examples/unres/MD/ff_e0g/1p1d_apart_dconstr.inp

   1 1P1D
   2 SEED=-3059743 MD pdbref refstr rescale_mode=2 CONSTR_DIST out1file
   3 nstep=1000000 ntwe=1000 ntwx=1000 lang=0 tbf t_bath=300 tau_bath=1.0 dt=0.10   &
   4 reset_moment=1000 reset_vel=0 damax=4.0 restart
   5 WLONG=1.70905 WSCP=2.18310 WELEC=1.06684 WBOND=1.00000 WANG=1.17536            &
   6 WSCLOC=0.22070 WTOR=2.65798 WTORD=2.00646 WCORRH=0.23541 WCORR5=0.00000        &
   7 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.42789 WTURN3=1.68126 WTURN4=0.75080 WTURN6=0.00000    &
   8 WVDWPP=0.27044 WHPB=1.00000 WSCP14=0.00000                                     &
   9 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
  10 1P1D.pdb
  11 198
  12  D   GLN VAL VAL HIS THR GLU THR THR GLU VAL VAL LEU THR ALA ASP PRO VAL THR GLY
  13  PHE GLY ILE GLN LEU GLN GLY SER VAL PHE ALA THR GLU THR LEU SER SER PRO PRO LEU
  14  ILE SER TYR ILE GLU ALA ASP SER PRO ALA GLU ARG CYS GLY VAL LEU GLN ILE GLY ASP
  15  ARG VAL MET ALA ILE ASN GLY ILE PRO THR GLU ASP SER THR PHE GLU GLU ALA ASN GLN
  16  LEU LEU ARG ASP SER SER ILE THR SER LYS VAL THR LEU GLU ILE GLU PHE ASP VAL ALA
  17  GLU SER VAL ILE PRO SER SER GLY THR PHE HIS VAL LYS LEU PRO LYS LYS HIS SER VAL
  18  GLU LEU GLY ILE THR ILE SER SER PRO SER SER ARG LYS PRO GLY ASP PRO LEU VAL ILE
  19  SER ASP ILE LYS LYS GLY SER VAL ALA HIS ARG THR GLY THR LEU GLU LEU GLY ASP LYS
  20  LEU LEU ALA ILE ASP ASN ILE ARG LEU ASP SER CYS SER MET GLU ASP ALA VAL GLN ILE
  21  LEU GLN GLN CYS GLU ASP LEU VAL LYS LEU LYS ILE ARG LYS ASP GLU ASP D
  22 0
  23 0
  24 NFRAG=2 IFRAG=2 97 108 196 WFRAG=100.0 100.0
  25   129.6568  129.6444  137.5520  117.1093  107.9672  136.5787  131.9364  144.3145
  26   135.0413  132.2254  120.0753  120.0160  132.2990  123.1288  127.2544   90.3264
  27   106.9596  106.3108  109.0170  119.2998   93.5536  128.3747  117.2717  125.7130
  28   128.6132  107.4968  112.6660   98.1677   86.8253  103.3136  131.9482  110.6047
  29   121.3771  117.5469   85.9758  112.6706  100.3413  113.8285  130.6594  114.7789
  30    97.9158  139.8450  128.9534  134.2247  110.9194   97.5839  131.6059   85.3261
  31    96.0943   90.4082   92.1683   90.9834  106.3645  121.2547  125.9033  135.4849
  32   102.3437  106.8781  103.4945   92.3523  111.6892   99.4625  138.3845  120.8086
  33    88.9609   95.7938  116.0989  126.3281  114.7619   89.1929   94.7054  145.9347
  34   119.0319   92.1492   91.7804   89.8203   89.3956   88.9972   90.1609   92.3798
  35    96.4915   83.4545   95.4264   94.9776  100.7735   92.7410   92.5139   86.1550
  36   139.8896  131.7567  123.3791  140.3845  127.2510  137.8179  129.0482  145.1932
  37   125.6500  110.7895  140.5229   89.9544  121.0412  126.6231  118.6139  132.8890
  38   108.1886  114.2358   93.8845  122.3475  118.8504  121.7687  113.9979  106.4292
  39   123.4002  105.1699  125.6739  139.3021  102.4976  114.8125  130.6238  105.0768
  40   103.2466   94.9321  114.6059  122.2043  131.6620  139.8919  128.1820   97.4708
  41   137.1324   95.2686  103.7363  139.6143  109.6138  102.1524   99.4105  122.1518
  42   116.9303  132.6288  122.1162  103.0316  143.1600  127.5839  122.8425  125.5460
  43    92.6847  119.7737   89.2970   98.8485   91.1638   90.7692   86.5696   94.5722
  44   108.3835   95.6775  121.5901  109.6229   99.5422  135.8250  137.3578  137.3275
