examples/unres/MD/microcanonical/VTS/ff_gab/outputs/1L2Y_micro.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_micro.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_micro.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-1
   9  0-8k
  10  SCp potential file              : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scp.parm
  11  Electrostatic potential file    :
  12  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  13  Cumulant coefficient file       :
  14  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  15  Torsional parameter file        :
  16  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  17  Double torsional parameter file :
  18  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  19  SCCOR parameter file : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  20  Bond & inertia constant file    : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/bond.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/thetaml.5parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scgauss.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 3.1 build 0
  34  Compiled Wed Nov 20 08:38:19 EST 2013
  35  Compiled by pk376@matrix.chem.cornell.edu
  36  OS name: Linux
  37  OS release: Linux-2.6.34.9-69.fc13.x86_64
  38  Fortran Compiler: /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin
  39    /intel64/ifort
  40  MD Force field: GAB
  41  CPPFLAGS = PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLAN
  42    G0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DLINUX
  43    -DPGI -DMP -DMPI
  44  ++++ End of compile info ++++
  45
  46 Potential is GB , exponents are   6 12
  47
  48 Disulfide bridge parameters:
  49 S-S bridge energy:      -5.50
  50 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  51 akth:     11.00 akct:     12.00
  52 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  53  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
  54       -45086
  55  ran_num  6.422640197456531E-013
  56 RMSDBC =        3.0
  57 RMSDBC1 =        0.5
  58 RMSDBC1MAX =        1.5
  59 DRMS    =        0.1
  60 RMSDBCM =        3.0
  61 Time limit (min):     960.0
  62  RESCALE_MODE           2
  63 Library  routine used to diagonalize matrices.
  64
  65 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  66
  67 The units are:
  68 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  69 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  70 energy: kcal/mol, temperature: K
  71
  72                                        Number of time steps:   1000000
  73                  Initial time step of numerical integration:   0.01000 natural units
  74                                                                0.48900 fs
  75 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  20.00000
  76 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  77             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  78                                Frequency of property output:     10000
  79                              Frequency of coordinate output:     10000
  80 Microcanonical mode calculation
  81
  82 ============================== End of MD run setup =============================
  83
  84
  85 Energy-term weights (unscaled):
  86
  87 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
  88 WSCP=     1.593040 (SC-p)
  89 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
  90 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
  91 WBOND=    1.000000 (stretching)
  92 WANG=     1.138730 (bending)
  93 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
  94 WTOR=     1.985990 (torsional)
  95 WTORD=    1.570690 (double torsional)
  96 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  97 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
  98 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
  99 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 100 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 101 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 102 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
 103 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
 104 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 105
 106 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 107
 108 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 109 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 110
 111 Energy-term weights (scaled):
 112
 113 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
 114 WSCP=     1.593040 (SC-p)
 115 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
 116 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
 117 WBOND=    1.000000 (stretching)
 118 WANG=     1.138730 (bending)
 119 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
 120 WTOR=     1.985990 (torsional)
 121 WTORD=    1.570690 (double torsional)
 122 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 123 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
 124 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
 125 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 126 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 127 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 128 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
 129 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
 130 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 131  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 132  Parameters of the SS-bond potential:
 133  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 134    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 135  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 136    13.7000000000000
 137  EBR  -5.50000000000000       SS_DEPTH  -7.39571661678271
 138   HT  0.000000000000000E+000
 139 PDB data will be read from file ../../../../1L2Y.pdb
 140  Nres:    21
