examples/UNRES-Dock/output/start_cluster_example.mat

   1 #PBS -N test
   2 #PBS -q dell
   3 #PBS -l nodes=1:ppn=12
   4 #PBS -l walltime=1:00:00
   5
   6 setenv MPIRUN "/users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun "
   7 setenv NPROCS `cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
   8
   9 cd $PBS_O_WORKDIR
  10
  11 setenv POT GB
  12 setenv INPUT cluster
  13 setenv INTIN wham
  14 setenv OUTPUT dimer
  15 setenv PDB CART
  16 setenv COORD CX
  17 setenv PRINTCOOR PRINT_PDB
  18 #--------------------------------------------------------
  19 setenv CLUSTER_BIN UUU/build/bin/cluster_wham-mult_ifort_MPI_E0LL2Y.exe
  20
  21
  22 setenv LD_LIBRARY_PATH /users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  23 #-----------------------------------------------------------------------------
  24 setenv DD UUU/PARAM
  25 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1_ext_dum.parm
  26 setenv THETPAR $DD/pot_theta_G631_DIL_ext.parm
  27 setenv THETPARPDB $DD/thetaml_ext.5parm
  28 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
  29 setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
  30 setenv TORPAR $DD/tor_opt_iter1_7p_old-ext.parm
  31 setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm
  32 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  33 setenv SIDEPAR ${DD}/sc_GB_opt_iter1_7p_old-ext_lip.parm
  34 setenv FOURIER $DD/fourier_opt_iter1_7p_old-ext.parm
  35 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  36 setenv SCCORPAR $DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
  37 setenv LIPTRANPAR $DD/Lip_tran_initial_ext.parm
  38 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  39 #setenv PRINT_PARM NO
  40 setenv CONTFUNC GB
  41 setenv SIDEP $DD/contact_ext.3.parm
  42 setenv SCRATCHDIR .
  43
  44
  45 #----------------------------------------------------------------------------
  46 $MPIRUN -rmk pbs $CLUSTER_BIN
  47