examples/UNRES-Dock/README

   1 UNRES-dock download and compilation:
   2 UNRES-dock is an extension of UNRES package, which allows to run protein-protein and protein-peptide docking simulations using MREMD simulations. Downloading and compilation of the tools is the same as for regular UNRES package. Alternatively, use UNRES-dock server at: http://unres-server.chem.ug.edu.pl.
   3
   4
   5 UNRES-dock procedure:
   6 1. Generation of initial structures of the complex
   7 2. MREMD simulations
   8 3. WHAM analysis
   9 4. Cluster analysis
  10 5. Reconstruction of representative structures to all-atom ones
  11
  12 Modify top lines in prepare_all.csh file and execute it to generate input files for points 1-4. To use different pdb files, simply modify the variables in prepare_all.csh file.
  13 Submit jobs to run points 2-4 and then reconstruct the structures using cluster2allatom.csh on the *_ave.pdb file obtained from cluster analysis (point 5). Please note, that all-atom reconstruction uses pulchra tool (http://cssb.biology.gatech.edu/skolnick/files/PULCHRA/index.html), which has to be installed.