examples/unres/MD/microcanonical/VTS/ff_gab/outputs/1L2Y_micro.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_micro.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_micro.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sc_GB_opt.1e0g-52-17k-2k-newclass-shan1e9_ga
   9  p8g-sc
  10  SCp potential file              : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scp.parm
  11  Electrostatic potential file    :
  12  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  13  Cumulant coefficient file       :
  14  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  15  Torsional parameter file        :
  16  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  17  Double torsional parameter file :
  18  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  19  SCCOR parameter file : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  20  Bond & inertia constant file    : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/bond.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/thetaml.5parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scgauss.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 2.5 build 302
  34  compiled Mon Jul 23 17:42:12 2012
  35  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64
  38  OS version: #1 SMP Tue May 3 09:23:03 UTC 2011
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -g -ip -w -CB
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56
  57 Potential is GB , exponents are   6 12
  58
  59 Disulfide bridge parameters:
  60 S-S bridge energy:      -5.50
  61 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  62 akth:     11.00 akct:     12.00
  63 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  64  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -46
  65       -45086
  66  ran_num  6.422640197456531E-013
  67 RMSDBC =        3.0
  68 RMSDBC1 =        0.5
  69 RMSDBC1MAX =        1.5
  70 DRMS    =        0.1
  71 RMSDBCM =        3.0
  72 Time limit (min):     960.0
  73  RESCALE_MODE           2
  74 Library  routine used to diagonalize matrices.
  75
  76 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  77
  78 The units are:
  79 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  80 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  81 energy: kcal/mol, temperature: K
  82
  83                                        Number of time steps:   1000000
  84                  Initial time step of numerical integration:   0.01000 natural units
  85                                                                0.48900 fs
  86 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:  20.00000
  87 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  88             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  89                                Frequency of property output:     10000
  90                              Frequency of coordinate output:     10000
  91 Microcanonical mode calculation
  92
  93 ============================== End of MD run setup =============================
  94
  95
  96 Energy-term weights (unscaled):
  97
  98 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
  99 WSCP=     1.593040 (SC-p)
 100 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
 101 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
 102 WBOND=    1.000000 (stretching)
 103 WANG=     1.138730 (bending)
 104 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
 105 WTOR=     1.985990 (torsional)
 106 WTORD=    1.570690 (double torsional)
 107 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 108 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
 109 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
 110 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 111 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 112 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 113 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
 114 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
 115 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 116
 117 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 118
 119 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 120 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 121
 122 Energy-term weights (scaled):
 123
 124 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
 125 WSCP=     1.593040 (SC-p)
 126 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
 127 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
 128 WBOND=    1.000000 (stretching)
 129 WANG=     1.138730 (bending)
 130 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
 131 WTOR=     1.985990 (torsional)
 132 WTORD=    1.570690 (double torsional)
 133 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 134 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
 135 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
 136 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 137 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 138 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 139 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
 140 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
 141 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 142  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 143  Parameters of the SS-bond potential:
 144  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 145    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 146  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 147    13.7000000000000
 148  EBR  -5.50000000000000
 149 PDB data will be read from file ../../../1L2Y.pdb
 150  Nres:    21
