examples/unres/new/MD/DYN_SS/no_ss/small.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : small.inp
   5  Output file                     : small.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-
   9  10-8k
  10  SCp potential file              : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scp.parm
  11  Electrostatic potential file    :
  12  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  13  Cumulant coefficient file       :
  14  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  15  Torsional parameter file        :
  16  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  17  Double torsional parameter file :
  18  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  19  SCCOR parameter file : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  20  Bond & inertia constant file    : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/bond.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/thetaml.5parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scgauss.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 3.1 build 41
  34  compiled Fri Feb 15 01:43:03 2013
  35  compiled by czarek@piasek3
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.32-42-generic
  38  OS version: #96-Ubuntu SMP Wed Aug 15 19:37:37 UTC 2012
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -O3 -ip -w
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56
  57 Potential is GB , exponents are   6 12
  58
  59 Disulfide bridge parameters:
  60 S-S bridge energy:      -5.50
  61 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  62 akth:     11.00 akct:     12.00
  63 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  64  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -16
  65       -62756
  66  ran_num  6.422640197456531E-013
  67 RMSDBC =        3.0
  68 RMSDBC1 =        0.5
  69 RMSDBC1MAX =        1.5
  70 DRMS    =        0.1
  71 RMSDBCM =        3.0
  72 Time limit (min):     960.0
  73  RESCALE_MODE           2
  74 Library  routine used to diagonalize matrices.
  75
  76 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  77
  78 The units are:
  79 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  80 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  81 energy: kcal/mol, temperature: K
  82
  83                                        Number of time steps:     50000
  84                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
  85                                                                4.89000 fs
  86 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:   5.00000
  87 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  88             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  89                                Frequency of property output:      1000
  90                              Frequency of coordinate output:       300
  91 Berendsen bath calculation
  92                                                 Temperature: 400.00000
  93                                     Coupling constant (tau):   1.00000
  94 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
  95
  96 ============================== End of MD run setup =============================
  97
  98
  99 Energy-term weights (unscaled):
 100
 101 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 102 WSCP=     2.794050 (SC-p)
 103 WELEC=    0.145810 (p-p electr)
 104 WVDWPP=   0.145810 (p-p VDW)
 105 WBOND=    1.000000 (stretching)
 106 WANG=     1.956840 (bending)
 107 WSCLOC=   0.170100 (SC local)
 108 WTOR=     2.046980 (torsional)
 109 WTORD=    1.696240 (double torsional)
 110 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 111 WEL_LOC=  1.218370 (multi-body 3-rd order)
 112 WCORR4=   1.846150 (multi-body 4th order)
 113 WCORR5=   0.027300 (multi-body 5th order)
 114 WCORR6=   0.007410 (multi-body 6th order)
 115 WSCCOR=   1.000000 (back-scloc correlation)
 116 WTURN3=   2.913860 (turns, 3rd order)
 117 WTURN4=   0.731780 (turns, 4th order)
 118 WTURN6=   0.023910 (turns, 6th order)
 119
 120 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 121
 122 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 123 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 124
 125 Energy-term weights (scaled):
 126
 127 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 128 WSCP=     2.794050 (SC-p)
 129 WELEC=    0.117327 (p-p electr)
 130 WVDWPP=   0.145810 (p-p VDW)
 131 WBOND=    1.000000 (stretching)
 132 WANG=     1.956840 (bending)
 133 WSCLOC=   0.170100 (SC local)
 134 WTOR=     1.647115 (torsional)
 135 WTORD=    1.058472 (double torsional)
 136 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 137 WEL_LOC=  0.760276 (multi-body 3-rd order)
 138 WCORR4=   0.874494 (multi-body 4th order)
 139 WCORR5=   0.009729 (multi-body 5th order)
 140 WCORR6=   0.001982 (multi-body 6th order)
 141 WSCCOR=   0.804656 (back-scloc correlatkion)
 142 WTURN3=   1.818280 (turns, 3rd order)
 143 WTURN4=   0.346633 (turns, 4th order)
 144 WTURN6=   0.006394 (turns, 6th order)
 145  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 146  Parameters of the SS-bond potential:
 147  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 148    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 149  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 150    13.7000000000000
 151  EBR  -5.50000000000000       SS_DEPTH  -6.90133843152500
 152   HT  0.000000000000000E+000
 153  ITEL
 154            1          10           1
 155            2           9           1
 156            3           9           1
 157            4           9           1
 158            5           1           1
 159            6           9           1
 160            7           9           1
 161            8           9           1
 162            9           9           1
 163           10           9           1
 164           11           9           1
 165           12           9           1
 166           13           9           1
 167           14           1           1
 168           15           9           1
 169           16           9           1
 170           17           9           1
 171  ns=           2  iss:           5          14
 172  nss=           0  ihpb,jhpb:
