ctest the first static disulfide test ene/min cart
[unres.git] / ctest / prota_unres_energy_check.sh
1 #!/bin/bash
2 #
3 # Writen by Dawid JagieÅ‚a and Adam Sieradzan
4 # and Cezary Czaplewski
5 #
6 #
7 #----------------------------------------
8 # variables
9
10 if [[ "$2" =~ "MPI" ]]; then
11  file=$1.out_GB000
12  file_stat=$1_GB000.stat
13 else
14  file=$1.out_GB                                 # Output file to search energy value from
15  file_stat=$1_GB.stat
16 fi
17
18 if [ "$1" == "prota_ENE" ]; then
19  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
20  expectenergy="145.1742"        # - expected total energy
21  cutoffdiff="0.01"                      # energy cutoff variation - more then this rises warning  
22 elif [ "$1" == "prota_MIN_CART" ]; then
23  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
24  expectenergy="154.9622"                # - expected total energy
25  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning  
26  
27  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
28  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
29  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
30    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
31    exit 1
32  fi
33 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_INT" ]; then
34  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
35  expectenergy="-47.88137"                       # expected total energy
36  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning  
37  
38  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
39  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
40  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
41    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
42    exit 1
43  fi
44 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_REGULAR_INT" ]; then
45  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
46  expectenergy="5.258893"                        # expected total energy
47 #
48 # something wrong with REGULAR and sometimes gives code 8 and different energy
49 # for now 8 is only warning and cutoffdiff is large
50 #
51  cutoffdiff="6.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning  
52  
53  sumsl_return=`grep "SUMSL return code:" $file|awk '{print $4}'`
54  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
55  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
56    echo 'WARNING = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
57  fi
58
59 elif [ "$1" == "1l2y_micro" ]; then
60  refe="74.2623"
61  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
62  array=(${stat// / })
63  echo 'average total energy ' ${array[0]}
64  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
65  if [ `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
66   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference ave etot ${refe} greater than 5.0"
67   exit 1
68  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.1"|bc -l` != "0" ]; then
69   echo 'standard deviation greater than 0.1'
70   exit 1
71  else
72   exit 0
73  fi
74 elif [ "$1" == "1L2Y_L" ] || [ "$1" == "1L2Y_NH" ]; then
75  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 111`
76  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
77  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
78  
79  if [ `echo "a=${chi2};a>0.001"|bc -l` != "0" ]; then
80     echo 'chi2 greater than 0.001'
81     exit 1
82  else
83     exit 0
84  fi
85 elif [ "$1" == "1L2Y_B" ]; then
86  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 111`
87  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
88  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
89  
90  if [ `echo "a=${chi2};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
91     echo 'chi2 greater than 0.01'
92     exit 1
93  else
94     exit 0
95  fi
96
97
98 elif [ "$1" == "1L2Y_remd" ]; then
99  rm -rf remd_all.stat
100  tail -q -n +1000 1L2Y_remd*.stat >remd_all.stat
101  ./matplotlib_hist.py
102
103  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Histograms $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_ene_hist.png</DartMeasurementFile>"
104  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Energy $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_Tene.png</DartMeasurementFile>" 
105  grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7
106  exchange=`grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7|awk '{a=a+$4}END{print a/NR}'`
107  echo "average exchange = ${exchange}"
108  if [ `echo "a=${exchange};a<0.2"|bc -l` != "0" ]; then
109     echo 'ERROR average exchange smaller than 0.2'
110     exit 1
111  else
112     exit 0
113  fi
114
115 elif [ "$1" == "1DKZcut-ber" ]; then
116  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 519`
117  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
118  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
119  
120  if [ `echo "a=${chi2};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
121     echo 'chi2 greater than 0.01'
122     exit 1
123  else
124     exit 0
125  fi
126
127 elif [ "$1" == "1DKZcut-lang" ]; then
128  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 519`
129  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
130  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
131  
132  if [ `echo "a=${chi2};a>0.001"|bc -l` != "0" ]; then
133     echo 'chi2 greater than 0.001'
134     exit 1
135  else
136     exit 0
137  fi
138
139 elif [ "$1" == "1DKZcut-min" ]; then
140  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
141  expectenergy="332.1213"                # - expected total energy
142  cutoffdiff="3.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning  
143  
144  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
145  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
146  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
147    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
148    echo 'but not failing this test, it is known problem with esccor'
149 #   exit 1
150  fi
151
152 elif [ "$1" == "1DKZcut-ene" ]; then
153  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
154  expectenergy="-452.4430"       # - expected total energy
155  cutoffdiff="0.01"                      # energy cutoff variation - more then this rises warning  
156
157 elif [ "$1" == "1DKZcut-micro" ]; then
158  refe="-173.573"
159  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
160  array=(${stat// / })
161  echo 'average total energy ' ${array[0]}
162  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
163  if [ `echo "a=${array[0]}-(${refe});if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
164   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference ave etot ${refe} greater than 5.0"
165   exit 1
166  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.005"|bc -l` != "0" ]; then
167   echo 'standard deviation greater than 0.005'
168   exit 1
169  else
170   exit 0
171  fi
172
173 elif [ "$1" == "1ei0_min" ]; then
174  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
175  expectenergy="151.3218"                # - expected total energy
176  cutoffdiff="5.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning  
177  
178  refe="134.8382"
179  startene=`grep ETOT $file|head -1| awk '{print $2*1.0}'`
180  echo "initial energy=${startene} reference=${refe}"
181  if [ `echo "a=${startene}-(${refe});if(0>a)a*=-1;a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
182   echo 'difference ' `echo "a=${startene}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference etot ${refe} greater than 0.01"
183   exit 1
184  fi
185  
186  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
187  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
188  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
189    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
190    echo 'but not failing this test, it is known problem with dissulfides'
191 #   exit 1
192  fi
193
194                
195 else
196  exit 1
197 fi
198
199
200
201 function floating(){
202     echo $1 | sed -e 's/[eE]+/*10^/'
203 }
204
205 #---------------------------------------------------------------------------
206 # MAIN CODE
207 #---------------------------------------------------------------------------
208
209 # Check if file exist
210 if [ ! -f $file ]; then
211     echo "CRITICAL: out file do not exist"
212     exit 2
213 fi
214
215 # Check if energy value is not a number
216 grepene=`grep ETOT $file|tail -1| awk '{print $2}'`
217 if [[ $grepene == "NaN" ]]; then
218     echo "CRITICAL: energy is NaN"
219     exit 2
220 fi
221
222 # Check if energy value is extremely different from expected
223 blaene=`floating $grepene`
224 myene=`echo $blaene |bc`
225 diff=`echo $myene"+("$expectenergy")"|bc`
226 absdiff=`echo $diff| sed 's/-//'`
227
228 true1=`echo "$absdiff >= $extremediff"|bc`
229 if [ $true1 -eq 1 ]; then
230     echo "CRITICAL: energy is loo large $absdiff, ene= $myene"
231     exit 2
232 fi
233
234 # Check if Energy value is as expected
235 true2=`echo "$absdiff<=$cutoffdiff"|bc`
236 if [ $true2 -eq 1 ]; then
237     echo "OK: absdiff= $absdiff, ene= $myene"
238     exit 0
239 else
240     echo "WARNING: energy is somewhat different $absdiff, ene= $myene"
241     exit 1
242 fi
243