examples/unres/CSA/GAB/local/pdb2int/1l2y_pdb.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : 1l2y_pdb.inp
   5  Output file                     : 1l2y_pdb.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/bartek/UNRESPACK/unres/PARAM/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-
   9  10-8k
  10  SCp potential file              : /users/bartek/UNRESPACK/unres/PARAM/scp.parm
  11  Electrostatic potential file    :
  12  /users/bartek/UNRESPACK/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  13  Cumulant coefficient file       :
  14  /users/bartek/UNRESPACK/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  15  Torsional parameter file        :
  16  /users/bartek/UNRESPACK/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  17  Double torsional parameter file :
  18  /users/bartek/UNRESPACK/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  19  SCCOR parameter file : /users/bartek/UNRESPACK/unres/PARAM/rotcorr_AM1.parm
  20  Bond & inertia constant file    : /users/bartek/UNRESPACK/unres/PARAM/bond.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/bartek/UNRESPACK/unres/PARAM/thetaml.5parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/bartek/UNRESPACK/unres/PARAM/scgauss.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/bartek/UNRESPACK/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  11/03/09 1:19PM by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version CSA and DFA only
  34
  35 Potential is GB , exponents are   6 12
  36
  37 Disulfide bridge parameters:
  38 S-S bridge energy:      -5.50
  39 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  40 akth:     11.00 akct:     12.00
  41 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  42  MPI: node=            0  iseed=               -3059742
  43  ran_num  0.273754117333397
  44 RMSDBC =        3.0
  45 RMSDBC1 =        0.5
  46 RMSDBC1MAX =        1.5
  47 DRMS    =        0.1
  48 RMSDBCM =        3.0
  49 Time limit (min):     960.0
  50  RESCALE_MODE           0
  51 Library  routine used to diagonalize matrices.
  52
  53 Energy-term weights (unscaled):
  54
  55 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
  56 WSCP=     1.593040 (SC-p)
  57 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
  58 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
  59 WBOND=    1.000000 (stretching)
  60 WANG=     1.138730 (bending)
  61 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
  62 WTOR=     1.985990 (torsional)
  63 WTORD=    1.570690 (double torsional)
  64 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  65 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
  66 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
  67 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
  68 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
  69 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
  70 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
  71 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
  72 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
  73 WDFA_D=   0.000000 (DFA, distance)
  74 WDFA_T=   0.000000 (DFA, torsional)
  75 WDFA_N=   0.000000 (DFA, number of neighbor)
  76 WDFA_B=   0.000000 (DFA, beta formation)
  77
  78 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
  79
  80 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
  81 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
  82
  83 Energy-term weights (scaled):
  84
  85 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
  86 WSCP=     1.593040 (SC-p)
  87 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
  88 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
  89 WBOND=    1.000000 (stretching)
  90 WANG=     1.138730 (bending)
  91 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
  92 WTOR=     1.985990 (torsional)
  93 WTORD=    1.570690 (double torsional)
  94 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  95 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
  96 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
  97 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
  98 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
  99 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
 100 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
 101 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
 102 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
 103 WDFA_D=   0.000000 (DFA, distance)
 104 WDFA_T=   0.000000 (DFA, torsional)
 105 WDFA_N=   0.000000 (DFA, number of neighbor)
 106 WDFA_B=   0.000000 (DFA, beta formation)
 107  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 108  Parameters of the SS-bond potential:
 109  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 110    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 111  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 112    13.7000000000000
 113  EBR  -5.50000000000000
 114 PDB data will be read from file 1l2y.pdb
 115  Nres:    21
 116 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
 117   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
 118   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.909   3.249  -2.846
 119   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.502   6.849  -1.550
 120   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
 121   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.910  -0.417   1.393
 122   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.540  -1.315  -5.233
 123   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
 124   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.262  -1.871   4.556
 125   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
 126  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
 127  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
 128  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
 129  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
 130  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
 131  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
 132  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 133  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 134  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 135  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 136  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 137  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 138  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 139 nsup= 20 nstart_sup=  2
 140  ITEL
 141            1          21           0
 142            2          14           1
 143            3           5           1
 144            4           8           1
 145            5           4           1
 146            6          13           1
 147            7           7           1
 148            8           5           1
 149            9          19           1
 150           10          16           1
 151           11          10           1
 152           12          10           2
 153           13          20           1
 154           14          12           1
 155           15          12           1
 156           16          10           1
 157           17          18           2
 158           18          20           2
 159           19          20           2
 160           20          20           1
 161           21          12           0
 162  ns=           0  iss:
 163 Boundaries in phi angle sampling:
 164 D      1    -180.0     180.0
 165 ASN    2    -180.0     180.0
 166 LEU    3    -180.0     180.0
 167 TYR    4    -180.0     180.0
 168 ILE    5    -180.0     180.0
 169 GLN    6    -180.0     180.0
 170 TRP    7    -180.0     180.0
 171 LEU    8    -180.0     180.0
 172 LYS    9    -180.0     180.0
 173 ASP   10    -180.0     180.0
 174 GLY   11    -180.0     180.0
 175 GLY   12    -180.0     180.0
 176 PRO   13    -180.0     180.0
 177 SER   14    -180.0     180.0
 178 SER   15    -180.0     180.0
 179 GLY   16    -180.0     180.0
 180 ARG   17    -180.0     180.0
 181 PRO   18    -180.0     180.0
 182 PRO   19    -180.0     180.0
 183 PRO   20    -180.0     180.0
 184 SER   21    -180.0     180.0
 185 D     22    -180.0     180.0
 186 dist_dfa.dat is opened!
