examples/unres/new/MD/DYN_SS/dyn_ss_from_pdb/small.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : small.inp
   5  Output file                     : small.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-
   9  10-8k
  10  SCp potential file              : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scp.parm
  11  Electrostatic potential file    :
  12  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  13  Cumulant coefficient file       :
  14  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  15  Torsional parameter file        :
  16  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  17  Double torsional parameter file :
  18  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  19  SCCOR parameter file : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  20  Bond & inertia constant file    : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/bond.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/thetaml.5parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scgauss.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 3.1 build 48
  34  compiled Fri Feb 15 08:22:21 2013
  35  compiled by czarek@piasek3
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.32-42-generic
  38  OS version: #96-Ubuntu SMP Wed Aug 15 19:37:37 UTC 2012
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -O3 -ip -w
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56
  57 Potential is GB , exponents are   6 12
  58
  59 Disulfide bridge parameters:
  60 S-S bridge energy:      -5.50
  61 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  62 akth:     11.00 akct:     12.00
  63 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  64  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -16
  65       -62756
  66  ran_num  6.422640197456531E-013
  67 RMSDBC =        3.0
  68 RMSDBC1 =        0.5
  69 RMSDBC1MAX =        1.5
  70 DRMS    =        0.1
  71 RMSDBCM =        3.0
  72 Time limit (min):     960.0
  73  RESCALE_MODE           2
  74 Library  routine used to diagonalize matrices.
  75
  76 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  77
  78 The units are:
  79 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  80 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  81 energy: kcal/mol, temperature: K
  82
  83                                        Number of time steps:       500
  84                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
  85                                                                4.89000 fs
  86 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:   5.00000
  87 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  88             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  89                                Frequency of property output:         1
  90                              Frequency of coordinate output:       300
  91 Berendsen bath calculation
  92                                                 Temperature: 300.00000
  93                                     Coupling constant (tau):   1.00000
  94 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
  95
  96 ===== Calculation restarted ====
  97
  98
  99 ============================== End of MD run setup =============================
 100
 101
 102 Energy-term weights (unscaled):
 103
 104 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
 105 WSCP=     1.593040 (SC-p)
 106 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
 107 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
 108 WBOND=    1.000000 (stretching)
 109 WANG=     1.138730 (bending)
 110 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
 111 WTOR=     1.985990 (torsional)
 112 WTORD=    1.570690 (double torsional)
 113 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 114 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
 115 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
 116 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 117 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 118 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 119 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
 120 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
 121 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 122
 123 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 124
 125 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 126 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 127
 128 Energy-term weights (scaled):
 129
 130 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
 131 WSCP=     1.593040 (SC-p)
 132 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
 133 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
 134 WBOND=    1.000000 (stretching)
 135 WANG=     1.138730 (bending)
 136 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
 137 WTOR=     1.985990 (torsional)
 138 WTORD=    1.570690 (double torsional)
 139 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 140 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
 141 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
 142 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 143 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 144 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 145 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
 146 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
 147 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 148  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 149  Parameters of the SS-bond potential:
 150  D0CM   3.78000000000000       AKCM   11.1621168104436       AKTH
 151    8.13134337184633       AKCT   8.87055640565054
 152  V1SS -0.798350076508549       V2SS   5.62541118725005       V3SS
 153    10.1272185631177
 154  EBR  -5.50000000000000       SS_DEPTH  -5.46701011744817
 155   HT  -1.40133843152500
 156 PDB data will be read from file ss.pdb
 157  Nres:    18
 158 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 159   1 10  GLY  18.887 -10.163 -10.608       18.887 -10.163 -10.608
