ctest/prota_unres_energy_check.sh

   1 #!/bin/bash
   2 #
   3 # Writen by Dawid Jagieła and Adam Sieradzan
   4 # and Cezary Czaplewski
   5 #
   6 #
   7 #----------------------------------------
   8 # variables
   9
  10 if [[ "$2" =~ "MPI" ]]; then
  11  file=$1.out_GB000
  12  file_stat=$1_GB000.stat
  13 else
  14  file=$1.out_GB                                 # Output file to search energy value from
  15  file_stat=$1_GB.stat
  16 fi
  17
  18 if [ "$1" == "prota_ENE" ]; then
  19  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  20  expectenergy="145.1742"        # - expected total energy
  21  cutoffdiff="0.01"                      # energy cutoff variation - more then this rises warning
  22 elif [ "$1" == "prota_MIN_CART" ]; then
  23  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  24  expectenergy="154.9622"                # - expected total energy
  25  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  26
  27  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  28  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  29  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  30    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  31    exit 1
  32  fi
  33 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_INT" ]; then
  34  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  35  expectenergy="-47.88137"                       # expected total energy
  36  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  37
  38  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  39  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  40  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  41    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  42    exit 1
  43  fi
  44 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_REGULAR_INT" ]; then
  45  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  46  expectenergy="5.258893"                        # expected total energy
  47 #
  48 # something wrong with REGULAR and sometimes gives code 8 and different energy
  49 # for now 8 is only warning and cutoffdiff is large
  50 #
  51  cutoffdiff="6.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  52
  53  sumsl_return=`grep "SUMSL return code:" $file|awk '{print $4}'`
  54  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  55  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  56    echo 'WARNING = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  57  fi
  58
  59 elif [ "$1" == "1l2y_micro" ]; then
  60  refe="74.2623"
  61  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
  62  array=(${stat// / })
  63  echo 'average total energy ' ${array[0]}
  64  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
  65  if [ `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
  66   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference ave etot ${refe} greater than 5.0"
  67   exit 1
  68  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.15"|bc -l` != "0" ]; then
  69   echo 'standard deviation greater than 0.15'
  70   exit 1
  71  else
  72   exit 0
  73  fi
  74 elif [ "$1" == "1L2Y_L" ] || [ "$1" == "1L2Y_NH" ]; then
  75  if [ ! -s $file_stat ]; then
  76   echo 'FATAL error - stat file empty'
  77   exit 2
  78  fi
  79  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 111`
  80  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
  81  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
  82
  83  if [ `echo "a=${chi2};a>0.001"|bc -l` != "0" ]; then
  84     echo 'chi2 greater than 0.001'
  85     exit 1
  86  else
  87     exit 0
  88  fi
  89 elif [ "$1" == "1L2Y_B" ]; then
  90  if [ ! -s $file_stat ]; then
  91   echo 'FATAL error - stat file empty'
  92   exit 2
  93  fi
  94  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 111`
  95  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
  96  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
  97
  98  if [ `echo "a=${chi2};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
  99     echo 'chi2 greater than 0.01'
 100     exit 1
 101  else
 102     exit 0
 103  fi
 104
 105
 106 elif [ "$1" == "1L2Y_remd" ]; then
 107  rm -rf remd_all.stat
 108  tail -q -n +1000 1L2Y_remd*.stat >remd_all.stat
 109  if [ ! -s remd_all.stat ]; then
 110   echo 'FATAL error - stat files empty'
 111   exit 2
 112  fi
 113  ./matplotlib_hist.py
 114
 115  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Histograms $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_ene_hist.png</DartMeasurementFile>"
 116  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Energy $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_Tene.png</DartMeasurementFile>"
 117  grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7
 118  exchange=`grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7|awk '{a=a+$4}END{print a/NR}'`
 119  echo "average exchange = ${exchange}"
 120  if [ `echo "a=${exchange};a<0.2"|bc -l` != "0" ]; then
 121     echo 'ERROR average exchange smaller than 0.2'
 122     exit 1
 123  else
 124     exit 0
 125  fi
 126
 127 elif [ "$1" == "1DKZcut-ber" ]; then
