examples/UNRES-Dock/output/start_unres_example.mat

   1 #PBS -N test
   2 #PBS -q dell
   3 #PBS -l nodes=8:ppn=12
   4 #PBS -l walltime=48:00:00
   5
   6 setenv MPIRUN "/users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun "
   7 setenv NPROCS `cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
   8
   9 cd $PBS_O_WORKDIR
  10
  11 setenv FGPROCS 4
  12 setenv POT GB
  13 setenv PREFIX unres_dock
  14 setenv OUT1FILE YES
  15 #--------------------------------------------------------
  16 setenv UNRES_BIN UUU/build/bin/unresMD-mult_ifort_MPI_E0LL2Y.exe
  17
  18 setenv LD_LIBRARY_PATH /users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  19 #-----------------------------------------------------------------------------
  20 setenv DD UUU/PARAM
  21 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1_ext_dum.parm
  22 setenv THETPAR $DD/pot_theta_G631_DIL_ext.parm
  23 setenv THETPARPDB $DD/thetaml_ext.5parm
  24 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
  25 setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
  26 setenv TORPAR $DD/tor_opt_iter1_7p_old-ext.parm
  27 setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm
  28 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  29 setenv SIDEPAR ${DD}/sc_GB_opt_iter1_7p_old-ext_lip.parm
  30 setenv FOURIER $DD/fourier_opt_iter1_7p_old-ext.parm
  31 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  32 setenv SCCORPAR $DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
  33 setenv LIPTRANPAR $DD/Lip_tran_initial_ext.parm
  34 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  35
  36 #----------------------------------------------------------------------------
  37 $MPIRUN -rmk pbs $UNRES_BIN
  38