 151 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 152   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 153   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 154   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 155   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 156   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 157   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 158   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 159   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 160   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 161  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 162  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 163  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 164  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 165  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 166  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 167  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 168  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 169  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 170  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 171  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 172  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 173  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 174 nsup= 20 nstart_sup=  2
 175  ITEL
 176            1          21           0
 177            2          14           1
 178            3           5           1
 179            4           8           1
 180            5           4           1
 181            6          13           1
 182            7           7           1
 183            8           5           1
 184            9          19           1
 185           10          16           1
 186           11          10           1
 187           12          10           2
 188           13          20           1
 189           14          12           1
 190           15          12           1
 191           16          10           1
 192           17          18           2
 193           18          20           2
 194           19          20           2
 195           20          20           1
 196           21          12           0
 197  ns=           0  iss:
 198 Boundaries in phi angle sampling:
 199 D      1    -180.0     180.0
 200 ASN    2    -180.0     180.0
 201 LEU    3    -180.0     180.0
 202 TYR    4    -180.0     180.0
 203 ILE    5    -180.0     180.0
 204 GLN    6    -180.0     180.0
 205 TRP    7    -180.0     180.0
 206 LEU    8    -180.0     180.0
 207 LYS    9    -180.0     180.0
 208 ASP   10    -180.0     180.0
 209 GLY   11    -180.0     180.0
 210 GLY   12    -180.0     180.0
 211 PRO   13    -180.0     180.0
 212 SER   14    -180.0     180.0
 213 SER   15    -180.0     180.0
 214 GLY   16    -180.0     180.0
 215 ARG   17    -180.0     180.0
 216 PRO   18    -180.0     180.0
 217 PRO   19    -180.0     180.0
 218 PRO   20    -180.0     180.0
 219 SER   21    -180.0     180.0
 220 D     22    -180.0     180.0
 221 nsup= 20
 222  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 223  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 224  IZ_SC=           0
 225  Contact order:  0.308441558441558
 226  Shifting contacts:           2           2
 227            1  ILE            5  ASN            2
 228            2  TRP            7  TYR            4
 229            3  LEU            8  TYR            4
 230            4  LEU            8  ILE            5
 231            5  LYS            9  GLN            6
 232            6  GLY           12  TRP            7
 233            7  GLY           12  LEU            8
 234            8  SER           14  GLY           11
 235            9  SER           15  ASP           10
 236           10  SER           15  GLY           11
 237           11  PRO           19  TRP            7
 238           12  PRO           20  LEU            3
 239           13  PRO           20  TYR            4
 240           14  PRO           20  TRP            7
 241 Initial geometry will be read in.
 242
 243 Geometry of the virtual chain.
 244   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 245 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 246 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   102.356   -82.317
 247 LEU   3     3.800   104.929     0.000     1.939   120.092   -56.685
 248 TYR   4     3.800    87.695  -100.430     2.484   152.364    85.090
 249 ILE   5     3.800    81.904    72.426     1.776   134.976   -88.666
 250 GLN   6     3.800    82.466    66.026     2.240   122.343  -140.945
 251 TRP   7     3.800    84.466    51.434     2.605   152.178    38.024
 252 LEU   8     3.800    83.945    53.508     1.939   159.052   179.471
 253 LYS   9     3.800    85.396    60.569     2.541   100.558   -73.090
 254 ASP  10     3.800    91.449    44.177     1.709   139.961  -144.797
 255 GLY  11     3.800    94.602    67.604     0.000     0.000     0.000
 256 GLY  12     3.800   101.862   -72.814     0.000     0.000     0.000
 257 PRO  13     3.800   119.363   -61.916     1.345   117.453  -133.163
 258 SER  14     3.800    94.363   -75.894     1.150   137.025  -106.659
 259 SER  15     3.800    96.264    67.358     1.150   146.290  -130.305
 260 GLY  16     3.800   138.119   129.701     0.000     0.000     0.000
 261 ARG  17     3.800    96.299   -95.571     3.020    93.901  -102.747
 262 PRO  18     3.800   129.702    63.972     1.345   101.025  -111.641
 263 PRO  19     3.800   109.445   -74.504     1.345   113.043  -122.044
 264 PRO  20     3.800   106.349  -122.306     1.345    93.778  -102.374
 265 SER  21     3.800   106.042  -134.605     1.150   153.835  -143.303
 266 D    22     3.800   108.718    92.113     0.000     0.000     0.000
 267
 268
 269 ********************************************************************************
