examples/UNRES-Dock/cluster2allatom.csh

   1 #!/bin/tcsh
   2 set file=$1
   3 set numstruc = `grep -c ENERGY $file`
   4 set numatom = `grep -c ATOM $file`
   5 #echo $numstruc $numatom
   6 #set numTER = `grep -c TER $file`
   7 set numatom = `echo "($numatom / $numstruc)+3" | bc`
   8 #set numatom = `echo $numatom | cut -c 1-5`
   9 set i = 1
  10 set j = 2
  11 echo "TER" > TER
  12
  13 set num1 = `echo $numatom + 1 | bc`
  14 set num2 = $num1
  15 rm structur*.pdb
  16
  17 echo $i $numstruc $numatom $num1 $num2
  18
  19 rm tempo
  20 echo "NUMATOM" $numatom
  21 grep -A $numatom ENERGY $file > tempo
  22
  23 while ($i <= $numstruc)
  24 echo a$i
  25 tail -99999999999 tempo | head -$num2 | tail -$num1 > structur$i.pdb
  26 set num2 = `echo $num2 + $num1 +1 | bc`
  27 echo b$i $num1 $num2
  28 set i = `echo $i+1 | bc`
  29 end
  30
  31 set i = 1
  32 set j = 2
  33 while ($j <= $numstruc)
  34 grep -v TER structur$j.pdb > structure$i.pdb
  35 grep " A " structure$i.pdb > structure${i}a.pdb
  36 egrep " B | C " structure$i.pdb > structure${i}b.pdb
  37 pulchra306/pulchra -q -f -g structure${i}a.pdb
  38 pulchra306/pulchra -q -f -g structure${i}b.pdb
  39
  40 cat structure${i}a.rebuilt.pdb TER structure${i}b.rebuilt.pdb > structure${i}.pdb
  41
  42 set i = `echo $i+1 | bc`
  43 set j = `echo $j+2 | bc`
  44 rm structur$i.pdb structure$i.pdb structure${i}a.pdb structure${i}b.pdb structure${i}a.rebuilt.pdb structure${i}b.rebuilt.pdb
  45 end
  46 rm TER