examples/unres/CSA/GAB/CSA/global/unrestrained/reminimize/1l2y_remini.out_GB006

   1 ********************************************************************************
   2 United-residue force field calculation - parallel job.
   3 ********************************************************************************
   4  MPI: node=            6  iseed=              -21418200
   5  ran_num  0.916267592450074
   6 RMSDBC =        3.0
   7 RMSDBC1 =        0.5
   8 RMSDBC1MAX =        1.5
   9 DRMS    =        0.1
  10 RMSDBCM =        3.0
  11 Time limit (min):     960.0
  12  RESCALE_MODE           0
  13 Library  routine used to diagonalize matrices.
  14
  15 ********************************************************************************
  16                     Options in energy minimization:
  17 ********************************************************************************
  18 MaxMin: 2000 MaxFun: 3000MinMin: 2000 MinFun: 2000 TolF:   1.00000E-02 RTolF:   1.00000E-04
  19
  20 Energy-term weights (unscaled):
  21
  22 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
  23 WSCP=     1.593040 (SC-p)
  24 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
  25 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
  26 WBOND=    1.000000 (stretching)
  27 WANG=     1.138730 (bending)
  28 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
  29 WTOR=     1.985990 (torsional)
  30 WTORD=    1.570690 (double torsional)
  31 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  32 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
  33 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
  34 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
  35 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
  36 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlation)
  37 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
  38 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
  39 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
  40 WDFA_D=   0.000000 (DFA, distance)
  41 WDFA_T=   0.000000 (DFA, torsional)
  42 WDFA_N=   0.000000 (DFA, number of neighbor)
  43 WDFA_B=   0.000000 (DFA, beta formation)
  44
  45 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
  46
  47 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
  48 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
  49
  50 Energy-term weights (scaled):
  51
  52 WSCC=     1.352790 (SC-SC)
  53 WSCP=     1.593040 (SC-p)
  54 WELEC=    0.715340 (p-p electr)
  55 WVDWPP=   0.113710 (p-p VDW)
  56 WBOND=    1.000000 (stretching)
  57 WANG=     1.138730 (bending)
  58 WSCLOC=   0.162580 (SC local)
  59 WTOR=     1.985990 (torsional)
  60 WTORD=    1.570690 (double torsional)
  61 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
  62 WEL_LOC=  0.160360 (multi-body 3-rd order)
  63 WCORR4=   0.428870 (multi-body 4th order)
  64 WCORR5=   0.000000 (multi-body 5th order)
  65 WCORR6=   0.000000 (multi-body 6th order)
  66 WSCCOR=   0.000000 (back-scloc correlatkion)
  67 WTURN3=   1.687220 (turns, 3rd order)
  68 WTURN4=   0.662300 (turns, 4th order)
  69 WTURN6=   0.000000 (turns, 6th order)
  70 WDFA_D=   0.000000 (DFA, distance)
  71 WDFA_T=   0.000000 (DFA, torsional)
  72 WDFA_N=   0.000000 (DFA, number of neighbor)
  73 WDFA_B=   0.000000 (DFA, beta formation)
  74  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
  75  Parameters of the SS-bond potential:
  76  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
  77    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
  78  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
  79    13.7000000000000
  80  EBR  -5.50000000000000
  81 PDB data will be read from file 1l2y.pdb
  82  Nres:    21
  83 Backbone and SC coordinates as read from the PDB
  84   1 21  D    -9.841   4.399  -5.051       -9.841   4.399  -5.051
  85   2 14  ASN  -8.608   3.135  -1.618      -10.909   3.249  -2.846
  86   3  5  LEU  -4.923   4.002  -2.452       -4.502   6.849  -1.550
  87   4  8  TYR  -3.690   2.738   0.981       -1.959   3.143   3.797
  88   5  4  ILE  -5.857  -0.449   0.613       -7.910  -0.417   1.393
  89   6 13  GLN  -4.122  -1.167  -2.743       -5.540  -1.315  -5.233
  90   7  7  TRP  -0.716  -0.631  -0.993        1.727   0.440   1.450
  91   8  5  LEU  -1.641  -2.932   1.963       -2.262  -1.871   4.556
  92   9 19  LYS  -3.024  -5.791  -0.269       -3.820  -5.527  -3.146
  93  10 16  ASP   0.466  -6.016  -1.905        0.653  -5.125  -3.676
  94  11 10  GLY   2.060  -6.618   1.593        2.060  -6.618   1.593
  95  12 10  GLY   2.626  -2.967   2.723        2.626  -2.967   2.723
  96  13 20  PRO   6.333  -2.533   3.806        5.724  -2.372   5.058
  97  14 12  SER   7.049  -6.179   2.704        6.757  -6.938   3.675
  98  15 12  SER   6.389  -5.315  -1.015        5.245  -5.350  -1.546
