examples/unres/MD/ff_1l2y_1le1/ENE/1L2Y_ene.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1L2Y_ene.inp
   5  Output file                     : 1L2Y_ene.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        : ../../../PARAM/scinter_GB.parm
   8  SCp potential file              : ../../../PARAM/scp.parm
   9  Electrostatic potential file    : ../../../PARAM/electr_631Gdp.parm
  10  Cumulant coefficient file       :
  11  ../../../PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  12  Torsional parameter file        : ../../../PARAM/torsion_631Gdp.parm
  13  Double torsional parameter file : ../../../PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  14  SCCOR parameter file : ../../../PARAM/rotcorr_AM1.parm
  15  Bond & inertia constant file    : ../../../PARAM/bond_AM1.parm
  16  Bending parameter file          : ../../../PARAM/theta_abinitio.parm
  17  Rotamer parameter file          :
  18  ../../../PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  19  Threading database              : ../../../PARAM/patterns.cart
  20 --------------------------------------------------------------------------------
  21 ********************************************************************************
  22 United-residue force field calculation - parallel job.
  23 ********************************************************************************
  24  ### LAST MODIFIED  11/03/09 1:19PM by czarek
  25  ++++ Compile info ++++
  26  Version 2.4 build 3228
  27  compiled Thu Sep 23 07:36:26 2010
  28  compiled by adam@matrix3.chem.cornell.edu
  29  OS name:    Linux
  30  OS release: 2.6.27.25-170.2.72.fc10.x86_64
  31  OS version: #1 SMP Sun Jun 21 18:39:34 EDT 2009
  32  flags:
  33  CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DUNRES -DMP -DMPI ...
  34  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  35  FC= ifort
  36  OPT =  -O3 -ip -w
  37  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  38  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  39  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  40  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  41  BIN = ../bin/unres_Tc_procor_new_em64_nh_hremd_...
  42  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf_em64/l...
  43  ARCH = LINUX
  44  PP = /lib/cpp -P
  45  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  46  ++++ End of compile info ++++
  47
  48 Potential is GB , exponents are   6 12
  49
  50 Disulfide bridge parameters:
  51 S-S bridge energy:      -5.50
  52 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  53 akth:     11.00 akct:     12.00
  54 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  55  MPI: node=            0  iseed=               -3059742
  56  ran_num  0.273754117333397
  57 RMSDBC =        3.0
  58 RMSDBC1 =        0.5
  59 RMSDBC1MAX =        1.5
  60 DRMS    =        0.1
  61 RMSDBCM =        3.0
  62 Time limit (min):     960.0
  63  RESCALE_MODE           1
  64 Library  routine used to diagonalize matrices.
  65
  66 Energy-term weights (unscaled):
  67
  68 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
  69 WSCP=     1.233150 (SC-p)
  70 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
  71 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
  72 WBOND=    1.000000 (stretching)
  73 WANG=     0.629540 (bending)
  74 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
  75 WTOR=     1.843160 (torsional)
  76 WTORD=    1.265710 (double torsional)
  77 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  78 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
  79 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
  80 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
  81 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
  82 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
  83 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
  84 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
  85 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
  86
  87 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
  88
  89 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
  90 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
  91
  92 Energy-term weights (scaled):
  93
  94 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
  95 WSCP=     1.233150 (SC-p)
  96 WELEC=    0.844760 (p-p electr)
  97 WVDWPP=   0.231730 (p-p VDW)
  98 WBOND=    1.000000 (stretching)
  99 WANG=     0.629540 (bending)
 100 WSCLOC=   0.105540 (SC local)
 101 WTOR=     1.843160 (torsional)
 102 WTORD=    1.265710 (double torsional)
 103 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 104 WEL_LOC=  0.373570 (multi-body 3-rd order)
 105 WCORR4=   0.192120 (multi-body 4th order)
 106 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
 107 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
 108 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 109 WTURN3=   1.403230 (turns, 3rd order)
 110 WTURN4=   0.646730 (turns, 4th order)
 111 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 112  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 113  Parameters of the SS-bond potential:
 114  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 115    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 116  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 117    13.7000000000000
 118  EBR  -5.50000000000000
 119 PDB data will be read from file 1L2Y.pdb
 120  Nres:    21
 121 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 122   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 123   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.407   3.153  -2.437
 124   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.618   6.091  -1.850
 125   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 126   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.484  -0.369   1.074
