rd order)
  94 WCORR4=   1.846150 (multi-body 4th order)
  95 WCORR5=   0.027300 (multi-body 5th order)
  96 WCORR6=   0.007410 (multi-body 6th order)
  97 WSCCOR=   1.000000 (back-scloc correlation)
  98 WTURN3=   2.913860 (turns, 3rd order)
  99 WTURN4=   0.731780 (turns, 4th order)
 100 WTURN6=   0.023910 (turns, 6th order)
 101
 102 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 103
 104 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 105 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 106
 107 Energy-term weights (scaled):
 108
 109 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 110 WSCP=     2.794050 (SC-p)
 111 WELEC=    0.145810 (p-p electr)
 112 WVDWPP=   0.145810 (p-p VDW)
 113 WBOND=    1.000000 (stretching)
 114 WANG=     1.956840 (bending)
 115 WSCLOC=   0.170100 (SC local)
 116 WTOR=     2.046980 (torsional)
 117 WTORD=    1.696240 (double torsional)
 118 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 119 WEL_LOC=  1.218370 (multi-body 3-rd order)
 120 WCORR4=   1.846150 (multi-body 4th order)
 121 WCORR5=   0.027300 (multi-body 5th order)
 122 WCORR6=   0.007410 (multi-body 6th order)
 123 WSCCOR=   1.000000 (back-scloc correlatkion)
 124 WTURN3=   2.913860 (turns, 3rd order)
 125 WTURN4=   0.731780 (turns, 4th order)
 126 WTURN6=   0.023910 (turns, 6th order)
 127  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 128  Parameters of the SS-bond potential:
 129  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 130    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 131  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 132    13.7000000000000
 133  EBR  -5.50000000000000       SS_DEPTH  -6.90133843152500
 134   HT   3.00000000000000
 135  ITEL
 136            1          10           1
 137            2           9           1
 138            3           9           1
 139            4           9           1
 140            5           1           1
 141            6           9           1
 142            7           9           1
 143            8           9           1
 144            9           9           1
 145           10           9           1
 146           11           9           1
 147           12           9           1
 148           13           9           1
 149           14           1           1
 150           15           9           1
 151           16           9           1
 152           17           9           1
 153  ns=           2  iss:           5          14
 154  nss=           1  ihpb,jhpb:            5          14
 155 Boundaries in phi angle sampling:
 156 GLY    1    -180.0     180.0
 157 ALA    2    -180.0     180.0
 158 ALA    3    -180.0     180.0
 159 ALA    4    -180.0     180.0
 160 CYS    5    -180.0     180.0
 161 ALA    6    -180.0     180.0
 162 ALA    7    -180.0     180.0
 163 ALA    8    -180.0     180.0
 164 ALA    9    -180.0     180.0
 165 ALA   10    -180.0     180.0
 166 ALA   11    -180.0     180.0
 167 ALA   12    -180.0     180.0
 168 ALA   13    -180.0     180.0
 169 CYS   14    -180.0     180.0
 170 ALA   15    -180.0     180.0
 171 ALA   16    -180.0     180.0
 172 ALA   17    -180.0     180.0
 173 GLY   18    -180.0     180.0
 174  NZ_START=           1  NZ_END=          18
 175  IZ_SC=           0
 176  Processor           0  CG group           0  absolute rank           0  nhpb
 177            1  link_start=           1  link_end           1
 178 Initial geometry will be read in.
 179
 180 Geometry of the virtual chain.
 181   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 182 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 183 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 184 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 185 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 186 CYS   5     3.800    90.000   180.000     1.237   100.000  -120.000
 187 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 188 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 189 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 190 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 191 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 192 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 193 ALA  12     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 194 ALA  13     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 195 CYS  14     3.800    90.000   180.000     1.237   110.000  -120.000
 196 ALA  15     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 197 ALA  16     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 198 ALA  17     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 199 GLY  18     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 200
 201 The chain contains  2 disulfide-bridging cysteines.
 202    5  14
 203
 204 Pre-formed links are:
 205
 206 CYS(  5) -- CYS( 14)     0.000    -5.500     0.000
 207
 208
 209
 210 ********************************************************************************
 211                     Processor   0: end reading molecular data.
 212 ********************************************************************************
