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[unres.git] / source / unres / src_MD-M / checkder_p.F
diff --git a/source/unres/src_MD-M/checkder_p.F b/source/unres/src_MD-M/checkder_p.F
index 26854e6..ebfd52b 100644 (file)
--- a/source/unres/src_MD-M/checkder_p.F
+++ b/source/unres/src_MD-M/checkder_p.F
@@ -2,6 +2,7 @@
 C Check the gradient of Cartesian coordinates in internal coordinates.
       implicit real*8 (a-h,o-z)
       include 'DIMENSIONS'
+      include 'COMMON.CONTROL'
       include 'COMMON.IOUNITS'
       include 'COMMON.VAR'
       include 'COMMON.CHAIN'
@@ -14,8 +15,9 @@ C Check the gradient of Cartesian coordinates in internal coordinates.
 * Check the gradient of the virtual-bond and SC vectors in the internal
 * coordinates.
 *    
-      aincr=1.0d-7  
-      aincr2=5.0d-8   
+      print '("Calling CHECK_ECART",1pd12.3)',aincr
+      write (iout,'("Calling CHECK_ECART",1pd12.3)') aincr
+      aincr2=0.5d0*aincr
       call cartder
       write (iout,'(a)') '**************** dx/dalpha'
       write (iout,'(a)')
@@ -25,7 +27,7 @@ C Check the gradient of Cartesian coordinates in internal coordinates.
        do k=1,3
          temp(k,i)=dc(k,nres+i)
         enddo
-       call chainbuild
+       call chainbuild_extconf
        do k=1,3
          gg(k)=(dc(k,nres+i)-temp(k,i))/aincr
          xx(k)=dabs((gg(k)-dxds(k,i))/(aincr*dabs(dxds(k,i))+aincr))
@@ -34,7 +36,7 @@ C Check the gradient of Cartesian coordinates in internal coordinates.
      &  i,(gg(k),k=1,3),(dxds(k,i),k=1,3),(xx(k),k=1,3)
         write (iout,'(a)')
        alph(i)=alphi
-       call chainbuild
+       call chainbuild_extconf
       enddo
       write (iout,'(a)')
       write (iout,'(a)') '**************** dx/domega'
@@ -45,7 +47,7 @@ C Check the gradient of Cartesian coordinates in internal coordinates.
        do k=1,3
          temp(k,i)=dc(k,nres+i)
         enddo
-       call chainbuild
+       call chainbuild_extconf
        do k=1,3
           gg(k)=(dc(k,nres+i)-temp(k,i))/aincr
           xx(k)=dabs((gg(k)-dxds(k+3,i))/
@@ -55,7 +57,7 @@ C Check the gradient of Cartesian coordinates in internal coordinates.
      &      i,(gg(k),k=1,3),(dxds(k+3,i),k=1,3),(xx(k),k=1,3)
         write (iout,'(a)')
        omeg(i)=omegi
-       call chainbuild
+       call chainbuild_extconf
       enddo
       write (iout,'(a)')
       write (iout,'(a)') '**************** dx/dtheta'
@@ -68,7 +70,7 @@ C Check the gradient of Cartesian coordinates in internal coordinates.