 141 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 142   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 143   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 144   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 145   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 146   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 147   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 148   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 149   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 150   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 151  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 152  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 153  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 154  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 155  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 156  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 157  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 158  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 159  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 160  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 161  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 162  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 163  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 164 nsup= 20 nstart_sup=  2
 165  ITEL
 166            1          21           0
 167            2          14           1
 168            3           5           1
 169            4           8           1
 170            5           4           1
 171            6          13           1
 172            7           7           1
 173            8           5           1
 174            9          19           1
 175           10          16           1
 176           11          10           1
 177           12          10           2
 178           13          20           1
 179           14          12           1
 180           15          12           1
 181           16          10           1
 182           17          18           2
 183           18          20           2
 184           19          20           2
 185           20          20           1
 186           21          12           0
 187  ns=           0  iss:
 188 Boundaries in phi angle sampling:
 189 D      1    -180.0     180.0
 190 ASN    2    -180.0     180.0
 191 LEU    3    -180.0     180.0
 192 TYR    4    -180.0     180.0
 193 ILE    5    -180.0     180.0
 194 GLN    6    -180.0     180.0
 195 TRP    7    -180.0     180.0
 196 LEU    8    -180.0     180.0
 197 LYS    9    -180.0     180.0
 198 ASP   10    -180.0     180.0
 199 GLY   11    -180.0     180.0
 200 GLY   12    -180.0     180.0
 201 PRO   13    -180.0     180.0
 202 SER   14    -180.0     180.0
 203 SER   15    -180.0     180.0
 204 GLY   16    -180.0     180.0
 205 ARG   17    -180.0     180.0
 206 PRO   18    -180.0     180.0
 207 PRO   19    -180.0     180.0
 208 PRO   20    -180.0     180.0
 209 SER   21    -180.0     180.0
 210 D     22    -180.0     180.0
 211 nsup= 20
 212  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 213  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 214  IZ_SC=           0
 215  Contact order:  0.308441558441558
 216  Shifting contacts:           2           2
 217            1  ILE            5  ASN            2
 218            2  TRP            7  TYR            4
 219            3  LEU            8  TYR            4
 220            4  LEU            8  ILE            5
 221            5  LYS            9  GLN            6
 222            6  GLY           12  TRP            7
 223            7  GLY           12  LEU            8
 224            8  SER           14  GLY           11
 225            9  SER           15  ASP           10
 226           10  SER           15  GLY           11
 227           11  PRO           19  TRP            7
 228           12  PRO           20  LEU            3
 229           13  PRO           20  TYR            4
 230           14  PRO           20  TRP            7
 231 Initial geometry will be read in.
 232
 233 Geometry of the virtual chain.
 234   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 235 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 236 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   102.356   -82.317
 237 LEU   3     3.800   104.929     0.000     1.939   120.092   -56.685
 238 TYR   4     3.800    87.695  -100.430     2.484   152.364    85.090
 239 ILE   5     3.800    81.904    72.426     1.776   134.976   -88.666
 240 GLN   6     3.800    82.466    66.026     2.240   122.343  -140.945
 241 TRP   7     3.800    84.466    51.434     2.605   152.178    38.024
 242 LEU   8     3.800    83.945    53.508     1.939   159.052   179.471
 243 LYS   9     3.800    85.396    60.569     2.541   100.558   -73.090
 244 ASP  10     3.800    91.449    44.177     1.709   139.961  -144.797
 245 GLY  11     3.800    94.602    67.604     0.000     0.000     0.000
 246 GLY  12     3.800   101.862   -72.814     0.000     0.000     0.000
 247 PRO  13     3.800   119.363   -61.916     1.345   117.453  -133.163
 248 SER  14     3.800    94.363   -75.894     1.150   137.025  -106.659
 249 SER  15     3.800    96.264    67.358     1.150   146.290  -130.305
 250 GLY  16     3.800   138.119   129.701     0.000     0.000     0.000
 251 ARG  17     3.800    96.299   -95.571     3.020    93.901  -102.747
 252 PRO  18     3.800   129.702    63.972     1.345   101.025  -111.641
 253 PRO  19     3.800   109.445   -74.504     1.345   113.043  -122.044
 254 PRO  20     3.800   106.349  -122.306     1.345    93.778  -102.374
 255 SER  21     3.800   106.042  -134.605     1.150   153.835  -143.303
 256 D    22     3.800   108.718    92.113     0.000     0.000     0.000
 257
 258
 259 ********************************************************************************
