examples/unres/MD/ff_1l2y_1le1/MD/NVE/1L2Y_NVE.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_NVE.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_NVE.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        : ../../../../PARAM/scinter_GB.parm
   8  SCp potential file              : ../../../../PARAM/scp.parm
   9  Electrostatic potential file    : ../../../../PARAM/electr_631Gdp.parm
  10  Cumulant coefficient file       :
  11  ../../../../PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  12  Torsional parameter file        : ../../../../PARAM/torsion_631Gdp.parm
  13  Double torsional parameter file : ../../../../PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  14  SCCOR parameter file : ../../../../PARAM/rotcorr_AM1.parm
  15  Bond & inertia constant file    : ../../../../PARAM/bond_AM1.parm
  16  Bending parameter file          : ../../../../PARAM/theta_abinitio.parm
  17  Rotamer parameter file          :
  18  ../../../../PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  19  Threading database              : ../../../../PARAM/patterns.cart
  20 --------------------------------------------------------------------------------
  21 ********************************************************************************
  22 United-residue force field calculation - parallel job.
  23 ********************************************************************************
  24  ### LAST MODIFIED  11/03/09 1:19PM by czarek
  25  ++++ Compile info ++++
  26  Version 2.4 build 3228
  27  compiled Thu Sep 23 07:36:26 2010
  28  compiled by adam@matrix3.chem.cornell.edu
  29  OS name:    Linux
  30  OS release: 2.6.27.25-170.2.72.fc10.x86_64
  31  OS version: #1 SMP Sun Jun 21 18:39:34 EDT 2009
  32  flags:
  33  CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DUNRES -DMP -DMPI ...
  34  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  35  FC= ifort
  36  OPT =  -O3 -ip -w
  37  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  38  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  39  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  40  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  41  BIN = ../bin/unres_Tc_procor_new_em64_nh_hremd_...
  42  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf_em64/l...
  43  ARCH = LINUX
  44  PP = /lib/cpp -P
  45  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  46  ++++ End of compile info ++++
  47
  48 Potential is GB , exponents are   6 12
  49
  50 Disulfide bridge parameters:
  51 S-S bridge energy:      -5.50
  52 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  53 akth:     11.00 akct:     12.00
  54 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  55  MPI: node=            0  iseed=               -3059742
  56  ran_num  0.273754117333397
  57 RMSDBC =        3.0
  58 RMSDBC1 =        0.5
  59 RMSDBC1MAX =        1.5
  60 DRMS    =        0.1
  61 RMSDBCM =        3.0
  62 Time limit (min):     960.0
  63  RESCALE_MODE           1
  64 Library  routine used to diagonalize matrices.
  65
  66 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  67
  68 The units are:
  69 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  70 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  71 energy: kcal/mol, temperature: K
  72
  73                                        Number of time steps:   1000000
  74                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
  75                                                                4.89000 fs
  76 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:**********
  77 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  78             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  79                                Frequency of property output:       100
  80                              Frequency of coordinate output:     10000
  81 Microcanonical mode calculation
  82
  83 ============================== End of MD run setup =============================
  84
  85
  86 Energy-term weights (unscaled):
  87
  88 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
  89 WSCP=     1.233150 (SC-p)
  90 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
  91 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
  92 WBOND=    1.000000 (stretching)
  93 WANG=     0.629540 (bending)
  94 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
  95 WTOR=     1.843160 (torsional)
  96 WTORD=    1.265710 (double torsional)
  97 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  98 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
  99 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 100 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 101 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 102 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
 103 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 104 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 105 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 106
 107 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 108
 109 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 110 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 111
 112 Energy-term weights (scaled):
 113
 114 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 115 WSCP=     1.233150 (SC-p)
 116 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
 117 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
 118 WBOND=    1.000000 (stretching)
 119 WANG=     0.629540 (bending)
 120 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 121 WTOR=     1.843160 (torsional)
 122 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 123 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 124 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 125 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 126 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 127 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 128 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 129 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 130 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 131 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 132  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 133  Parameters of the SS-bond potential:
