examples/UNRES-Dock/unres_example.inp

   1 Multi MREMD
   2 SEED=-3059743 RE rescale_mode=2            PDBSTART timlim=4100.0              &
   3 CONSTR_HOMOL=24 pdbref refstr BOXX=boxxx BOXY=boxxx BOXZ=boxxx
   4 nstep=500000    dt=0.2 ntwe=2500  ntwx=2500  lang=0 tbf tau_bath=1 t_bath=300  &
   5 damax=20.0 EDRIFTMAX=20.0 reset_moment=5000  reset_vel=5000                    &
   6 preminim cart
   7 maxfun=100
   8 nrep=12 nstex=2500 tlist mlist traj1file rest1file sync nsyn=2500
   9 280 288 296 304 312 320 328 336 342 350 360 370
  10   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2   2
  11 WSC=0.82686 WSCP=0.96947 WELEC=0.79373 WBOND=1.00000 WANG=0.46542              &
  12 WSCLOC=0.07969 WTOR=0.81684 WTORD=0.67806 WCORRH=0.00000 WCORR5=0.00000        &
  13 WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.71100 WTURN3=2.30298 WTURN4=0.86517 WTURN6=0.00000    &
  14 WSCCOR=0.14577 WVDWPP=0.17781 WHPB=1.00000 WSCP14=0.00000                      &
  15 CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
  16 ./reference.pdb
  17 0
  18 0
  19 HOMOL_DIST=0.10   HOMOL_ANGLE=1.0 HOMOL_THETA=1.0 HOMOL_SCD=1.0 DIST_CUT=15.0  &
  20 READ2SIGMA START_FROM_MODELS
  21 ./model01.pdb
  22 ./model02.pdb
  23 ./model03.pdb
  24 ./model04.pdb
  25 ./model05.pdb
  26 ./model06.pdb
  27 ./model07.pdb
  28 ./model08.pdb
  29 ./model09.pdb
  30 ./model10.pdb
  31 ./model11.pdb
  32 ./model12.pdb
  33 ./model13.pdb
  34 ./model14.pdb
  35 ./model15.pdb
  36 ./model16.pdb
  37 ./model17.pdb
  38 ./model18.pdb
  39 ./model19.pdb
  40 ./model20.pdb
  41 ./model21.pdb
  42 ./model22.pdb
  43 ./model23.pdb
  44 ./model24.pdb