 127   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.089  -1.450  -4.853
 128   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 129   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.244  -2.097   3.799
 130   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 131  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 132  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 133  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 134  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 135  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 136  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 137  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 138  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 139  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 140  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 141  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 142  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 143  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 144 nsup= 20 nstart_sup=  2
 145  ITEL
 146            1          21           0
 147            2          14           1
 148            3           5           1
 149            4           8           1
 150            5           4           1
 151            6          13           1
 152            7           7           1
 153            8           5           1
 154            9          19           1
 155           10          16           1
 156           11          10           1
 157           12          10           2
 158           13          20           1
 159           14          12           1
 160           15          12           1
 161           16          10           1
 162           17          18           2
 163           18          20           2
 164           19          20           2
 165           20          20           1
 166           21          12           0
 167  ns=           0  iss:
 168 Boundaries in phi angle sampling:
 169 D      1    -180.0     180.0
 170 ASN    2    -180.0     180.0
 171 LEU    3    -180.0     180.0
 172 TYR    4    -180.0     180.0
 173 ILE    5    -180.0     180.0
 174 GLN    6    -180.0     180.0
 175 TRP    7    -180.0     180.0
 176 LEU    8    -180.0     180.0
 177 LYS    9    -180.0     180.0
 178 ASP   10    -180.0     180.0
 179 GLY   11    -180.0     180.0
 180 GLY   12    -180.0     180.0
 181 PRO   13    -180.0     180.0
 182 SER   14    -180.0     180.0
 183 SER   15    -180.0     180.0
 184 GLY   16    -180.0     180.0
 185 ARG   17    -180.0     180.0
 186 PRO   18    -180.0     180.0
 187 PRO   19    -180.0     180.0
 188 PRO   20    -180.0     180.0
 189 SER   21    -180.0     180.0
 190 D     22    -180.0     180.0
 191 nsup= 20
 192  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 193  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 194  IZ_SC=           0
 195  Processor           0  CG group           0  absolute rank           0  nhpb
 196            0  link_start=           1  link_end           0
 197  Contact order:  0.308441558441558
 198  Shifting contacts:           2           2
 199            1  ILE            5  ASN            2
 200            2  TRP            7  TYR            4
 201            3  LEU            8  TYR            4
 202            4  LEU            8  ILE            5
 203            5  LYS            9  GLN            6
 204            6  GLY           12  TRP            7
 205            7  GLY           12  LEU            8
 206            8  SER           14  GLY           11
 207            9  SER           15  ASP           10
 208           10  SER           15  GLY           11
 209           11  PRO           19  TRP            7
 210           12  PRO           20  LEU            3
 211           13  PRO           20  TYR            4
 212           14  PRO           20  TRP            7
 213 Initial geometry will be read in.
 214
 215 Geometry of the virtual chain.
 216   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 217 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 218 ASN   2     3.800     0.000     0.000     2.008   102.356   -82.317
 219 LEU   3     3.800   104.929     0.000     1.782   120.092   -56.685
 220 TYR   4     3.800    87.695  -100.430     3.362   152.364    85.090
 221 ILE   5     3.800    81.904    72.426     1.645   134.976   -88.666
 222 GLN   6     3.800    82.466    66.026     2.125   122.343  -140.945
 223 TRP   7     3.800    84.466    51.434     3.368   152.178    38.024
 224 LEU   8     3.800    83.945    53.508     1.782   159.052   179.471
 225 LYS   9     3.800    85.396    60.569     2.379   100.558   -73.090
 226 ASP  10     3.800    91.449    44.177     2.030   139.961  -144.797
 227 GLY  11     3.800    94.602    67.604     0.000     0.000     0.000
 228 GLY  12     3.800   101.862   -72.814     0.000     0.000     0.000
 229 PRO  13     3.800   119.363   -61.916     1.422   117.453  -133.163
 230 SER  14     3.800    94.363   -75.894     1.311   137.025  -106.659
 231 SER  15     3.800    96.264    67.358     1.311   146.290  -130.305
 232 GLY  16     3.800   138.119   129.701     0.000     0.000     0.000
 233 ARG  17     3.800    96.299   -95.571     2.644    93.901  -102.747
 234 PRO  18     3.800   129.702    63.972     1.422   101.025  -111.641
 235 PRO  19     3.800   109.445   -74.504     1.422   113.043  -122.044
 236 PRO  20     3.800   106.349  -122.306     1.422    93.778  -102.374
 237 SER  21     3.800   106.042  -134.605     1.311   153.835  -143.303
 238 D    22     3.800   108.718    92.113     0.000     0.000     0.000
 239
 240
 241 ********************************************************************************
 242                     Processor   0: end reading molecular data.
 243 ********************************************************************************