 213
 214
 215 Energy evaluation or minimization calculation.
 216
 217 Conformations will be energy-minimized.
 218 ********************************************************************************
 219
 220  Time for energy evaluation  0.000000000000000E+000
 221
 222 Virtual-chain energies:
 223
 224 EVDW=     -1.784016E+01 WEIGHT=    1.000000E+00 (SC-SC)
 225 EVDW2=     2.118779E+01 WEIGHT=    2.794050E+00 (SC-p)
 226 EES=      -8.122745E+00 WEIGHT=    1.458100E-01 (p-p)
 227 EVDWPP=   -2.540621E+01 WEIGHT=    1.458100E-01 (p-p VDW)
 228 ESTR=      4.237046E-27 WEIGHT=    1.000000E+00 (stretching)
 229 EBE=      -1.185178E+00 WEIGHT=    1.956840E+00 (bending)
 230 ESC=       1.520408E+02 WEIGHT=    1.701000E-01 (SC local)
 231 ETORS=     0.000000E+00 WEIGHT=    2.046980E+00 (torsional)
 232 ETORSD=   -2.194244E+00 WEIGHT=    1.696240E+00 (double torsional)
 233 EHPB=      7.073396E+03 WEIGHT=    1.000000E+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 234 ECORR4=   -5.324225E+00 WEIGHT=    1.846150E+00 (multi-body)
 235 ECORR5=    2.317900E+01 WEIGHT=    2.730000E-02 (multi-body)
 236 ECORR6=    1.215220E+01 WEIGHT=    7.410000E-03 (multi-body)
 237 EELLO=     3.759544E+01 WEIGHT=    1.218370E+00 (electrostatic-local)
 238 ETURN3=   -3.193381E+00 WEIGHT=    2.913860E+00 (turns, 3rd order)
 239 ETURN4=    1.424793E+01 WEIGHT=    7.317800E-01 (turns, 4th order)
 240 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    2.391000E-02 (turns, 6th order)
 241 ESCCOR=    7.779132E+00 WEIGHT=    1.000000E+00 (backbone-rotamer corr)
 242 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 243 ESS=      -5.500000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 244 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 245 ETOT=      7.175287E+03 (total)