 128  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 519`
 129  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
 130  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
 131
 132  if [ `echo "a=${chi2};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
 133     echo 'chi2 greater than 0.01'
 134     exit 1
 135  else
 136     exit 0
 137  fi
 138
 139 elif [ "$1" == "1DKZcut-lang" ]; then
 140  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 519`
 141  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
 142  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
 143
 144  if [ `echo "a=${chi2};a>0.001"|bc -l` != "0" ]; then
 145     echo 'chi2 greater than 0.001'
 146     exit 1
 147  else
 148     exit 0
 149  fi
 150
 151 elif [ "$1" == "1DKZcut-min" ]; then
 152  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
 153  expectenergy="332.1213"                # - expected total energy
 154  cutoffdiff="3.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
 155
 156  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
 157  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
 158  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
 159    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
 160    echo 'but not failing this test, it is known problem with esccor'
 161 #   exit 1
 162  fi
 163
 164 elif [ "$1" == "1DKZcut-ene" ]; then
 165  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
 166  expectenergy="-452.4430"       # - expected total energy
 167  cutoffdiff="0.01"                      # energy cutoff variation - more then this rises warning
 168
 169 elif [ "$1" == "1DKZcut-micro" ]; then
 170  refe="-173.573"
 171  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
 172  array=(${stat// / })
 173  echo 'average total energy ' ${array[0]}
 174  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
 175  if [ `echo "a=${array[0]}-(${refe});if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
 176   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference ave etot ${refe} greater than 5.0"
 177   exit 1
 178  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.005"|bc -l` != "0" ]; then
 179   echo 'standard deviation greater than 0.005'
 180   exit 1
 181  else
 182   exit 0
 183  fi
 184
 185 elif [ "$1" == "1ei0_min" ]; then
 186  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
 187  expectenergy="151.3218"                # - expected total energy
 188  cutoffdiff="6.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
 189
 190  refe="134.8382"
 191  startene=`grep ETOT $file|head -1| awk '{print $2*1.0}'`
 192  echo "initial energy=${startene} reference=${refe}"
 193  if [ `echo "a=${startene}-(${refe});if(0>a)a*=-1;a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
 194   echo 'difference ' `echo "a=${startene}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference etot ${refe} greater than 0.01"
 195   exit 1
 196  fi
 197
 198  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
 199  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
 200  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
 201    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
 202    echo 'but not failing this test, it is known problem with dissulfides'
 203 #   exit 1
 204  fi
 205
 206 elif [ "$1" == "prota_CHECKGRAD" ]; then
 207  diff=`awk -f checkgrad.awk $file |grep 'Largest abs(numerical/analytical)='|awk '{printf "%15.10f",$3}'`
 208  awk -f checkgrad.awk $file
 209
 210  if [ `echo "a=${diff};a>0.0001"|bc -l` != "0" ]; then
 211     echo 'ERROR largest abs(numerical/analytical)' ${diff}
 212     echo ' greater than 0.0001'
 213     exit 1
 214  else
 215     exit 0
 216  fi
 217
 218
 219 else
 220  exit 1
 221 fi
 222
 223
 224
 225 function floating(){
 226     echo $1 | sed -e 's/[eE]+/*10^/'
 227 }
 228
 229 #---------------------------------------------------------------------------
 230 # MAIN CODE
 231 #---------------------------------------------------------------------------
 232
 233 # Check if file exist
 234 if [ ! -f $file ]; then
 235     echo "CRITICAL: out file do not exist"
 236     exit 2
 237 fi
 238
 239 # Check if energy value is not a number
 240 grepene=`grep ETOT $file|tail -1| awk '{print $2}'`
 241 if [[ $grepene == "NaN" ]]; then
 242     echo "CRITICAL: energy is NaN"
 243     exit 2
 244 fi
 245
 246 # Check if energy value is extremely different from expected
 247 blaene=`floating $grepene`
 248 myene=`echo $blaene |bc`
 249 diff=`echo $myene"+("$expectenergy")"|bc`
 250 absdiff=`echo $diff| sed 's/-//'`
 251
 252 true1=`echo "$absdiff >= $extremediff"|bc`
 253 if [ $true1 -eq 1 ]; then
 254     echo "CRITICAL: energy is loo large $absdiff, ene= $myene"
 255     exit 2
 256 fi
 257
 258 # Check if Energy value is as expected
 259 true2=`echo "$absdiff<=$cutoffdiff"|bc`
 260 if [ $true2 -eq 1 ]; then
 261     echo "OK: absdiff= $absdiff, ene= $myene"
 262     exit 0
 263 else
 264     echo "WARNING: energy is somewhat different $absdiff, ene= $myene"
 265     exit 1
 266 fi
 267