ctest/prota_unres_energy_check.sh

   1 #!/bin/bash
   2 #
   3 # Writen by Dawid Jagieła and Adam Sieradzan
   4 # and Cezary Czaplewski
   5 #
   6 #
   7 #----------------------------------------
   8 # variables
   9
  10 if [[ "$2" =~ "MPI" ]]; then
  11  file=$1.out_GB000
  12  file_stat=$1_GB000.stat
  13 else
  14  file=$1.out_GB                                 # Output file to search energy value from
  15  file_stat=$1_GB.stat
  16 fi
  17
  18 if [ "$1" == "prota_ENE" ]; then
  19  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  20  expectenergy="-56066670.000000"        # expected total energy
  21  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  22 elif [ "$1" == "prota_MIN_CART" ]; then
  23  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  24  expectenergy="123.8713"                # expected total energy
  25  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  26
  27  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  28  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  29  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  30    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  31    exit 1
  32  fi
  33 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_INT" ]; then
  34  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  35  expectenergy="-49.435"                 # expected total energy
  36  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  37
  38  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  39  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  40  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  41    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  42    exit 1
  43  fi
  44 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_REGULAR_INT" ]; then
  45  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  46  expectenergy="-1.192"                  # expected total energy
  47 #
  48 # something wrong with REGULAR and sometimes gives code 8 and different energy
  49 # for now 8 is only warning and cutoffdiff is large
  50 #
  51  cutoffdiff="6.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  52
  53  sumsl_return=`grep "SUMSL return code:" $file|awk '{print $4}'`
  54  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  55  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  56    echo 'WARNING = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  57  fi
  58
  59 elif [ "$1" == "1l2y_micro" ]; then
  60  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
  61  array=(${stat// / })
  62  echo 'average total energy ' ${array[0]}
  63  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
  64  if [ `echo "a=${array[0]}-103.162;if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
  65   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-103.162;if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` 'from reference ave etot 103.162 greater than 5.0'
  66   exit 1
  67  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
  68   echo 'standard deviation greater than 0.01'
  69   exit 1
  70  else
  71   exit 0
  72  fi
  73 elif [ "$1" == "1L2Y_L" ] || [ "$1" == "1L2Y_NH" ]; then
  74  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat`
  75  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
  76  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
  77
  78  if [ `echo "a=${chi2};a>0.001"|bc -l` != "0" ]; then
  79     echo 'chi2 greater than 0.001'
  80     exit 1
  81  else
  82     exit 0
  83  fi
  84 elif [ "$1" == "1L2Y_B" ]; then
  85  chi2=`./matplotlib_fit_hist.py $file_stat`
  86  echo 'Chi2 for fitting theoretical temperature distribution ' ${chi2}
  87  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Temperature distribution $1\" type=\"image/png\">`pwd`/${file_stat}.png</DartMeasurementFile>"
  88
  89  if [ `echo "a=${chi2};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
  90     echo 'chi2 greater than 0.01'
  91     exit 1
  92  else
  93     exit 0
  94  fi
  95
  96
  97 elif [ "$1" == "1L2Y_remd" ]; then
  98  tail -q -n +5 1L2Y_remd*.stat >remd_all.stat
  99  ./matplotlib_hist.py
 100
 101  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Histograms $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_ene_hist.png</DartMeasurementFile>"
 102  echo  "<DartMeasurementFile name=\"Energy $1\" type=\"image/png\">`pwd`/1L2Y_remd_Tene.png</DartMeasurementFile>"
 103  grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7
 104  exchange=`grep ACC 1L2Y_remd.out_GB000 |tail -7|awk '{a=a+$4}END{print a/NR}'`
 105  echo "average exchange = ${exchange}"
 106  if [ `echo "a=${exchange};a<0.1"|bc -l` != "0" ]; then
 107     echo 'ERROR average exchange smaller than 0.1'
 108     exit 1
 109  else
 110     exit 0
 111  fi
 112
 113 else
 114  exit 1
 115 fi
 116
 117
 118
 119 function floating(){
 120     echo $1 | sed -e 's/[eE]+/*10^/'
 121 }
 122
 123 #---------------------------------------------------------------------------
 124 # MAIN CODE
 125 #---------------------------------------------------------------------------
 126
 127 # Check if file exist
 128 if [ ! -f $file ]; then
 129     echo "CRITICAL: out file do not exist"
 130     exit 2
 131 fi
 132
 133 # Check if energy value is not a number
 134 grepene=`grep ETOT $file|tail -1| awk '{print $2}'`
 135 if [[ $grepene == "NaN" ]]; then
 136     echo "CRITICAL: energy is NaN"
 137     exit 2
 138 fi
 139
 140 # Check if energy value is extremely different from expected
 141 blaene=`floating $grepene`
 142 myene=`echo $blaene |bc`
 143 diff=`echo $myene"+("$expectenergy")"|bc`
 144 absdiff=`echo $diff| sed 's/-//'`
 145
 146 true1=`echo "$absdiff >= $extremediff"|bc`
 147 if [ $true1 -eq 1 ]; then
 148     echo "CRITICAL: energy is loo large $absdiff, ene= $myene"
 149     exit 2
 150 fi
 151
 152 # Check if Energy value is as expected
 153 true2=`echo "$absdiff<=$cutoffdiff"|bc`
 154 if [ $true2 -eq 1 ]; then
 155     echo "OK: absdiff= $absdiff, ene= $myene"
 156     exit 0
 157 else
 158     echo "WARNING: energy is somewhat different $absdiff, ene= $myene"
 159     exit 1
 160 fi
 161