 260                     Processor   0: end reading molecular data.
 261 ********************************************************************************
 262
 263
 264 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 265
 266 ********************************************************************************
 267
 268  Calling chainbuild
 269 ====================MD calculation start====================
 270  Initial velocities randomly generated
 271  Initial velocities
 272   0   0.02267   0.06282  -0.18129      0.00000   0.00000   0.00000
 273   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 274   2  -0.36014  -0.22705  -0.00171     -0.06904  -0.02446   0.24778
 275   3   0.27655   0.20645   0.14150      0.26200   0.15105   0.09342
 276   4   0.10834  -0.11941   0.14712      0.10330  -0.09595   0.03277
 277   5   0.05798  -0.08974   0.08325      0.03879   0.02648  -0.14707
 278   6   0.01211   0.16444  -0.14711     -0.01628   0.11599  -0.16511
 279   7  -0.01010  -0.05513   0.03662     -0.18958   0.06429   0.04531
 280   8  -0.01799   0.13439  -0.04510      0.02318   0.10657   0.03722
 281   9  -0.26458  -0.01929   0.09531     -0.22533  -0.17075  -0.04594
 282  10   0.14062  -0.06051  -0.18363      0.20415  -0.15549  -0.17329
 283  11  -0.14145   0.13159  -0.00733      0.00000   0.00000   0.00000
 284  12   0.19745  -0.24261   0.01759      0.00000   0.00000   0.00000
 285  13  -0.15305   0.28008   0.07251      0.06558   0.14824   0.10057
 286  14   0.11104  -0.31941   0.15684     -0.02949  -0.09688   0.05398
 287  15   0.14534   0.10342  -0.23754     -0.13923   0.07952   0.07655
 288  16  -0.11969   0.14757   0.15002      0.00000   0.00000   0.00000
 289  17  -0.09007  -0.15856  -0.20234     -0.07955  -0.08516  -0.10245
 290  18   0.24139   0.09063   0.14043     -0.02074   0.10220   0.04907
 291  19  -0.14354  -0.07226  -0.29143     -0.12408  -0.06855  -0.02978
 292  20   0.28536   0.09023   0.56577      0.02348   0.16297   0.19270
 293  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.13725  -0.06434  -0.21957
 294  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 295  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 296  vcm right after adjustment:
 297   2.450147364690000E-018  3.126490126817969E-017  6.737905252897502E-018
 298
 299
 300               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 301              X           Y           Z          X           Y           Z
 302 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 303 ASN(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     4.19395     0.15176     1.63022
