examples/unres/CSA/GAB/global/restrained/jpred_prediction/README

   1 Filename                        Description
   2 --------                        -----------
   3 jp_fSt_H_1.align                PSIBLAST alignment with gaps and redundancy removed in FASTA format
   4 jp_fSt_H_1.als                  Alscript command file. Used to generate PS/PDF outputjp_fSt_H_1.blast.gz             PSIBLAST output (compressed)
   5 jp_fSt_H_1.coils.csv            The output from coils in CSV format
   6 jp_fSt_H_1.coilseq.lupas_14     The output from coils using a window length of 14
   7 jp_fSt_H_1.coilseq.lupas_21     The output from coils using a window length of 21
   8 jp_fSt_H_1.coilseq.lupas_28     The output from coils using a window length of 28
   9 jp_fSt_H_1.concise              The prediction in pseudo-CSV format, including the coiled-coil prediction, solvent accessiblity and the sequence alignment
  10 jp_fSt_H_1.concise.blc          A BLC file of the prediction and alignment
  11 jp_fSt_H_1.concise.pdf          A PDF file of the prediction and alignment
  12 jp_fSt_H_1.concise.ps           A PostScript file of the prediction and alignment
  13 jp_fSt_H_1.fasta                Input query sequence in FASTA format
  14 jp_fSt_H_1.hmm                  The HHMer2 profile of the alignment
  15 jp_fSt_H_1.html                 A HTML file of the prediction and alignment
  16 jp_fSt_H_1.jalview              A Jalview annotation file to be read in with the .align file to view the predictions in Jalview
  17 jp_fSt_H_1.jnet                 The output from Jnet
  18 jp_fSt_H_1.profile              PSIBLAST profile
  19 jp_fSt_H_1.seq                  Your sequence
  20 jp_fSt_H_1.simple.html          The brief HTML output of the query sequence and prediction only