  45   108.5785  134.6590  119.9430   93.0908  107.3783  127.2656  128.7506   83.7107
  46    84.6057   89.3574  116.0918  125.9349   88.0840   87.3487   91.5235   86.8836
  47    89.1719   95.4253   91.2313   90.4834   97.6238   86.7694   90.5966   92.1294
  48   107.8348  127.5196  118.3721  110.7138  113.3371  106.5129  126.4843  123.7225
  49   128.4857  119.6119  121.4956  121.3561
  50  -179.9168  171.7072 -145.5322 -142.1808  169.8758 -137.8939  171.0548 -100.2872
  51  -156.0855 -148.4444 -175.0790 -173.2179 -115.9152 -145.3110 -125.8262   49.8186
  52   -15.7338 -139.0213    8.6274 -158.5687  118.0544 -158.4552 -164.2185 -154.2207
  53  -122.9190  -42.1105 -163.6631   55.8843 -170.3987  107.1784  -15.2057  -15.8474
  54  -110.5748  173.9703   44.5403  147.2429   39.0423  149.0626 -123.1444  178.4750
  55     4.5701 -153.1366 -106.9541 -110.4647   14.7738  122.7056 -120.2769   86.1932
  56    22.6011   53.0070   92.5991  -93.8358   18.0576  143.9795  172.0402  -80.8939
  57    31.1424 -169.8653 -148.8500 -172.1048  179.1865   16.6086 -156.1241  -23.3496
  58   -48.2160  120.4908 -128.2524 -174.5265   50.9983   59.5133   21.9386  -43.0438
  59  -136.4229   67.3014   54.1492   51.4990   53.7745   53.8301   56.8688   44.3038
  60    49.4439   35.7849  108.2580   71.5772  105.3069   27.6198 -116.1053   73.5884
  61  -167.4040 -156.2748  165.2579 -127.9725 -174.7981 -142.0338  180.0000  180.0000
  62   180.0000  180.0000  180.0000  180.0000  180.0000  180.0000  180.0000  180.0000
  63   180.0000  180.0000  180.0000 -168.3118 -153.1605  177.7273 -170.4187 -176.8355
  64  -116.2262 -155.6064 -163.3768  -84.4008  -36.2569  146.1407  -79.8760  162.3609
  65  -148.3794  150.3253 -162.2453 -159.2458  175.5511 -139.4580 -154.5819  -33.1573
  66  -138.3724   90.3969   60.0075  -96.2879   32.4286 -169.7993 -148.2546 -108.1644
  67  -157.4247 -132.5732  177.6152  -19.0471 -148.4668 -138.8378 -112.7189   35.4312
  68    96.1535 -112.2717   82.2656   17.5596   75.2800   63.4937 -142.2488   89.4748
  69    95.9685 -178.1717 -111.7963   40.4808  108.4127 -127.3499 -148.6317  178.5747
  70    24.3483 -161.6886  -48.9820  -24.3109   78.4995 -135.5845 -142.2325  105.9058
  71    59.9506 -121.5172  121.7481 -162.6910   58.1435   58.1262   51.8749   55.1078
  72    45.5752   40.4146   49.0183   39.5382   54.4849   73.6864  159.7904   43.8483
  73     0.1944 -160.8756 -152.1350 -162.5128 -165.9226 -176.6031 -120.4527 -163.5416
  74   145.4067 -155.7652 -179.9040
  75   112.4623  153.4110  164.8113  158.4867  154.9746  175.2266  154.0851  125.1753
  76   106.6997  165.4702  151.9097  166.1628  160.0230  155.9927  166.4471   95.0328
  77   139.1387  129.5820    0.0000  147.5129    0.0000  162.3600  160.5348  168.2691
  78   166.5928    0.0000  125.8385  135.9489   74.2121  137.9308  138.6123  117.5885
  79    98.8119  119.9746  136.5663  151.5363   95.4262  111.2897  133.5470  166.6960
  80   154.6827  137.8567  156.8415  153.7087  158.4983  155.7448  136.7002  103.3181
  81   126.7098  141.0540  110.3003  105.5012    0.0000  144.3957  163.8077  162.8153
  82   170.7997    0.0000  161.3921  175.4280  148.7505  142.5053  155.1538  164.4860
  83   149.7013    0.0000  164.8349  108.9304  108.2392  145.8150  174.3837  142.5247
  84   163.8778   90.8744  143.4810  108.3535  128.1284  154.0905  146.6153  135.4621