 160   2  9  ALA  18.562  -9.885  -6.834       18.353  -9.134  -6.608
 161   3  9  ALA  16.754 -11.361  -3.915       16.860 -12.098  -3.836
 162   4  9  ALA  16.762  -9.897  -0.433       16.145  -9.572  -0.328
 163   5  1  CYS  15.755 -12.524   2.082       16.051 -13.633   1.487
 164   6  9  ALA  15.104 -12.916   5.816       14.965 -12.382   6.257
 165   7  9  ALA  12.233 -15.298   5.159       11.752 -15.096   4.590
 166   8  9  ALA  12.615 -18.906   4.131       12.996 -18.890   4.861
 167   9  9  ALA   9.909 -21.356   3.181        9.333 -20.985   3.212
 168  10  9  ALA  10.743 -20.954  -0.478       10.850 -20.324  -0.915
 169  11  9  ALA  12.566 -23.869  -1.971       12.731 -24.062  -2.616
 170  12  9  ALA  15.810 -21.927  -1.726       15.774 -21.687  -2.426
 171  13  9  ALA  18.582 -20.075   0.198       19.150 -20.569   0.255
 172  14  1  CYS  19.577 -16.394  -0.296       18.494 -15.682  -0.508
 173  15  9  ALA  22.406 -14.224   1.116       23.137 -14.120   1.199
 174  16  9  ALA  22.651 -10.366   0.632       22.481  -9.688   0.945
 175  17  9  ALA  25.991  -8.590   0.178       26.589  -8.669   0.306
 176  18 10  GLY  26.757  -7.435  -3.316       26.757  -7.435  -3.316
 177 nsup= 18 nstart_sup=  1
 178  After sideadd
 179
 180 Geometry of the virtual chain.
 181   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 182 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 183 ALA   2     3.798     0.000     0.000     0.812   126.829   -76.902
 184 ALA   3     3.737   142.050     0.000     0.749   137.463   -84.306
 185 ALA   4     3.777   124.464  -169.125     0.705   105.294   -78.108
 186 CYS   5     3.774   110.120  -160.528     1.293   158.619  -104.565
 187 ALA   6     3.811   140.379  -177.281     0.706   135.838   -82.329
 188 ALA   7     3.788    91.388   142.499     0.772   126.337   -76.931
 189 ALA   8     3.771   124.902    75.891     0.824   113.900  -118.360
 190 ALA   9     3.772   128.130  -174.931     0.686   107.064   -87.141
 191 ALA  10     3.774    90.943   102.826     0.774   157.826   -59.303
 192 ALA  11     3.748   114.254   105.902     0.693   119.632   -54.909
 193 ALA  12     3.789    89.544  -101.667     0.741   155.157  -110.619
 194 ALA  13     3.849   153.580    60.970     0.755   140.632   -99.009
 195 CYS  14     3.845   125.646  -120.233     1.313   150.049   -92.166
 196 ALA  15     3.835   133.262  -173.688     0.743   134.737   -34.633
 197 ALA  16     3.896   124.125  -171.229     0.766   131.592   -41.437
 198 ALA  17     3.810   122.109  -144.160     0.617   138.711   -49.120
 199 GLY  18     3.759   115.636   105.386     0.000     0.000     0.000
 200  ITEL
 201            1          10           1
 202            2           9           1
 203            3           9           1
 204            4           9           1
 205            5           1           1
 206            6           9           1
 207            7           9           1
 208            8           9           1
 209            9           9           1
 210           10           9           1
 211           11           9           1
 212           12           9           1
 213           13           9           1
 214           14           1           1
 215           15           9           1
 216           16           9           1
 217           17           9           1
 218  ns=           2  iss:           5          14
 219  nss=           0  ihpb,jhpb:
 220 Boundaries in phi angle sampling:
 221 GLY    1    -180.0     180.0
 222 ALA    2    -180.0     180.0
 223 ALA    3    -180.0     180.0
 224 ALA    4    -180.0     180.0
 225 CYS    5    -180.0     180.0
 226 ALA    6    -180.0     180.0
 227 ALA    7    -180.0     180.0
 228 ALA    8    -180.0     180.0
 229 ALA    9    -180.0     180.0
 230 ALA   10    -180.0     180.0
 231 ALA   11    -180.0     180.0
 232 ALA   12    -180.0     180.0
 233 ALA   13    -180.0     180.0
 234 CYS   14    -180.0     180.0
 235 ALA   15    -180.0     180.0
 236 ALA   16    -180.0     180.0
 237 ALA   17    -180.0     180.0
 238 GLY   18    -180.0     180.0
 239  NZ_START=           1  NZ_END=          18
 240  IZ_SC=           0
 241
 242 Geometry of the virtual chain.
 243   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 244 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 245 ALA   2     3.798     0.000     0.000     0.812   126.829   -76.902