 134  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 135    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 136  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 137    13.7000000000000
 138  EBR  -5.50000000000000
 139 PDB data will be read from file 1L2Y.pdb
 140  Nres:    21
 141 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 142   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 143   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 144   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 145   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 146   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 147   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 148   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 149   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 150   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 151  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 152  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 153  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 154  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 155  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 156  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 157  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 158  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 159  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 160  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 161  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 162  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 163  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 164 nsup= 20 nstart_sup=  2
 165  ITEL
 166            1          21           0
 167            2          14           1
 168            3           5           1
 169            4           8           1
 170            5           4           1
 171            6          13           1
 172            7           7           1
 173            8           5           1
 174            9          19           1
 175           10          16           1
 176           11          10           1
 177           12          10           2
 178           13          20           1
 179           14          12           1
 180           15          12           1
 181           16          10           1
 182           17          18           2
 183           18          20           2
 184           19          20           2
 185           20          20           1
 186           21          12           0
 187  ns=           0  iss:
 188 Boundaries in phi angle sampling:
 189 D      1    -180.0     180.0
 190 ASN    2    -180.0     180.0
 191 LEU    3    -180.0     180.0
 192 TYR    4    -180.0     180.0
 193 ILE    5    -180.0     180.0
 194 GLN    6    -180.0     180.0
 195 TRP    7    -180.0     180.0
 196 LEU    8    -180.0     180.0
 197 LYS    9    -180.0     180.0
 198 ASP   10    -180.0     180.0
 199 GLY   11    -180.0     180.0
 200 GLY   12    -180.0     180.0
 201 PRO   13    -180.0     180.0
 202 SER   14    -180.0     180.0
 203 SER   15    -180.0     180.0
 204 GLY   16    -180.0     180.0
 205 ARG   17    -180.0     180.0
 206 PRO   18    -180.0     180.0
 207 PRO   19    -180.0     180.0
 208 PRO   20    -180.0     180.0
 209 SER   21    -180.0     180.0
 210 D     22    -180.0     180.0
 211 nsup= 20
 212  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 213  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 214  IZ_SC=           0
 215  Processor           0  CG group           0  absolute rank           0  nhpb
 216            0  link_start=           1  link_end           0
 217  Contact order:  0.308441558441558
 218  Shifting contacts:           2           2
 219            1  ILE            5  ASN            2
 220            2  TRP            7  TYR            4
 221            3  LEU            8  TYR            4
 222            4  LEU            8  ILE            5
 223            5  LYS            9  GLN            6
 224            6  GLY           12  TRP            7
 225            7  GLY           12  LEU            8
 226            8  SER           14  GLY           11
 227            9  SER           15  ASP           10
 228           10  SER           15  GLY           11
 229           11  PRO           19  TRP            7
 230           12  PRO           20  LEU            3
 231           13  PRO           20  TYR            4
 232           14  PRO           20  TRP            7
 233 Initial geometry will be read in.
 234
 235 Geometry of the virtual chain.
 236   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 237 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 238 ASN   2     3.800     0.000     0.000     2.008   102.356   -82.317
 239 LEU   3     3.800   104.929     0.000     1.782   120.092   -56.685
 240 TYR   4     3.800    87.695  -100.430     3.362   152.364    85.090
 241 ILE   5     3.800    81.904    72.426     1.645   134.976   -88.666
 242 GLN   6     3.800    82.466    66.026     2.125   122.343  -140.945
 243 TRP   7     3.800    84.466    51.434     3.368   152.178    38.024
 244 LEU   8     3.800    83.945    53.508     1.782   159.052   179.471
 245 LYS   9     3.800    85.396    60.569     2.379   100.558   -73.090
 246 ASP  10     3.800    91.449    44.177     2.030   139.961  -144.797
 247 GLY  11     3.800    94.602    67.604     0.000     0.000     0.000
 248 GLY  12     3.800   101.862   -72.814     0.000     0.000     0.000
 249 PRO  13     3.800   119.363   -61.916     1.422   117.453  -133.163
 250 SER  14     3.800    94.363   -75.894     1.311   137.025  -106.659
 251 SER  15     3.800    96.264    67.358     1.311   146.290  -130.305
 252 GLY  16     3.800   138.119   129.701     0.000     0.000     0.000
 253 ARG  17     3.800    96.299   -95.571     2.644    93.901  -102.747
 254 PRO  18     3.800   129.702    63.972     1.422   101.025  -111.641
 255 PRO  19     3.800   109.445   -74.504     1.422   113.043  -122.044
 256 PRO  20     3.800   106.349  -122.306     1.422    93.778  -102.374
 257 SER  21     3.800   106.042  -134.605     1.311   153.835  -143.303
 258 D    22     3.800   108.718    92.113     0.000     0.000     0.000
 259
 260
 261 ********************************************************************************
