&pept_group(3),costhet_grad(3),cosphi_grad_long(3),
&cosphi_grad_loc(3),pep_side_norm(3),side_calf_norm(3)
C the line belowe needs to be changed for FGPROC>1
- do i=1,nres-1
+ do i=iatscp_s,iatscp_e
+C do i=1,nres-1
if ((itype(i).eq.ntyp1).and.itype(i+1).eq.ntyp1) cycle
ishield_list(i)=0
Cif there two consequtive dummy atoms there is no peptide group between them
C now calculate distance from center of tube and direction vectors
vectube(1)=mod((c(1,i)+c(1,i+1))/2.0d0,boxxsize)
if (vectube(1).lt.0) vectube(1)=vectube(1)+boxxsize
- vectube(2)=mod((c(2,i)+c(2,i+1))/2.0d0,boxxsize)
- if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxxsize
+ vectube(2)=mod((c(2,i)+c(2,i+1))/2.0d0,boxysize)
+ if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxysize
vectube(1)=vectube(1)-tubecenter(1)
vectube(2)=vectube(2)-tubecenter(2)
vectube(1)=mod(vectube(1),boxxsize)
if (vectube(1).lt.0) vectube(1)=vectube(1)+boxxsize
vectube(2)=c(2,i+nres)
- vectube(2)=mod(vectube(2),boxxsize)
- if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxxsize
+ vectube(2)=mod(vectube(2),boxysize)
+ if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxysize
vectube(1)=vectube(1)-tubecenter(1)
vectube(2)=vectube(2)-tubecenter(2)
C now calculate distance from center of tube and direction vectors
vectube(1)=mod((c(1,i)+c(1,i+1))/2.0d0,boxxsize)
if (vectube(1).lt.0) vectube(1)=vectube(1)+boxxsize
- vectube(2)=mod((c(2,i)+c(2,i+1))/2.0d0,boxxsize)
- if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxxsize
+ vectube(2)=mod((c(2,i)+c(2,i+1))/2.0d0,boxysize)
+ if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxysize
vectube(1)=vectube(1)-tubecenter(1)
vectube(2)=vectube(2)-tubecenter(2)
vectube(1)=mod(vectube(1),boxxsize)
if (vectube(1).lt.0) vectube(1)=vectube(1)+boxxsize
vectube(2)=c(2,i+nres)
- vectube(2)=mod(vectube(2),boxxsize)
- if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxxsize
+ vectube(2)=mod(vectube(2),boxysize)
+ if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxysize
vectube(1)=vectube(1)-tubecenter(1)
vectube(2)=vectube(2)-tubecenter(2)
ssgradtube=-sscagradlip(fracinbuf)/tubebufthick
print *,ssgradtube, sstube,tubetranene(itype(i))
enetube(i+nres)=enetube(i+nres)+sstube*tubetranene(itype(i))
- gg_tube_SC(3,i)=gg_tube_SC(3,i)
- &+ssgradtube*tubetranene(itype(i))
- gg_tube(3,i-1)= gg_tube(3,i-1)
- &+ssgradtube*tubetranene(itype(i))
+C gg_tube_SC(3,i)=gg_tube_SC(3,i)
+C &+ssgradtube*tubetranene(itype(i))
+C gg_tube(3,i-1)= gg_tube(3,i-1)
+C &+ssgradtube*tubetranene(itype(i))
C print *,"doing sccale for lower part"
elseif (positi.gt.buftubetop) then
fracinbuf=1.0d0-