 246 ALA   3     3.737   142.050     0.000     0.749   137.463   -84.306
 247 ALA   4     3.777   124.464  -169.125     0.705   105.294   -78.108
 248 CYS   5     3.774   110.120  -160.528     1.293   158.619  -104.565
 249 ALA   6     3.811   140.379  -177.281     0.706   135.838   -82.329
 250 ALA   7     3.788    91.388   142.499     0.772   126.337   -76.931
 251 ALA   8     3.771   124.902    75.891     0.824   113.900  -118.360
 252 ALA   9     3.772   128.130  -174.931     0.686   107.064   -87.141
 253 ALA  10     3.774    90.943   102.826     0.774   157.826   -59.303
 254 ALA  11     3.748   114.254   105.902     0.693   119.632   -54.909
 255 ALA  12     3.789    89.544  -101.667     0.741   155.157  -110.619
 256 ALA  13     3.849   153.580    60.970     0.755   140.632   -99.009
 257 CYS  14     3.845   125.646  -120.233     1.313   150.049   -92.166
 258 ALA  15     3.835   133.262  -173.688     0.743   134.737   -34.633
 259 ALA  16     3.896   124.125  -171.229     0.766   131.592   -41.437
 260 ALA  17     3.810   122.109  -144.160     0.617   138.711   -49.120
 261 GLY  18     3.759   115.636   105.386     0.000     0.000     0.000
 262
 263 The chain contains  2 disulfide-bridging cysteines.
 264    5  14
 265  Running with dynamic disulfide-bond formation
 266  Processor           0  CG group           0  absolute rank           0  nhpb
 267            0  link_start=           1  link_end           0
 268
 269
 270 ********************************************************************************
 271                     Processor   0: end reading molecular data.
 272 ********************************************************************************
 273
 274
 275 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 276
 277 ********************************************************************************
 278
 279  Calling chainbuild
 280 ====================MD calculation start====================
 281  File small_000.rst does not exist
 282  Initial velocities randomly generated
 283  Initial velocities
 284   0   0.33890   0.02320   0.23659      0.00000   0.00000   0.00000
 285   1  -0.15077  -0.23023  -0.18811      0.00000   0.00000   0.00000
 286   2  -0.14850   0.36395   0.17819     -0.06593   0.14268   0.01033
 287   3  -0.01216  -0.31272  -0.40265     -0.27199   0.03880  -0.26248
 288   4   0.13139   0.25689   0.25345     -0.06906   0.09806   0.19560
 289   5  -0.27858  -0.01261   0.04461     -0.15425  -0.01325  -0.02214
 290   6   0.09914   0.11979   0.14915     -0.11171  -0.17646  -0.10207
 291   7  -0.15740  -0.32760  -0.08342     -0.15559  -0.17162  -0.27142
 292   8  -0.01757   0.19689  -0.31981     -0.04208   0.07236  -0.23178
 293   9   0.29843  -0.21826   0.12725      0.01235  -0.10442  -0.18484
 294  10  -0.35680   0.17980  -0.11210     -0.00509  -0.02006   0.01600
 295  11   0.42311  -0.07463   0.22371      0.30508  -0.03813   0.04260
 296  12  -0.28440  -0.17000  -0.23671     -0.06923  -0.11283  -0.12729
 297  13   0.12013   0.21611   0.14782      0.07641   0.09993   0.18719
 298  14   0.15808   0.02556  -0.12952     -0.10167  -0.08786  -0.15044
 299  15  -0.16543  -0.08643   0.20762      0.03124  -0.00978   0.12744
 300  16   0.07008   0.14536  -0.28387      0.01006   0.26396  -0.15863
 301  17  -0.12394  -0.22493   0.30015     -0.38318  -0.15223   0.30217
 302  18   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 303  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 304  vcm right after adjustment:
 305  -1.942234132913985E-017 -2.274688624133496E-018 -1.784755689704743E-017
 306
 307
 308               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 309              X           Y           Z          X           Y           Z
 310 GLY(  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 311 ALA(  2)     3.79816     0.00000     0.00000     4.09557     0.41221     0.63276
