examples/unres/CSA/GAB/CSA/global/restrained/jpred_prediction/jp_fSt_H_1.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN"><html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"><title>Jpred secondary structure prediction results</title></head><body bgcolor="#ffffff"><pre><code>jp_fSt_H_1 : NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS : jp_fSt_H_1
   2
   3            : 1---------11-------- :
   4 OrigSeq    : NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS : OrigSeq
   5
   6 Jnet       : --<font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font>------------ : Jnet
   7 jhmm       : --<font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font><font color=e90055>H</font>------------ : jhmm
   8
   9 Lupas 14   : -------------------- : Lupas 14
  10 Lupas 21   : -------------------- : Lupas 21
  11 Lupas 28   : -------------------- : Lupas 28
  12
  13 Jnet_25    : -<font color=aa0000>B</font><font color=aa0000>B</font><font color=aa0000>B</font>-<font color=aa0000>B</font><font color=aa0000>B</font>---<font color=aa0000>B</font>--------- : Jnet_25
  14 Jnet_5     : ---<font color=aa0000>B</font>--<font color=aa0000>B</font>------------- : Jnet_5
  15 Jnet_0     : -------------------- : Jnet_0
  16 Jnet Rel   : <font color=00aa00>9</font>211555336<font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>7</font><font color=00aa00>8</font><font color=00aa00>8</font><font color=00aa00>8</font><font color=00aa00>9</font><font color=00aa00>9</font> : Jnet Rel
  17 </code></pre><hr><pre><code><b>
  18 Notes
  19 Key:</b>
  20 Colour code for alignment:
  21 Blue            - Complete identity at a position
  22 Shades of red   - The more red a position is, the higher the level of
  23                   conservation of chemical properties of the amino acids
  24 Jnet            - Final secondary structure prediction for query
  25 jalign          - Jnet alignment prediction
  26 jhmm            - Jnet hmm profile prediction
  27 jpssm           - Jnet PSIBLAST pssm profile prediction
  28
  29 Lupas           - Lupas Coil prediction (window size of 14, 21 and 28)
  30
  31 Note on coiled coil predictions  - = less than 50% probability
  32                                  c = between 50% and 90% probability
  33                                  C = greater than 90% probability
  34
  35 Jnet_25         - Jnet prediction of burial, less than 25% solvent accesibility
  36 Jnet_5          - Jnet prediction of burial, less than 5% exposure
  37 Jnet_0          - Jnet prediction of burial, 0% exposure
  38 Jnet Rel        - Jnet reliability of prediction accuracy, ranges from 0 to 9, bigger is better.
  39 </code></pre>
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  49       </script>
  50 </body></html>