examples/UNRES-Dock/output/prepare_all.csh

   1 #!/bin/csh -f
   2
   3 # Provide names of the pdb files
   4 set protein1 = 1UDI_A.pdb
   5 set protein2 = 1UDI_B.pdb
   6
   7 # Provide number of steps in milions
   8 set nstep = 0.05
   9
  10 # Provide number of clusters
  11 set nclust = 10
  12
  13 # Provide temperature of clustering
  14 set temper = 300
  15
  16 # Provide UNRES instalation pathway
  17 set UNRES = /users2/vetinari/unres_hom_m/unres
  18
  19
  20
  21 ################################################################################
  22 ################################################################################
  23 ################################################################################
  24 sed -e "s=UUU=$UNRES=" start_unres_example.mat > start_unres.mat
  25 sed -e "s=UUU=$UNRES=" start_wham_example.mat > start_wham.mat
  26 sed -e "s=UUU=$UNRES=" start_cluster_example.mat > start_cluster.mat
  27
  28
  29 # Generation of initial orientations
  30 echo "Generation of initial orientations"
  31 echo "TER" > TER
  32 #gfortran -O3 generator_v13b.f -o generator_v13b
  33 #./generator_v13b $protein1 $protein2 0 > log
  34 grep -v "TER" $protein1 > prot1
  35 grep -v "TER" $protein2 > prot2
  36 cat prot1 "TER" prot2 > reference.pdb
  37 rm TER prot1 prot2
  38
  39
  40 ################################################################################
  41 # Setting up and running MREMD
  42 echo "Setting up and running MREMD"
  43 set nstep2 = `echo $nstep \* 1000000 | bc | awk -F "." '{print $1}'`
  44 set box = `grep -A1 "Boxsize (suggested)" log | tail -1 | cut -c 3-8`
  45 sed "s/boxxx/$box/g" unres_example.inp > unres_dock.inp
  46 sed "s/NNN/$nstep2/g" unres_dock.inp > unres_dock.in
  47 mv unres_dock.in unres_dock.inp
  48
  49 #qsub start_unres.mat
  50
  51
  52
  53 ################################################################################
  54 # Setting up and running WHAM analysis
  55 echo "Setting up and running WHAM analysis"
  56 #set resnum = `grep -A 1 "PDB data will be read from file" dimer.out_GB000 | tail -1 | awk '{print $2}'`
  57 #set resnum = `echo $resnum + 5 | bc`
  58
  59 #grep -A $resnum "PDB data will be read from file" dimer.out_GB000 | grep -B 9999 "nsup=" | egrep -v "PDB|Nres:|nsup=" | awk '{print $3}' > seq_raw
  60
  61 egrep "CA|TER" reference.pdb > temp.pdb
  62 set res1 = `grep -B 9999 "TER" temp.pdb | grep -v TER | grep -c CA`
  63 set res2 = `grep -A 9999 "TER" temp.pdb | grep -v TER | grep -c CA`
  64 set start1 = `head -1 temp.pdb | awk '{print $4}'`
  65 set end2 = `tail -1 temp.pdb | awk '{print $4}'`
  66 set start2 = `grep -A 1 TER temp.pdb | tail -1 | awk '{print $4}'`
  67 set end1 = `grep -B 1 TER temp.pdb | head -1 | awk '{print $4}'`
  68
  69 echo First protein has $res1 residues, while second molecule has $res2 residues.
  70 echo $start1 $end1 $start2 $end2
  71
  72 rm seq_raw
  73
  74 if ($start1 != GLY) then
  75 echo D > seq_raw
  76 endif
  77
  78 head -$res1 temp.pdb | awk '{print $4}' >> seq_raw
  79
  80 if ($end1 != GLY) then
  81 echo D >> seq_raw
  82 endif
  83
  84 if ($start2 != GLY) then
  85 echo D >> seq_raw
  86 endif
  87
  88 tail -$res2 temp.pdb | awk '{print $4}' >> seq_raw
  89
  90 if ($end2 != GLY) then
  91 echo D >> seq_raw
  92 endif
  93
  94
  95 set resnum = `grep -c "." seq_raw`
  96
  97 echo System contains $resnum residues including dummy atoms.
