examples/UNRES-Dock/cluster2allatom_example.csh

   1 #!/bin/tcsh
   2 set file=$1
   3 set numstruc = `grep -c ENERGY $file`
   4 set numatom = `grep -c ATOM $file`
   5 set numatom = `echo "($numatom / $numstruc)+3" | bc`
   6 set i = 1
   7 set j = 2
   8 echo "TER" > TER
   9
  10 set num1 = `echo $numatom + 1 | bc`
  11 set num2 = $num1
  12 rm structur*.pdb
  13
  14 echo $i $numstruc $numatom $num1 $num2
  15
  16 rm tempo
  17 echo "NUMATOM" $numatom
  18 grep -A $numatom ENERGY $file > tempo
  19
  20 while ($i <= $numstruc)
  21 echo a$i
  22 tail -99999999999 tempo | head -$num2 | tail -$num1 > structur$i.pdb
  23 set num2 = `echo $num2 + $num1 +1 | bc`
  24 echo b$i $num1 $num2
  25 set i = `echo $i+1 | bc`
  26 end
  27
  28 set i = 1
  29 set j = 2
  30 while ($j <= $numstruc)
  31 grep -v TER structur$j.pdb > structure$i.pdb
  32 grep " A " structure$i.pdb > structure${i}a.pdb
  33 egrep " B | C " structure$i.pdb > structure${i}b.pdb
  34 PULCHRA/pulchra -q -f -g structure${i}a.pdb
  35 PULCHRA/pulchra -q -f -g structure${i}b.pdb
  36
  37 grep "ATOM" structure${i}a.rebuilt.pdb > temps1
  38 grep "ATOM" structure${i}b.rebuilt.pdb > temps2
  39
  40 awk -F "" '{print $1$2$3$4$5$6$7$8$9$10$11$12$13$14$15$16$17$18$19$20$21"A"$23$24$25$26$27$28$29$30$31$32$33$34$35$36$37$38$39$40$41$42$43$44$45$46$47$48$49$50$51$52$53$54}' temps1 > temps1a
  41 awk -F "" '{print $1$2$3$4$5$6$7$8$9$10$11$12$13$14$15$16$17$18$19$20$21"B"$23$24$25$26$27$28$29$30$31$32$33$34$35$36$37$38$39$40$41$42$43$44$45$46$47$48$49$50$51$52$53$54}' temps2 > temps2a
  42
  43
  44 cat temps1a TER temps2a > structure${i}.pdb
  45
  46 set i = `echo $i+1 | bc`
  47 set j = `echo $j+2 | bc`
  48 end
  49
  50 rm TER tempo temps1 temps2 temps1a temps2a structure*a*.pdb structure*b*.pdb
  51
  52 foreach file (structur[0-9].pdb structur[0-9][0-9].pdb)
  53 rm $file
  54 end