  99  16 10  GLY   9.451  -3.116  -1.870        9.451  -3.116  -1.870
 100  17 18  ARG   7.289   0.084  -2.054        5.225  -1.826  -3.986
 101  18 20  PRO   6.782   3.088   0.345        7.458   3.741  -0.688
 102  19 20  PRO   3.287   4.031   1.686        4.025   4.206   2.856
 103  20 20  PRO   1.185   6.543  -0.353        0.358   5.421  -0.430
 104  21 12  SER   0.852  10.027   1.285        1.151  10.636   1.488
 105  22 21  D    -1.250  12.539  -0.754       -1.250  12.539  -0.754
 106 nsup= 20 nstart_sup=  2
 107  ITEL
 108            1          21           0
 109            2          14           1
 110            3           5           1
 111            4           8           1
 112            5           4           1
 113            6          13           1
 114            7           7           1
 115            8           5           1
 116            9          19           1
 117           10          16           1
 118           11          10           1
 119           12          10           2
 120           13          20           1
 121           14          12           1
 122           15          12           1
 123           16          10           1
 124           17          18           2
 125           18          20           2
 126           19          20           2
 127           20          20           1
 128           21          12           0
 129  ns=           0  iss:
 130 nsup= 20
 131  nsup=          20  nstart_sup=           2  nstart_seq=           2
 132  NZ_START=           2  NZ_END=          21
 133  IZ_SC=           0
 134  Processor           0  CG group           0  absolute rank           6  nhpb
 135            0  link_start=           1  link_end           0
 136  Contact order:  0.337121212121212
 137  Shifting contacts:           2           2
 138            1  TRP            7  TYR            4
 139            2  LEU            8  TYR            4
 140            3  LYS            9  GLN            6
 141            4  GLY           12  TRP            7
 142            5  GLY           12  LEU            8
 143            6  SER           14  GLY           11
 144            7  SER           15  ASP           10
 145            8  SER           15  GLY           11
 146            9  PRO           19  TRP            7
 147           10  PRO           20  LEU            3
 148           11  PRO           20  TYR            4
 149           12  PRO           20  TRP            7
 150 intinname
 151 1l2y_csa_GB000.int
 152
 153 Geometry of the virtual chain.
 154   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 155 D     1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 156 ASN   2     3.800     0.000     0.000     1.684    90.531  -178.452
 157 LEU   3     3.800    92.239     0.000     1.939   101.575   -78.530
 158 TYR   4     3.800    92.239  -180.000     2.484   163.195    -7.440
 159 ILE   5     3.800    90.357    45.849     1.776   148.228  -110.333
 160 GLN   6     3.800    89.090    55.194     2.240   164.593  -141.638
 161 TRP   7     3.800    88.657    49.396     2.605   123.650   -21.913
 162 LEU   8     3.800    93.032    48.298     1.939   156.202  -108.750
 163 LYS   9     3.800    94.826    46.843     2.541   106.974   -55.960
 164 ASP  10     3.800    87.966    59.623     1.709   153.447  -128.646
 165 GLY  11     3.800    89.908    56.679     0.000     0.000     0.000
 166 GLY  12     3.800   100.181   -87.304     0.000     0.000     0.000
 167 PRO  13     3.800   109.073  -127.499     1.345   101.771  -115.580
 168 SER  14     3.800    89.537     4.261     1.150   144.515  -129.218
 169 SER  15     3.800    91.815    66.108     1.150   161.047  -100.177
 170 GLY  16     3.800   101.784    70.140     0.000     0.000     0.000
 171 ARG  17     3.800    92.201  -108.949     3.020   139.846  -132.716
 172 PRO  18     3.800   133.225   103.824     1.345   115.610  -118.024
 173 PRO  19     3.800   121.502  -122.527     1.345   118.575  -122.417
 174 PRO  20     3.800   117.950   -90.285     1.345   118.959  -126.207
 175 SER  21     3.800   114.201  -108.328     1.150   128.925   -37.341
 176 D    22     3.800   114.201   180.000     0.000     0.000     0.000
 177
 178
 179 ********************************************************************************
 180                     Processor   6: end reading molecular data.
 181 ********************************************************************************
 182
 183
 184 Energy minimization of multiple conformations calculation.
 185
 186 Conformations will be energy-minimized.
 187 ********************************************************************************
 188
 189 CG processor   6 is finishing work.
 190  Total wall clock time   1.33203125000000       sec