             temp(k,j)=dc(k,nres+j)
           enddo
         enddo
-        call chainbuild
+        call chainbuild_extconf
         do j=i-1,nres-1
          ii = indmat(i-2,j)
 c         print *,'i=',i-2,' j=',j-1,' ii=',ii
@@ -83,7 +85,7 @@ c         print *,'i=',i-2,' j=',j-1,' ii=',ii
         enddo
         write (iout,'(a)')
         theta(i)=theti
-        call chainbuild
+        call chainbuild_extconf
       enddo
       write (iout,'(a)') '***************** dx/dphi'
       write (iout,'(a)')
@@ -94,7 +96,7 @@ c         print *,'i=',i-2,' j=',j-1,' ii=',ii
             temp(k,j)=dc(k,nres+j)
           enddo
         enddo
-        call chainbuild
+        call chainbuild_extconf
         do j=i-1,nres-1
          ii = indmat(i-2,j)
 c         print *,'ii=',ii
@@ -108,7 +110,7 @@ c         print *,'ii=',ii
           write(iout,'(a)')
         enddo
         phi(i)=phi(i)-aincr
-        call chainbuild
+        call chainbuild_extconf
       enddo
       write (iout,'(a)') '****************** ddc/dtheta'
       do i=1,nres-2
@@ -119,7 +121,7 @@ c         print *,'ii=',ii
             temp(k,j)=dc(k,j)
           enddo
         enddo
-        call chainbuild 
+        call chainbuild_extconf 
         do j=i+1,nres-1
          ii = indmat(i,j)
 c         print *,'ii=',ii
@@ -148,7 +150,7 @@ c         print *,'ii=',ii
             temp(k,j)=dc(k,j)
           enddo
         enddo
-        call chainbuild 
+        call chainbuild_extconf 
         do j=i+2,nres-1
          ii = indmat(i+1,j)
 c         print *,'ii=',ii
@@ -175,6 +177,7 @@ C----------------------------------------------------------------------------
 C Check the gradient of the energy in Cartesian coordinates. 
       implicit real*8 (a-h,o-z)
       include 'DIMENSIONS'
+      include 'COMMON.CONTROL'
       include 'COMMON.CHAIN'
       include 'COMMON.DERIV'
       include 'COMMON.IOUNITS'
@@ -191,8 +194,8 @@ C Check the gradient of the energy in Cartesian coordinates.
       nf=0
       nfl=0                
       call zerograd
-      aincr=1.0D-7
-      print '(a)','CG processor',me,' calling CHECK_CART.'
+      print '("Calling CHECK_ECART",1pd12.3)',aincr
+      write (iout,'("Calling CHECK_ECART",1pd12.3)') aincr
       nf=0
       icall=0
       call geom_to_var(nvar,x)
@@ -272,17 +275,20 @@ C Check the gradient of the energy in Cartesian coordinates.
       integer uiparm(1)
       double precision urparm(1)
       external fdum
-      r_cut=2.0d0
-      rlambd=0.3d0
+c      r_cut=2.0d0
+c      rlambd=0.3d0
       icg=1
       nf=0
       nfl=0                
+      print *,"ATU 3"
       call intout
 c      call intcartderiv
 c      call checkintcartgrad
       call zerograd
-      aincr=1.0D-5
-      write(iout,*) 'Calling CHECK_ECARTINT.'
+c      aincr=8.0D-7
+c      aincr=1.0D-7
+      print '("Calling CHECK_ECARTINT",1pd12.3)',aincr
+      write (iout,'("Calling CHECK_ECARTINT",1pd12.3)') aincr
       nf=0
       icall=0
       call geom_to_var(nvar,x)
@@ -297,8 +303,10 @@ c      call checkintcartgrad
         write (iout,*) "exit cartgrad"
         call flush(iout)
         icall =1
+        write (iout,*) "gcard and gxcart"
         do i=1,nres
-          write (iout,'(i5,3f10.5)') i,(gradxorr(j,i),j=1,3)
+          write (iout,'(i5,3f10.5,5x,3f10.5)') i,(gcart(j,i),j=1,3),
+     &      (gxcart(j,i),j=1,3)
         enddo
         do j=1,3
           grad_s(j,0)=gcart(j,0)
@@ -362,6 +370,7 @@ c      call checkintcartgrad
       endif
       write (iout,'(/a/)') 'Gradient in virtual-bond and SC vectors'
       do i=0,nres
+        print *,i
         do j=1,3
          xx(j)=c(j,i+nres)
          ddc(j)=dc(j,i) 
@@ -395,6 +404,7 @@ c            write (iout,*) "etot11",etot11," etot12",etot12
 c          write(iout,'(2i5,2(a,f15.10))')i,j," etot",etot," etot1",etot1
          dc(j,i)=ddc(j)-aincr
           call chainbuild_cart
+C          print *,c(j,i)
 c          call int_from_cart1(.false.)