 187 phi_dfa.dat is opened!
 188 theta_dfa.dat is opened!
 189 nei_dfa.dat is opened!
 190 beta_dfa.dat is opened!
 191 nsup= 20
 192  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 193  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 194  IZ_SC=           0
 195  Processor           0  CG group           0  absolute rank           0  nhpb
 196            0  link_start=           1  link_end           0
 197  Contact order:  0.337121212121212
 198  Shifting contacts:           2           2
 199            1  TRP            7  TYR            4
 200            2  LEU            8  TYR            4
 201            3  LYS            9  GLN            6
 202            4  GLY           12  TRP            7
 203            5  GLY           12  LEU            8
 204            6  SER           14  GLY           11
 205            7  SER           15  ASP           10
 206            8  SER           15  GLY           11
 207            9  PRO           19  TRP            7
 208           10  PRO           20  LEU            3
 209           11  PRO           20  TYR            4
 210           12  PRO           20  TRP            7
 211
 212 Geometry of the virtual chain.
 213   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 214 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 215 ASN   2     3.861     0.000     0.000     2.611    90.531  -178.452
 216 LEU   3     3.876    92.239     0.000     3.016   101.575   -78.530
 217 TYR   4     3.861    92.239  -180.000     3.330   163.195    -7.440
 218 ILE   5     3.871    90.357    45.849     2.196   148.228  -110.333
 219 GLN   6     3.846    89.090    55.194     2.869   164.593  -141.638
 220 TRP   7     3.867    88.657    49.396     3.617   123.650   -21.913
 221 LEU   8     3.859    93.032    48.298     2.869   156.202  -108.750
 222 LYS   9     3.882    94.826    46.843     2.997   106.974   -55.960
 223 ASP  10     3.861    87.966    59.623     1.991   153.447  -128.646
 224 GLY  11     3.891    89.908    56.679     0.000     0.000     0.000
 225 GLY  12     3.864   100.181   -87.304     0.000     0.000     0.000
 226 PRO  13     3.886   109.073  -127.499     1.402   101.771  -115.580
 227 SER  14     3.876    89.537     4.261     1.267   144.515  -129.218
 228 SER  15     3.875    91.815    66.108     1.262   161.047  -100.177
 229 GLY  16     3.866   101.784    70.140     0.000     0.000     0.000
 230 ARG  17     3.866    92.201  -108.949     3.411   139.846  -132.716
 231 PRO  18     3.878   133.225   103.824     1.397   115.610  -118.024
 232 PRO  19     3.860   121.502  -122.527     1.395   118.575  -122.417
 233 PRO  20     3.858   117.950   -90.285     1.396   118.959  -126.207
 234 SER  21     3.864   114.201  -108.328     0.708   128.925   -37.341
 235 D    22     3.858   114.201   180.000     0.000     0.000     0.000
 236
 237
 238 ********************************************************************************
 239                     Processor   0: end reading molecular data.
 240 ********************************************************************************
 241
 242
 243 Energy evaluation or minimization calculation.
 244
 245 ********************************************************************************
 246
 247  Time for energy evaluation  0.000000000000000E+000
 248
 249 Virtual-chain energies:
 250
 251 EVDW=     -1.313715E+01 WEIGHT=    1.352790D+00 (SC-SC)
 252 EVDW2=     4.471415E+01 WEIGHT=    1.593040D+00 (SC-p)
 253 EES=      -9.165378E+01 WEIGHT=    7.153400D-01 (p-p)
 254 EVDWPP=   -3.362882E+01 WEIGHT=    1.137100D-01 (p-p VDW)
 255 ESTR=      1.489925E+03 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 256 EBE=      -3.261471E+01 WEIGHT=    1.138730D+00 (bending)
 257 ESC=       6.169976E+01 WEIGHT=    1.625800D-01 (SC local)
 258 ETORS=     1.479510E+01 WEIGHT=    1.985990D+00 (torsional)
 259 ETORSD=    1.006444E+00 WEIGHT=    1.570690D+00 (double torsional)
 260 EHBP=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 261 ECORR4=   -6.528803E+01 WEIGHT=    4.288700D-01 (multi-body)
 262 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 263 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 264 EELLO=    -4.012900E+00 WEIGHT=    1.603600D-01 (electrostatic-local)
 265 ETURN3=    1.829789E+01 WEIGHT=    1.687220D+00 (turns, 3rd order)
 266 ETURN4=    6.580750E-01 WEIGHT=    6.623000D-01 (turns, 4th order)
 267 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 268 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 269 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 270 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 271 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 272 EDFAD=     0.000000E+00 (DFA distance energy)
 273 EDFAT=     0.000000E+00 (DFA torsion energy)
 274 EDFAN=     0.000000E+00 (DFA NCa energy)
 275 EDFAB=     0.000000E+00 (DFA Beta energy)
 276 ETOT=      1.480518E+03 (total)
 277 RMS deviation from the reference structure:   0.000
 278  % of native contacts: 100.000
 279  % of nonnative contacts:   0.000
 280  contact order:   0.337
 281 CG processor   0 is finishing work.
 282  Total wall clock time   1.12500000000000       sec