examples/unres/new/MD/DYN_SS/dyn_ss_from_pdb/small.inp

   1 small
   2 SEED=-1111333 MD ONE_LETTER pdbstart UNRES_PDB
   3 nstep=50000  dt=0.1 ntwe=1000  ntwx=300   lang=0 tbf tau_bath=1.0 t_bath=300   &
   4 reset_moment=1000 reset_vel=0 damax=5.0 eq_time=1000 MDPDB  PRINT_COMPON rest  &
   5
   6 WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
   7 WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
   8 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
   9 WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
  10 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000 WSCCOR=0.0 dyn_ss
  11 ss.pdb
  12 2 5 14
  13 0 5 14
  14  0