 246 PP contact map:
 247   1  GLY   1  ALA   3
 248   2  ALA   2  ALA   4
 249   3  ALA   3  CYS   5
 250   4  ALA   4  ALA   6
 251   5  CYS   5  ALA   7
 252   6  ALA   6  ALA   8
 253   7  ALA   7  ALA   9
 254   8  ALA   8  ALA  10
 255   9  ALA   9  ALA  11
 256  10  ALA  10  ALA  12
 257  11  ALA  11  ALA  13
 258  12  ALA  12  CYS  14
 259  13  ALA  13  ALA  15
 260  14  CYS  14  ALA  16
 261  15  ALA  15  ALA  17
 262  Hairpins:
 263 Constants of electrostatic interaction energy expression.
 264  1 1     0.7659E+08    -0.1823E+05    -0.1306E+04     0.3727E+01
 265  1 2     0.4245E+08    -0.9703E+04    -0.1129E+04     0.0000E+00
 266  2 1     0.4245E+08    -0.9703E+04    -0.1129E+04     0.0000E+00
 267  2 2     0.6367E+08    -0.1565E+05    -0.3348E+03     0.5127E+01
 268  Total average electrostatic energy:   -1.65572537591651
 269  VDW energy between peptide-group centers:   -10.4984841780933
 270
 271  Electrostatic contacts before pruning:
 272
 273  Electrostatic contacts after pruning:
 274  UNRES seq:
 275  SC_move        1120  -13.8122160409231
 276 PP contact map:
 277   1  ALA   4  ALA   6
 278   2  CYS   5  ALA   7
 279   3  ALA   6  ALA   8
 280   4  ALA   7  ALA   9
 281   5  ALA   8  ALA  10
 282   6  ALA  10  ALA  12
 283   7  ALA  13  ALA  15
 284  Hairpins:
 285 Constants of electrostatic interaction energy expression.
 286  1 1     0.7659E+08    -0.1823E+05    -0.1306E+04     0.3727E+01
 287  1 2     0.4245E+08    -0.9703E+04    -0.1129E+04     0.0000E+00
 288  2 1     0.4245E+08    -0.9703E+04    -0.1129E+04     0.0000E+00
 289  2 2     0.6367E+08    -0.1565E+05    -0.3348E+03     0.5127E+01
 290  Total average electrostatic energy:   -2.87145783452203
 291  VDW energy between peptide-group centers:   -10.1835884388674
 292
 293  Electrostatic contacts before pruning:
 294   1  ALA   4  ALA   6  -0.50110
 295
 296  Electrostatic contacts after pruning:
 297   1  ALA   4  ALA   6  -0.50110
 298  UNRES seq:
 299
 300 Virtual-chain energies:
 301
 302 EVDW=     -3.188825E+01 WEIGHT=    1.000000E+00 (SC-SC)
 303 EVDW2=     1.572209E+01 WEIGHT=    2.794050E+00 (SC-p)
 304 EES=      -1.623973E+01 WEIGHT=    1.458100E-01 (p-p)
 305 EVDWPP=   -2.410152E+01 WEIGHT=    1.458100E-01 (p-p VDW)
 306 ESTR=      1.688850E-01 WEIGHT=    1.000000E+00 (stretching)
 307 EBE=      -1.848625E+01 WEIGHT=    1.956840E+00 (bending)
 308 ESC=      -5.330904E+00 WEIGHT=    1.701000E-01 (SC local)
 309 ETORS=     1.003218E+01 WEIGHT=    2.046980E+00 (torsional)
 310 ETORSD=    4.005547E-02 WEIGHT=    1.696240E+00 (double torsional)
 311 EHPB=     -1.187647E+01 WEIGHT=    1.000000E+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 312 ECORR4=   -1.168188E+01 WEIGHT=    1.846150E+00 (multi-body)
 313 ECORR5=    6.877311E+00 WEIGHT=    2.730000E-02 (multi-body)
 314 ECORR6=    2.150591E+01 WEIGHT=    7.410000E-03 (multi-body)
 315 EELLO=     4.572045E+00 WEIGHT=    1.218370E+00 (electrostatic-local)
 316 ETURN3=    6.204726E+00 WEIGHT=    2.913860E+00 (turns, 3rd order)
 317 ETURN4=    6.693131E+00 WEIGHT=    7.317800E-01 (turns, 4th order)
 318 ETURN6=   -2.421073E-01 WEIGHT=    2.391000E-02 (turns, 6th order)
 319 ESCCOR=   -1.545899E+01 WEIGHT=    1.000000E+00 (backbone-rotamer corr)
 320 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 321 ESS=      -5.500000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 322 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 323 ETOT=     -3.016362E+01 (total)
 324
 325 Geometry of the virtual chain.
 326   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 327 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 328 ALA   2     3.802     0.000     0.000     0.742   131.239   -75.726
 329 ALA   3     3.807    94.222     0.000     0.742   132.313   -78.742
 330 ALA   4     3.802   126.490  -165.860     0.743   159.389   -84.704
 331 CYS   5     3.804   126.244   -83.777     1.237   133.758   -88.250
 332 ALA   6     3.803    93.779  -152.942     0.742   129.396   -78.021
 333 ALA   7     3.809    91.725    76.612     0.742   131.254   -77.909
 334 ALA   8     3.804    93.084    81.337     0.741   136.392  -105.856
 335 ALA   9     3.803   110.117   -98.088     0.742   139.402  -104.794
 336 ALA  10     3.802   106.661    88.380     0.742   166.703   -78.071
 337 ALA  11     3.801   125.157    83.555     0.741   127.223   -75.814
 338 ALA  12     3.812    92.065   175.242     0.742   143.680   -92.666
 339 ALA  13     3.801   121.336    81.849     0.741   167.362   -82.468
 340 CYS  14     3.804   124.257   -82.716     1.239   129.965  -104.400
 341 ALA  15     3.815    95.234  -174.358     0.745   144.535   -81.193
 342 ALA  16     3.802   130.505    87.291     0.741   164.523   -79.826
 343 ALA  17     3.804   128.136   -95.560     0.742   129.422   -76.024
 344 GLY  18     3.808    93.035  -166.188     0.000   180.000   180.000
 345 SUMSL return code:  4
 346 # of energy evaluations:                 952
 347 # of energy evaluations/sec:        1457.820
 348 CG processor   0 is finishing work.
 349  Total wall clock time  0.726562500000000       sec