TODO

   1 clean code and combine piasek and etoh versions
   2
   3 make easy install on any system with pbs
   4
   5 add javascript instead of separate forms
   6
   7 # option of automatic download file from PDB using id
   8 # done
   9
  10 check input pdb for:
  11 #        missing residues (chain breaks) - done
  12 #       unknown residues - done
  13         max length (1000),
  14         max number of dissulfides (30),
  15         etc,
  16         and display error
  17
  18 check input for other errors (sequence ?)
  19
  20 # add web viewer NGL WebGL
  21 # done
  22
  23 # add BOXX BOXY BOXZ in advanced md and mremd
  24 # done
  25
  26 dynamic dissulfides input - all and selected cys
  27
  28 homology restraints input
  29
  30 # secondary structure restraints
  31 # done
  32
  33 other restraints input
  34
  35 # SAXS input
  36 # done
  37
  38 automatic secondary structure restrains (psipred)
  39
  40 MREMD - add cluster parameters, change after run and rerun only cluster analysis
  41       - button to make movie from selected trajectory after run
  42
  43 # examples
  44 # done
  45
  46 gallery
  47
  48 documentation
  49
  50 automatic rm of old jobs ?
  51
  52 ### NAR requirements:
  53
  54 # include a simple mechanism to try out sample data provided by the authors,
  55 # for example, a button for automatic loading of the data. Sample data must be
  56 # accessible to users so that they can confirm data formatting requirements
  57 # OK
  58
  59 # contain help pages or a tutorial with links to sample output that performs
  60 # interactively in the same way as real output. The help pages must include
  61 # information on how to interpret the results returned by the web server
  62 # OK
  63
  64 # be primarily web-based and viewable on the website. Use of browser plugins
  65 # for data visualization is encouraged. However, use of Flash plugins is
  66 # discouraged due to security issues and websites that use Java plugins will
  67 # no longer be accepted
  68 # OK
  69
  70 # provide a web link to the results if the website is not able to return
  71 # results immediately. The link should be provided at the time of data
  72 # submission and allow the user to bookmark and access the results at a later
  73 # time. Ideally, the link will report the status of the job (queued, running,
  74 # or finished). Do not assume that users will provide an email address for
  75 # results notification. Any request for an email must state that it is
  76 # optional. Websites that use a guest login will not be approved
  77 #
  78 # OK link uses task.id and user.id
  79 # http://ha1.chem.univ.gda.pl:8001/details1/19da81cb0ad5492dac8e4eaefd28949e/942/
  80
  81 links are not save - lazy user can read other lazy users jobs ?
  82
  83 # keep every user’s submitted data private and not viewable by anyone other
  84 # than the user or those given permission by the user
  85 #
  86 # OK - additionaly blocks links of regular user without login