 262                     Processor   0: end reading molecular data.
 263 ********************************************************************************
 264
 265
 266 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 267
 268 ********************************************************************************
 269
 270  Calling chainbuild
 271 ====================MD calculation start====================
 272  Initial velocities randomly generated
 273  Initial velocities
 274   0   0.14116   0.06019   0.00651      0.00000   0.00000   0.00000
 275   1   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 276   2  -0.17175  -0.01249  -0.15331     -0.02090  -0.05792  -0.09881
 277   3   0.15276   0.01076   0.15619     -0.00869  -0.01649   0.14952
 278   4   0.09714   0.21962  -0.00076     -0.13161   0.00105  -0.13191
 279   5  -0.28995  -0.28661  -0.04399     -0.20794  -0.09712   0.06109
 280   6   0.02606  -0.09397   0.00121      0.02142   0.02371   0.06777
 281   7   0.14043   0.10719   0.11062      0.03017   0.12211   0.14888
 282   8  -0.15894   0.05289  -0.04945     -0.08870  -0.06076   0.05527
 283   9   0.00083  -0.06721  -0.12843      0.11538  -0.05179  -0.14286
 284  10   0.29223  -0.07835   0.13064      0.07317   0.00083   0.11341
 285  11  -0.41159   0.15104  -0.01780      0.00000   0.00000   0.00000
 286  12   0.28145  -0.01326   0.08243      0.00000   0.00000   0.00000
 287  13  -0.33623   0.09347  -0.10808     -0.02992   0.03048  -0.13246
 288  14   0.40983   0.00917  -0.03051      0.24109  -0.19177  -0.02812
 289  15  -0.14238  -0.04269   0.11329     -0.06397  -0.14551  -0.10490
 290  16  -0.11159  -0.01629   0.01549      0.00000   0.00000   0.00000
 291  17   0.08712  -0.04737   0.04618      0.02491  -0.13909  -0.04091
 292  18  -0.17195  -0.14441  -0.13341      0.13324  -0.01700  -0.06373
 293  19   0.13399   0.09745  -0.00585      0.01171   0.10181  -0.02391
 294  20  -0.08296  -0.16674   0.16475      0.07397  -0.09732  -0.22217
 295  21   0.00000   0.00000   0.00000      0.05726   0.10954  -0.06352
 296  22   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 297  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 298  vcm right after adjustment:
 299   1.286327366462250E-017 -2.000953681163500E-017  1.837610523517500E-017
 300
 301
 302               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 303              X           Y           Z          X           Y           Z
 304 D  (  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 305 ASN(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     4.26975     0.18095     1.94388
