imax0 replaced with max0

imax0 uses integer*2 and is not implemented in gfortran

ctest wham checks energy differs

ctest multichain protein-peptide complex

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

energy_dec for esccor and some other debug printout

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

arcos = 0.5D0*(PI-DSIGN(1.0D0,X)*PI)

Adam's corrections to wham from homology branch

src_MIN sum_gradient from src_MD

nosearchsc in src_MIN as in other versions

src_MIN eback_sc_corr do intertyp=1,3

ctest added ene tests with FGPROCS=1

ctest update of ref energy with correct sccor values

last corrections copied to src_MD-M

corretion .ge.-pi instead of .gt.-pi in intcartderiv

eback_sc_corr  do intertyp=1,3

ctest wsccor 0.25 wtor 1.34316 in all tests

ctest ENE changed to minimize unres_pdb structure

native pdb had too large vdw energy which can cover
changes of other energy components

ctest cluster int for csa output

cmake corrections to unres/src_MIN

corrections to unres src_MIN

ctest unres src_MIN and changes for the same energy as src_MD

ctest cluster_wham src-M

ctest correction to previous commit

ctest cluster_wham

cleaning of cluster_wham

correction after cherry-pick and merge in last commit

Adam's changes to wham and cluster following previous commit

XG.. and ..GX sequence is automatically corrected

also in cluster_wham it is possible to select number of clusters
instead of cutoff

Conflicts:
source/cluster/wham/src/COMMON.CONTROL
source/cluster/wham/src/energy_p_new.F
source/cluster/wham/src/probabl.F
source/cluster/wham/src/readpdb.F
source/cluster/wham/src/readrtns.F
source/wham/src/energy_p_new.F

corrections to cluster_wham

wham src-M correction to make it working

correction to previous commit again

correction to previous commit

ctest wham in src-M

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

ctest wham

revert DIMENSIONS corrected maxterm_sccor=6

error was in wham COMMON.SCCOR

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

wham cmake ifort options for larger data

DIMENSIONS corrected maxterm_sccor=20

ctest update for src_MD-M test to match src_MD

ctest corrections to mpi script and remd test

ctest for remd

checks average ACC, plots histograms of energy for each bath
temperature and energy v.s bath temperature

minimization in internal coordinates works in src_MD-M

ctest correction to previous commit

ctest for Nose-Hoover removed from srcMD-M

there is no code for this thermostat in srcMD-M

corrections to src_MD-M for the same energy as src_MD

ctest for src_MD-M copied from src_MD

ctest local csa added with 4P force field

ctest correction to previous commit

ctest for thermostats: Langevin, Nose-Hoover and Berendsen

with plotting of temperature distribution using python matplotlib

Adam's changes to avoid wrong XG.. or ..GX sequence input

ctest tolerance for csa emin inreased to 5.0

ctest for CSA global with 4P force field

ctest works with lam and mpich

ctest for internal coordinates and regular minimization

ctest for minimization and microcanonical MD

test of minimization of protein A compares final energy and SUMSL return code
test of microcanonical MD of 1L2Y calculates average total energy and its standard deviation

correction to previous commit CTEST_FULL_OUTPUT

added echo CTEST_FULL_OUTPUT (Avoid ctest truncation of output)

ctest for E0LL2Y with MPI now using FGPROCS=2

ctest for E0LL2Y with reference energy diff

adding correction in cluster debug

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

Fized same buffer issue in gather and gatherv in wham and cluster and a minor issue in initialize

xdrf added to cluster

ENERGY_DEC printout works for ESTR

 ENERGY_DEC printout works for ebend in E0LL2Y forcefield

switch off debugging in src_MD-M

energy_dec works with etors_d

Conflicts:

source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F

Changes AL

restraints from contact prediction for CSA version

by Adam

Import fixed makefiles in cluster
Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

Conflicts:
source/cluster/wham/src-M/Makefile-MPICH-gfortran
source/cluster/wham/src-M/Makefile-MPICH-ifort

Fixed geomout.F

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

Conflicts:
source/unres/src_MD/intcartderiv.F

adding in cmake UNRES_MD_FF = 4P for wham and cluster

adding in cmake UNRES_MD_FF = 4P for src_MD and src_MD-M

fixed binary names for cmake (update)

fixed binary names for cmake and make

Merge branch 'prerelease-3.2.1'

Merge branch 'master' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres

fixed install binary paths

Conflicts:

bin/xdrf2ang
bin/xdrf2pdb
bin/xdrf2pdb-m
source/xdrfpdb/src/CMakeLists.txt

Fixed Makefiles in clust/src_MD-M

correction in readpdb (bugfix)

correction in readpdb (bugfix)

By Adam

changes to avoid PMPI_Scatterv: Invalid buffer pointer in Intel MPI
for src_MD-M (multichain)

changes to avoid PMPI_Scatterv: Invalid buffer pointer in Intel MPI

Finding undefined tua...

zmiany przywracajace TURN dla dummy i rozszerzajace SCCORR

poprawka turn3 i turn4 uwaga moga byc wlaczone diagnostki

Merge branch 'prerelease-3.2.1'

EBE change in prerealese-3.2.1 make dummy atom idependent

poprawka w src_MD

Poprawiony src_MD-M gradient

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

rozgrzebana minimalizacja

intro of SCCOR into src_MIN

Corrected refsys.f in src_MD-M

Conflicts:
bin/unres/MD/unres-mult-symetr_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
source/unres/src_MD-M/cinfo.f

removed maxlik paths from cmake sources

refsys