 270                     Processor   0: end reading molecular data.
 271 ********************************************************************************
 272
 273
 274 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 275
 276 ********************************************************************************
 277
 278  Calling chainbuild
 279 ====================MD calculation start====================
 280  Initial velocities randomly generated
 281  Initial velocities
 282   0   0.02267   0.06282  -0.18129      0.00000   0.00000   0.00000
 283   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 284   2  -0.36014  -0.22705  -0.00171     -0.06904  -0.02446   0.24778
 285   3   0.27655   0.20645   0.14150      0.26200   0.15105   0.09342
 286   4   0.10834  -0.11941   0.14712      0.10330  -0.09595   0.03277
 287   5   0.05798  -0.08974   0.08325      0.03879   0.02648  -0.14707
 288   6   0.01211   0.16444  -0.14711     -0.01628   0.11599  -0.16511
 289   7  -0.01010  -0.05513   0.03662     -0.18958   0.06429   0.04531
 290   8  -0.01799   0.13439  -0.04510      0.02318   0.10657   0.03722
 291   9  -0.26458  -0.01929   0.09531     -0.22533  -0.17075  -0.04594
 292  10   0.14062  -0.06051  -0.18363      0.20415  -0.15549  -0.17329
 293  11  -0.14145   0.13159  -0.00733      0.00000   0.00000   0.00000
 294  12   0.19745  -0.24261   0.01759      0.00000   0.00000   0.00000
 295  13  -0.15305   0.28008   0.07251      0.06558   0.14824   0.10057
 296  14   0.11104  -0.31941   0.15684     -0.02949  -0.09688   0.05398
 297  15   0.14534   0.10342  -0.23754     -0.13923   0.07952   0.07655
 298  16  -0.11969   0.14757   0.15002      0.00000   0.00000   0.00000
 299  17  -0.09007  -0.15856  -0.20234     -0.07955  -0.08516  -0.10245
 300  18   0.24139   0.09063   0.14043     -0.02074   0.10220   0.04907
 301  19  -0.14354  -0.07226  -0.29143     -0.12408  -0.06855  -0.02978
 302  20   0.28536   0.09023   0.56577      0.02348   0.16297   0.19270
 303  21   0.00000   0.00000   0.00000     -0.13725  -0.06434  -0.21957
 304  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 305  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 306  vcm right after adjustment:
 307   7.350442094070002E-018 -1.983088023295969E-017  2.245968417632500E-018
 308
 309
 310               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 311              X           Y           Z          X           Y           Z
 312 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 313 ASN(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     4.19395     0.15176     1.63022