  85   154.4613  129.5191  154.8788  168.1694  130.5663  127.8731  126.9133  136.9898
  86   162.8345  168.6657  163.6825  128.7115  164.9224  141.2683  164.6211   97.8811
  87   170.8247  154.4959  112.9777  101.5150  152.0950  167.7061  144.8078  102.3091
  88   150.4586  128.1821    0.0000  167.5162  150.6497  152.2697  166.7933  160.2559
  89   171.5551  116.5623  153.5441   85.6284  138.1186  142.9868  166.0467  151.8382
  90   154.3778    0.0000  165.5064  172.4258  161.1830  127.0711  137.2784   86.4681
  91   161.1591  154.1979  114.7400  112.2634  116.9247    0.0000  174.7855  122.2390
  92   148.4539  172.5333  160.7906  144.9131  166.3909  152.7027  130.3596  175.6140
  93     0.0000  149.5424  125.9934  122.6553  150.2449  133.0276  121.2744    0.0000
  94   115.0869  160.7152  170.1010  162.4646    0.0000  172.2549  160.6749  164.9626
  95   108.7018  157.9593  166.1484  119.8148  159.5732  173.0236  154.9556  147.2046
  96   160.3060  133.6982  135.5979  156.7815  110.8792  173.1952  156.5483  127.5620
  97   142.3728  126.1087  132.5366  112.4002  138.8484  121.9898  127.0478  126.8042
  98   137.6410  151.9819  148.7937  172.9467  168.1850  173.0840  164.4467  152.6852
  99   150.7814  158.8961  153.5685   69.0621
 100    67.7618 -115.4814  -78.9283   29.2559 -112.3642  -29.1582 -103.2188  -67.3628
 101   -95.7575 -124.3602  -59.3461  156.8791 -100.5177  -77.8194   31.3251 -111.2296
 102   -84.9672  -83.6809    0.0000  174.3830    0.0000  -98.7421  168.8138   22.9994
 103   -30.4194    0.0000  -81.0948  -73.9091  -81.5599 -106.7293  -93.6728 -105.5910
 104   -95.3200 -109.2752  -89.2763 -146.0631 -109.0631 -120.4012 -100.2791  -86.5016
 105   -84.4441  -20.8582 -104.6252  -33.1762  -84.9292  -85.4549 -100.3862 -123.1997
 106   -72.0422 -116.3780 -155.2664  -70.1072    0.0000  -91.8587   92.2570  124.5443
 107  -171.8775    0.0000   10.1254  119.6267 -101.9329  -31.6572  -88.7886 -143.5560
 108  -136.8069    0.0000  -98.4976 -112.5622  -94.1823 -104.9736   -5.7661  -98.4019
 109   -69.8989  -58.6839  -89.0063  -65.5840  -74.6656 -107.2631 -117.5635 -108.8940
 110   -80.7777 -106.6184 -167.0808 -108.6342 -128.2031  -92.1135  -91.2378  -87.1230
 111   -58.3380 -106.5822 -125.3389 -101.1671 -138.7472  -94.5148  -20.5569  -99.2518
 112   151.2667 -120.9336  -84.5114 -100.1333  -74.7818 -115.2542  -73.0317 -107.6290
 113   -87.6782 -128.2519    0.0000 -138.1861   25.7759  171.9670 -133.8098 -150.8235
 114   148.6959 -130.5517   11.9306  -87.4455 -117.9366 -148.2493  -51.6621  -44.0075
 115   -82.2048    0.0000 -107.6988  -80.0741  -94.4689  -94.7334  -78.4347 -101.0373
 116  -140.7658 -145.0991  -70.7688  -81.5000 -128.3629    0.0000   45.0328 -129.1703
 117     2.9156  -87.0041  -98.3022 -110.6639  -39.5801 -135.5094  -10.4558   53.0467
 118     0.0000 -106.9368  -93.5949  -69.8327  -17.1980 -169.2666  -65.4010    0.0000
 119   -96.6709 -157.7382 -146.8708 -158.3059    0.0000 -129.6809  172.3296 -125.4745
 120   -64.3502  -88.7982 -141.7886  -56.1859  -93.6087   54.6076  176.5793 -144.2890
 121   -86.3836 -108.4922 -139.5724 -149.3283  -56.5306  -78.1887  -68.2135  -75.5523
 122   -81.9324 -139.7062  -96.2820  -62.2432  -95.3887  -37.1139  -88.9931 -112.8599
 123  -126.9640  -56.5930  -57.8775   20.6199  163.7276   74.5060 -120.9853   97.7119
 124    19.4482  175.9226 -113.0756  -60.7580