 244
 245
 246 Energy evaluation or minimization calculation.
 247
 248 ********************************************************************************
 249
 250  Time for energy evaluation  3.906250000000000E-003
 251
 252 Virtual-chain energies:
 253
 254 EVDW=     -4.743995E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 255 EVDW2=     5.228224E+01 WEIGHT=    1.233150D+00 (SC-p)
 256 EES=      -1.132072E+02 WEIGHT=    8.447600D-01 (p-p)
 257 EVDWPP=    2.375178E+01 WEIGHT=    2.317300D-01 (p-p VDW)
 258 ESTR=      8.998619E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 259 EBE=      -1.256949E+01 WEIGHT=    6.295400D-01 (bending)
 260 ESC=       5.871725E+01 WEIGHT=    1.055400D-01 (SC local)
 261 ETORS=     8.243370E+00 WEIGHT=    1.843160D+00 (torsional)
 262 ETORSD=    2.390466E+00 WEIGHT=    1.265710D+00 (double torsional)
 263 EHBP=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 264 ECORR4=   -8.338619E+01 WEIGHT=    1.921200D-01 (multi-body)
 265 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 266 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 267 EELLO=    -5.753258E+00 WEIGHT=    3.735700D-01 (electrostatic-local)
 268 ETURN3=    1.901845E+01 WEIGHT=    1.403230D+00 (turns, 3rd order)
 269 ETURN4=   -7.304754E+00 WEIGHT=    6.467300D-01 (turns, 4th order)
 270 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 271 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 272 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 273 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 274 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 275 ETOT=     -4.380127E+01 (total)
 276 PP contact map:
 277   1  ASN   2  TYR   4
 278   2  ASN   2  ILE   5
 279   3  LEU   3  ILE   5
 280   4  LEU   3  GLN   6
 281   5  TYR   4  GLN   6
 282   6  TYR   4  TRP   7
 283   7  TYR   4  LEU   8
 284   8  ILE   5  TRP   7
 285   9  ILE   5  LEU   8
 286  10  GLN   6  LEU   8
 287  11  GLN   6  LYS   9
 288  12  TRP   7  LYS   9
 289  13  TRP   7  ASP  10
 290  14  TRP   7  GLY  11
 291  15  TRP   7  GLY  12
 292  16  LEU   8  ASP  10
 293  17  LEU   8  GLY  11
 294  18  LYS   9  GLY  11
 295  19  ASP  10  GLY  12
 296  20  GLY  11  PRO  13
 297  21  GLY  11  SER  14
 298  22  GLY  12  SER  14
 299  23  SER  14  GLY  16
 300  24  SER  15  ARG  17
 301  25  GLY  16  PRO  18
 302  26  ARG  17  PRO  19
 303  27  PRO  18  PRO  20
 304  Hairpins:
 305 Constants of electrostatic interaction energy expression.
 306  1 1     0.7659E+08    -0.1823E+05    -0.1306E+04     0.3727E+01
 307  1 2     0.4245E+08    -0.9703E+04    -0.1129E+04     0.0000E+00
 308  2 1     0.4245E+08    -0.9703E+04    -0.1129E+04     0.0000E+00
 309  2 2     0.6367E+08    -0.1565E+05    -0.3348E+03     0.5127E+01
 310  Total average electrostatic energy:   -17.0351458449875
 311  VDW energy between peptide-group centers:   -10.2064531653452
 312
 313  Electrostatic contacts before pruning:
 314   1  ASN   2  TYR   4  -1.06027
 315   2  LEU   3  ILE   5  -1.59865
 316   3  LEU   3  GLN   6  -0.54360
 317   4  TYR   4  GLN   6  -2.10033
 318   5  TYR   4  TRP   7  -0.84900
 319   6  ILE   5  TRP   7  -1.85979
 320   7  ILE   5  LEU   8  -0.53540
 321   8  GLN   6  LEU   8  -1.48363
 322   9  GLN   6  LYS   9  -0.61868
 323  10  TRP   7  LYS   9  -1.55464
 324  11  TRP   7  GLY  12  -0.37651
 325  12  LEU   8  ASP  10  -0.61626
 326  13  LEU   8  GLY  11  -0.40662
 327
 328  Electrostatic contacts after pruning:
 329   1  ASN   2  TYR   4  -1.06027
 330   2  LEU   3  ILE   5  -1.59865
 331   3  LEU   3  GLN   6  -0.54360
 332   4  TYR   4  GLN   6  -2.10033
 333   5  TYR   4  TRP   7  -0.84900
 334   6  ILE   5  TRP   7  -1.85979
 335   7  ILE   5  LEU   8  -0.53540
 336   8  GLN   6  LEU   8  -1.48363
 337   9  GLN   6  LYS   9  -0.61868
 338  10  TRP   7  LYS   9  -1.55464
 339  11  TRP   7  GLY  12  -0.37651
 340  12  LEU   8  ASP  10  -0.61626
 341  13  LEU   8  GLY  11  -0.40662
 342 Helix  1   2  10
 343  UNRES seq:
 344  helix            3          11
 345 RMS deviation from the reference structure:   2.259
 346  % of native contacts:  78.571
 347  % of nonnative contacts:  50.000
 348  contact order:   0.372
 349 CG processor   0 is finishing work.
 350  Total wall clock time  3.125000000000000E-002  sec