 314 LEU(  3)     4.77894    -3.67174     0.00000     6.45470    -4.61120    -0.26262
 315 TYR(  4)     5.40376    -3.34701     3.73419     6.99608    -4.40943     5.31723
 316 ILE(  5)     1.60715    -3.20688     3.81267     0.66846    -2.00631     2.90072
 317 GLN(  6)     1.94839    -6.79081     2.59652     1.67496    -6.00460     0.51692
 318 TRP(  7)     4.28674    -7.18710     5.56554     6.06986    -8.42183     7.00843
 319 LEU(  8)     1.35234    -5.80840     7.54758     1.66208    -4.14953     8.50254
 320 LYS(  9)    -0.53224    -8.86183     6.29662     0.02805    -9.25716     3.84989
 321 ASP( 10)     2.43549   -11.11658     7.03737     3.20275   -10.98938     5.51559
 322 GLY( 11)     2.18504   -10.72111    10.80843     2.18504   -10.72111    10.80843
 323 GLY( 12)     3.43786    -7.16826    11.30614     3.43786    -7.16826    11.30614
 324 PRO( 13)     6.99461    -6.28836    10.29851     6.42185    -5.11686     9.96902
 325 SER( 14)     8.57536    -7.97729    13.31326     8.31540    -7.39705    14.27151
 326 SER( 15)     7.65918   -11.53050    12.32568     6.78456   -11.09058    11.72234
 327 GLY( 16)     9.38152   -14.89751    11.95581     9.38152   -14.89751    11.95581
 328 ARG( 17)    10.03694   -14.62275     8.22286     7.37409   -13.20714     8.38321
 329 PRO( 18)    12.21420   -12.16088     6.31531    11.85460   -12.99540     5.32369
 330 PRO( 19)    10.48638    -8.77881     6.18806    11.49173    -8.46972     7.02636
 331 PRO( 20)    10.10763    -7.90895     2.50840     8.81244    -7.79183     2.85161
 332 SER( 21)    11.17729    -4.27813     2.17220    10.31507    -3.69519     2.66134
 333 D  ( 22)    14.88269    -4.17086     1.33644    14.88269    -4.17086     1.33644
 334
 335 Geometry of the virtual chain.
 336   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 337 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 338 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684   102.356   -82.317
 339 LEU   3     3.800   104.929     0.000     1.939   120.092   -56.685
 340 TYR   4     3.800    87.695  -100.430     2.484   152.364    85.090
 341 ILE   5     3.800    81.904    72.426     1.776   134.976   -88.666
 342 GLN   6     3.800    82.466    66.026     2.240   122.343  -140.945
 343 TRP   7     3.800    84.466    51.434     2.605   152.178    38.024
 344 LEU   8     3.800    83.945    53.508     1.939   159.052   179.471
 345 LYS   9     3.800    85.396    60.569     2.541   100.558   -73.090
 346 ASP  10     3.800    91.449    44.177     1.709   139.961  -144.797
 347 GLY  11     3.800    94.602    67.604     0.000   180.000   180.000
 348 GLY  12     3.800   101.862   -72.814     0.000   180.000   180.000
 349 PRO  13     3.800   119.363   -61.916     1.345   117.453  -133.163
 350 SER  14     3.800    94.363   -75.894     1.150   137.025  -106.659
 351 SER  15     3.800    96.264    67.358     1.150   146.290  -130.306
 352 GLY  16     3.800   138.119   129.701     0.000   180.000   180.000
 353 ARG  17     3.800    96.299   -95.571     3.020    93.901  -102.747
 354 PRO  18     3.800   129.702    63.972     1.345   101.025  -111.641
 355 PRO  19     3.800   109.445   -74.504     1.345   113.043  -122.045
 356 PRO  20     3.800   106.349  -122.306     1.345    93.777  -102.374
 357 SER  21     3.800   106.042  -134.605     1.150   153.835  -143.303
 358 D    22     3.800   108.718    92.113     0.000   180.000   180.000
 359  Potential energy and its components
 360
 361 Virtual-chain energies:
 362
 363 EVDW=     -4.436790E+01 WEIGHT=    1.352790D+00 (SC-SC)
 364 EVDW2=     5.228224E+01 WEIGHT=    1.593040D+00 (SC-p)
 365 EES=      -1.132072E+02 WEIGHT=    7.153400D-01 (p-p)
 366 EVDWPP=    2.375178E+01 WEIGHT=    1.137100D-01 (p-p VDW)
 367 ESTR=      6.779273E-27 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 368 EBE=      -1.651995E+01 WEIGHT=    1.138730D+00 (bending)
 369 ESC=       7.185904E+01 WEIGHT=    1.625800D-01 (SC local)
 370 ETORS=     8.243370E+00 WEIGHT=    1.985990D+00 (torsional)
 371 ETORSD=    2.390466E+00 WEIGHT=    1.570690D+00 (double torsional)
 372 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 373 ECORR4=   -8.338619E+01 WEIGHT=    4.288700D-01 (multi-body)
 374 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 375 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 376 EELLO=    -5.753258E+00 WEIGHT=    1.603600D-01 (electrostatic-local)
 377 ETURN3=    1.901845E+01 WEIGHT=    1.687220D+00 (turns, 3rd order)
 378 ETURN4=   -7.304754E+00 WEIGHT=    6.623000D-01 (turns, 4th order)
 379 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 380 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 381 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 382 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 383 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 384 ETOT=     -5.145065E+01 (total)
 385
 386 Initial:
 387            Kinetic energy   3.24616E+01
 388          potential energy  -5.14506E+01
 389              total energy  -1.89891E+01
 390
 391     maximum acceleration    1.98994E-01
 392
 393
 394
 395 ===================================  Timing  ===================================
 396
 397                   MD calculations setup:    7.81250E-03
 398            Energy & gradient evaluation:    2.64738E+02
 399                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 400                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 401                                MD steps:    2.96723E+02
 402
 403
 404 ============================  End of MD calculation  ===========================
 405 CG processor   0 is finishing work.
 406  Total wall clock time   298.832031250000       sec