           if (.not.split_ene) then
             call etotal(energia1(0))
@@ -506,20 +516,40 @@ c-------------------------------------------------------------------------
 #else
       do i=2,nres
 #endif
+C        print *,i
         dnorm1=dist(i-1,i)
-        dnorm2=dist(i,i+1) 
+        dnorm2=dist(i,i+1)
+C        print *,i,dnorm1,dnorm2 
        do j=1,3
          c(j,maxres2)=0.5D0*(2*c(j,i)+(c(j,i-1)-c(j,i))/dnorm1
      &     +(c(j,i+1)-c(j,i))/dnorm2)
         enddo
         be=0.0D0
-        if (i.gt.2) phi(i+1)=beta(i-2,i-1,i,i+1)
+        if (i.gt.2) then
+        if (i.le.nres) phi(i+1)=beta(i-2,i-1,i,i+1)
+        if ((itype(i).ne.10).and.(itype(i-1).ne.10)) then
+         tauangle(3,i+1)=beta(i+nres-1,i-1,i,i+nres)
+        endif
+        if (itype(i-1).ne.10) then
+         tauangle(1,i+1)=beta(i-1+nres,i-1,i,i+1)
+         omicron(1,i)=alpha(i-2,i-1,i-1+nres)
+         omicron(2,i)=alpha(i-1+nres,i-1,i)
+        endif
+        if (itype(i).ne.10) then
+         tauangle(2,i+1)=beta(i-2,i-1,i,i+nres)
+        endif
+        endif
         omeg(i)=beta(nres+i,i,maxres2,i+1)
+C        print *,omeg(i)
         alph(i)=alpha(nres+i,i,maxres2)
+C        print *,alph(i)
         theta(i+1)=alpha(i-1,i,i+1)
         vbld(i)=dist(i-1,i)
+C        print *,vbld(i)
         vbld_inv(i)=1.0d0/vbld(i)
         vbld(nres+i)=dist(nres+i,i)
+C            print *,vbld(i+nres)
+
         if (itype(i).ne.10) then
           vbld_inv(nres+i)=1.0d0/vbld(nres+i)
         else
@@ -593,6 +623,11 @@ cd       call flush(iout)
      &rad2deg*theta(i),rad2deg*phi(i),vbld(nres+i),
      &rad2deg*alph(i),rad2deg*omeg(i)
       enddo
+      do i=1,nres
+        write (iout,'(i5,2(3f10.5,5x),f10.5,5x,f10.5)' )
+     &   i,(dc_norm(j,i),j=1,3),
+     &   (dc_norm(j,nres+i),j=1,3),vbld_inv(i+1),vbld_inv(i+nres)
+      enddo
       endif
  1212 format (a3,'(',i3,')',2(f15.10,2f10.2))
 #ifdef TIMING
@@ -605,6 +640,7 @@ c----------------------------------------------------------------------------
 C Check the gradient of energy in internal coordinates.
       implicit real*8 (a-h,o-z)
       include 'DIMENSIONS'
+      include 'COMMON.CONTROL'
       include 'COMMON.CHAIN'
       include 'COMMON.DERIV'
       include 'COMMON.IOUNITS'
@@ -619,8 +655,9 @@ C Check the gradient of energy in internal coordinates.
       character*6 key
       external fdum
       call zerograd
-      aincr=1.0D-7
-      print '(a)','Calling CHECK_INT.'
+c      aincr=1.0D-7
+      print '("Calling CHECK_INT",1pd12.3)',aincr
+      write (iout,'("Calling CHECK_INT",1pd12.3)') aincr
       nf=0
       nfl=0
       icg=1
@@ -651,12 +688,12 @@ cd    write (iout,'(i3,1pe14.4)') (i,gana(i),i=1,nvar)
         xi=x(i)
         x(i)=xi-0.5D0*aincr
         call var_to_geom(nvar,x)
-        call chainbuild
+        call chainbuild_extconf
         call etotal(energia1(0))
         etot1=energia1(0)
         x(i)=xi+0.5D0*aincr
         call var_to_geom(nvar,x)
-        call chainbuild
+        call chainbuild_extconf
         call etotal(energia2(0))
         etot2=energia2(0)
         gg(i)=(etot2-etot1)/aincr
UNRESPACK 3.x