 312 ALA(  3)     6.74526    -2.29838     0.00000     6.76075    -2.76877    -0.58236
 313 ALA(  4)    10.31159    -1.20121     0.58755    10.49251    -1.37922     1.24552
 314 CYS(  5)    12.70448    -3.80621    -0.72715    12.00677    -4.42453    -1.62291
 315 ALA(  6)    16.44175    -4.52019    -0.93521    16.93092    -4.21944    -0.52386
 316 ALA(  7)    15.86025    -8.21957    -0.36540    15.35081    -8.39881     0.18621
 317 ALA(  8)    14.54201   -10.62082    -2.95704    15.23594   -10.34816    -3.30696
 318 ALA(  9)    13.65028   -14.25975    -2.52064    13.75752   -14.37646    -1.85337
 319 ALA( 10)     9.97261   -13.41422    -2.44808     9.57534   -12.87986    -2.05316
 320 ALA( 11)     8.11976   -14.33184    -5.57450     7.45061   -14.36484    -5.75243
 321 ALA( 12)     8.22776   -10.70552    -6.66675     7.55286   -10.55609    -6.40015
 322 ALA( 13)    10.03788    -7.45810    -7.66343    10.00976    -7.43698    -8.41753
 323 CYS( 14)     9.73131    -4.07719    -5.85807     9.66544    -4.28710    -4.56332
 324 ALA( 15)    11.05109    -0.55921    -6.62480    11.07862     0.01250    -7.09856
 325 ALA( 16)    10.83158     2.44432    -4.15315    11.20676     2.82955    -3.60782
 326 ALA( 17)    10.22466     6.01060    -5.34864    10.29490     6.35777    -5.85338
 327 GLY( 18)     6.77188     7.36501    -4.73819     6.77188     7.36501    -4.73819
 328
 329 Geometry of the virtual chain.
 330   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 331 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 332 ALA   2     3.798     0.000     0.000     0.812   126.829   -76.902
 333 ALA   3     3.737   142.050     0.000     0.749   137.463   -84.306
 334 ALA   4     3.777   124.464  -169.125     0.705   105.294   -78.108
 335 CYS   5     3.774   110.120  -160.528     1.293   158.619  -104.565
 336 ALA   6     3.811   140.379  -177.281     0.706   135.838   -82.329
 337 ALA   7     3.788    91.388   142.499     0.772   126.337   -76.931
 338 ALA   8     3.771   124.902    75.891     0.824   113.900  -118.360
 339 ALA   9     3.772   128.130  -174.931     0.686   107.064   -87.141
 340 ALA  10     3.774    90.943   102.826     0.774   157.826   -59.303
 341 ALA  11     3.748   114.254   105.902     0.693   119.632   -54.909
 342 ALA  12     3.789    89.544  -101.667     0.741   155.157  -110.619
 343 ALA  13     3.849   153.580    60.970     0.755   140.632   -99.009
 344 CYS  14     3.845   125.646  -120.233     1.313   150.049   -92.166
 345 ALA  15     3.835   133.262  -173.688     0.743   134.737   -34.633
 346 ALA  16     3.896   124.125  -171.229     0.766   131.592   -41.437
 347 ALA  17     3.810   122.109  -144.160     0.617   138.711   -49.120
 348 GLY  18     3.759   115.636   105.386     0.000   180.000   180.000
 349   SSBOND_E_FORM        0.00   300.0    5   14
 350     SSBOND_FORM        0.00   300.0    5   14
 351  Potential energy and its components
 352
 353 Virtual-chain energies:
 354
 355 EVDW=     -3.422318E+01 WEIGHT=    1.352790E+00 (SC-SC)
 356 EVDW2=     1.284609E+01 WEIGHT=    1.593040E+00 (SC-p)
 357 EES=      -1.045287E+01 WEIGHT=    7.153400E-01 (p-p)
 358 EVDWPP=   -2.004779E+01 WEIGHT=    1.137100E-01 (p-p VDW)
 359 ESTR=      1.857136E+01 WEIGHT=    1.000000E+00 (stretching)
 360 EBE=      -1.634855E+01 WEIGHT=    1.138730E+00 (bending)
 361 ESC=       5.355337E+01 WEIGHT=    1.625800E-01 (SC local)
 362 ETORS=     8.666828E+00 WEIGHT=    1.985990E+00 (torsional)
 363 ETORSD=   -6.630800E-01 WEIGHT=    1.570690E+00 (double torsional)
 364 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000E+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 365 ECORR4=   -8.168927E+00 WEIGHT=    4.288700E-01 (multi-body)
 366 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000E+00 (multi-body)
 367 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000E+00 (multi-body)
 368 EELLO=     1.099339E+01 WEIGHT=    1.603600E-01 (electrostatic-local)
 369 ETURN3=    4.828306E+00 WEIGHT=    1.687220E+00 (turns, 3rd order)
 370 ETURN4=    7.195922E+00 WEIGHT=    6.623000E-01 (turns, 4th order)
 371 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000E+00 (turns, 6th order)
 372 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000E+00 (backbone-rotamer corr)
 373 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 374 ESS=      -5.500000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 375 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 376 ETOT=      4.145554E-01 (total)
 377
 378 Initial:
 379            Kinetic energy   3.03426E+01
 380          potential energy   4.14555E-01
 381              total energy   3.07572E+01
 382
 383     maximum acceleration    2.54058E+00
 384
 385
 386
 387 ===================================  Timing  ===================================
 388
 389                   MD calculations setup:    7.81250E-03
 390            Energy & gradient evaluation:    1.28906E-01
 391                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 392                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 393                                MD steps:    1.28906E+00
 394
 395
 396 ============================  End of MD calculation  ===========================
 397 CG processor   0 is finishing work.
 398  Total wall clock time   1.31640625000000       sec