examples/unres/CSA/GAB/CSA/local/pdb2int/1l2y_pdb.out_GB001

   1 ********************************************************************************
   2 United-residue force field calculation - parallel job.
   3 ********************************************************************************
   4  MPI: node=            1  iseed=               -6119485
   5  ran_num  0.547506363186177
   6 RMSDBC =        3.0
   7 RMSDBC1 =        0.5
   8 RMSDBC1MAX =        1.5
   9 DRMS    =        0.1
  10 RMSDBCM =        3.0
  11 Time limit (min):     960.0
  12  RESCALE_MODE           0
  13 Library  routine used to diagonalize matrices.
  14
  15 Energy-term weights (unscaled):
  16
  17 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
  18 WSCP=     1.593040 (SC-p)
  19 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
  20 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
  21 WBOND=    1.000000 (stretching)
  22 WANG=     1.138730 (bending)
  23 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
  24 WTOR=     1.985990 (torsional)
  25 WTORD=    1.570690 (double torsional)
  26 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  27 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
  28 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
  29 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
  30 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
  31 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
  32 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
  33 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
  34 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
  35 WDFA_D=   0.000000 (DFA, distance)
  36 WDFA_T=   0.000000 (DFA, torsional)
  37 WDFA_N=   0.000000 (DFA, number of neighbor)
  38 WDFA_B=   0.000000 (DFA, beta formation)
  39
  40 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
  41
  42 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
  43 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
  44
  45 Energy-term weights (scaled):
  46
  47 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
  48 WSCP=     1.593040 (SC-p)
  49 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
  50 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
  51 WBOND=    1.000000 (stretching)
  52 WANG=     1.138730 (bending)
  53 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
  54 WTOR=     1.985990 (torsional)
  55 WTORD=    1.570690 (double torsional)
  56 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  57 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
  58 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
  59 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
  60 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
  61 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
  62 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
  63 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
  64 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
  65 WDFA_D=   0.000000 (DFA, distance)
  66 WDFA_T=   0.000000 (DFA, torsional)
  67 WDFA_N=   0.000000 (DFA, number of neighbor)
  68 WDFA_B=   0.000000 (DFA, beta formation)
  69  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
  70  Parameters of the SS-bond potential:
  71  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
  72    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
  73  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
  74    13.7000000000000
  75  EBR  -5.50000000000000
  76 PDB data will be read from file 1l2y.pdb
  77  Nres:    21
  78 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
  79   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
  80   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.909   3.249  -2.846
  81   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.502   6.849  -1.550
  82   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
  83   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.910  -0.417   1.393
  84   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.540  -1.315  -5.233
  85   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
  86   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.262  -1.871   4.556
  87   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
  88  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
  89  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
  90  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
  91  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
  92  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
  93  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
  94  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
  95  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
  96  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
  97  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
  98  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
  99  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 100  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 101 nsup= 20 nstart_sup=  2
 102  ITEL
 103            1          21           0
 104            2          14           1
 105            3           5           1
 106            4           8           1
 107            5           4           1
 108            6          13           1
 109            7           7           1
 110            8           5           1
 111            9          19           1
 112           10          16           1
 113           11          10           1
 114           12          10           2
 115           13          20           1
 116           14          12           1
 117           15          12           1
 118           16          10           1
 119           17          18           2
 120           18          20           2
 121           19          20           2
 122           20          20           1
 123           21          12           0
 124  ns=           0  iss:
 125 dist_dfa.dat is opened!
 126 phi_dfa.dat is opened!
 127 theta_dfa.dat is opened!
 128 nei_dfa.dat is opened!
 129 beta_dfa.dat is opened!
 130 nsup= 20
 131  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 132  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 133  IZ_SC=           0
