ctest/prota_unres_energy_check.sh

   1 #!/bin/bash
   2 #
   3 # Writen by Dawid Jagieła and Adam Sieradzan
   4 #
   5 #
   6 #----------------------------------------
   7 # variables
   8
   9 if [[ "$2" =~ "MPI" ]]; then
  10  file=$1.out_GB000
  11  file_stat=$1_GB000.stat
  12 else
  13  file=$1.out_GB                                 # Output file to search energy value from
  14  file_stat=$1_GB.stat
  15 fi
  16
  17 if [ "$1" == "prota_ENE" ]; then
  18  extremediff="10000.0"                  # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  19  expectenergy="-56066670.000000"        # expected total energy
  20  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  21 elif [ "$1" == "prota_MIN_CART" ]; then
  22  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  23  expectenergy="123.8713"                # expected total energy
  24  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  25
  26  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  27  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  28  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  29    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  30    exit 1
  31  fi
  32 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_INT" ]; then
  33  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  34  expectenergy="-49.435"                 # expected total energy
  35  cutoffdiff="0.1"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  36
  37  sumsl_return=`grep SUMSL $file|awk '{print $4}'`
  38  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  39  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  40    echo 'ERROR = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  41    exit 1
  42  fi
  43 elif [ "$1" == "1l2y_MIN_REGULAR_INT" ]; then
  44  extremediff="10.0"                     # extreme energy difference, comething went terribly wrong
  45  expectenergy="-1.192"                  # expected total energy
  46 #
  47 # something wrong with REGULAR and sometimes gives code 8 and different energy
  48 # for now 8 is only warning and cutoffdiff is large
  49 #
  50  cutoffdiff="6.0"                       # energy cutoff variation - more then this rises warning
  51
  52  sumsl_return=`grep "SUMSL return code:" $file|awk '{print $4}'`
  53  echo 'SUMSL return code' $sumsl_return
  54  if [ "$sumsl_return" != "4" ]; then
  55    echo 'WARNING = SUMSL return code' $sumsl_return 'is not 4'
  56  fi
  57
  58 elif [ "$1" == "1l2y_micro" ]; then
  59  stat=`awk '{if ( $1 != "#" ) {n++;a=a+$5;a2=a2+$5^2}}END{print a/n,sqrt((a2-a^2/n)/n)}' $file_stat`
  60  array=(${stat// / })
  61  echo 'average total energy ' ${array[0]}
  62  echo 'standard deviation ' ${array[1]}
  63  if [ `echo "a=${array[0]}-103.162;if(0>a)a*=-1;a>5.0"|bc -l` != "0" ]; then
  64   echo 'difference ' `echo "a=${array[0]}-103.162;if(0>a)a*=-1;a"|bc -l` 'from reference ave etot 103.162 greater than 5.0'
  65   exit 1
  66  elif [ `echo "a=${array[1]};a>0.01"|bc -l` != "0" ]; then
  67   echo 'standard deviation greater than 0.01'
  68   exit 1
  69  else
  70   exit 0
  71  fi
  72 else
  73  exit 1
  74 fi
  75
  76
  77
  78 function floating(){
  79     echo $1 | sed -e 's/[eE]+/*10^/'
  80 }
  81
  82 #---------------------------------------------------------------------------
  83 # MAIN CODE
  84 #---------------------------------------------------------------------------
  85
  86 # Check if file exist
  87 if [ ! -f $file ]; then
  88     echo "CRITICAL: out file do not exist"
  89     exit 2
  90 fi
  91
  92 # Check if energy value is not a number
  93 grepene=`grep ETOT $file|tail -1| awk '{print $2}'`
  94 if [[ $grepene == "NaN" ]]; then
  95     echo "CRITICAL: energy is NaN"
  96     exit 2
  97 fi
  98
  99 # Check if energy value is extremely different from expected
 100 blaene=`floating $grepene`
 101 myene=`echo $blaene |bc`
 102 diff=`echo $myene"+("$expectenergy")"|bc`
 103 absdiff=`echo $diff| sed 's/-//'`
 104
 105 true1=`echo "$absdiff >= $extremediff"|bc`
 106 if [ $true1 -eq 1 ]; then
 107     echo "CRITICAL: energy is loo large $absdiff, ene= $myene"
 108     exit 2
 109 fi
 110
 111 # Check if Energy value is as expected
 112 true2=`echo "$absdiff<=$cutoffdiff"|bc`
 113 if [ $true2 -eq 1 ]; then
 114     echo "OK: absdiff= $absdiff, ene= $myene"
 115     exit 0
 116 else
 117     echo "WARNING: energy is somewhat different $absdiff, ene= $myene"
 118     exit 1
 119 fi
 120