added piasek cluster specific compile conditioning in main cmake file

closing asci-art frames in energy_p_new_barrier.F files removed some warnings in gfortran

fixes for unres/src_MIN build in ifort

- added UNRES Multichain examples
- CMake for src_MIN
- junkfiles cleanup

added 32/64-bit architecture detection

deleted:    source/unres/src_MD-M/xdrf_em64/libxdrf.m4~

5/10/2012 by Adam
1. Added C-shell scripts for the GAB and E0LL2Y force field
2. Added examples for multichain calculations

src_MD-M CMake build files + junkfiles cleanup

compilation of DFA/CSA code

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

DFA is switched off by default

deleted:    CTestConfig.cmake

fixed test_single_ala.sh to run binary from current build dir

fixed "rm tmptmp" of notexisting file in compinfo.c

fixed drop side on CTestConfig.cmake

gfortran 4.5.2 (f95) compile definitions fix

new gfortran fix

fixed ctest/cmake files for src_MD build

Added test MPI preprocessor compile definitions

Revert "Revert "CMake file for xdrf library""

This reverts commit 4dd6545a13d055f8b951dd893270dc722212dd60.

Revert "CMake file for xdrf library"

This reverts commit 154f05b81b221aecfb80de0cc515c23b65909c85.

CMake file for xdrf library

CMake project files added

minimization in csa code is working now correctly

tag updated to v.3.1

updated Changelog

Added Changelog

New files added

Makefiles for specific compilers and force fields created

even more verbose swaping log

Added example files (1L2Y)

Example input files for 1L2Y added

Unnecessary object files removed

Makefile_single_gfortran_oldparm corrected to include new directory structure

more verbose swaping in bank

path for executable corrected

compilation of new CSA version

new files for tmscore and reminimization

cleaning - unecessary files deleted
tmscore has been added to CSA as alternative of angular difference
reminimization is working in CSA version

final changes to remove CSA from MD version of the code
new executable

removal of CSA from MD version of code
backup *~ files deleted
other minor changes in the code

old unecessary files are deleted

xdrf2pdb-M.F: corrected order of reading

plik1 deleted by Adam

dodalem pusty plik

csacutoff fix

1) csacutoff log write fix 2) matrix input-template corrections

Merge branch 'feature-ga' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into feature-ga

modified Makefile for testing single peptide runs

Merge branch 'feature-ga' of mmka:unres into feature-ga

csacutoff is now calculated from avrage distance (avrd) between individuals in first bank. Border values are taken as a factor off this value. Factors are read from main input (minco,maxco).

1) code cleanup 2) added CalcAvgDist function

- added input files for 2 peptides (1LE1, 1LY2) runs on matrix
- minor changes in makefile and test script

linear csacutoff fix

extended scope of search in GetNBest function

modified:   GA.f

added Genetic Algorythm code in branch feature-ga

added source code