 134  Processor           0  CG group           0  absolute rank           1  nhpb
 135            0  link_start=           1  link_end           0
 136  Contact order:  0.337121212121212
 137  Shifting contacts:           2           2
 138            1  TRP            7  TYR            4
 139            2  LEU            8  TYR            4
 140            3  LYS            9  GLN            6
 141            4  GLY           12  TRP            7
 142            5  GLY           12  LEU            8
 143            6  SER           14  GLY           11
 144            7  SER           15  ASP           10
 145            8  SER           15  GLY           11
 146            9  PRO           19  TRP            7
 147           10  PRO           20  LEU            3
 148           11  PRO           20  TYR            4
 149           12  PRO           20  TRP            7
 150
 151 Geometry of the virtual chain.
 152   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 153 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 154 ASN   2     3.861     0.000     0.000     2.611    90.531  -178.452
 155 LEU   3     3.876    92.239     0.000     3.016   101.575   -78.530
 156 TYR   4     3.861    92.239  -180.000     3.330   163.195    -7.440
 157 ILE   5     3.871    90.357    45.849     2.196   148.228  -110.333
 158 GLN   6     3.846    89.090    55.194     2.869   164.593  -141.638
 159 TRP   7     3.867    88.657    49.396     3.617   123.650   -21.913
 160 LEU   8     3.859    93.032    48.298     2.869   156.202  -108.750
 161 LYS   9     3.882    94.826    46.843     2.997   106.974   -55.960
 162 ASP  10     3.861    87.966    59.623     1.991   153.447  -128.646
 163 GLY  11     3.891    89.908    56.679     0.000     0.000     0.000
 164 GLY  12     3.864   100.181   -87.304     0.000     0.000     0.000
 165 PRO  13     3.886   109.073  -127.499     1.402   101.771  -115.580
 166 SER  14     3.876    89.537     4.261     1.267   144.515  -129.218
 167 SER  15     3.875    91.815    66.108     1.262   161.047  -100.177
 168 GLY  16     3.866   101.784    70.140     0.000     0.000     0.000
 169 ARG  17     3.866    92.201  -108.949     3.411   139.846  -132.716
 170 PRO  18     3.878   133.225   103.824     1.397   115.610  -118.024
 171 PRO  19     3.860   121.502  -122.527     1.395   118.575  -122.417
 172 PRO  20     3.858   117.950   -90.285     1.396   118.959  -126.207
 173 SER  21     3.864   114.201  -108.328     0.708   128.925   -37.341
 174 D    22     3.858   114.201   180.000     0.000     0.000     0.000
 175
 176
 177 ********************************************************************************
 178                     Processor   1: end reading molecular data.
 179 ********************************************************************************
 180
 181
 182 Energy evaluation or minimization calculation.
 183
 184 ********************************************************************************
 185
 186  Time for energy evaluation  0.000000000000000E+000
 187
 188 Virtual-chain energies:
 189
 190 EVDW=     -1.313715E+01 WEIGHT=    1.352790D+00 (SC-SC)
 191 EVDW2=     4.471415E+01 WEIGHT=    1.593040D+00 (SC-p)
 192 EES=      -9.165378E+01 WEIGHT=    7.153400D-01 (p-p)
 193 EVDWPP=   -3.362882E+01 WEIGHT=    1.137100D-01 (p-p VDW)
 194 ESTR=      1.489925E+03 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 195 EBE=      -3.261471E+01 WEIGHT=    1.138730D+00 (bending)
 196 ESC=       6.169976E+01 WEIGHT=    1.625800D-01 (SC local)
 197 ETORS=     1.479510E+01 WEIGHT=    1.985990D+00 (torsional)
 198 ETORSD=    1.006444E+00 WEIGHT=    1.570690D+00 (double torsional)
 199 EHBP=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 200 ECORR4=   -6.528803E+01 WEIGHT=    4.288700D-01 (multi-body)
 201 ECORR5=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 202 ECORR6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (multi-body)
 203 EELLO=    -4.012900E+00 WEIGHT=    1.603600D-01 (electrostatic-local)
 204 ETURN3=    1.829789E+01 WEIGHT=    1.687220D+00 (turns, 3rd order)
 205 ETURN4=    6.580750E-01 WEIGHT=    6.623000D-01 (turns, 4th order)
 206 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (turns, 6th order)
 207 ESCCOR=    0.000000E+00 WEIGHT=    0.000000D+00 (backbone-rotamer corr)
 208 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 209 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 210 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 211 EDFAD=     0.000000E+00 (DFA distance energy)
 212 EDFAT=     0.000000E+00 (DFA torsion energy)
 213 EDFAN=     0.000000E+00 (DFA NCa energy)
 214 EDFAB=     0.000000E+00 (DFA Beta energy)
 215 ETOT=      1.480518E+03 (total)
 216 RMS deviation from the reference structure:   0.000
 217  % of native contacts: 100.000
 218  % of nonnative contacts:   0.000
 219  contact order:   0.337
 220 CG processor   1 is finishing work.
 221  Total wall clock time   1.11328125000000       sec