 304 LEU(  3)     4.77894    -3.67174     0.00000     6.45470    -4.61120    -0.26262
 305 TYR(  4)     5.40376    -3.34701     3.73419     6.99608    -4.40943     5.31723
 306 ILE(  5)     1.60715    -3.20688     3.81267     0.66846    -2.00631     2.90072
 307 GLN(  6)     1.94839    -6.79081     2.59652     1.67496    -6.00460     0.51692
 308 TRP(  7)     4.28674    -7.18710     5.56554     6.06986    -8.42183     7.00843
 309 LEU(  8)     1.35234    -5.80840     7.54758     1.66208    -4.14953     8.50254
 310 LYS(  9)    -0.53224    -8.86183     6.29662     0.02805    -9.25716     3.84989
 311 ASP( 10)     2.43549   -11.11658     7.03737     3.20275   -10.98938     5.51559
 312 GLY( 11)     2.18504   -10.72111    10.80843     2.18504   -10.72111    10.80843
 313 GLY( 12)     3.43786    -7.16826    11.30614     3.43786    -7.16826    11.30614
 314 PRO( 13)     6.99461    -6.28836    10.29851     6.42185    -5.11686     9.96902
 315 SER( 14)     8.57536    -7.97729    13.31326     8.31540    -7.39705    14.27151
 316 SER( 15)     7.65918   -11.53050    12.32568     6.78456   -11.09058    11.72234
 317 GLY( 16)     9.38152   -14.89751    11.95581     9.38152   -14.89751    11.95581
 318 ARG( 17)    10.03694   -14.62275     8.22286     7.37409   -13.20714     8.38321
 319 PRO( 18)    12.21420   -12.16088     6.31531    11.85460   -12.99540     5.32369
 320 PRO( 19)    10.48638    -8.77881     6.18806    11.49173    -8.46972     7.02636
 321 PRO( 20)    10.10763    -7.90895     2.50840     8.81244    -7.79183     2.85161
 322 SER( 21)    11.17729    -4.27813     2.17220    10.31507    -3.69519     2.66134
 323 D  ( 22)    14.88269    -4.17086     1.33644    14.88269    -4.17086     1.33644
 324
 325 Geometry of the virtual chain.
 326   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 327 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 328 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   102.356   -82.317
 329 LEU   3     3.800   104.929     0.000     1.939   120.092   -56.685
 330 TYR   4     3.800    87.695  -100.430     2.484   152.364    85.090
 331 ILE   5     3.800    81.904    72.426     1.776   134.976   -88.666
 332 GLN   6     3.800    82.466    66.026     2.240   122.343  -140.945
 333 TRP   7     3.800    84.466    51.434     2.605   152.178    38.024
 334 LEU   8     3.800    83.945    53.508     1.939   159.052   179.471
 335 LYS   9     3.800    85.396    60.569     2.541   100.558   -73.090
 336 ASP  10     3.800    91.449    44.177     1.709   139.961  -144.797
 337 GLY  11     3.800    94.602    67.604     0.000     0.000   180.000
 338 GLY  12     3.800   101.862   -72.814     0.000     0.000   180.000
 339 PRO  13     3.800   119.363   -61.916     1.345   117.453  -133.163
 340 SER  14     3.800    94.363   -75.894     1.150   137.025  -106.659
 341 SER  15     3.800    96.264    67.358     1.150   146.290  -130.306
 342 GLY  16     3.800   138.119   129.701     0.000     0.000   180.000
 343 ARG  17     3.800    96.299   -95.571     3.020    93.901  -102.747
 344 PRO  18     3.800   129.702    63.972     1.345   101.025  -111.641
 345 PRO  19     3.800   109.445   -74.504     1.345   113.043  -122.045
 346 PRO  20     3.800   106.349  -122.306     1.345    93.777  -102.374
 347 SER  21     3.800   106.042  -134.605     1.150   153.835  -143.303
 348 D    22     3.800   108.718    92.113     0.000     0.000   180.000
 349  Potential energy and its components
 350
 351 Virtual-chain energies:
 352
 353 EVDW=     -4.954316E+01 WEIGHT=    1.352790E+00 (SC-SC)
 354 EVDW2=     5.228224E+01 WEIGHT=    1.593040E+00 (SC-p)
 355 EES=      -1.132072E+02 WEIGHT=    7.153400E-01 (p-p)
 356 EVDWPP=    2.375178E+01 WEIGHT=    1.137100E-01 (p-p VDW)
 357 ESTR=      6.779273E-27 WEIGHT=    1.000000E+00 (stretching)
 358 EBE=      -1.651995E+01 WEIGHT=    1.138730E+00 (bending)
 359 ESC=       7.185904E+01 WEIGHT=    1.625800E-01 (SC local)
 360 ETORS=     8.243370E+00 WEIGHT=    1.985990E+00 (torsional)
 361 ETORSD=    2.390466E+00 WEIGHT=    1.570690E+00 (double torsional)
 362 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000E+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 363 ECORR4=   -8.338619E+01 WEIGHT=    4.288700E-01 (multi-body)
 364 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000E+00 (multi-body)
 365 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000E+00 (multi-body)
 366 EELLO=    -5.753258E+00 WEIGHT=    1.603600E-01 (electrostatic-local)
 367 ETURN3=    1.901845E+01 WEIGHT=    1.687220E+00 (turns, 3rd order)
 368 ETURN4=   -7.304754E+00 WEIGHT=    6.623000E-01 (turns, 4th order)
 369 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000E+00 (turns, 6th order)
 370 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000E+00 (backbone-rotamer corr)
 371 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 372 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 373 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 374 ETOT=     -5.845168E+01 (total)
 375
 376 Initial:
 377            Kinetic energy   3.24616E+01
 378          potential energy  -5.84517E+01
 379              total energy  -2.59901E+01
 380
 381     maximum acceleration    2.04223E-01
 382
 383
 384
 385 ===================================  Timing  ===================================
 386
 387                   MD calculations setup:    1.17188E-02
 388            Energy & gradient evaluation:    2.43230E+02
 389                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 390                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 391                                MD steps:    2.62180E+02
 392
 393
 394 ============================  End of MD calculation  ===========================
 395 CG processor   0 is finishing work.
 396  Total wall clock time   264.281250000000       sec