 173 Boundaries in phi angle sampling:
 174 GLY    1    -180.0     180.0
 175 ALA    2    -180.0     180.0
 176 ALA    3    -180.0     180.0
 177 ALA    4    -180.0     180.0
 178 CYS    5    -180.0     180.0
 179 ALA    6    -180.0     180.0
 180 ALA    7    -180.0     180.0
 181 ALA    8    -180.0     180.0
 182 ALA    9    -180.0     180.0
 183 ALA   10    -180.0     180.0
 184 ALA   11    -180.0     180.0
 185 ALA   12    -180.0     180.0
 186 ALA   13    -180.0     180.0
 187 CYS   14    -180.0     180.0
 188 ALA   15    -180.0     180.0
 189 ALA   16    -180.0     180.0
 190 ALA   17    -180.0     180.0
 191 GLY   18    -180.0     180.0
 192  NZ_START=           1  NZ_END=          18
 193  IZ_SC=           0
 194 Initial geometry will be read in.
 195
 196 Geometry of the virtual chain.
 197   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 198 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 199 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 200 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 201 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 202 CYS   5     3.800    90.000   180.000     1.237   100.000  -120.000
 203 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 204 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 205 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 206 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 207 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 208 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 209 ALA  12     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 210 ALA  13     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 211 CYS  14     3.800    90.000   180.000     1.237   110.000  -120.000
 212 ALA  15     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 213 ALA  16     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 214 ALA  17     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 215 GLY  18     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 216
 217 The chain contains  2 disulfide-bridging cysteines.
 218    5  14
 219
 220 Pre-formed links are:
 221
 222
 223
 224
 225 ********************************************************************************
 226                     Processor   0: end reading molecular data.
 227 ********************************************************************************
 228
 229
 230 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 231
 232 ********************************************************************************
 233
 234  Calling chainbuild
 235 ====================MD calculation start====================
 236  Initial velocities randomly generated
 237  Initial velocities
 238   0   0.39133   0.02679   0.27319      0.00000   0.00000   0.00000
 239   1  -0.17409  -0.26585  -0.21721      0.00000   0.00000   0.00000
 240   2  -0.17148   0.42025   0.20576     -0.07613   0.16475   0.01193
 241   3  -0.01404  -0.36110  -0.46494     -0.31406   0.04480  -0.30309
 242   4   0.15172   0.29663   0.29266     -0.07974   0.11323   0.22586
 243   5  -0.32168  -0.01456   0.05151     -0.17812  -0.01530  -0.02557
 244   6   0.11448   0.13832   0.17223     -0.12900  -0.20376  -0.11786
 245   7  -0.18175  -0.37828  -0.09633     -0.17966  -0.19816  -0.31341
 246   8  -0.02028   0.22735  -0.36928     -0.04858   0.08355  -0.26764
 247   9   0.34459  -0.25203   0.14694      0.01426  -0.12058  -0.21343
 248  10  -0.41200   0.20762  -0.12944     -0.00588  -0.02316   0.01848
 249  11   0.48857  -0.08617   0.25832      0.35227  -0.04402   0.04919
 250  12  -0.32840  -0.19630  -0.27333     -0.07994  -0.13029  -0.14699
 251  13   0.13872   0.24955   0.17068      0.08823   0.11539   0.21615
 252  14   0.18253   0.02951  -0.14956     -0.11740  -0.10145  -0.17371
 253  15  -0.19102  -0.09980   0.23974      0.03607  -0.01130   0.14715
 254  16   0.08092   0.16784  -0.32778      0.01162   0.30480  -0.18318
 255  17  -0.14311  -0.25973   0.34658     -0.44245  -0.17578   0.34891
 256  18   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 257  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 258  vcm right after adjustment:
 259   2.064717366521174E-017 -1.189837126469829E-017  5.249281440308069E-018
 260
 261
 262               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 263              X           Y           Z          X           Y           Z
 264 GLY(  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 265 ALA(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.73284     0.42654     0.60465
