ctest/prota_unres_energy_check.sh

   1 #!/bin/bash
   2 #
   3 # Writen by Dawid Jagieła and Adam Sieradzan
   4 # and Cezary Czaplewski
   5 #
   6 #
   7 #----------------------------------------
   8 # variables
   9
  10 if [[ "$2" =~ "MPI" ]]; then
  11  file=$1.out_GB000
  12  file_stat=$1_GB000.stat
  13 else
  14  file=$1.out_GB                                 # Output file to search energy value from
  15  file_stat=$1_GB.stat
  16 fi
  17
  18 if [ "$1" == "prota_ENE" ]; then
  19  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  20  expectenergy="145.1742"        # - expected total energy
  21  cutoffdiff="0.01"                      # energy cutoff variation - more then this rises warning
  22 elif [ "$1" == "prota_MIN_CART" ]; then
  23  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  24  expectenergy="154.9622"                # - expected total energy
  25  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  26
  27  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  28  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  29  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  30    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  31    exit 1
  32  fi
  33 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_INT" ]; then
  34  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  35  expectenergy="-47.88137"                       # expected total energy
  36  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  37
  38  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  39  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  40  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  41    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  42    exit 1
  43  fi
  44 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_REGULAR_INT" ]; then
  45  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  46  expectenergy="5.258893"                        # expected total energy
  47 #
  48 # something wrong with REGULAR and sometimes gives code 8 and different energy
  49 # for now 8 is only warning and cutoffdiff is large
  50 #
  51  cutoffdiff="6.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  52
  53  sumsl_return=`grep "SUMSL return code:" $file|awk '{print $4}'`
  54  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  55  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  56    echo 'WARNING = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  57  fi
  58
  59 elif [ "$1" == "1l2y_micro" ]; then
  60  refe="74.2623"
  61  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
  62  array=(${stat// / })
  63  echo 'average total energy ' ${array[0]}
  64  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
  65  if [ `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
  66   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference ave etot ${refe} greater than 5.0"
  67   exit 1
  68  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.05"|bc -l` != "0" ]; then
  69   echo 'standard deviation greater than 0.05'
  70   exit 1
  71  else
  72   exit 0
  73  fi
  74 elif [ "$1" == "1L2Y_L" ] || [ "$1" == "1L2Y_NH" ]; then
  75  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 111`
  76  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
  77  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
  78
  79  if [ `echo "a=${chi2};a>0.001"|bc -l` != "0" ]; then
  80     echo 'chi2 greater than 0.001'
  81     exit 1
  82  else
  83     exit 0
  84  fi
  85 elif [ "$1" == "1L2Y_B" ]; then
  86  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 111`
  87  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
  88  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
  89
  90  if [ `echo "a=${chi2};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
  91     echo 'chi2 greater than 0.01'
  92     exit 1
  93  else
  94     exit 0
  95  fi
  96
  97
  98 elif [ "$1" == "1L2Y_remd" ]; then
  99  rm -rf remd_all.stat
 100  tail -q -n +1000 1L2Y_remd*.stat >remd_all.stat
 101  ./matplotlib_hist.py
 102
 103  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Histograms $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_ene_hist.png</DartMeasurementFile>"
 104  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Energy $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_Tene.png</DartMeasurementFile>"
 105  grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7
 106  exchange=`grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7|awk '{a=a+$4}END{print a/NR}'`
 107  echo "average exchange = ${exchange}"
 108  if [ `echo "a=${exchange};a<0.2"|bc -l` != "0" ]; then
 109     echo 'ERROR average exchange smaller than 0.2'
 110     exit 1
 111  else
 112     exit 0
 113  fi
 114
 115 elif [ "$1" == "1DKZcut-ber" ]; then
 116  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 519`
 117  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
 118  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
 119
 120  if [ `echo "a=${chi2};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
 121     echo 'chi2 greater than 0.01'
 122     exit 1
 123  else
 124     exit 0
 125  fi
 126
 127 elif [ "$1" == "1DKZcut-lang" ]; then
 128  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat 519`
 129  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
 130  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
 131
 132  if [ `echo "a=${chi2};a>0.001"|bc -l` != "0" ]; then
 133     echo 'chi2 greater than 0.001'
 134     exit 1
 135  else
 136     exit 0
 137  fi
 138
 139 elif [ "$1" == "1DKZcut-min" ]; then
 140  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
 141  expectenergy="332.1213"                # - expected total energy
 142  cutoffdiff="3.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
 143
 144  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
 145  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
 146  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
 147    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
 148    echo 'but not failing this test, it is known problem with esccor'
 149 #   exit 1
 150  fi
 151
 152 elif [ "$1" == "1DKZcut-ene" ]; then
 153  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
 154  expectenergy="-452.4430"       # - expected total energy
 155  cutoffdiff="0.01"                      # energy cutoff variation - more then this rises warning
 156
 157 elif [ "$1" == "1DKZcut-micro" ]; then
 158  refe="-173.573"
 159  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
 160  array=(${stat// / })
 161  echo 'average total energy ' ${array[0]}
 162  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
 163  if [ `echo "a=${array[0]}-(${refe});if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
 164   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-${refe};if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` "from reference ave etot ${refe} greater than 5.0"
 165   exit 1
 166  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.05"|bc -l` != "0" ]; then
 167   echo 'standard deviation greater than 0.05'
 168   exit 1
 169  else
 170   exit 0
 171  fi
 172
 173
 174
 175 else
 176  exit 1
 177 fi
 178
 179
 180
 181 function floating(){
 182     echo $1 | sed -e 's/[eE]+/*10^/'
 183 }
 184
 185 #---------------------------------------------------------------------------
 186 # MAIN CODE
 187 #---------------------------------------------------------------------------
 188
 189 # Check if file exist
 190 if [ ! -f $file ]; then
 191     echo "CRITICAL: out file do not exist"
 192     exit 2
 193 fi
 194
 195 # Check if energy value is not a number
 196 grepene=`grep ETOT $file|tail -1| awk '{print $2}'`
 197 if [[ $grepene == "NaN" ]]; then
 198     echo "CRITICAL: energy is NaN"
 199     exit 2
 200 fi
 201
 202 # Check if energy value is extremely different from expected
 203 blaene=`floating $grepene`
 204 myene=`echo $blaene |bc`
 205 diff=`echo $myene"+("$expectenergy")"|bc`
 206 absdiff=`echo $diff| sed 's/-//'`
 207
 208 true1=`echo "$absdiff >= $extremediff"|bc`
 209 if [ $true1 -eq 1 ]; then
 210     echo "CRITICAL: energy is loo large $absdiff, ene= $myene"
 211     exit 2
 212 fi
 213
 214 # Check if Energy value is as expected
 215 true2=`echo "$absdiff<=$cutoffdiff"|bc`
 216 if [ $true2 -eq 1 ]; then
 217     echo "OK: absdiff= $absdiff, ene= $myene"
 218     exit 0
 219 else
 220     echo "WARNING: energy is somewhat different $absdiff, ene= $myene"
 221     exit 1
 222 fi
 223