examples/unres/CSA/GAB/CSA/global/restrained/jpred_prediction/LOG

   1 ## Running Jpred Server version 3.0.1 ##
   2
   3 --/homes/www-jpred/live/bin/webrun --email --log /homes/www-jpred/live/public_html/results/jp_fSt_H_1/LOG --sequence /homes/www-jpred/live/public_html/results/jp_fSt_H_1/jp_fSt_H_1.seq --format seq --id jp_fSt_H_1
   4 --TIMEOUT set at 3600 seconds
   5 --Started work on jp_fSt_H_1 at Fri Apr 20 00:38:00 2012
   6 --On machine fc-026.cluster.lifesci.dundee.ac.uk
   7 --format = seq
   8 >>10% complete
   9 --Running Jpred pipeline
  10 --CMD /homes/www-jpred/live/jpred/jpred --seq jp_fSt_H_1.fasta --output jp_fSt_H_1 --db uniref90 --pred-nohits --verbose
  11 path: jp_fSt_H_1.fasta
  12 output: jp_fSt_H_1
  13 db: uniref90
  14 Running PSI-BLAST on query against 'uniref90.filt'...
  15 [blastpgp] WARNING: posPurgeMatches: Due to purging near identical sequences, only the query is used to construct the position-specific score matrix
  16
  17 blastpgp error.log file was not empty
  18
  19 JPRED: no PSI-BLAST hits found. Continuing with single query sequence only.
  20
  21 >>50% complete
  22 Running HMMer on query...
  23 hmmbuild - build a hidden Markov model from an alignment
  24 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
  25 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
  26 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
  27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
  28 Alignment file:                    jp_fSt_H_1.fasta
  29 File format:                       a2m
  30 Search algorithm configuration:    Multiple domain (hmmls)
  31 Model construction strategy:       Fast/ad hoc (gapmax 1.00)
  32 Null model used:                   (default)
  33 Prior used:                        (default)
  34 Sequence weighting method:         BLOSUM filter at 0.62 id
  35 New HMM file:                      /local/tmp/1663474.1.64bit-pri.q/Rfyw3iB1aW
  36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
  37
  38 Alignment:           #1
  39 Number of sequences: 1
  40 Number of columns:   20
  41
  42 Determining effective sequence number    ... done. [1]
  43 Weighting sequences heuristically        ... done.
  44 Constructing model architecture          ... done.
  45 Converting counts to probabilities       ... done.
  46 Setting model name, etc.                 ... done. [jp_fSt_H_1]
  47
  48 Constructed a profile HMM (length 20)
  49 Average score:       56.91 bits
  50 Minimum score:       56.91 bits
  51 Maximum score:       56.91 bits
  52 Std. deviation:       0.00 bits
  53
  54 Finalizing model configuration           ... done.
  55 Saving model to file                     ... done.
  56 //
  57
  58 hmmconvert - convert between profile HMM file formats
  59 HMMER 2.3.2 (Oct 2003)
  60 Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine
  61 Freely distributed under the GNU General Public License (GPL)
  62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
  63 Input HMM file:           /local/tmp/1663474.1.64bit-pri.q/Rfyw3iB1aW
  64 Output HMM file:          /local/tmp/1663474.1.64bit-pri.q/DFOxHLRNxl
  65 Converting to:            GCG Profile .prf
  66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
  67
  68  - converted jp_fSt_H_1
  69
  70 1 HMM(s) converted and written to /local/tmp/1663474.1.64bit-pri.q/DFOxHLRNxl
  71 >>70% complete
  72 Running JNet using the generated inputs from HMM only...
  73 Jnet 2.2
  74 Found HMM profile data
  75 Running final predictions!
  76
  77
  78 WARNING!: Only using the HMM profile
  79 Accuracy will average 79.6%
  80
  81 Jpred Finished
  82 >>80% complete
  83 --Running ncoils and multicoil
  84        1 sequences       20 aas        0 in coil
  85        1 sequences       20 aas        0 in coil
  86        1 sequences       20 aas        0 in coil
  87 >>90% complete
  88 --creating output
  89 "JNETALIGN" data not present
  90 "JNETPSSM" data not present
  91
  92 ALSCRIPT  (ALignment to PostScript)
  93 ALSCRIPT Version 2.07a - 21 March 2000
  94
  95 See ALSCRIPT.DOC for details
  96
  97 Please Reference: Barton, G. J. (1993), Protein Engineering, 6, 37-40.
  98
  99 By: G. J. Barton
 100
 101 Copyright: Geoffrey J. Barton (1992,1997)
 102 email: geoff@ebi.ac.uk
 103
 104 Initial Defaults:
 105 Maximum number of sequences:     500    (Change using MAX_NSEQ command)
 106 Maximum sequence length:         8000   (Change using MAX_SEQ_LEN command)
 107 Maximum identifier length:       50     (Change using MAX_ID_LEN command)
 108 ALscript Command File: jp_fSt_H_1.als
 109 Starting ALSCRIPT
 110 SILENT_MODE
 111 Max No. of sequences now:       50
 112 ALscript Finished
 113 --tarring up the data