projects / unres.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
New examples based on current version of UNRES.
[unres.git] / examples / unres / new / REMD / Langevin / ff_1l2y / 1L2Y_REMD.out_GB000
diff --git a/examples/unres/new/REMD/Langevin/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000 b/examples/unres/new/REMD/Langevin/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000
index dd99dfa..ea205ae 100644 (file)
--- a/examples/unres/new/REMD/Langevin/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000
+++ b/examples/unres/new/REMD/Langevin/ff_1l2y/1L2Y_REMD.out_GB000
@@ -5,33 +5,33 @@
  Output file                     : 1L2Y_REMD.out_GB000
  
  Sidechain potential file        : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scinter_GB.parm
- SCp potential file              : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/scp.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scinter_GB.parm
+ SCp potential file              : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/scp.parm
  Electrostatic potential file    : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  Cumulant coefficient file       : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  Torsional parameter file        : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  Double torsional parameter file : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
- SCCOR parameter file : /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
+ SCCOR parameter file : /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  Bond & inertia constant file    : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/bond_AM1.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/bond_AM1.parm
  Bending parameter file          : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/theta_abinitio.parm
  Rotamer parameter file          : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
  Threading database              : 
- /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM/patterns.cart
+ /users/pk376/unres-git/unres/PARAM/patterns.cart
 --------------------------------------------------------------------------------
 ********************************************************************************
 United-residue force field calculation - parallel job.
 ********************************************************************************
  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  ++++ Compile info ++++
- Version 2.5 build 298
- compiled Thu Jul  5 05:49:13 2012
+ Version 2.5 build 303
+ compiled Mon Jul 23 17:44:56 2012
  compiled by jal47@matrix.chem.cornell.edu
  OS name:    Linux 
  OS release: 2.6.34.9-69.fc13.x86_64 
@@ -331,7 +331,7 @@ Replica exchange molecular dynamics (REMD) calculation.
 
  Calling chainbuild
  Calling REMD
- MREMD          16 time before  3.515625000000000E-002
+ MREMD          16 time before  2.343750000000000E-002
  NREP=          16
  i2rep      1      2      3      4      5      6      7      8      9     10
      11     12     13     14     15     16
@@ -486,12 +486,12 @@ Initial:
 
     maximum acceleration    4.85077E+00
 
- Setup time  4.687500000000000E-002
+ Setup time  2.734375000000000E-002
  REMD synchro at      100000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   45.2343750000000       0.000000000000000E+000
- REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   44.7226562500000       0.000000000000000E+000
+ REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     1.00000    1
@@ -510,13 +510,13 @@ ACC  13   370.00000     1.00000    1
 ACC  14   380.00000     1.00000    1
 ACC  15   390.00000     0.00000    1
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
  REMD synchro at      200000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   91.0078125000000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   90.3281250000000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
- REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
+ REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.50000    2
 ACC   2   260.00000     0.50000    2
@@ -534,7 +534,7 @@ ACC  13   370.00000     0.50000    2
 ACC  14   380.00000     1.00000    2
 ACC  15   390.00000     0.50000    2
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
  acceleration/energy drift too large   6.85181695692774     
    23.1376579230641       split increased to            2  itime      229682 
   itsplit           1
@@ -544,7 +544,7 @@ ACC  15   390.00000     0.50000    2
  REMD synchro at      300000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   137.781250000000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   135.515625000000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
  NREP          16
@@ -571,8 +571,8 @@ ACC  15   390.00000     0.66667    3
  REMD synchro at      400000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   183.589843750000       0.000000000000000E+000
- REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
+ REMD gather times=   181.101562500000       0.000000000000000E+000
+ REMD writing rst time=  0.000000000000000E+000
  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.75000    4
@@ -591,11 +591,11 @@ ACC  13   370.00000     0.75000    4
 ACC  14   380.00000     1.00000    4
 ACC  15   390.00000     0.75000    4
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
+ REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
  REMD synchro at      500000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   230.394531250000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   226.550781250000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
  NREP          16
@@ -619,9 +619,9 @@ ACC  15   390.00000     0.80000    5
  REMD synchro at      600000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   275.984375000000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   273.847656250000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
- REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
+ REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.66667    6
 ACC   2   260.00000     0.50000    6
@@ -639,11 +639,11 @@ ACC  13   370.00000     0.50000    6
 ACC  14   380.00000     1.00000    6
 ACC  15   390.00000     0.83333    6
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
+ REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
  REMD synchro at      700000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   323.992187500000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   319.582031250000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
  REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
  NREP          16
@@ -667,9 +667,9 @@ ACC  15   390.00000     0.85714    7
  REMD synchro at      800000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   373.464843750000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   365.500000000000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
- REMD writing traj time=  0.000000000000000E+000
+ REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
 ACC   1   250.00000     0.62500    8
 ACC   2   260.00000     0.50000    8
@@ -687,11 +687,11 @@ ACC  13   370.00000     0.62500    8
 ACC  14   380.00000     1.00000    8
 ACC  15   390.00000     0.87500    8
  REMD scatter time=  0.000000000000000E+000
- REMD exchange time=  3.906250000000000E-003
+ REMD exchange time=  7.812500000000000E-003
  REMD synchro at      900000
          ntwx_cache       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  MIN ii_write=           1
- REMD gather times=   419.042968750000       0.000000000000000E+000
+ REMD gather times=   414.050781250000       0.000000000000000E+000
  REMD writing rst time=  3.906250000000000E-003
  REMD writing traj time=  3.906250000000000E-003
  NREP          16
@@ -720,13 +720,13 @@ ACC  15   390.00000     0.77778    9
 
 ===================================  Timing  ===================================
 
-                  MD calculations setup:    1.17188E-02
-           Energy & gradient evaluation:    3.78793E+02
+                  MD calculations setup:    3.90625E-03
+           Energy & gradient evaluation:    3.78219E+02
                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
-                               MD steps:    4.66602E+02
+                               MD steps:    4.59512E+02
 
 
 ============================  End of MD calculation  ===========================
 CG processor   0 is finishing work.
- Total wall clock time   466.648437500000       sec
+ Total wall clock time   459.539062500000       sec
UNRESPACK 3.x