  98
  99 set i = 1
 100 set j = 1
 101 set seqq = ""
 102 rm seq
 103 while ($i <= $resnum)
 104
 105 set aa = `head -$i seq_raw | tail -1`
 106 if ($aa == D) then
 107 set seqq = ${seqq}X
 108 else if ($aa == ALA) then
 109 set seqq = ${seqq}A
 110 else if ($aa == ARG) then
 111 set seqq = ${seqq}R
 112 else if ($aa == ASN) then
 113 set seqq = ${seqq}N
 114 else if ($aa == ASP) then
 115 set seqq = ${seqq}D
 116 else if ($aa == CYS) then
 117 set seqq = ${seqq}C
 118 else if ($aa == GLU) then
 119 set seqq = ${seqq}E
 120 else if ($aa == GLN) then
 121 set seqq = ${seqq}Q
 122 else if ($aa == GLY) then
 123 set seqq = ${seqq}G
 124 else if ($aa == HIS) then
 125 set seqq = ${seqq}H
 126 else if ($aa == ILE) then
 127 set seqq = ${seqq}I
 128 else if ($aa == LEU) then
 129 set seqq = ${seqq}L
 130 else if ($aa == LYS) then
 131 set seqq = ${seqq}K
 132 else if ($aa == MET) then
 133 set seqq = ${seqq}M
 134 else if ($aa == PHE) then
 135 set seqq = ${seqq}F
 136 else if ($aa == PRO) then
 137 set seqq = ${seqq}P
 138 else if ($aa == SER) then
 139 set seqq = ${seqq}S
 140 else if ($aa == THR) then
 141 set seqq = ${seqq}T
 142 else if ($aa == TRP) then
 143 set seqq = ${seqq}W
 144 else if ($aa == TYR) then
 145 set seqq = ${seqq}Y
 146 else if ($aa == VAL) then
 147 set seqq = ${seqq}V
 148 endif
 149
 150 if ($j == 80) then
 151 echo $seqq >> seq
 152 set seqq = ""
 153 set j = 0
 154 endif
 155
 156 set i = `echo $i + 1 | bc`
 157 set j = `echo $j + 1 | bc`
 158 end
 159 echo $seqq >> seq
 160 rm seq_raw
 161
 162 set range1 = `echo $nstep2 / 2500 | bc | awk -F "." '{print $1}'`
 163 set range1 = `echo $range1 | bc`
 164 set div = `echo 12000 \* 10 / 24 | bc | awk -F "." '{print $1}'`
 165 set range0 = `echo $range1 - $div | bc | awk -F "." '{print $1}'`
 166 if ($range0 < 0 ) then
 167 set range0 = 10
 168 endif
 169
 170 #echo $nstep2 $div
 171 echo WHAM will analyze range of snapshots from $range0 to $range1.
 172
 173 sed "s/xxxxx/$box/g" wham_example.inp > wham.inp
 174 sed "s/XXX/$resnum/g" wham.inp > wham
 175 head -4 wham > wham.in
 176 grep -B 1 -A 999 "HOMOL_DIST" wham_example.inp > wham
 177 cat wham.in seq wham > wham.inp
 178 sed "s/BBB/$range0/g" wham.inp > wham
 179 sed "s/CCC/$range1/g" wham > wham.inp
 180 rm wham wham.in
 181 #qsub start_wham.mat
 182
 183
 184 ################################################################################
 185 # Setting up and running cluster analysis
 186 echo "Setting up and running cluster analysis"
 187
 188 sed "s/XXX/$resnum/g" cluster_example.inp > clust
 189 head -8 clust > clust.in
 190 grep -B 1 -A 999 "HOMOL_DIST" cluster_example.inp > clus
 191 cat clust.in seq clus > cluster.inp
 192 sed "s/nclust=ZZZ/nclust=$nclust/g" cluster.inp > clut
 193 sed "s/temper=AAA/temper=$temper/g" clut > cluster.inp
 194 rm clust clust.in clus
 195 #qsub start_cluster.mat