ctest/prota_unres_energy_check.sh

   1 #!/bin/bash
   2 #
   3 # Writen by Dawid Jagieła and Adam Sieradzan
   4 #
   5 #
   6 #----------------------------------------
   7 # variables
   8
   9 if [[ "$2" =~ "MPI" ]]; then
  10  file=$1.out_GB000
  11  file_stat=$1_GB000.stat
  12 else
  13  file=$1.out_GB                                 # Output file to search energy value from
  14  file_stat=$1_GB.stat
  15 fi
  16
  17 if [ "$1" == "prota_ENE" ]; then
  18  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  19  expectenergy="-56066670.000000"        # expected total energy
  20  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  21 elif [ "$1" == "prota_MIN_CART" ]; then
  22  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  23  expectenergy="123.8713"                # expected total energy
  24  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  25
  26  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  27  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  28  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  29    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  30    exit 1
  31  fi
  32 elif [ "$1" == "1l2y_micro" ]; then
  33  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
  34  array=(${stat// / })
  35  echo 'average total energy ' ${array[0]}
  36  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
  37  if [ `echo "a=${array[0]}-103.162;if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
  38   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-103.162;if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` 'from reference ave etot 103.162 greater than 5.0'
  39   exit 1
  40  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
  41   echo 'standard deviation greater than 0.01'
  42   exit 1
  43  else
  44   exit 0
  45  fi
  46 else
  47  exit 1
  48 fi
  49
  50
  51
  52 function floating(){
  53     echo $1 | sed -e 's/[eE]+/*10^/'
  54 }
  55
  56 #---------------------------------------------------------------------------
  57 # MAIN CODE
  58 #---------------------------------------------------------------------------
  59
  60 # Check if file exist
  61 if [ ! -f $file ]; then
  62     echo "CRITICAL: out file do not exist"
  63     exit 2
  64 fi
  65
  66 # Check if energy value is not a number
  67 grepene=`grep ETOT $file|tail -1| awk '{print $2}'`
  68 if [[ $grepene == "NaN" ]]; then
  69     echo "CRITICAL: energy is NaN"
  70     exit 2
  71 fi
  72
  73 # Check if energy value is extremely different from expected
  74 blaene=`floating $grepene`
  75 myene=`echo $blaene |bc`
  76 diff=`echo $myene"+("$expectenergy")"|bc`
  77 absdiff=`echo $diff| sed 's/-//'`
  78
  79 true1=`echo "$absdiff >= $extremediff"|bc`
  80 if [ $true1 -eq 1 ]; then
  81     echo "CRITICAL: energy is loo large $absdiff, ene= $myene"
  82     exit 2
  83 fi
  84
  85 # Check if Energy value is as expected
  86 true2=`echo "$absdiff<=$cutoffdiff"|bc`
  87 if [ $true2 -eq 1 ]; then
  88     echo "OK: absdiff= $absdiff, ene= $myene"
  89     exit 0
  90 else
  91     echo "WARNING: energy is somewhat different $absdiff, ene= $myene"
  92     exit 1
  93 fi
  94