 266 ALA(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     3.37346    -3.73284    -0.60465
 267 ALA(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.53284    -3.37346     0.60465
 268 CYS(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     7.01741    -7.32119    -1.05500
 269 ALA(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.33284    -7.17346     0.60465
 270 ALA(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000    11.05007   -11.23253    -0.63368
 271 ALA(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.13284   -10.97346     0.60465
 272 ALA(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    14.77346   -15.13284    -0.60465
 273 ALA( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.93284   -14.77346     0.60465
 274 ALA( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    18.57346   -18.93284    -0.60465
 275 ALA( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.73284   -18.57346     0.60465
 276 ALA( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.45007   -22.63253    -0.63368
 277 CYS( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.48819   -22.08987     1.00667
 278 ALA( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    26.25007   -26.43253    -0.63368
 279 ALA( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.33284   -26.17346     0.60465
 280 ALA( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    29.97346   -30.33284    -0.60465
 281 GLY( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.20000   -30.40000     0.00000
 282
 283 Geometry of the virtual chain.
 284   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 285 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 286 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 287 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 288 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 289 CYS   5     3.800    90.000   180.000     1.237   100.000  -120.000
 290 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 291 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 292 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 293 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 294 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 295 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 296 ALA  12     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 297 ALA  13     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 298 CYS  14     3.800    90.000   180.000     1.237   110.000  -120.000
 299 ALA  15     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 300 ALA  16     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 301 ALA  17     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 302 GLY  18     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 303  Potential energy and its components
 304
 305 Virtual-chain energies:
 306
 307 EVDW=     -1.784028E+01 WEIGHT=    1.000000E+00 (SC-SC)
 308 EVDW2=     2.118779E+01 WEIGHT=    2.794050E+00 (SC-p)
 309 EES=      -8.122745E+00 WEIGHT=    1.173269E-01 (p-p)
 310 EVDWPP=   -2.540621E+01 WEIGHT=    1.458100E-01 (p-p VDW)
 311 ESTR=      4.237046E-27 WEIGHT=    1.000000E+00 (stretching)
 312 EBE=      -1.185178E+00 WEIGHT=    1.956840E+00 (bending)
 313 ESC=       1.520408E+02 WEIGHT=    1.701000E-01 (SC local)
 314 ETORS=     0.000000E+00 WEIGHT=    1.647115E+00 (torsional)
 315 ETORSD=   -2.194244E+00 WEIGHT=    1.058472E+00 (double torsional)
 316 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000E+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 317 ECORR4=   -5.324225E+00 WEIGHT=    8.744941E-01 (multi-body)
 318 ECORR5=    2.317900E+01 WEIGHT=    9.728750E-03 (multi-body)
 319 ECORR6=    1.215220E+01 WEIGHT=    1.981519E-03 (multi-body)
 320 EELLO=     3.759544E+01 WEIGHT=    7.602761E-01 (electrostatic-local)
 321 ETURN3=   -3.193381E+00 WEIGHT=    1.818280E+00 (turns, 3rd order)
 322 ETURN4=    1.424793E+01 WEIGHT=    3.466334E-01 (turns, 4th order)
 323 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    6.393807E-03 (turns, 6th order)
 324 ESCCOR=    7.779132E+00 WEIGHT=    8.046559E-01 (backbone-rotamer corr)
 325 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 326 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 327 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 328 ETOT=      8.749073E+01 (total)
 329
 330 Initial:
 331            Kinetic energy   3.88148E+01
 332          potential energy   8.74907E+01
 333              total energy   1.26306E+02
 334
 335     maximum acceleration    4.30399E+00
 336
 337 Momenta zeroed out, time               89.72
 338 Momenta zeroed out, time              184.80
 339 Momenta zeroed out, time              255.62
 340 Momenta zeroed out, time              334.60
 341 Momenta zeroed out, time              415.00
 342 Momenta zeroed out, time              498.96
 343 Momenta zeroed out, time              586.14
 344 Momenta zeroed out, time              675.88
 345 Momenta zeroed out, time              766.19
 346 Momenta zeroed out, time              847.02
 347 Momenta zeroed out, time              934.67
 348 Momenta zeroed out, time             1018.19
 349 Momenta zeroed out, time             1112.72
 350 Momenta zeroed out, time             1197.49
 351 Momenta zeroed out, time             1281.88
 352 Momenta zeroed out, time             1363.69
 353 Momenta zeroed out, time             1440.30
 354 Momenta zeroed out, time             1524.49
 355 Momenta zeroed out, time             1613.51
 356 Momenta zeroed out, time             1693.76
 357 Momenta zeroed out, time             1784.30
 358 Momenta zeroed out, time             1866.61
 359 Momenta zeroed out, time             1957.29
 360 Momenta zeroed out, time             2045.18
 361 Momenta zeroed out, time             2132.51
 362 Momenta zeroed out, time             2222.74
 363 Momenta zeroed out, time             2308.03
 364 Momenta zeroed out, time             2386.51
 365 Momenta zeroed out, time             2465.39
 366 Momenta zeroed out, time             2545.75
 367 Momenta zeroed out, time             2626.03
 368 Momenta zeroed out, time             2712.22
 369 Momenta zeroed out, time             2790.06
 370 Momenta zeroed out, time             2856.14
 371 Momenta zeroed out, time             2935.37
 372 Momenta zeroed out, time             3026.25
 373 Momenta zeroed out, time             3115.49
 374 Momenta zeroed out, time             3197.76
 375 Momenta zeroed out, time             3280.83
 376 Momenta zeroed out, time             3361.57
 377 Momenta zeroed out, time             3435.50
 378 Momenta zeroed out, time             3501.99
 379 Momenta zeroed out, time             3588.70
 380 Momenta zeroed out, time             3675.90
 381 Momenta zeroed out, time             3760.47
 382 Momenta zeroed out, time             3843.93
 383 Momenta zeroed out, time             3930.62
 384 Momenta zeroed out, time             4021.79
 385 Momenta zeroed out, time             4102.92
 386 Momenta zeroed out, time             4199.64
 387
 388
 389 ===================================  Timing  ===================================
 390
 391                   MD calculations setup:    7.81250E-03
 392            Energy & gradient evaluation:    2.00859E+01
 393                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 394                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 395                                MD steps:    2.13477E+01
 396
 397
 398 ============================  End of MD calculation  ===========================
 399 CG processor   0 is finishing work.
 400  Total wall clock time   21.3789062500000       sec