debuging WHAM for constrains DEBUG ON

introduction of quartic an Lonrentz constrains to WHAM

intoduction of quartic restrains in multichain, bugfix in single chain

WeFold Lorentzian like potentials introduction

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

removed uninitialized ghalf from equation

working cluster for dyn_ss and triss

Debug cluster part 2

Cluster debug ON

havebond turnoff

 correction of readrtns

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

energy_dec to logical

removed obsolite code in ssMD.F files

Introduction of dyn_ss and triss to cluster

hidden part of debug

nss*ebr removed

cxread debug 7

debug part 6

Debug 5

another DEBUG

dubug dss part 3

diffrent name for evdw

TRISS debug

Warnig Debug ON

Corrected WHAM and UNRES reading in SS dyn...

Introduction of working dyn_ss and triss. Problems were due to different input format style

Correction in readrtns

Change in line of dyn_ss

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

Adding dyn_ss and triss potentials to src-M wham

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

Fixed bug in reading trisulfide potentials (atriss, btriss, ctriss, dtriss).

fixed install binary paths

MPICH2 and energy fixes in WHAM-M and Cluster-M.

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

Fixed error caused by new MPICH2, which made WHAM-M non-usable.

poprawka w COMMON.SBRIDE dla triss

Fixed energy differs in WHAM-M (EBE).

poprawka w intcartderiv

Introduction of SS to newcorr and SSS to src_MD-M

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

added Force-Fields descriptions in exe filenames

MD problems fixed with FGPROC>1

poprawki w ANG w src_MD-M

Corrected refsys.f in src_MD-M

Conflicts:

bin/unres/MD/unres-mult-symetr_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
source/unres/src_MD-M/Makefile
source/unres/src_MD-M/cinfo.f
source/unres/src_MD-M/readpdb.F

changes from prerelease src_CSA_DiL copied to devel

fixed src_MD_DFA ala10 ctest

1) changes for FindMPI macro in source/unres/src_MD_DFA
2) fixed broken if-then statement

fixed marge problem

Merge branch 'prerelease-3.2.1' into devel

Conflicts:
.gitignore
CMakeLists.txt
source/cluster/wham/src/COMMON.SCCOR
source/maxlik/src_CSA/CMakeLists.txt
source/unres/src_CSA_DiL/CMakeLists.txt
source/unres/src_MD-M/CMakeLists.txt
source/unres/src_MD-M/Makefile
source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
source/unres/src_MD-M/ssMD.F
source/unres/src_MD/CMakeLists.txt
source/unres/src_MIN/CMakeLists.txt
source/wham/src/DIMENSIONS.FREE
source/xdrfpdb/src/CMakeLists.txt

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

ctest ala10 binary location fix

Added CMake build instructions

fix for multiple MPI include paths passed by MPI wrapper

1) binaries are compiled into /bin subdirectory of build directory
2) added "make install" support costumizable with CMAKE_INSTALL_PREFIX

1) Threading cleanup in src_CSA & src_CSA_DiL
2) Makefile verbose turned off for "Release" builds
3) fixed missing printmat.f in cluster/wham/src/CMakeLists.txt

switched to CMake FindMPI module in all source files that use MPI

switched to CMake FindMPI module in all source files that use MPI

added missing preprocessor flags for prng_32.F

prng.f unification

64-bit fix for unres/CSA and unres/CSA_DiL code

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

fixed CMake variable typo

correct default option for compilers in cluster CmakeList.txt

correct default option for compilers in wham CmakeList.txt

added "make install" support for: unres (MD, MD-M, MIN) and maxlik

BUG FIX for SUMSL minimization

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

bug fix for langevin dynamics

Makefile without debuging

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

dyn-ss in MD-M

dalej wylaczona diagnostyka

wylacznie diagnostyki

correcter Makefile and errors side chain parameters

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

xdrf2x tests

fixed typo

fix for MD tests in E0LL2Y FF

fixed binary name generation in unres/src_MD-M

kolejne porzadki

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

wywalka smieci - ludzie budujcie w katalogu build!

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

New CMake files after cleaning

Modification files required corresponding architecture

Modification files required corresponding architecture

wlaczenie timing

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

1) added warnings suppression if find_package(MPI) failes to find MPI
2) removed non-standardold MPI paths - should be passed by cmake variables directly

1) added warnings suppression if find_package(MPI) failes to find MPI
2) removed non-standardold MPI paths - should be passed by cmake variables directly

DON'T DELETE THE "git-daemon-export-ok" FILE!!!
This file is mandatory for proper git-deamon work - without it you cannot access the repository using the git protocol "git://"

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

Conflicts:
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_GAB.exe

Added new files to the NEWCORR version

Added  source/wham/src-NEWSC-NEWCORR/

Added src_MD-M-newcorr (Adasko's source) and src-NEWSC of WHAM (with Momo's SCSC potentials)

Added src_Eshel (decoy processing for threading)

Fixed iatsc_s and iatscp_s for 1 residue (was 0 with MPI version)

Devel ma zle COMMON.TORSIONAL w src_MD (single chain)