examples/unres/CSA/GAB/CSA/global/restrained/jpred_prediction/jp_fSt_H_1.als

   1 SILENT_MODE
   2 BLOCK_FILE jp_fSt_H_1.concise.blc
   3 MAX_NSEQ 50
   4 MAX_INPUT_LEN 50
   5 OUTPUT_FILE jp_fSt_H_1.concise.ps
   6 PORTRAIT
   7 POINTSIZE 8
   8 IDENT_WIDTH 12
   9 X_OFFSET 2
  10 Y_OFFSET 2
  11 DEFINE_FONT 0 Helvetica         DEFAULT
  12 DEFINE_FONT 1 Helvetica         REL             0.75
  13 DEFINE_FONT 7 Helvetica         REL             0.6
  14 DEFINE_FONT 3 Helvetica-Bold    DEFAULT
  15 DEFINE_FONT 4 Times-Bold        DEFAULT
  16 DEFINE_FONT 5 Helvetica-BoldOblique     DEFAULT
  17 #
  18 DEFINE_COLOUR 3  1 0.62 0.67    # Turquiose
  19 DEFINE_COLOUR 4  1 1 0          # Yellow
  20 DEFINE_COLOUR 5  1 0 0          # Red
  21 DEFINE_COLOUR 7  1 0 1          # Purple
  22 DEFINE_COLOUR 8  0 0 1          # Blue
  23 DEFINE_COLOUR 9  0 1 0          # Green
  24 DEFINE_COLOUR 10 0.41 0.64 1.00 # Pale blue
  25 DEFINE_COLOUR 11 0.41 0.82 0.67 # Pale green
  26 DEFINE_COLOUR 50 0.69 0.18 0.37 # Pink (helix)
  27 DEFINE_COLOUR 51 1.00 0.89 0.00 # Gold (strand)
  28 NUMBER_INT 10
  29 SETUP
  30 #
  31 # Highlight specific residues.
  32 # Avoid highlighting Lupas 'C' predictions by
  33 # limiting the highlighting to the alignments
  34 Scol_CHARS      C 1 1 20 4   4
  35 Ccol_CHARS      H ALL    5
  36 Ccol_CHARS      P ALL    8
  37 SURROUND_CHARS LIV   ALL
  38 #
  39 # Replace known structure types with whitespace
  40 SUB_CHARS 1 5 20 13 H SPACE
  41 SUB_CHARS 1 5 20 13 E SPACE
  42 SUB_CHARS 1 5 20 13 - SPACE
  43 HELIX 3 8 8
  44 COLOUR_TEXT_REGION 3 8 8 8 50
  45 HELIX 3 13 8
  46 COLOUR_TEXT_REGION 3 13 8 13 50