 306 LEU(  3)     4.77894    -3.67174     0.00000     6.31901    -4.53513    -0.24135
 307 TYR(  4)     5.40376    -3.34701     3.73419     7.55891    -4.78495     5.87678
 308 ILE(  5)     1.60715    -3.20688     3.81267     0.73770    -2.09486     2.96799
 309 GLN(  6)     1.94839    -6.79081     2.59652     1.68900    -6.04496     0.62369
 310 TRP(  7)     4.28674    -7.18710     5.56554     6.59213    -8.78349     7.43105
 311 LEU(  8)     1.35234    -5.80840     7.54758     1.63700    -4.28385     8.42522
 312 LYS(  9)    -0.53224    -8.86183     6.29662    -0.00767    -9.23195     4.00588
 313 ASP( 10)     2.43549   -11.11658     7.03737     3.34686   -10.96549     5.22976
 314 GLY( 11)     2.18504   -10.72111    10.80843     2.18504   -10.72111    10.80843
 315 GLY( 12)     3.43786    -7.16826    11.30614     3.43786    -7.16826    11.30614
 316 PRO( 13)     6.99461    -6.28836    10.29851     6.38906    -5.04979     9.95015
 317 SER( 14)     8.57536    -7.97729    13.31326     8.27901    -7.31582    14.40566
 318 SER( 15)     7.65918   -11.53050    12.32568     6.66212   -11.02899    11.63788
 319 GLY( 16)     9.38152   -14.89751    11.95581     9.38152   -14.89751    11.95581
 320 ARG( 17)    10.03694   -14.62275     8.22286     7.70563   -13.38339     8.36325
 321 PRO( 18)    12.21420   -12.16088     6.31531    11.83401   -13.04317     5.26692
 322 PRO( 19)    10.48638    -8.77881     6.18806    11.54928    -8.45202     7.07436
 323 PRO( 20)    10.10763    -7.90895     2.50840     8.73829    -7.78513     2.87126
 324 SER( 21)    11.17729    -4.27813     2.17220    10.19436    -3.61358     2.72982
 325 D  ( 22)    14.88269    -4.17086     1.33644    14.88269    -4.17086     1.33644
 326
 327 Geometry of the virtual chain.
 328   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 329 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 330 ASN   2     3.800     0.000     0.000     2.008   102.356   -82.317
 331 LEU   3     3.800   104.929     0.000     1.782   120.092   -56.685
 332 TYR   4     3.800    87.695  -100.430     3.362   152.364    85.090
 333 ILE   5     3.800    81.904    72.426     1.645   134.976   -88.666
 334 GLN   6     3.800    82.466    66.026     2.125   122.343  -140.945
 335 TRP   7     3.800    84.466    51.434     3.368   152.178    38.024
 336 LEU   8     3.800    83.945    53.508     1.782   159.052   179.471
 337 LYS   9     3.800    85.396    60.569     2.379   100.558   -73.090
 338 ASP  10     3.800    91.449    44.177     2.030   139.961  -144.797
 339 GLY  11     3.800    94.602    67.604     0.000   180.000   180.000
 340 GLY  12     3.800   101.862   -72.814     0.000   180.000   180.000
 341 PRO  13     3.800   119.363   -61.916     1.422   117.453  -133.163
 342 SER  14     3.800    94.363   -75.894     1.311   137.025  -106.659
 343 SER  15     3.800    96.264    67.358     1.311   146.290  -130.305
 344 GLY  16     3.800   138.119   129.701     0.000   180.000   180.000
 345 ARG  17     3.800    96.299   -95.571     2.644    93.901  -102.747
 346 PRO  18     3.800   129.702    63.972     1.422   101.025  -111.641
 347 PRO  19     3.800   109.445   -74.504     1.422   113.043  -122.045
 348 PRO  20     3.800   106.349  -122.306     1.422    93.777  -102.374
 349 SER  21     3.800   106.042  -134.605     1.311   153.835  -143.303
 350 D    22     3.800   108.718    92.113     0.000   180.000   180.000
 351  Potential energy and its components
 352
 353 Virtual-chain energies:
 354
 355 EVDW=     -4.743995E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 356 EVDW2=     5.228224E+01 WEIGHT=    1.233150D+00 (SC-p)
 357 EES=      -1.132072E+02 WEIGHT=    8.447600D-01 (p-p)
 358 EVDWPP=    2.375178E+01 WEIGHT=    2.317300D-01 (p-p VDW)
 359 ESTR=      8.998619E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 360 EBE=      -1.256949E+01 WEIGHT=    6.295400D-01 (bending)
 361 ESC=       5.871725E+01 WEIGHT=    1.055400D-01 (SC local)
 362 ETORS=     8.243370E+00 WEIGHT=    1.843160D+00 (torsional)
 363 ETORSD=    2.390466E+00 WEIGHT=    1.265710D+00 (double torsional)
 364 EHBP=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 365 ECORR4=   -8.338619E+01 WEIGHT=    1.921200D-01 (multi-body)
 366 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 367 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 368 EELLO=    -5.753258E+00 WEIGHT=    3.735700D-01 (electrostatic-local)
 369 ETURN3=    1.901845E+01 WEIGHT=    1.403230D+00 (turns, 3rd order)
 370 ETURN4=   -7.304754E+00 WEIGHT=    6.467300D-01 (turns, 4th order)
 371 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 372 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 373 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 374 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 375 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 376 ETOT=     -4.380127E+01 (total)
 377
 378 Initial:
 379            Kinetic energy   2.69321E+01
 380          potential energy  -4.38013E+01
 381              total energy  -1.68691E+01
 382
 383     maximum acceleration    2.54656E-01
 384
 385
 386
 387 ===================================  Timing  ===================================
 388
 389                   MD calculations setup:    7.81250E-03
 390            Energy & gradient evaluation:    2.39664E+02
 391                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 392                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 393                                MD steps:    2.60770E+02
 394
 395
 396 ============================  End of MD calculation  ===========================
 397 CG processor   0 is finishing work.
 398  Total wall clock time   260.796875000000       sec