New microcanonical examples.

deleted:    test.txt

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

fix broken gitweb

Merge branch 'master' of mmka:unres into devel

Dodanie przykladow do MD, REMD, MREMD i mikrokanonicznego

added CMake build file for source/maxlik/src_CSA/

1. cmake cinfo.f generation for all sources 2. deleted old cinfo.f

Maximum likelihood parameters optimization program for CSA added without examples.

New examples for GAB force fields (restrained, unrestrained, CLUSTER,
energy minimization, energy reminimization, local CSA)

CASP3 force field deleted. Fixed merge conflicts.

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

Conflicts:
.gitignore
examples/unres/CSA/CASP3/ENERGY/unres_casp3.csh
source/unres/src_CSA/Makefile

Old force fields removed, new ones (GAB, E0LL2Y) added.

poprawka clustrowania z potencjalami wsccor (zle czytanie wagi)

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

poprawka w cluster dla potencjalow shelleya

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

cinfo.f generation and macro for unres MD

modified Makefile

hotfix parmread

Revert "Merge branch 'adasko' into devel"

This reverts commit a20d7ba73b9caa74140350c4c97fa62d83711703, reversing
changes made to d39961a524eb1bf7968c3d46f34cef44774ad491.

Revert "poprawka przy liczeniu tau w clustrze"

This reverts commit ffcc28c7645550e2a62c0d066271fa1ee8323310.

Merge branch 'adasko' into devel

Dzialajacy D i L aminokwasy dla src_MD
Conflicts:
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_GAB.exe
bin/wham/wham_multparm-ham_rep-oldparm
source/unres/src_MD/Makefile
source/unres/src_MD/Makefile_MPICH_ifort
source/unres/src_MD/cinfo.f
source/wham/src/Makefile
source/wham/src/cinfo.f

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

D i L aminokwasy dzialajace dla src_MD

D i L aminokwasy tuz przed testami

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

added CMake install documentation

poprawki makefile ktore i tak zostan zmienione

wyrowanie COMMON>SCCOR

Wyrowanie w COmmonie...

poprawka przy liczeniu tau w clustrze

proba pullowania
Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

Conflicts:
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
source/unres/src_MD/cinfo.f
source/wham/src/cinfo.f

Zabijanie robakow znalezionych przez Pawla w WHAMie
dodanie licznie katow tau w int_from_cart oraz diagonostyki w przypadku
gdy liczona energia jest odmienna od energii czytanej

zmiana do DiL

Merge branch 'adam' into devel

Conflicts:
source/unres/src_MD/Makefile_MPICH_ifort

Minor change

Minor change

zmiana binarki...

Merge branch 'adam' into devel
Minor fixed in cxread diagnostics in wham
Conflicts:
source/unres/src_MD/Makefile
source/unres/src_MD/cinfo.f
source/wham/src/Makefile
source/wham/src/cinfo.f

5/7/2012 by Adam
Minor optional diagnostics in wham

DIL zmiana w param read

hotfix of SCCOR potentials

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

hotfix do potencjalow AM1

dodanie do gitignor kolejnych moich poligonowy plikow

Rozgrzebany DIL

1) added ctests for xdrf2pdb-m 2) cleanup

fixed broken (by adasko) alignment in COMMON.SCCOR

Merge branch 'adasko' into devel

Conflicts:
.gitignore
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_GAB.exe
source/cluster/wham/src/DIMENSIONS.COMPAR
source/cluster/wham/src/Makefile
source/wham/src/Makefile
source/wham/src/cinfo.f
source/wham/src/tmptmp

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

git ignore

glupia zmiana

Wprowadzenie SCCOR do WHAMa i CLUSTROWNIA

LAM/MPI boot ctest modification

added -cpp flag to force preprocesing for all files in gfortran

Moved ifdef MOMENT part from COMMON.CONTACTS to COMMON.CONTACTS.MOMENT and aplied preprocesor directives

enable compiler preprocesor flags for non-standard files (COMMON.*) in gfortran for cmake

added source/cluster/wham/src/gnmr1.f to cmake build

added gnmr1.f to sources in cmake builds

fixed merge conflict in readrtns_csa.F

fixed source/xdrfpdb/src-M/xdrf2pdb-m.F

fixed merge renamed source file: newconf.f is now newconf.F

resolving merge conflicts

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel
merge adam->devel (2nd attempt)
Conflicts:
.gitignore
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_GAB.exe
examples/unres/MD/ff_gab/1L2Y_minim.inp
source/cluster/wham/src/DIMENSIONS.COMPAR
source/cluster/wham/src/include_unres/COMMON.INTERACT
source/cluster/wham/src/include_unres/COMMON.SBRIDGE
source/cluster/wham/src/include_unres/COMMON.TORSION
source/unres/src_MD/cinfo.f
source/unres/src_MIN/Makefile
source/xdrfpdb/src-M/xdrf
source/xdrfpdb/src/xdrf
source/xdrfpdb/src/xdrf2ang.f
source/xdrfpdb/src/xdrf2pdb-m.F

Merge branch 'adam' into devel
Merging adam with devel
Conflicts:
source/unres/src_CSA/readrtns_csa.F

fixed indent for gfortran build in source/unres/src_MD/parmread.F

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

removed MPI form CMakeLists.txt in xdrfpdb
more verbose output in xdrf2pdb-m.F

unified .gitignore

small fix in .gitingnore

Merge branch 'adasko' into devel

Conflicts:
.gitignore

poprawka gitignore

zmiana w git ignore

zmiany po usunieciu diagnostyki...

6/15/2012 by Adam
Minor changes; linked parallal Makefile in CSA

dzialajacy grad check....

6/14/12 by Adam: unnecessary files deleted

6/14/12 by Adam - changes committed

6/14/2012 by Adam
1. Fixed a bug in the minimization in angles im all versions; varia
was a simple variable in the calling and a vector in the called subroutine.
2. Removed (wrong) temperature scaling in the CSA snd in the MD version.
3. Added selection of printout information in SUMSL.

Dzialajacy INTERTYP=1 i INTERTYP=2

6/11/2012 by Adam
Yet another revision of xdrf2pdb-m. Error detected in description; directory src-M all pertains to
multi-chain systems (but the programs can also be used for single-chain systems). xdrf2pdb-m for
single-chain systems is in src

6/11/2012 by Adam
xdrf-m corrected (list of arguments); changes in manual required!

fixed iblnk in xdrf2ang

added ctests for xdrf2ang

fix of malloc in xdrf2pdb-m

fix of xdrf2ang

DFA is switched off by default

6/11/2012 Changes of the CSA version

6/11/2012 Update of the CSA version

added ctest/1LE1_mremd_MD000.cx for xdrf2pdb-m testing

xdrf2pdb programs doesn't require MPI so MPI-flags ware removed

added ctests for xdrf2pdb (one & three letter sequence )

UNRES single MD for MPI ctest file permissions fix

UDALO SIE TERAZ DEBUG

added MPI ctest for unres single MD

kolejna

zmienionwe zostaly i zostal chyba tylko int to cart deriv

sadas

5/29/2012 by Adam

1. Fixed NaNs in wham (more stable computation of window free energies).
2. Minor fixes in cluster
3. Added exmaple with minimization in MD examples

compile_definitions workaround (cmake does not pass it to last file on list) for  unres/src_MD-M/CMakeLists.txt